genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  20  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6607798--6607848	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
6608327--6608359	15	2.3	15	89	5	50	48	0	9	42	1.35
6612868--6613060	28	7.0	28	80	6	205	21	15	8	55	1.66
6612846--6613060	56	3.9	55	79	9	226	22	15	7	54	1.67
6612848--6613058	83	2.5	83	83	3	264	22	14	8	55	1.65
6612848--6613082	83	2.8	82	78	5	249	22	16	7	53	1.67
6613549--6613839	138	2.1	138	86	1	404	27	25	14	33	1.94
6613791--6613898	45	2.4	45	81	3	128	23	18	19	38	1.93
6614818--6614981	87	1.9	86	86	3	231	26	13	20	39	1.89
6616082--6616129	18	2.5	20	86	6	64	37	0	2	60	1.09
6616279--6616314	15	2.4	15	100	0	72	44	5	13	36	1.68
6617077--6617155	25	3.2	25	78	3	72	26	27	16	29	1.97
6617114--6617179	23	2.7	25	86	4	82	33	25	19	21	1.97
6619991--6620083	36	2.6	38	81	10	106	33	20	15	31	1.93
6625577--6625614	17	2.3	17	95	4	69	57	0	42	0	0.98
6626711--6626796	21	4.0	23	73	13	74	15	23	25	36	1.94
6649225--6649294	33	2.2	32	85	10	90	55	5	7	31	1.50
6661963--6661997	18	1.9	18	88	11	54	5	5	34	54	1.48
6668687--6668886	109	1.8	109	97	0	382	31	18	19	31	1.95
6679163--6679249	44	2.0	44	97	0	165	26	10	27	35	1.89
6680497--6680546	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
6680465--6680759	125	2.4	125	95	0	527	36	20	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6683063--6683261	108	1.8	108	96	0	371	31	17	19	31	1.95
6697161--6697205	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
6698368--6698407	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
6699453--6699498	22	2.0	23	95	4	85	65	4	0	30	1.12
6707108--6707139	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
6707298--6707468	43	4.0	43	78	13	192	31	28	17	22	1.96
6707300--6707457	84	1.9	84	84	7	214	30	28	18	22	1.98
6714256--6714287	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
6714446--6714616	43	4.0	43	80	13	201	31	29	17	21	1.96
6714448--6714605	84	1.9	84	85	7	223	30	29	18	21	1.97
6720032--6720056	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
6722429--6722536	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
6722419--6722542	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
6727123--6727230	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
6727113--6727236	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
6730523--6730610	21	4.2	21	76	2	88	45	19	17	18	1.86
6730487--6730570	42	2.0	42	80	0	96	44	17	21	16	1.87
6734261--6734298	15	2.5	16	87	8	53	28	0	5	65	1.14
6734318--6734361	16	2.8	16	78	0	52	34	2	2	61	1.21
6735942--6736047	41	2.6	41	95	0	185	21	21	25	31	1.98
6737201--6737231	12	2.6	12	100	0	62	32	0	0	67	0.91
6737241--6737286	24	1.9	24	82	8	58	32	6	2	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6741428--6741465	18	2.1	18	85	9	51	71	0	15	13	1.16
6741437--6741489	23	2.3	23	80	6	63	66	0	20	13	1.25
6741446--6741487	22	1.9	22	90	9	68	71	0	19	9	1.13
6742749--6744272	265	5.8	265	87	4	2013	29	19	23	27	1.98
6744017--6744230	44	4.9	44	68	6	137	28	18	25	26	1.98
6742716--6744272	132	11.8	132	89	2	1971	29	19	23	27	1.98
6745695--6745721	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
6745773--6745850	27	3.0	26	79	7	86	37	7	6	48	1.57
6745896--6745929	14	2.4	14	100	0	68	32	0	0	67	0.91
6750040--6750076	16	2.3	16	95	0	65	21	37	5	35	1.77
6754611--6754681	30	2.3	30	95	2	124	50	7	8	33	1.60
6755110--6755134	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6755776--6755980	92	2.2	92	88	2	306	44	5	12	37	1.65
6760021--6760118	20	4.9	20	68	5	81	17	31	19	31	1.95
6760013--6760131	40	3.0	41	86	7	172	19	27	19	33	1.96
