genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27488821--27488898	31	2.5	31	83	8	79	51	12	6	29	1.65
27488842--27488903	31	2.0	31	90	6	99	46	9	8	35	1.66
27490414--27490457	20	2.2	19	88	8	61	50	4	0	45	1.22
27491664--27491713	20	2.6	19	84	6	57	42	2	8	48	1.44
27508415--27508974	279	2.0	279	86	5	790	36	15	11	36	1.83
27509596--27509684	24	3.7	24	75	3	72	28	15	10	46	1.78
27511812--27511847	7	5.0	7	96	3	63	44	0	0	55	0.99
27514223--27514301	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
27514210--27518072	47	82.0	47	99	0	7564	31	8	29	29	1.87
27514295--27514370	22	3.3	22	64	10	62	30	10	31	27	1.90
27518191--27518269	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27519484--27520315	40	20.8	40	97	0	1493	24	22	27	25	2.00
27523754--27527004	47	69.1	47	99	0	6394	31	8	29	29	1.87
27527123--27527201	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27528859--27528896	17	2.2	18	85	4	51	73	0	5	21	1.02
27538623--27538689	34	2.0	34	84	0	89	34	20	20	23	1.97
27539148--27539185	20	1.9	20	94	0	67	34	28	10	26	1.90
27543681--27544910	617	2.0	617	94	0	2147	30	23	16	29	1.96
27546481--27546530	19	2.6	20	73	20	61	48	0	4	48	1.20
27553407--27553487	27	3.1	27	96	3	148	46	23	22	7	1.76
27560374--27560962	295	2.0	294	100	0	1169	34	16	9	38	1.82
27585046--27585255	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27584993--27585255	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
27585046--27585290	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
27590359--27590400	6	6.8	6	91	2	57	57	0	26	16	1.40
27606325--27606356	12	2.7	12	95	0	55	21	9	15	53	1.70
27606325--27606389	30	2.2	30	82	0	76	26	9	13	50	1.71
27618711--27618793	42	2.0	42	92	0	139	39	6	19	34	1.76
27622707--27622757	3	17.0	3	95	0	93	35	0	0	64	0.94
27626393--27626427	9	3.9	9	92	0	61	77	0	22	0	0.78
27626389--27626421	15	2.2	15	94	0	57	75	0	24	0	0.80
27638318--27638495	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27638319--27638474	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27638315--27638495	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27641626--27641670	23	2.0	23	86	4	65	24	8	0	66	1.20
27643563--27643615	25	2.1	26	82	10	65	47	0	3	49	1.19
27643961--27644007	14	3.4	14	76	5	60	48	0	0	51	1.00
27649641--27649708	34	2.0	34	82	5	84	25	23	17	33	1.96
27656924--27656989	34	1.9	34	87	6	98	24	18	21	36	1.95
27656929--27657010	34	2.4	35	80	13	91	24	21	21	31	1.98
27660255--27660640	47	8.1	47	94	1	601	31	8	30	29	1.87
27660759--27660837	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27670020--27670064	19	2.3	20	75	17	51	17	51	0	31	1.46
27672388--27672536	42	3.6	41	80	7	165	34	25	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27672473--27672603	67	1.9	68	87	4	194	29	28	17	24	1.97
27672541--27672683	41	3.5	41	93	0	250	23	25	20	30	1.98
27673646--27673677	13	2.6	13	90	9	50	43	15	3	37	1.63
27685011--27685236	27	8.5	27	84	2	262	19	19	19	42	1.90
27685011--27685236	107	2.1	105	83	6	278	19	19	19	42	1.90
27690252--27690301	21	2.4	21	90	3	75	56	8	12	24	1.62
27700961--27701440	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
27700961--27701440	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
27730839--27730867	14	2.0	15	93	6	51	75	10	6	6	1.17
27737339--27737538	32	6.3	32	86	0	258	36	20	20	23	1.95
27737339--27737538	96	2.1	95	89	0	301	36	20	20	23	1.95
27737532--27737597	26	2.5	26	80	0	69	36	24	19	19	1.95
27737585--27737648	27	2.4	27	84	7	78	34	23	21	20	1.97
27737712--27737767	24	2.3	24	84	0	67	50	17	7	25	1.72
27737725--27737846	24	5.1	24	75	7	104	46	18	5	29	1.71
27737864--27737965	27	3.8	27	89	0	141	21	21	22	34	1.97
