genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7827859--7828050	47	4.1	47	88	0	276	26	31	9	31	1.89
7828051--7828764	353	2.0	353	99	0	1403	33	21	10	35	1.87
7835406--7835494	41	2.2	41	95	0	160	38	8	11	41	1.72
7838010--7838123	56	2.0	56	96	0	210	31	10	17	40	1.84
7839566--7839605	17	2.4	17	91	0	62	37	15	2	45	1.59
7841899--7841967	34	2.0	34	100	0	138	28	14	11	44	1.80
7843370--7843415	22	2.0	22	83	4	56	23	15	10	50	1.75
7845145--7845391	50	4.8	50	82	7	223	29	21	26	22	1.99
7853345--7853435	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
7853449--7853850	47	8.6	47	90	0	579	25	27	12	34	1.92
7853415--7853881	141	3.3	141	86	0	585	25	28	11	33	1.92
7863311--7863402	11	8.7	11	71	17	70	58	0	4	36	1.18
7863340--7863402	23	2.7	23	78	4	74	58	0	4	36	1.19
7863332--7863402	34	2.1	34	97	0	133	61	0	5	32	1.19
7863387--7863431	17	2.6	17	86	10	56	62	0	0	37	0.96
7863386--7863418	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
7863340--7863402	11	5.5	11	81	5	72	58	0	4	36	1.19
7865988--7866030	23	1.9	22	85	4	59	60	11	0	27	1.31
7873778--7873814	18	2.0	19	89	5	58	45	5	16	32	1.70
7881051--7881080	6	4.8	6	95	4	51	0	20	0	80	0.72
7883025--7883062	15	2.5	15	95	0	67	21	23	0	55	1.44
7883246--7883283	15	2.5	15	95	0	67	21	23	0	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7882915--7884013	221	5.0	221	97	0	2011	25	17	11	46	1.81
7883467--7883504	15	2.5	15	95	0	67	21	23	0	55	1.44
7883688--7883725	15	2.5	15	95	0	67	21	23	0	55	1.44
7883909--7883946	15	2.5	15	95	0	67	21	23	0	55	1.44
7891008--7891131	50	2.5	50	83	0	158	33	22	24	20	1.97
7891373--7891411	20	2.0	20	85	10	53	56	5	20	17	1.60
7894619--7894763	41	3.5	41	85	0	182	19	21	25	33	1.97
7910005--7910029	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
7922246--7922465	45	4.9	45	85	2	284	34	24	15	26	1.94
7935431--7935469	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
7935773--7935905	50	2.5	53	85	9	175	24	29	20	26	1.99
7935773--7935906	56	2.5	51	85	9	173	23	29	20	26	1.99
7936984--7937059	37	2.1	37	97	0	143	36	11	11	39	1.79
7945253--7945306	24	2.2	26	83	6	67	35	3	5	55	1.41
7953281--7953327	24	2.0	24	87	4	69	65	0	10	23	1.23
7953562--7953616	27	2.0	27	86	6	76	34	3	0	61	1.13
7953630--7953681	27	2.0	26	84	3	68	59	1	7	30	1.36
7953638--7953692	27	2.1	26	83	12	69	60	5	9	25	1.49
7956594--7956714	64	1.9	64	85	0	170	25	19	18	36	1.94
7956690--7956761	25	3.0	23	82	6	81	22	20	18	38	1.93
7956699--7956761	23	2.6	25	82	5	76	22	20	19	38	1.94
7959835--7959873	20	2.0	20	85	10	53	79	0	12	7	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7961286--7961345	19	3.0	19	80	11	59	28	0	1	70	0.97
7964727--7964756	14	2.1	14	93	0	51	16	60	10	13	1.59
7965036--7965079	14	3.1	14	83	0	61	20	52	9	18	1.72
7965350--7965455	44	2.4	44	93	1	176	20	6	29	43	1.77
7966728--7966799	37	1.9	37	100	0	144	38	5	15	40	1.70
7973531--7973557	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7973555--7973592	19	2.0	19	100	0	76	31	15	5	47	1.68
7973819--7973866	14	3.4	14	75	13	53	41	0	0	58	0.98
7973805--7973882	29	2.7	30	77	15	92	42	0	0	57	0.98
7988460--7988503	22	2.0	23	81	4	54	36	9	13	40	1.76
7996428--7996485	31	1.9	30	89	10	91	13	12	10	63	1.51
7997806--7997839	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
8011019--8011303	50	5.6	50	86	2	336	26	20	29	23	1.98
8013565--8013638	36	2.1	36	100	0	148	37	5	24	32	1.78
8022105--8022161	14	4.2	13	75	20	55	40	26	7	26	1.81
8024977--8025050	19	3.9	18	78	16	78	63	1	0	35	1.03
