genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19188505--19188552	14	3.3	15	82	11	73	31	8	6	54	1.55
19189786--19189823	5	7.4	5	83	16	51	36	0	2	60	1.11
19189786--19189823	16	2.5	15	84	16	51	36	0	2	60	1.11
19195215--19195572	102	3.5	102	88	2	547	32	28	19	18	1.96
19195340--19195391	27	1.9	27	96	0	95	32	32	21	13	1.92
19196520--19196569	21	2.4	21	89	0	82	20	38	24	18	1.93
19200941--19201012	29	2.6	28	85	10	96	29	12	25	33	1.92
19201048--19201188	29	4.9	29	83	0	156	31	15	18	34	1.92
19201048--19201209	58	2.8	58	80	0	173	30	15	19	34	1.93
19201048--19201209	87	1.9	86	84	3	218	30	15	19	34	1.93
19215350--19215391	21	2.0	20	86	13	59	19	9	50	21	1.75
19215948--19215981	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
19218207--19218535	164	2.0	164	100	0	658	27	19	17	34	1.95
19225765--19225810	22	2.0	23	91	4	76	56	2	2	39	1.24
19228435--19228470	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
19236346--19236380	18	1.9	18	94	0	61	31	0	37	31	1.58
19236349--19236390	21	2.0	21	85	0	57	35	0	33	30	1.58
19236792--19236825	17	2.0	17	88	0	50	20	17	5	55	1.62
19243553--19243983	144	3.0	144	93	1	740	31	14	19	34	1.92
19247159--19247206	25	1.9	25	82	0	60	33	27	14	25	1.94
19247166--19247253	25	3.5	25	84	6	99	32	27	14	25	1.95
19248966--19249018	25	2.1	25	85	0	70	26	22	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19265159--19265200	21	2.0	21	90	4	66	57	26	0	16	1.40
19267402--19267464	18	3.6	18	71	4	65	42	4	15	36	1.69
19267398--19267468	35	2.0	35	94	0	124	43	5	18	32	1.73
19277638--19277693	7	7.7	7	76	7	58	60	0	0	39	0.97
19277645--19277691	15	3.1	15	78	3	58	63	0	0	36	0.94
19279225--19279291	30	2.3	28	87	10	91	61	1	0	37	1.05
19287319--19287494	46	3.8	46	83	1	210	29	18	19	32	1.96
19287320--19287494	92	1.9	92	85	2	244	29	18	19	32	1.95
19289260--19289315	28	2.0	28	92	0	94	30	23	1	44	1.63
19291786--19291817	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
19292045--19292235	51	3.8	50	80	4	231	31	27	15	25	1.96
19292043--19292227	101	1.8	102	89	3	293	31	27	16	24	1.96
19292036--19292261	101	2.2	102	82	3	278	30	28	15	25	1.96
19300374--19300406	17	1.9	17	88	11	50	18	9	3	69	1.28
19303117--19303206	35	2.6	35	84	10	105	40	17	15	26	1.90
19303144--19303218	35	2.1	35	83	9	91	45	16	12	26	1.82
19318796--19318835	19	2.1	19	85	0	53	25	15	7	52	1.68
19322898--19322941	18	2.4	18	88	0	61	40	38	2	18	1.63
19323037--19323113	9	8.6	8	83	13	64	25	7	22	44	1.79
19323036--19323113	18	4.3	18	90	3	113	25	7	21	44	1.79
19323037--19323114	27	2.9	27	84	7	97	25	7	21	44	1.79
19323311--19323343	16	2.1	16	100	0	66	33	24	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19325676--19325771	39	2.5	38	74	17	90	60	3	6	30	1.37
19325695--19325768	20	3.7	20	73	8	62	58	4	8	29	1.46
19326043--19326101	21	2.8	21	75	14	59	5	10	6	77	1.10
19327767--19327825	27	2.2	27	78	3	66	32	1	1	64	1.13
19332257--19332338	41	2.0	41	80	4	94	17	21	23	37	1.93
19346425--19346459	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
19347325--19347358	17	2.0	17	94	0	59	44	35	14	5	1.70
19351383--19351428	24	1.9	24	100	0	92	41	13	8	36	1.75
19353032--19353148	54	2.2	54	81	3	146	29	28	17	25	1.97
19378820--19378860	22	1.9	22	85	14	59	56	21	0	21	1.43
19381195--19381225	11	2.8	11	95	0	53	6	45	9	38	1.63
19400529--19400699	51	3.4	51	90	1	245	29	24	12	32	1.93
19400595--19400672	25	3.1	25	64	29	65	30	23	12	33	1.92
19408075--19408397	51	6.4	50	80	7	339	30	24	14	30	1.94
19408107--19408401	102	2.9	102	92	1	486	30	23	15	30	1.95
19408108--19408393	153	1.9	152	86	3	405	30	23	15	30	1.95
19411128--19411212	20	4.2	20	66	0	53	20	27	20	32	1.97
19411117--19411196	40	2.0	40	85	0	106	22	27	20	30	1.98