6762809--6762947	57	2.4	57	85	0	188	32	17	23	26	1.97
6763009--6763071	28	2.2	29	78	13	69	26	20	19	33	1.96
6765139--6765216	27	2.9	27	90	1	113	33	15	23	28	1.95
6765178--6765347	54	3.2	54	72	20	183	37	16	23	22	1.94
6765220--6765400	53	3.4	53	75	18	194	39	17	23	19	1.92
6765178--6765400	107	2.1	107	93	0	383	37	17	23	21	1.94
6765458--6765512	27	2.0	27	85	0	74	30	14	32	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6767872--6768462	18	29.6	19	62	25	113	59	0	4	35	1.19
6767887--6767923	11	3.4	11	88	0	56	54	0	8	37	1.30
6767872--6768452	40	14.5	40	98	0	1101	59	0	4	35	1.19
6768427--6768459	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
6768428--6768472	17	2.6	17	82	10	56	60	0	0	40	0.97
6777063--6777238	97	1.8	97	81	6	223	34	2	16	46	1.62
6777277--6777693	126	3.3	126	90	0	674	31	18	22	27	1.97
6780087--6780127	21	2.0	21	85	0	55	4	21	41	31	1.74
6782259--6782308	22	2.3	21	83	10	64	48	0	28	24	1.52
6782259--6782308	10	4.6	10	79	16	55	48	0	28	24	1.52
6787399--6787708	35	8.8	35	74	4	248	27	7	30	33	1.85
6793500--6793549	21	2.4	21	89	0	73	32	30	8	30	1.86
6794827--6794886	27	2.2	27	87	0	84	13	18	36	31	1.89
6796685--6796721	18	2.1	18	89	0	56	24	18	18	37	1.94
6797164--6797222	24	2.5	24	80	5	75	42	25	11	20	1.86
6801681--6801721	8	5.0	8	88	5	64	41	0	0	58	0.98
6801792--6801825	4	8.5	4	87	12	52	76	0	23	0	0.79
6803025--6803075	17	3.0	17	94	0	84	39	13	13	33	1.84
6807461--6807553	29	3.2	28	80	1	96	26	21	24	26	1.99
6807477--6807560	28	3.0	28	82	1	96	26	25	23	25	2.00
6813239--6813268	7	4.4	7	95	4	53	46	13	0	40	1.43
6813492--6813543	24	2.2	22	72	21	52	32	19	0	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6816498--6816535	12	2.8	14	88	11	53	65	0	0	34	0.93
6816755--6816793	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
6816979--6817075	21	4.7	21	87	5	144	36	12	12	39	1.81
6816992--6817095	19	5.3	19	82	6	118	37	13	11	37	1.81
6816992--6817094	40	2.6	40	90	0	161	37	12	11	37	1.80
6817432--6817520	44	2.0	44	87	8	128	25	21	20	32	1.97
6817538--6817864	44	7.5	43	68	13	159	28	22	21	28	1.99
6817448--6817912	217	2.1	217	90	0	723	28	23	20	27	1.99
6817909--6818417	132	3.9	132	94	0	874	25	24	18	31	1.98
6818371--6818460	47	1.9	47	95	0	162	32	25	13	28	1.93
6818239--6818588	179	2.0	179	94	2	614	28	23	17	30	1.97
6818520--6818968	44	10.2	44	63	12	161	26	23	18	31	1.97
6818418--6819520	132	8.4	132	91	0	1643	25	23	18	31	1.98
6817909--6818992	575	1.9	575	90	1	1735	26	24	18	31	1.97
6817976--6818863	443	2.0	443	91	1	1442	26	24	18	30	1.98
6819180--6821221	44	46.2	44	61	9	175	25	23	19	31	1.98
6819477--6819570	47	2.0	47	93	0	161	30	26	14	27	1.95
6819342--6819697	179	2.0	179	91	1	579	27	24	18	30	1.98
6819076--6820406	443	3.0	443	93	0	2239	25	24	18	31	1.98
6819521--6819963	132	3.4	131	91	0	706	26	24	18	30	1.97
6817968--6821846	707	5.5	702	81	5	3920	25	23	18	31	1.98
6819917--6820013	47	2.1	47	96	0	176	30	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6819783--6820138	179	2.0	179	91	1	579	27	24	16	31	1.96
6819964--6820805	132	6.4	132	92	0	1326	26	23	19	31	1.98
6817909--6821574	839	4.4	833	82	4	4133	25	23	18	31	1.98
6820757--6820851	47	2.0	47	95	0	172	27	26	16	29	1.97
6820625--6820984	179	2.0	179	92	1	605	26	23	18	30	1.98
6820361--6821237	443	2.0	443	92	0	1461	25	23	19	31	1.98
6820497--6821116	311	2.0	311	91	0	1008	25	23	19	31	1.98
6820804--6823260	132	18.3	132	79	7	1571	25	23	19	31	1.98
6821509--6821647	73	1.9	73	93	0	242	27	20	23	28	1.99
6821383--6821779	205	1.9	205	94	0	695	26	22	21	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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