genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  89  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28299982--28300217	44	5.4	44	79	4	219	16	19	16	47	1.83
28300011--28300217	43	4.8	44	78	2	211	15	19	16	48	1.81
28305134--28305174	19	2.2	18	86	4	55	31	21	7	39	1.81
28305283--28305449	79	2.1	79	95	2	300	32	5	16	46	1.69
28307058--28307117	27	2.3	27	94	2	104	45	3	0	51	1.17
28307411--28307445	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
28307436--28307465	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
28307471--28307559	45	2.0	45	97	0	169	44	0	14	40	1.45
28309234--28309295	18	3.5	18	73	4	63	45	1	12	40	1.52
28309220--28309307	35	2.5	35	88	3	131	48	1	13	36	1.50
28309967--28310026	26	2.3	27	88	2	86	51	0	5	43	1.23
28310443--28310514	22	3.2	23	77	11	78	41	0	5	52	1.24
28310450--28310572	23	5.1	22	70	25	79	42	0	4	53	1.19
28310487--28310556	32	2.2	33	86	2	106	38	0	2	58	1.13
28310450--28310518	21	3.1	23	80	11	74	44	0	4	50	1.21
28310473--28310556	33	2.5	33	84	11	107	38	0	3	58	1.16
28310510--28310586	22	3.6	21	81	10	66	42	0	2	54	1.14
28310536--28310586	23	2.3	22	83	12	68	49	0	1	49	1.12
28310631--28310679	21	2.4	21	81	15	59	36	0	0	63	0.95
28310629--28310672	9	4.4	9	81	18	52	31	0	0	68	0.90
28310636--28310679	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
28311238--28311263	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28312140--28312164	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
28318810--28318887	7	10.9	7	73	18	54	73	0	5	21	1.03
28318809--28318887	17	4.3	20	70	25	68	73	0	5	21	1.02
28318821--28318889	16	4.6	14	76	18	59	75	0	4	20	0.97
28319848--28319924	39	2.0	39	97	0	145	27	12	27	32	1.93
28324783--28324855	32	2.3	32	95	0	128	17	23	21	36	1.94
28329737--28329999	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
28329737--28329999	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
28329931--28330008	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28337723--28337866	40	3.6	40	82	10	152	27	27	20	24	1.99
28340980--28341019	20	2.0	19	85	9	53	40	0	0	60	0.97
28341418--28341461	18	2.5	18	78	14	56	50	15	13	20	1.78
28341900--28341964	13	5.1	13	74	10	62	38	23	6	32	1.79
28343485--28343591	25	4.3	25	79	1	108	31	19	28	20	1.97
28348636--28348804	86	2.0	86	95	0	302	33	7	23	34	1.84
28355389--28355464	29	2.6	29	77	8	82	39	14	18	27	1.90
28366161--28366205	19	2.3	19	88	3	63	33	20	6	40	1.78
28368508--28368544	9	4.1	9	92	0	65	35	13	10	40	1.80
28374343--28374780	44	9.7	44	75	9	344	32	19	19	28	1.96
28376664--28376730	31	2.2	31	88	0	107	31	17	7	43	1.77
28378210--28378269	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
28378483--28378519	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28390821--28391350	266	2.0	266	86	0	745	28	11	21	38	1.88
28392658--28392712	22	2.5	22	76	5	58	41	16	23	18	1.89
28392728--28392918	32	6.0	32	86	0	238	39	18	19	22	1.93
28392725--28392917	96	2.0	96	87	0	278	39	18	19	22	1.92
28392919--28392984	26	2.5	27	82	4	91	37	27	15	19	1.92
28392986--28393045	27	2.2	27	85	11	79	33	21	23	21	1.97
28393114--28393166	24	2.2	24	89	0	79	47	20	7	24	1.76
28393128--28393176	24	2.0	24	92	0	80	46	20	6	26	1.73
28393213--28393272	27	2.2	27	82	5	77	25	18	20	36	1.94
28394334--28394389	3	18.7	3	78	7	60	33	5	0	60	1.19
28394413--28394454	21	2.0	21	86	9	59	33	4	7	54	1.49
28394640--28394683	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
28394743--28394784	16	2.6	16	84	0	57	45	7	2	45	1.44
28397381--28397406	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
28398454--28399198	186	4.0	186	99	0	1472	28	23	21	26	1.99
28401844--28402075	44	5.3	44	63	12	125	25	28	23	21	1.99