27737871--27737984	27	4.2	27	85	0	93	21	22	21	35	1.96
27737979--27738062	27	3.1	28	82	3	84	23	17	16	41	1.89
27741891--27742383	50	9.8	50	88	0	716	20	31	21	25	1.98
27741900--27742383	100	4.8	100	96	0	815	20	31	21	25	1.98
27773330--27773475	27	5.5	26	80	7	141	15	21	19	43	1.87
27773357--27773475	54	2.2	54	87	3	168	15	21	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27780375--27780494	28	4.3	28	89	1	170	32	23	23	20	1.98
27780799--27780890	27	3.4	27	83	4	98	20	19	19	40	1.92
27791210--27791745	268	2.0	268	99	0	1063	36	16	17	29	1.92
27796524--27796685	43	3.8	42	78	6	130	32	23	17	27	1.97
27803527--27803675	43	3.6	41	79	8	140	34	26	16	22	1.95
27803649--27803701	26	2.0	26	92	0	88	28	32	18	20	1.97
27803675--27803784	41	2.7	41	89	0	166	22	22	20	34	1.97
27803826--27803876	19	2.6	20	73	14	52	33	19	0	47	1.50
27809562--27809604	12	3.6	12	84	6	52	41	2	16	39	1.61
27814317--27814348	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27827394--27827430	16	2.2	18	90	9	60	64	5	5	24	1.36
27829573--27829608	19	1.9	18	88	5	54	41	2	0	55	1.14
27829573--27829615	19	2.3	19	84	8	52	41	4	0	53	1.21
27834362--27834450	44	2.0	44	100	0	178	35	17	6	39	1.77
27835742--27835789	25	1.9	25	87	8	71	29	6	10	54	1.59
27841598--27841685	29	3.0	29	79	1	95	39	21	14	23	1.91
27841639--27841702	30	2.2	28	81	13	67	42	21	14	21	1.88
27860652--27860711	21	3.0	20	85	4	84	21	26	3	48	1.66
27864322--27864414	40	2.3	39	83	5	114	20	29	19	31	1.97
27879868--27880095	44	5.0	44	69	16	131	27	21	19	32	1.97
27879812--27880233	142	3.0	142	91	0	673	28	21	17	32	1.96
27880147--27880247	44	2.3	44	81	3	114	26	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27888203--27888240	20	1.9	20	88	0	58	26	34	0	39	1.57
27894325--27894388	31	2.1	31	93	0	110	21	10	29	37	1.88
27899310--27899554	43	5.8	43	79	8	216	36	24	15	22	1.94
27899283--27899470	43	4.5	41	75	14	145	36	25	15	22	1.94
27899283--27899470	85	2.2	85	86	5	258	36	25	15	22	1.94
27899312--27899554	128	1.9	127	84	4	328	36	25	15	22	1.94
27899529--27899580	26	2.0	26	96	0	95	25	30	23	21	1.99
27899553--27899661	40	2.7	40	95	1	200	22	22	21	33	1.97
27899703--27899753	19	2.6	20	73	14	52	33	19	0	47	1.50
27904931--27904955	11	2.3	11	100	0	50	72	0	16	12	1.13
27906135--27906375	40	6.1	39	85	2	252	23	29	15	32	1.95
27906132--27906349	80	2.7	80	87	2	305	22	30	16	31	1.95
27911935--27911987	26	2.0	26	92	0	88	18	20	33	26	1.96
27911961--27912202	85	2.8	85	90	0	358	23	15	23	36	1.93
27911964--27912326	43	8.6	43	77	9	307	25	16	22	35	1.94
27912044--27912326	128	2.2	127	87	1	399	26	17	22	33	1.96
27911961--27912318	85	4.2	84	83	5	316	25	15	23	36	1.94
27922104--27922164	27	2.3	27	86	5	81	18	13	22	45	1.83
27928032--27928115	19	4.4	18	82	8	80	38	8	17	35	1.80
27928034--27928108	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
27928035--27928097	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
27928047--27928131	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27928097--27928141	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
27928640--27928690	25	2.0	25	82	14	61	23	0	3	72	1.01
27928733--27928811	26	2.9	27	75	9	72	32	1	5	60	1.26
27928733--27928818	22	3.4	26	73	16	74	31	1	4	62	1.23
27933063--27933095	6	5.7	6	92	7	59	84	0	15	0	0.61
27934299--27934763	176	2.6	176	85	2	614	28	15	26	30	1.96
27934299--27934762	44	10.5	45	79	5	473	28	15	25	30	1.96
27934884--27935089	44	4.7	44	79	8	222	25	17	27	29	1.97
27935396--27935624	44	5.3	43	71	11	146	28	20	21	29	1.98
27935396--27935647	128	2.0	129	91	2	409	28	21	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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