genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  81  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25509059--25509108	18	2.7	19	81	9	68	46	20	6	28	1.74
25509128--25509174	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
25518834--25518875	17	2.4	19	84	11	54	54	0	2	42	1.13
25528911--25529004	40	2.3	40	88	0	143	27	26	23	22	1.99
25528952--25529057	53	2.0	53	88	3	160	25	26	24	23	2.00
25529005--25529186	40	4.6	40	88	2	258	26	27	24	21	1.99
25528912--25529097	93	2.0	93	100	0	372	26	26	23	22	2.00
25530399--25530514	60	1.9	60	96	0	214	20	26	12	40	1.88
25537151--25537408	40	6.5	40	89	2	351	26	28	22	22	1.99
25538621--25538715	50	1.9	50	97	0	181	21	28	13	36	1.91
25545152--25545452	47	6.4	47	90	0	451	32	8	30	28	1.86
25545571--25545649	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
25559572--25559711	53	2.6	52	85	4	181	33	18	26	21	1.96
25564492--25565237	47	15.6	47	93	2	1109	28	29	8	33	1.87
25564492--25565237	96	7.8	95	92	2	1117	28	29	8	33	1.87
25564520--25565224	49	14.8	42	91	4	467	28	29	9	32	1.88
25566503--25566766	85	3.1	85	99	0	519	26	27	8	37	1.85
25568046--25568222	40	4.4	40	91	1	259	23	22	28	25	1.99
25576409--25576508	51	2.0	51	88	4	148	32	29	17	22	1.96
25581759--25581876	45	2.7	46	82	6	163	26	16	28	27	1.97
25582146--25582348	38	5.4	37	84	5	203	23	20	24	31	1.98
25582173--25582376	38	5.4	38	88	1	275	22	20	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25582374--25582545	45	3.9	45	80	7	174	23	22	28	25	1.99
25586720--25586943	50	4.6	49	79	9	194	26	18	29	25	1.98
25586720--25586899	100	1.8	96	85	4	252	27	18	28	25	1.98
25596727--25596772	20	2.3	21	82	14	62	58	15	19	6	1.58
25610388--25610586	51	3.9	51	88	1	301	29	23	14	33	1.94
25610614--25610704	28	3.4	28	79	11	109	26	19	16	37	1.93
25610622--25610700	24	3.1	25	82	10	97	24	20	16	39	1.92
25616494--25616573	37	2.2	37	93	0	142	32	17	13	36	1.89
25617497--25617683	27	6.9	27	75	7	173	25	16	17	40	1.90
25617497--25617684	81	2.3	81	78	7	193	26	16	17	40	1.90
25618542--25618607	27	2.4	27	87	0	96	31	15	19	33	1.93
25618853--25618895	22	2.0	22	90	0	68	11	32	25	30	1.91
25620219--25620376	43	3.7	43	81	5	167	26	15	25	32	1.95
25624573--25624599	11	2.5	11	100	0	54	18	7	11	62	1.50
25624939--25624997	20	3.0	20	79	0	64	44	13	10	32	1.77
25626224--25626291	29	2.3	29	89	0	100	14	5	33	45	1.69
25626756--25626788	17	1.9	17	88	11	50	33	3	21	42	1.68
25627440--25627683	75	3.2	75	91	2	391	29	15	18	36	1.91
25627410--25627683	75	3.6	75	89	1	388	29	16	18	35	1.93
25629775--25629856	42	1.9	43	92	2	139	42	24	10	21	1.85
25629775--25629833	22	2.8	21	70	7	57	44	27	10	18	1.82
25635849--25635888	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25635854--25635896	21	2.1	21	83	12	54	32	0	20	46	1.51
25638121--25638218	42	2.3	42	81	8	119	24	16	26	32	1.96
25645890--25645946	30	1.9	30	85	0	78	36	8	19	35	1.83
25646759--25647181	54	7.9	54	95	1	742	36	16	24	22	1.94
25649076--25649105	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
25653784--25653862	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
25653981--25654595	47	13.1	47	96	0	1059	28	29	8	32	1.88
25661311--25661374	28	2.3	28	89	5	94	18	17	35	28	1.93
25661691--25661924	27	8.7	27	78	8	185	38	20	11	29	1.88
25661691--25661869	54	3.3	54	86	0	250	38	22	10	28	1.87
25661691--25661921	54	4.3	54	82	6	240	38	20	10	29	1.87
25662396--25662421	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
25667942--25668048	27	3.9	28	83	3	112	33	20	23	22	1.97
25675024--25675098	36	2.1	36	97	0	141	32	0	20	48	1.50
25677944--25678119	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
25677941--25678112	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
25685520--25685881	46	7.8	46	76	13	357	20	19	29	30	1.97
25685566--25685827	47	5.6	47	79	12	324	20	19	29	30	1.98
