genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  80  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25205271--25205545	70	3.9	70	97	0	505	35	20	13	31	1.90
25209099--25209139	19	2.2	20	91	8	68	70	0	29	0	0.87
25210662--25210686	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
25210664--25210774	45	2.5	45	84	0	168	19	20	18	40	1.92
25210641--25210778	45	2.9	49	78	11	151	18	21	20	39	1.92
25210942--25211334	18	21.1	18	72	13	224	34	11	16	38	1.84
25211084--25211321	97	2.4	97	96	1	431	34	10	15	39	1.82
25211186--25211304	62	1.9	61	86	1	166	33	10	15	40	1.81
25214898--25214935	19	2.0	19	85	10	51	21	18	21	39	1.93
25220863--25220900	20	1.9	20	84	10	51	36	7	18	36	1.80
25221479--25221611	67	2.0	67	92	0	221	28	24	12	34	1.92
25223693--25223801	43	2.5	43	85	2	148	32	26	16	24	1.96
25224000--25224041	20	2.1	21	86	8	61	71	4	0	23	1.05
25225019--25225052	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
25229503--25229607	7	14.7	7	69	16	56	40	40	0	19	1.51
25229503--25229581	15	5.4	14	72	6	59	37	41	0	20	1.52
25229662--25229715	7	7.7	7	78	0	54	48	25	0	25	1.52
25229662--25229720	14	4.2	14	77	0	64	49	23	0	27	1.51
25229878--25230096	41	5.4	41	88	2	325	21	24	21	32	1.98
25230012--25230139	42	3.0	43	83	5	120	21	23	17	37	1.94
25229878--25230138	123	2.1	123	83	5	332	21	24	20	34	1.97
25234324--25234378	27	2.0	27	100	0	110	45	21	7	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25234375--25234407	16	2.1	16	88	11	50	57	27	6	9	1.53
25235356--25235562	108	1.9	107	81	4	247	22	25	21	30	1.98
25236468--25236531	33	2.0	32	87	3	92	23	15	7	53	1.68
25237117--25237146	14	2.1	14	100	0	60	43	13	16	26	1.85
25240399--25240431	14	2.3	15	89	5	50	24	15	6	54	1.63
25243449--25243473	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
25244986--25245043	18	3.3	17	80	4	53	46	5	18	29	1.71
25244996--25245043	17	2.7	18	80	6	53	47	6	16	29	1.71
25247224--25247301	31	2.5	31	95	2	140	26	26	19	26	1.99
25247325--25247416	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
25247561--25247735	26	6.8	26	90	0	255	28	22	21	27	1.99
25247561--25247735	52	3.4	52	93	1	291	28	22	21	27	1.99
25247785--25247860	20	3.9	20	88	8	104	32	19	10	36	1.86
25248557--25248621	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
25248652--25248984	27	12.3	27	78	5	208	30	8	21	39	1.83
25248737--25248970	54	4.4	53	84	3	245	28	8	21	41	1.82
25248763--25248970	80	2.6	81	85	3	251	28	8	22	40	1.83
25248654--25248984	54	6.1	53	75	8	236	29	8	21	40	1.83
25248963--25249225	27	9.7	27	88	0	355	39	9	22	28	1.85
25250702--25250743	14	3.1	13	83	16	50	16	0	4	78	0.91
25260732--25260764	6	5.5	6	86	13	50	15	0	0	84	0.61
25260731--25260764	11	2.8	12	91	8	52	14	0	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25262504--25262538	6	5.8	6	90	9	54	17	0	0	82	0.66
25264386--25264592	103	2.0	103	93	1	353	24	25	20	29	1.99
25265126--25265181	28	2.0	28	100	0	112	46	14	10	28	1.78
25266145--25266187	14	2.8	16	86	10	54	30	2	4	62	1.28
25268069--25268107	19	2.1	19	100	0	78	41	20	10	28	1.85
25276180--25276250	37	1.9	37	91	0	115	33	29	14	22	1.93
25276504--25276615	56	2.0	57	92	5	192	34	25	21	18	1.96
25284712--25284752	21	2.0	21	95	0	73	24	31	14	29	1.95
25284713--25284767	21	2.6	21	85	8	67	25	32	14	27	1.95
25286012--25286079	34	2.0	34	97	0	127	7	32	5	54	1.52
25297879--25298000	60	2.0	60	96	0	226	13	6	39	40	1.70
25299993--25301100	49	22.6	49	97	1	2005	32	7	28	30	1.85
25305238--25305276	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
25312978--25313117	37	3.8	36	95	1	244	24	32	20	22	1.98
25313258--25313499	48	5.0	48	97	0	439	30	28	6	34	1.82
25317035--25317191	28	5.5	28	74	6	136	31	29	17	21	1.96
25317062--25317163	29	3.6	29	77	7	109	30	31	15	22	1.95