28401835--28402141	88	3.5	88	90	1	472	28	26	23	21	1.99
28401835--28402182	88	4.0	88	86	3	288	27	27	23	21	1.99
28402152--28402273	44	2.8	43	90	5	174	26	18	27	28	1.98
28402327--28402439	50	2.3	51	80	6	124	27	23	21	27	1.99
28402770--28403019	133	1.9	127	80	11	283	28	19	24	28	1.98
28402944--28403085	40	3.5	40	73	11	151	23	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28402903--28403094	84	2.3	84	99	0	375	25	20	23	30	1.99
28403067--28403189	45	2.7	45	91	0	183	27	24	24	23	2.00
28402765--28403223	44	10.5	45	72	11	253	29	21	22	26	1.99
28404389--28404444	3	18.7	3	74	7	51	32	7	0	60	1.24
28414355--28414412	26	2.2	26	81	6	64	27	3	5	63	1.31
28414345--28414410	27	2.5	25	75	20	62	25	4	4	65	1.31
28414720--28414761	22	1.9	22	100	0	84	28	33	0	38	1.58
28414771--28414821	22	2.3	22	86	6	68	31	31	0	37	1.58
28414855--28414921	31	2.2	31	91	5	109	34	1	0	64	1.03
28417566--28417843	68	4.1	68	97	0	515	46	8	5	39	1.57
28417664--28417691	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28417732--28417759	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28417822--28417884	23	2.7	23	78	7	65	44	3	3	49	1.34
28420559--28420603	19	2.4	19	85	3	65	42	8	15	33	1.78
28420664--28420705	21	2.0	21	86	9	59	45	0	0	54	0.99
28424635--28424671	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28424724--28424754	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28426150--28426187	4	9.5	4	94	0	67	26	0	23	50	1.50
28427827--28427871	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
28428453--28428625	42	4.1	42	91	0	267	30	19	21	28	1.98
28435286--28435330	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
28435905--28436076	42	4.1	42	93	0	292	29	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28437367--28437578	25	8.5	25	78	8	180	26	14	21	37	1.92
28437340--28437572	75	3.1	75	78	9	217	29	13	20	36	1.91
28439981--28440043	27	2.3	28	86	2	83	26	28	22	22	1.99
28440698--28441235	268	2.0	267	90	1	835	35	12	19	32	1.89
28441800--28441851	19	2.7	19	79	8	61	59	3	0	36	1.16
28441779--28441851	20	3.7	20	80	9	69	61	5	0	32	1.19
28441863--28441905	19	2.3	19	88	8	61	74	2	2	20	1.04
28442746--28442805	11	5.5	11	78	7	59	33	0	5	61	1.17
28442783--28442808	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
28449035--28449072	19	2.0	20	89	5	60	31	0	5	63	1.17
28449420--28449450	13	2.4	13	88	0	53	90	0	9	0	0.46
28450064--28450115	22	2.4	22	90	0	86	40	9	21	28	1.84
28453376--28453462	43	2.0	43	97	0	165	56	8	14	20	1.64
28453593--28453638	24	2.0	24	82	4	58	36	0	4	58	1.18
28454214--28454284	34	2.1	34	94	0	124	46	9	9	33	1.70
28458666--28458697	15	2.0	17	88	11	50	43	3	6	46	1.44
28464326--28464642	160	2.0	159	83	1	393	30	19	17	32	1.95
28471822--28471876	17	3.2	17	78	14	60	72	1	5	20	1.13
28471820--28471876	30	1.9	30	85	7	80	73	1	5	19	1.11
28471981--28472014	16	2.1	16	100	0	68	35	17	11	35	1.87
28472952--28472982	8	3.9	8	100	0	62	51	25	0	22	1.48
28475190--28475247	13	4.7	13	72	12	59	77	5	0	17	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28475188--28475248	19	3.3	19	86	9	99	77	4	0	18	0.95
28475192--28475247	17	3.2	17	90	9	94	76	5	0	17	0.96
28477274--28477363	31	3.0	30	81	1	99	24	33	22	20	1.97
28478573--28479249	46	14.8	46	77	4	462	33	4	22	39	1.76
28478509--28478978	252	1.9	252	89	0	742	34	4	22	38	1.75
28478540--28479231	23	30.1	23	72	7	406	33	4	22	39	1.75
28479798--28479830	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
28483350--28483382	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
28485974--28486317	45	7.6	45	77	9	272	43	15	19	21	1.88
28485974--28486341	91	4.1	90	73	9	311	44	15	19	21	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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