genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14215015--14215048	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
14222454--14222483	10	3.1	10	95	4	53	30	10	46	13	1.75
14224069--14224110	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
14225312--14225336	11	2.3	11	100	0	50	24	16	0	60	1.36
14225323--14225367	21	2.1	21	100	0	90	17	13	8	60	1.58
14230016--14230048	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
14233380--14233411	14	2.1	16	88	11	50	59	12	3	25	1.48
14242851--14242902	26	2.0	26	100	0	104	46	19	3	30	1.68
14252016--14252359	41	8.4	41	79	7	315	19	17	29	33	1.95
14252019--14252348	123	2.7	123	80	9	347	19	17	28	34	1.95
14252799--14252854	14	4.2	13	76	15	51	25	1	39	33	1.66
14253230--14253270	21	1.9	22	90	5	66	19	0	34	46	1.50
14253765--14253792	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14253945--14254175	84	2.8	82	87	3	336	43	12	13	30	1.80
14256619--14256662	21	2.1	21	100	0	88	22	9	9	59	1.56
14256702--14256767	33	2.0	33	100	0	132	36	9	9	45	1.68
14258863--14259081	111	2.0	111	99	0	429	40	8	18	32	1.80
14264259--14264345	25	3.5	25	81	7	90	26	25	17	31	1.97
14271835--14271902	25	2.7	25	84	6	66	26	25	17	30	1.97
14276248--14276674	69	6.2	69	78	3	356	35	21	24	19	1.96
14276247--14276674	138	3.1	135	80	4	444	35	21	24	19	1.96
14276247--14276674	207	2.1	206	81	2	491	35	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14276295--14276749	138	3.3	138	78	4	328	35	22	23	18	1.95
14276368--14276726	69	5.2	68	78	3	270	35	23	23	17	1.95
14279452--14279501	24	2.1	24	84	0	64	38	12	26	24	1.90
14279581--14279624	22	2.0	22	90	0	70	31	25	25	18	1.97
14282350--14282424	39	1.9	39	94	0	132	42	20	5	32	1.74
14282833--14282868	16	2.1	18	90	10	58	30	0	0	69	0.89
14282832--14282877	17	2.6	17	83	13	58	30	2	0	67	1.03
14288643--14288690	25	1.9	25	100	0	96	43	6	12	37	1.68
14302368--14302509	71	2.0	71	97	0	266	29	8	16	45	1.77
14303103--14303253	39	3.7	39	78	10	151	41	7	5	44	1.58
14318584--14318617	7	4.9	7	96	0	59	58	8	0	32	1.29
14323007--14323129	17	7.2	16	67	23	56	37	5	0	56	1.29
14323006--14323107	19	5.9	18	69	22	60	38	5	0	54	1.31
14323002--14323154	49	2.9	53	81	9	188	35	6	1	56	1.34
14324808--14324859	11	4.7	11	76	9	61	59	5	0	34	1.21
14324784--14324859	33	2.2	34	88	9	111	55	6	0	38	1.26
14325617--14325644	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
14329370--14329417	22	2.2	22	96	0	87	18	8	8	64	1.46
14339739--14340204	143	3.3	142	85	3	596	29	19	22	28	1.98
14340069--14340297	99	2.3	99	90	0	350	30	18	21	28	1.97
14340268--14340373	44	2.4	45	87	1	142	27	22	18	31	1.97
14339926--14340398	242	2.0	242	80	3	549	30	19	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14341839--14341879	22	1.9	22	90	5	66	24	4	0	70	1.06
14342085--14342118	18	1.9	17	88	5	50	23	2	2	70	1.15
14343701--14343794	41	2.3	41	81	0	107	39	13	15	30	1.87
14350821--14350905	23	3.7	23	80	3	98	30	7	7	55	1.54
14350836--14350897	24	2.7	23	80	5	70	33	8	6	51	1.57
14350793--14350905	47	2.4	47	82	4	131	31	7	6	54	1.52
14355047--14355142	43	2.2	44	86	1	131	33	26	15	25	1.95
14358685--14358756	35	2.1	35	100	0	144	41	13	11	33	1.80
14359421--14359479	30	1.9	30	86	3	82	49	1	18	30	1.58
14361034--14361090	26	2.2	26	96	0	105	42	3	21	33	1.70
14360803--14361285	249	1.9	250	95	1	878	40	5	21	32	1.76
14361593--14361701	57	1.9	57	90	3	175	30	18	27	23	1.98
14361721--14361846	67	1.9	67	95	3	227	21	19	30	28	1.97
14361959--14362017	26	2.3	26	79	5	66	50	5	11	32	1.61
14363449--14363575	49	2.6	49	85	0	182	25	14	29	30	1.95
14367154--14367280	67	1.9	67	93	0	218	22	15	33	28	1.95
14368509--14368564	30	1.9	30	85	7	80	50	3	14	32	1.60
