genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590106--2590288	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
2590104--2590288	40	4.7	40	81	10	209	25	27	22	24	2.00
2591528--2591585	25	2.5	24	81	13	68	8	18	1	70	1.21
2601727--2601762	17	2.1	18	94	5	65	38	5	5	50	1.49
2610363--2610399	15	2.4	16	86	9	58	5	45	2	45	1.40
2611903--2611937	17	2.0	18	94	5	63	34	2	5	57	1.37
2613686--2613739	27	2.0	27	96	0	99	24	11	35	29	1.90
2618569--2618624	20	2.8	20	91	0	85	50	0	28	21	1.49
2620418--2620476	23	2.5	23	78	8	66	44	28	1	25	1.64
2622887--2622973	43	2.0	43	86	8	124	29	29	16	24	1.96
2624488--2624564	40	1.9	40	81	5	93	35	25	15	23	1.94
2625993--2626053	28	2.1	30	88	11	92	59	11	4	24	1.52
2633461--2633771	48	6.6	47	77	7	249	23	27	20	28	1.99
2640180--2640209	7	4.3	7	100	0	60	30	0	26	43	1.55
2640319--2640443	38	3.3	38	76	4	135	35	8	14	42	1.75
2648847--2648872	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
2649045--2649078	18	1.9	17	94	5	59	44	0	0	55	0.99
2650565--2650611	21	2.3	21	85	3	60	34	6	6	53	1.52
2652843--2652892	14	3.6	14	76	13	50	40	0	4	56	1.18
2653233--2653417	40	4.6	39	83	5	203	23	21	28	26	1.99
2653286--2653450	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
2661415--2661599	40	4.7	39	80	9	205	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666130--2666398	49	5.7	47	77	9	235	27	18	30	23	1.98
2671078--2671130	25	2.1	25	86	6	72	18	18	3	58	1.54
2675753--2675808	24	2.3	24	87	0	76	39	7	7	46	1.59
2685156--2685189	18	1.9	17	88	5	50	50	14	11	23	1.76
2685177--2685301	6	20.3	6	67	16	60	48	11	20	20	1.80
2685194--2685289	31	3.1	31	85	5	131	44	10	22	21	1.83
2685198--2685301	31	3.4	30	81	5	109	47	10	21	21	1.80
2686165--2686218	27	2.0	27	85	3	74	37	20	20	22	1.95
2686223--2686310	27	3.3	27	80	1	97	27	22	14	35	1.93
2695679--2695730	24	2.2	24	92	0	86	36	3	7	51	1.49
2698130--2698158	15	2.0	15	93	6	51	51	0	27	20	1.47
2699596--2699642	24	2.0	24	100	0	94	53	8	8	29	1.61
2716381--2716450	21	3.2	21	66	18	61	40	25	14	20	1.90
2716369--2716464	45	2.2	44	94	3	167	38	26	12	22	1.90
2716369--2716436	21	3.0	23	65	18	61	38	23	14	23	1.92
2716387--2716462	21	3.5	21	67	22	57	38	27	13	21	1.90
2725835--2725922	43	2.0	43	84	0	113	57	7	13	20	1.61
2729183--2730099	40	22.9	40	97	0	1667	29	22	27	20	1.98
2747139--2747426	40	7.1	39	81	8	258	24	21	28	25	1.99
2765791--2765897	22	4.8	22	78	10	119	36	18	20	24	1.95
2765791--2765897	44	2.4	44	92	4	171	36	18	20	24	1.95
2781263--2781382	43	2.8	41	77	13	118	25	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786129--2786336	55	3.8	53	76	11	199	36	16	24	23	1.94
2786136--2786336	108	1.8	110	86	6	293	35	16	24	23	1.95
2786575--2786605	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
2791884--2791924	19	2.2	19	100	0	82	48	21	14	14	1.80
2796232--2797104	47	18.6	47	98	0	1665	29	29	8	32	1.87
2797329--2797420	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
2797310--2797470	40	4.1	40	79	10	170	23	27	22	25	2.00
2801470--2801622	40	3.8	40	92	0	243	27	28	20	24	1.99
2802515--2802591	38	2.0	38	94	0	136	41	19	14	24	1.89
2805493--2805530	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
2807361--2807411	20	2.7	20	87	6	79	52	0	0	47	1.00
2815165--2815204	21	2.0	20	85	14	55	40	0	12	47	1.41
2815604--2815686	26	3.2	27	83	6	109	13	21	24	40	1.89
2815638--2815819	73	2.5	71	74	7	175	19	24	20	35	1.95
2821101--2821197	24	4.0	25	78	4	90	32	20	25	20	1.97
2821158--2821206	24	2.1	24	88	3	73	38	22	22	16	1.92
2821296--2821353	26	2.2	26	84	0	71	34	18	25	20	1.96
2821903--2821931	13	2.2	13	100	0	58	24	13	0	62	1.32
