genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13163922--13163967	18	2.7	18	83	9	62	76	0	21	2	0.90
13163923--13163975	11	4.5	11	82	13	54	77	0	20	1	0.87
13163923--13163975	21	2.7	20	80	16	65	77	0	20	1	0.87
13164102--13164552	111	4.3	104	77	14	460	28	0	13	57	1.40
13164102--13164563	210	2.2	210	82	10	602	28	0	13	57	1.40
13164267--13164589	111	3.0	111	85	10	404	27	0	13	59	1.35
13164813--13164844	17	1.9	16	93	6	55	28	6	6	59	1.46
13164808--13164847	17	2.4	16	84	12	53	27	5	5	62	1.37
13164823--13164880	21	2.7	22	75	5	55	32	5	8	53	1.54
13167144--13167266	48	2.6	48	83	5	151	42	9	12	35	1.75
13169284--13169321	18	2.1	19	90	5	60	39	10	0	50	1.37
13169278--13169339	26	2.5	25	84	7	74	37	11	0	51	1.38
13169298--13169347	26	1.9	26	87	0	73	34	14	0	52	1.42
13173518--13173583	23	3.0	23	74	12	59	78	6	12	3	1.04
13174071--13174120	7	7.0	7	82	17	59	72	0	16	12	1.13
13174071--13174120	21	2.3	22	90	10	77	72	0	16	12	1.13
13174079--13174103	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
13174071--13174120	15	3.5	14	82	17	59	72	0	16	12	1.13
13175941--13175978	18	2.1	19	90	5	60	50	0	10	39	1.37
13175915--13175964	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
13176118--13176157	3	13.0	3	94	5	71	65	0	0	35	0.93
13180312--13180352	11	3.7	11	86	0	55	68	7	0	24	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13180312--13180358	11	4.2	11	81	13	51	70	6	0	23	1.10
13181464--13181515	16	3.2	16	86	0	59	42	3	28	25	1.72
13181497--13181589	44	2.1	46	89	4	145	31	4	27	36	1.76
13181497--13181607	39	2.6	44	79	13	124	33	4	27	34	1.77
13181728--13181841	26	4.3	26	66	10	86	53	3	0	42	1.24
13181748--13181782	18	2.0	17	88	5	52	54	2	2	40	1.30
13187109--13187509	203	2.0	200	97	1	757	34	20	11	32	1.89
13192462--13192543	43	1.9	43	82	5	103	29	13	7	50	1.68
13197638--13197750	55	2.1	55	89	0	172	51	15	7	24	1.71
13202008--13202049	21	2.0	21	85	0	57	33	7	16	42	1.75
13208326--13208365	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
13209524--13209555	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
13215439--13215496	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
13215468--13215520	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84
13215452--13215509	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
13215816--13215999	44	4.3	44	67	10	128	30	22	17	29	1.97
13215800--13216044	128	1.9	129	96	0	456	28	22	17	31	1.97
13215848--13216050	44	4.7	44	70	11	150	28	22	18	30	1.97
13216351--13216815	44	10.7	44	82	9	512	27	25	18	28	1.98
13216351--13216815	88	5.4	86	84	5	564	27	25	18	28	1.98
13216351--13216775	170	2.5	169	90	3	634	27	25	18	28	1.98
13216397--13216815	214	2.0	214	88	2	628	28	24	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13216825--13217048	88	2.5	88	88	1	333	20	23	26	29	1.99
13223561--13223598	12	2.8	13	88	11	51	65	0	0	34	0.93
13223577--13223610	15	2.3	15	89	0	50	70	2	0	26	1.01
13223818--13223856	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
13224015--13224072	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
13224044--13224096	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84
13224028--13224085	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
13226715--13226784	35	2.0	35	94	0	122	22	5	31	40	1.78
13228628--13228666	20	2.0	20	84	0	51	43	12	5	38	1.65
13229725--13229881	74	2.1	75	80	5	167	33	22	21	22	1.97
13229751--13229961	75	2.8	74	76	10	189	30	20	22	26	1.98
13230850--13230988	69	2.0	69	97	0	260	41	11	20	26	1.86
13233022--13233218	99	2.0	99	91	2	324	21	24	10	43	1.83
13237358--13238821	732	2.0	732	100	0	2928	27	23	15	33	1.95
13239952--13240171	40	5.8	40	74	12	180	33	23	21	21	1.97
13239951--13240280	75	4.4	75	82	5	386	31	23	22	22	1.98