25685517--25685874	93	3.8	93	97	0	664	20	19	29	30	1.97
25700797--25701082	40	7.2	40	91	1	421	25	27	21	25	1.99
25702364--25703206	37	22.8	37	99	0	1641	24	32	19	24	1.97
25712366--25712542	40	4.5	40	89	4	227	23	28	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25712366--25712542	79	2.2	80	85	5	227	23	28	25	23	2.00
25714671--25714848	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
25714692--25714847	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
25728277--25728329	26	2.0	26	100	0	106	39	15	26	18	1.90
25728363--25728401	16	2.4	17	86	4	53	71	10	17	0	1.12
25731656--25731898	40	6.1	40	82	0	256	33	18	26	21	1.96
25731681--25731740	20	3.0	20	65	11	52	26	18	33	21	1.96
25731667--25731899	120	2.0	118	85	3	315	34	18	26	20	1.96
25744517--25744586	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25744517--25744614	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25751410--25751632	40	5.6	40	95	1	376	21	23	29	26	1.99
25769246--25769293	24	2.0	24	92	8	80	8	27	22	41	1.82
25775005--25775045	15	2.7	15	96	3	73	24	7	12	56	1.61
25776178--25776288	56	2.0	56	87	3	161	27	13	24	34	1.93
25776957--25776986	6	5.0	6	91	0	51	0	0	36	63	0.95
25779137--25779259	39	3.1	39	79	6	131	32	15	27	24	1.95
25781692--25781742	25	2.0	25	88	0	75	31	27	17	23	1.97
25786253--25786334	39	2.1	40	97	2	157	32	18	19	29	1.95
25799893--25800313	221	1.9	221	99	0	833	31	21	13	34	1.91
25809290--25809384	25	3.8	25	80	1	111	31	21	22	25	1.98
25809303--25809412	50	2.2	50	83	0	130	31	20	20	26	1.98
25809319--25809412	25	3.8	24	80	5	98	34	19	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25809283--25809419	25	5.5	25	75	7	91	32	20	21	25	1.98
25819096--25819273	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25819117--25819272	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25827470--25827647	27	6.6	27	83	3	205	30	28	14	26	1.95
25827490--25827646	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
25836586--25836658	27	2.6	28	76	8	87	35	38	13	12	1.83
25841302--25841340	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
25845533--25845574	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
25851749--25851809	29	2.1	29	93	0	104	26	16	18	39	1.91
25858259--25858425	43	3.9	42	74	9	140	33	26	17	22	1.96
25858456--25858520	32	2.0	32	96	0	121	26	23	15	35	1.94
25860665--25860765	24	4.2	24	92	0	148	33	1	39	24	1.67
25861384--25861482	23	4.3	23	84	5	110	31	26	19	23	1.98
25865939--25865980	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
25872155--25872215	29	2.1	29	93	0	104	26	16	18	39	1.91
25880127--25880196	30	2.4	29	79	15	81	70	4	21	4	1.23
25886349--25886558	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
25886296--25886558	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
25886297--25886593	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
25894301--25894510	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
25894301--25894545	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
25898160--25898198	20	2.0	20	84	0	51	30	33	20	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25898962--25899007	22	2.1	22	91	0	74	41	15	8	34	1.78
25901140--25901444	40	7.6	40	89	4	305	25	22	27	24	2.00
25901341--25901471	40	3.3	40	100	0	262	24	25	28	22	1.99
25901500--25901912	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
25903199--25903254	28	1.9	29	82	7	69	30	1	25	42	1.65
25906791--25906863	24	3.2	24	62	18	64	28	17	4	49	1.65
25906782--25906874	45	2.1	45	97	0	177	26	18	3	51	1.61
25916393--25916435	21	2.0	21	82	8	52	65	2	2	30	1.18
25919762--25919903	51	2.8	51	88	2	225	42	13	14	28	1.84
25921678--25921732	28	1.9	29	82	10	69	7	21	1	69	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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