8025018--8025158	30	4.8	28	75	16	117	62	1	2	33	1.19
8025016--8025222	19	10.6	20	67	18	71	62	1	3	31	1.24
8025085--8025119	11	3.2	11	91	0	52	68	0	0	31	0.90
8025016--8025217	10	20.6	10	66	21	81	63	1	3	31	1.22
8026163--8026252	42	2.2	41	93	2	153	27	15	8	47	1.75
8026629--8026694	23	3.0	22	75	20	66	39	7	15	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8026616--8026671	19	2.8	19	86	5	76	42	8	12	35	1.74
8033283--8034835	132	11.7	131	83	4	1789	31	19	23	25	1.98
8033295--8034868	44	35.6	44	63	12	175	31	19	23	25	1.98
8034387--8034925	90	6.0	89	69	10	416	32	19	22	25	1.97
8034584--8034677	47	2.0	47	93	0	161	29	13	25	30	1.94
8034478--8035014	179	3.0	178	90	1	790	31	19	23	25	1.98
8034789--8034882	47	2.0	47	95	0	170	35	19	23	22	1.96
8034836--8035784	132	7.2	132	87	1	1301	30	19	23	26	1.98
8035837--8036020	44	4.2	43	64	20	103	29	21	21	27	1.98
8035636--8035946	162	1.9	162	91	0	505	30	21	22	26	1.99
8035798--8036078	132	2.1	132	94	0	499	30	20	22	26	1.98
8036013--8036121	47	2.4	44	85	8	155	28	18	23	29	1.98
8036032--8036125	47	2.0	47	95	0	170	29	14	26	28	1.95
8035900--8036257	179	2.0	179	91	1	574	30	18	24	27	1.98
8036079--8036447	132	2.8	132	90	1	578	31	17	24	25	1.97
8036513--8036606	47	2.0	47	91	0	152	28	13	26	30	1.94
8036722--8036903	44	4.1	44	63	18	108	32	19	23	24	1.97
8036563--8037005	132	3.4	132	92	1	708	31	19	23	25	1.98
8035969--8036931	484	2.0	483	93	0	1631	31	18	23	26	1.97
8036956--8037322	47	8.0	47	79	9	357	28	16	25	29	1.96
8035798--8037184	311	4.5	311	77	7	1519	31	18	23	26	1.98
8036827--8037231	179	2.3	179	91	0	659	30	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8037006--8038063	132	7.9	132	82	5	1200	30	18	24	26	1.98
8037006--8038083	396	2.7	395	85	3	1385	30	18	24	26	1.98
8041155--8041196	14	2.8	15	78	10	50	69	9	2	19	1.28
8043316--8044062	88	8.5	88	95	0	1266	24	24	23	27	2.00
8043258--8043974	44	16.2	44	66	16	181	23	24	23	27	2.00
8045272--8045303	9	3.8	9	84	16	50	12	12	0	75	1.06
8045272--8045303	16	2.0	16	100	0	64	12	12	0	75	1.06
8046108--8046146	16	2.5	15	84	8	51	2	15	0	82	0.79
8046157--8046247	17	5.4	16	80	17	67	12	1	8	78	1.03
8046158--8046245	9	10.1	9	82	11	112	11	0	7	80	0.90
8046158--8046237	8	9.4	8	84	10	81	11	0	8	80	0.92
8046158--8046245	27	3.4	26	86	9	126	11	0	7	80	0.90
8046253--8046561	44	7.0	44	100	0	618	27	22	22	27	1.99
8047227--8047263	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
8049231--8049457	102	2.2	102	98	0	436	36	14	16	32	1.89
8050270--8050319	22	2.3	22	82	6	57	50	2	10	38	1.48
8054559--8054611	27	1.9	28	84	3	72	47	0	7	45	1.31
8057915--8057957	20	2.1	21	83	12	54	41	0	20	37	1.53
8061486--8061518	14	2.2	16	89	10	52	30	0	3	66	1.06
8066807--8066844	12	3.2	12	82	10	51	34	10	0	55	1.34
8073089--8073161	38	1.9	38	81	10	87	30	12	13	43	1.81
8073250--8073695	44	10.1	44	86	3	567	32	12	24	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073250--8073695	177	2.5	177	86	2	594	32	12	24	30	1.92
8073248--8073695	133	3.4	131	86	4	578	32	12	24	30	1.92
8075171--8075208	12	3.2	12	82	10	51	34	10	0	55	1.34
8076556--8076582	6	4.5	6	100	0	54	37	14	0	48	1.45
8077637--8077674	20	1.9	20	94	0	67	63	10	5	21	1.46
8092874--8092917	17	2.6	17	82	10	54	70	2	27	0	0.99
8092871--8092922	18	2.7	19	77	19	63	73	1	25	0	0.94
8093637--8093671	18	2.1	17	89	10	54	54	0	17	28	1.43
8095968--8096035	32	2.1	32	91	0	109	29	32	4	33	1.77
8096899--8097294	197	2.0	197	92	1	659	36	16	12	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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