2823767--2823816	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
2823864--2823919	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
2823853--2823919	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
2823968--2824225	23	11.2	23	96	1	473	27	20	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2824440--2824503	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
2830676--2830731	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
2830675--2830731	20	2.8	20	97	0	105	35	12	19	33	1.89
2830782--2831544	23	33.1	23	99	0	1499	26	21	21	30	1.99
2831650--2831750	50	2.0	50	96	0	184	22	14	34	27	1.94
2831809--2831872	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
2839054--2839160	25	4.3	25	72	1	90	34	19	24	21	1.96
2839112--2839198	24	3.6	23	75	14	70	39	17	21	21	1.93
2839250--2839309	26	2.3	26	79	0	75	36	20	23	20	1.95
2839264--2839324	26	2.3	26	83	5	70	32	19	26	21	1.97
2839601--2839642	22	2.0	21	85	4	57	50	19	0	30	1.48
2857777--2857822	22	2.0	23	91	8	76	30	28	30	10	1.91
2865157--2865239	36	2.3	36	79	4	87	7	24	3	65	1.35
2865183--2865250	33	2.1	33	81	10	77	11	19	1	67	1.29
2866351--2866407	10	5.3	11	89	10	91	17	0	8	73	1.07
2866351--2866407	21	2.6	22	97	2	107	17	0	8	73	1.07
2870954--2870987	12	2.8	12	95	0	59	61	0	23	14	1.33
2873242--2873368	40	3.2	40	93	1	218	45	14	8	30	1.76
2879181--2879233	22	2.4	22	100	0	106	33	16	15	33	1.90
2880008--2880042	11	3.2	11	87	0	52	68	5	2	22	1.24
2882659--2882696	12	3.2	12	100	0	76	76	7	0	15	1.01
2887544--2887721	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887565--2887720	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2895431--2895488	29	2.0	29	96	0	107	36	24	6	32	1.82
2898700--2898738	18	2.2	18	90	9	62	71	2	20	5	1.17
2900509--2900580	33	2.1	34	89	2	110	38	6	12	41	1.70
2907381--2907405	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
2914508--2914539	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
2916634--2916684	14	3.6	14	80	15	68	74	1	19	3	1.07
2927321--2927438	50	2.3	52	84	5	152	38	12	16	32	1.86
2929750--2929786	19	2.0	18	94	0	56	13	29	16	37	1.87
2931513--2931553	13	3.2	13	86	10	57	56	2	12	29	1.49
2933347--2933425	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
2933559--2934079	47	11.1	47	97	0	938	27	32	8	31	1.87
2937249--2937292	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
2946453--2947087	316	2.0	317	92	1	1069	27	20	23	28	1.99
2948504--2948687	40	4.7	40	84	9	211	24	27	22	25	2.00
2948504--2948687	79	2.3	82	82	11	224	24	27	22	25	2.00
2951405--2951485	40	2.0	40	85	0	108	14	40	18	25	1.89
2958085--2958116	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
2958342--2958532	51	3.8	51	75	15	207	31	26	16	25	1.96
2958340--2958524	101	1.8	102	90	3	302	32	25	17	24	1.97
2958336--2958553	101	2.1	103	80	8	259	30	26	16	26	1.96
2961250--2961298	20	2.5	19	78	15	55	44	8	8	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2962107--2962168	31	2.0	31	96	0	115	37	14	9	38	1.79
2966470--2966664	42	4.7	41	83	11	204	30	25	15	28	1.96
2966470--2966671	84	2.4	83	83	11	227	30	25	15	28	1.96
2989098--2989304	104	2.0	103	96	0	369	30	26	6	36	1.81
2990863--2990898	18	2.1	18	89	5	56	13	16	0	69	1.19
2990942--2990986	22	2.0	22	83	8	56	6	13	4	75	1.15
2992022--2992072	13	4.2	12	80	16	61	27	7	3	60	1.42
2992023--2992066	22	1.9	23	90	9	72	22	6	2	68	1.25
2996322--2996380	23	2.6	23	84	10	84	47	13	16	22	1.82
3000717--3000756	11	3.3	12	82	10	55	35	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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