14378320--14378351	13	2.3	15	89	10	50	6	0	25	68	1.12
14396361--14396793	95	4.6	94	75	7	326	25	15	19	39	1.91
14396797--14396841	20	2.2	20	84	7	56	40	13	31	15	1.86
14397847--14398071	20	11.0	21	66	16	73	27	14	19	39	1.90
14397856--14397948	41	2.2	42	80	14	104	29	11	21	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14410947--14411249	137	2.2	138	87	0	437	45	6	7	40	1.59
14411224--14411370	75	2.0	75	85	5	199	30	14	10	44	1.79
14438094--14438123	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
14469197--14469292	41	2.3	41	83	5	122	22	21	23	31	1.99
14472586--14472627	17	2.5	17	100	0	84	57	0	11	30	1.35
14475127--14475189	27	2.3	27	86	5	83	30	20	4	44	1.72
14479681--14480166	243	2.0	243	97	0	909	22	25	22	29	1.99
14488827--14488869	21	2.0	21	95	0	77	13	20	18	46	1.83
14505678--14505764	43	2.0	43	95	0	156	22	16	14	45	1.84
14507278--14507311	13	2.5	13	85	4	50	67	0	2	29	1.05
14507277--14507324	14	3.3	15	77	14	55	68	0	2	29	1.01
14508953--14509069	47	2.5	48	76	9	125	55	5	5	33	1.46
14508923--14509087	24	7.2	23	72	10	124	55	4	5	34	1.42
14510560--14510663	45	2.3	45	80	3	111	26	28	15	28	1.96
14510794--14511319	51	10.8	50	78	10	518	30	24	17	28	1.97
14510775--14511319	97	5.6	97	82	3	682	29	24	17	28	1.97
14513049--14513113	27	2.4	27	75	10	71	27	27	13	30	1.94
14513145--14513220	27	2.8	27	85	0	107	31	22	9	36	1.86
14515320--14515375	29	1.9	29	100	0	112	14	10	25	50	1.75
14520712--14520759	24	1.9	24	83	8	60	56	4	6	33	1.44
14522229--14522485	44	5.9	44	77	5	191	27	24	17	29	1.98
14522278--14522485	45	4.8	42	77	10	170	27	25	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14522497--14523376	46	18.3	46	76	10	724	29	24	17	28	1.97
14522510--14523403	97	9.2	96	81	6	752	29	24	17	27	1.97
14522521--14523386	194	4.5	194	80	8	883	29	24	17	28	1.97
14524632--14524667	14	2.5	15	90	9	65	13	11	0	75	1.06
14530902--14530936	13	2.5	14	90	9	54	62	5	0	31	1.18
14531232--14531275	18	2.3	19	84	7	63	59	2	4	34	1.30
14536249--14536298	24	2.1	24	92	0	82	24	28	10	38	1.87
14538812--14539043	126	1.8	129	84	5	319	24	15	21	38	1.92
14539009--14539508	69	7.2	69	77	3	396	18	22	23	35	1.96
14539006--14539508	138	3.6	137	78	3	463	18	22	23	35	1.96
14559680--14559726	24	1.9	24	86	4	67	57	4	6	31	1.43
14561208--14561450	45	5.5	44	79	3	186	27	23	20	27	1.99
14561194--14561446	44	5.8	44	78	5	181	27	25	18	28	1.98
14561462--14562387	46	19.3	46	77	9	823	29	24	17	28	1.97
14561462--14562397	97	9.7	97	83	4	1187	29	24	17	28	1.97
14561475--14562387	143	6.3	143	80	6	952	29	24	17	28	1.97
14563643--14563678	14	2.5	15	86	9	56	13	8	0	77	0.98
14563665--14563764	50	2.0	50	88	0	146	15	23	18	44	1.86
14564775--14564801	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
14569960--14569994	13	2.5	14	90	9	54	62	5	0	31	1.18
14576922--14576975	18	3.0	19	76	13	51	27	5	1	64	1.26
14576950--14576992	24	1.9	24	86	13	65	23	6	2	67	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14602946--14604447	754	2.0	754	100	0	3004	32	13	15	38	1.87
14612346--14612418	19	3.8	19	90	0	119	38	8	15	38	1.77
14612795--14613308	259	2.0	256	96	1	938	27	15	13	43	1.83
14615638--14615683	24	1.9	24	82	8	58	41	15	28	15	1.87
14619638--14620532	132	6.8	132	93	0	1411	29	18	23	29	1.97
14620858--14620968	19	5.8	19	88	0	168	39	8	13	38	1.74
14620865--14620968	38	2.7	38	96	0	190	40	7	12	39	1.72
14624825--14625719	132	6.8	132	93	0	1411	29	18	23	29	1.97
14626045--14626155	19	5.8	19	88	0	168	39	8	13	38	1.74
14626052--14626155	38	2.7	38	96	0	190	40	7	12	39	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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