13239878--13240280	35	11.0	35	67	14	154	31	23	22	22	1.98
13240307--13240355	21	2.4	21	79	3	64	36	20	2	40	1.64
13240340--13240414	37	2.0	37	97	0	141	38	22	0	38	1.55
13240353--13240409	17	3.2	17	70	29	55	35	21	0	43	1.52
13244488--13244526	16	2.4	17	86	4	53	30	25	5	38	1.78
13248035--13248059	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13248127--13248920	108	7.2	109	83	4	917	25	1	14	58	1.44
13250738--13250800	33	1.9	33	83	6	83	20	44	7	26	1.79
13250720--13250815	33	2.9	33	75	9	81	21	43	8	26	1.81
13251017--13251095	29	2.6	31	80	15	85	39	8	18	32	1.82
13254743--13254791	25	1.9	26	84	12	66	59	10	2	28	1.41
13254918--13254952	14	2.4	14	95	4	61	0	37	0	62	0.95
13255206--13255233	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
13257506--13257530	12	2.1	12	100	0	50	56	8	12	24	1.62
13259450--13259474	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
13265189--13265267	36	2.2	37	82	11	101	22	7	6	63	1.44
13266639--13266666	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
13270995--13271041	13	3.3	15	80	14	55	44	4	12	38	1.62
13277362--13277426	25	2.5	26	82	9	80	56	1	9	32	1.40
13280995--13281192	46	4.6	45	81	13	238	34	14	22	28	1.94
13281031--13281103	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
13280995--13281149	82	1.9	82	94	0	274	35	13	21	29	1.92
13282302--13282530	44	5.2	45	79	8	211	27	24	20	28	1.99
13282313--13282533	45	5.0	44	80	7	232	26	24	20	28	1.99
13282319--13282530	89	2.4	89	83	4	259	26	24	20	27	1.99
13282319--13282570	44	5.8	43	78	10	208	28	23	20	28	1.99
13282631--13282995	100	3.7	100	88	1	527	24	20	22	32	1.97
13282631--13283039	200	2.0	200	84	2	536	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13282631--13283153	100	5.2	100	84	2	451	25	20	21	32	1.98
13282584--13283153	50	11.4	50	74	0	404	25	20	21	32	1.98
13283233--13283728	88	5.7	88	86	2	667	28	23	19	28	1.98
13284807--13284840	16	2.1	16	89	10	52	2	20	0	76	0.92
13289474--13289539	25	2.8	22	78	14	62	53	1	9	36	1.42
13289482--13289539	25	2.3	25	79	5	73	50	1	10	37	1.47
13293412--13293462	20	2.6	20	87	3	68	56	9	0	33	1.32
13293410--13293474	19	3.4	19	70	10	51	60	7	0	32	1.25
13293511--13293549	19	2.0	19	85	14	53	69	2	2	25	1.14
13298851--13298881	11	2.8	11	100	0	62	29	48	12	9	1.73
13301055--13301088	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
13314927--13314960	17	2.1	16	94	5	59	41	8	0	50	1.34
13315243--13315422	89	2.0	89	96	0	333	43	10	13	32	1.78
13322880--13322940	24	2.6	22	76	16	61	32	3	1	62	1.21
13323045--13323078	18	1.9	18	88	5	52	44	5	0	50	1.26
13327491--13327527	17	2.2	17	90	0	56	83	0	16	0	0.64
13329677--13330402	44	16.7	45	71	10	181	28	18	24	28	1.98
13329847--13330010	88	1.9	89	83	6	217	29	20	25	24	1.99
13329847--13330204	173	2.1	172	83	3	414	29	18	23	27	1.98
13329739--13330445	217	3.3	218	82	2	676	28	18	24	28	1.98
13329891--13330248	173	2.1	173	86	2	495	28	18	22	29	1.98
13329934--13330210	88	3.2	87	72	10	244	29	18	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329933--13330287	173	2.1	172	81	3	408	29	18	23	29	1.97
13330063--13330544	218	2.2	217	90	1	741	27	18	25	28	1.98
13330560--13330654	44	2.2	41	87	5	127	29	23	20	27	1.98
13330648--13330939	89	3.3	89	83	3	356	28	25	24	21	1.99
13330676--13330813	45	3.1	45	68	14	122	30	23	24	21	1.99
13340342--13340377	17	2.1	17	94	0	63	47	0	11	41	1.39
13342391--13342568	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13342412--13342567	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13342877--13343076	102	2.0	102	100	0	400	32	20	18	29	1.96
13345912--13346063	41	3.7	41	84	3	207	34	16	28	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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