19433882--19433932	19	2.7	19	84	0	75	17	7	15	58	1.60
19442071--19442098	12	2.3	12	100	0	56	46	14	0	39	1.44
19456608--19456666	31	1.9	31	100	0	118	20	23	23	32	1.98
19457267--19457306	11	3.5	12	90	10	66	20	27	0	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19457256--19457306	22	2.3	23	90	6	79	21	25	0	52	1.47
19457471--19457511	19	2.0	21	90	9	68	24	4	0	70	1.06
19457481--19457526	10	4.6	10	78	10	58	26	2	0	71	0.97
19459047--19459089	18	2.4	18	88	0	59	23	27	9	39	1.85
19459428--19459621	93	2.1	92	97	0	361	35	2	5	57	1.35
19459569--19459623	25	2.2	24	75	12	58	40	0	5	54	1.23
19462678--19463075	126	3.2	125	88	2	593	28	17	16	37	1.92
19463125--19463237	33	3.5	32	83	5	129	45	13	0	40	1.49
19465495--19465556	13	4.8	13	85	0	79	33	8	14	43	1.75
19470993--19471088	41	2.3	41	81	0	102	38	26	13	21	1.91
19471013--19471167	66	2.3	66	84	4	186	36	28	17	17	1.92
19471065--19471124	25	2.4	25	91	0	93	36	30	18	15	1.91
19471096--19471202	41	2.7	40	81	9	123	34	28	21	15	1.94
19471132--19471229	38	2.5	38	85	5	115	35	28	19	16	1.93
19475566--19475618	26	2.0	26	100	0	106	49	32	0	18	1.48
19475572--19475615	13	3.4	13	74	0	52	54	27	0	18	1.44
19476757--19476991	41	5.9	41	82	2	212	35	27	19	17	1.94
19476854--19477045	38	5.0	38	83	1	186	34	30	21	14	1.92
19476854--19477045	76	2.5	77	82	2	233	34	30	21	14	1.92
19482851--19483123	147	1.9	147	92	1	467	36	20	10	32	1.88
19486674--19486762	38	2.2	40	88	5	128	49	5	3	41	1.43
19487791--19487829	19	1.9	19	85	10	51	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19489444--19489483	20	2.1	19	85	4	53	55	5	2	37	1.35
19494734--19494781	24	2.0	24	84	8	62	22	22	4	50	1.67
19495633--19495676	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
19497394--19497458	32	2.0	32	82	5	78	32	15	13	38	1.87
19498107--19498145	19	2.1	19	85	9	53	58	2	20	17	1.50
19501692--19501754	30	2.1	30	90	0	99	25	1	14	58	1.45
19501837--19501877	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
19501878--19501910	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
19510729--19510844	48	2.4	48	88	2	171	24	17	32	25	1.96
19515361--19515538	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19515362--19515517	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19515358--19515538	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19523551--19523728	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19523552--19523707	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19523548--19523728	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19531176--19531217	16	2.6	16	85	7	59	50	0	0	50	1.00
19532667--19532737	3	23.7	3	97	0	133	64	1	33	0	1.02
19534006--19534072	5	13.4	5	83	16	70	77	1	20	0	0.85
19534008--19534061	28	1.9	28	96	0	99	81	1	16	0	0.78
19537392--19537906	31	16.7	31	86	2	644	43	16	8	31	1.78
19550008--19550433	78	5.5	77	84	2	519	17	17	32	33	1.93
19550008--19550433	117	3.6	116	82	3	505	17	17	32	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19550009--19550433	39	10.9	38	83	3	454	17	17	32	33	1.93
19555429--19556325	299	3.0	299	87	1	1234	32	17	19	30	1.94
19558302--19558345	23	1.9	23	90	9	72	11	9	38	40	1.73
19558300--19558351	23	2.3	23	80	6	70	13	13	36	36	1.84
19558325--19558612	39	7.4	39	78	1	254	17	18	31	33	1.93
19558325--19558566	117	2.1	117	81	3	281	16	18	31	33	1.93
19560176--19561056	440	2.0	440	95	0	1564	32	14	22	30	1.94
19564102--19564694	299	2.0	299	89	2	904	32	16	18	32	1.94
19565881--19566167	50	5.8	50	84	6	361	27	21	31	19	1.97
19565885--19566167	100	2.9	99	89	2	410	27	21	31	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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