25317038--25317195	57	2.8	57	90	0	226	31	29	17	21	1.96
25317223--25317473	40	6.3	40	94	0	430	26	28	20	24	1.99
25317608--25317659	26	2.0	26	96	0	95	28	25	3	42	1.72
25318789--25318928	37	3.8	37	94	0	235	25	30	19	25	1.98
25319069--25319358	48	6.0	48	95	0	517	31	28	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25322591--25322672	26	3.2	26	92	0	146	35	26	6	31	1.81
25329480--25329575	48	2.0	48	95	0	174	27	16	33	22	1.96
25335448--25335523	31	2.5	31	95	0	134	15	28	31	23	1.96
25342688--25342817	60	2.2	60	83	8	158	30	17	24	27	1.97
25343488--25343520	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
25346834--25346870	13	2.8	13	84	15	58	13	8	2	75	1.13
25349982--25350051	35	2.0	35	88	0	104	20	37	25	17	1.94
25364179--25364400	40	5.6	40	89	1	322	22	22	26	28	1.99
25364523--25364603	40	2.0	40	97	0	153	33	23	19	23	1.97
25372300--25372522	40	5.6	40	90	2	333	22	22	26	28	1.99
25376961--25377031	37	1.9	38	91	5	119	21	22	8	47	1.77
25387248--25387286	16	2.5	15	84	8	51	53	0	2	43	1.14
25387253--25387294	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
25387349--25387406	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
25395136--25395171	7	5.3	7	93	6	56	16	50	0	33	1.46
25395136--25395171	13	2.7	13	91	4	54	16	50	0	33	1.46
25397902--25398033	69	1.9	70	88	1	203	32	12	17	37	1.87
25398792--25398975	39	4.7	40	89	2	205	21	21	27	28	1.99
25398821--25398975	39	3.9	39	89	0	220	20	21	28	29	1.98
25406282--25406396	43	2.7	43	81	4	117	24	20	26	29	1.99
25408938--25408979	21	2.0	20	86	4	57	71	11	7	9	1.31
25410951--25410976	12	2.2	12	100	0	52	26	23	0	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25413610--25413638	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
25414488--25414639	42	3.6	42	82	1	187	31	16	23	28	1.96
25428302--25428417	41	2.7	43	78	6	130	29	26	19	24	1.99
25428384--25428472	45	2.0	45	82	6	108	33	28	14	23	1.94
25432679--25432796	43	2.8	42	83	2	146	33	22	11	32	1.91
25434393--25434426	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
25436189--25436217	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
25440897--25441050	42	3.6	42	85	3	202	28	17	25	28	1.97
25440897--25441069	85	2.0	84	81	5	197	27	16	26	28	1.97
25452042--25452138	45	2.2	45	86	3	133	43	8	19	28	1.80
25455434--25455462	9	3.3	9	95	4	51	79	0	0	20	0.74
25455859--25455896	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
25456895--25456939	2	22.5	2	95	0	81	48	0	0	51	1.00
25459650--25459771	43	2.9	42	81	7	165	31	16	24	27	1.96
25463191--25463228	15	2.4	16	86	4	51	55	15	5	23	1.61
25466133--25466194	26	2.4	26	86	0	97	33	27	4	33	1.78
25468734--25468897	73	2.3	72	88	5	251	49	4	33	12	1.61
25468734--25468897	72	2.3	73	89	3	260	49	4	33	12	1.61
25469552--25469607	22	2.5	22	79	0	58	41	1	5	51	1.35
25469739--25469775	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
25474887--25474953	32	2.1	32	83	5	82	32	2	4	59	1.32
25475013--25475053	22	2.0	21	90	9	66	36	12	14	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476710--25476735	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
25480748--25480800	27	1.9	28	88	3	81	41	0	0	58	0.98
25482003--25482099	21	4.7	20	71	19	74	34	1	3	61	1.18
25482001--25482058	30	1.9	31	86	10	84	37	1	0	60	1.07
25482003--25482099	43	2.3	41	84	7	115	34	1	3	61	1.18
25483483--25483521	20	2.0	20	85	10	53	61	2	0	35	1.10
25490251--25490275	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25490911--25490961	3	16.7	3	87	4	75	31	0	1	66	1.03
25506260--25506319	30	2.0	30	96	0	111	31	6	25	36	1.82
25508046--25508073	7	4.0	7	100	0	56	71	0	28	0	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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