genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6532--6886	50	7.1	50	74	8	346	28	17	20	33	1.95
6523--6886	100	3.6	100	91	2	581	28	18	20	33	1.95
6891--7569	89	7.6	89	97	0	1205	23	21	24	30	1.99
12634--12846	72	3.0	71	85	6	297	35	18	17	28	1.94
12633--12845	70	3.0	71	85	6	281	35	18	17	28	1.93
13419--13459	21	2.0	21	85	0	55	51	2	9	36	1.48
22619--23347	27	27.3	26	80	6	719	42	21	17	19	1.90
22619--23347	53	13.6	53	80	6	724	42	21	17	19	1.90
22619--23347	80	9.1	79	80	6	729	42	21	17	19	1.90
22619--23347	107	6.8	106	79	6	643	42	21	17	19	1.90
25497--25537	18	2.3	18	86	0	55	17	14	0	68	1.22
27879--27957	31	2.6	30	78	7	88	37	17	18	25	1.93
27879--27948	30	2.3	30	82	7	88	37	17	20	25	1.94
29878--30323	27	16.8	27	81	5	394	41	20	17	21	1.91
30182--30227	22	2.1	22	91	0	74	45	13	19	21	1.84
30138--30277	75	1.9	76	82	10	180	44	17	18	20	1.87
30112--30307	102	1.9	104	84	6	265	43	18	17	20	1.88
52416--52593	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
52437--52592	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
52416--52605	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
68069--68256	50	3.8	50	84	0	232	22	28	23	25	1.99
77406--77435	13	2.3	13	94	0	51	30	6	13	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82769--82953	79	2.3	82	82	7	220	25	22	27	25	2.00
82769--82960	40	4.8	40	81	6	203	26	21	27	25	2.00
82822--82986	79	2.1	79	82	6	192	27	20	26	25	1.99
89731--89809	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
89928--90230	47	6.4	47	94	1	516	29	30	8	32	1.87
89928--90226	143	2.1	143	94	1	521	29	30	8	32	1.87
94007--94189	40	4.6	39	81	6	179	25	21	27	25	1.99
94043--94224	79	2.3	80	80	3	190	26	20	27	24	1.99
99592--99753	47	3.5	44	74	12	148	48	3	6	41	1.45
99775--99815	21	2.0	21	85	0	55	51	2	9	36	1.48
101266--101501	115	2.1	115	84	3	305	21	22	20	35	1.96
101593--102032	225	2.0	225	91	0	711	29	19	16	34	1.94
101589--101932	44	7.7	44	70	11	155	28	20	16	34	1.95
105889--106105	46	4.7	45	78	14	185	26	19	30	23	1.98
112911--113033	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
116793--116963	46	3.7	46	78	6	175	26	19	30	22	1.98
121377--121501	39	3.2	39	90	0	196	25	22	28	24	2.00
123088--124134	49	21.6	49	97	1	1925	30	28	8	32	1.86
135133--135307	44	3.9	45	76	3	149	41	12	22	24	1.87
138579--138634	27	2.1	27	80	6	62	16	8	37	37	1.80
138588--138653	27	2.4	28	80	7	82	13	12	36	37	1.82
159215--159246	12	2.7	12	95	0	55	18	6	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162972--163128	42	3.7	42	87	3	217	31	24	14	29	1.94
162974--163128	85	1.8	84	86	4	222	30	24	14	30	1.94
170088--170138	25	2.0	25	92	0	84	37	1	25	35	1.67
181352--181403	23	2.3	22	81	18	63	80	3	3	11	0.97
181349--181405	6	9.8	6	81	9	57	80	3	3	12	0.96
191687--192620	50	18.7	50	97	0	1717	29	29	16	24	1.97
197381--197423	20	2.2	20	86	0	59	30	6	16	46	1.73
197895--197939	21	2.3	18	85	11	54	24	31	6	37	1.81
197911--197939	9	3.2	9	100	0	58	20	34	0	44	1.52
200446--200531	42	2.0	42	95	0	154	30	27	16	25	1.97
202823--202947	29	4.3	29	89	2	180	25	14	29	30	1.95
204291--204474	41	4.5	40	85	2	215	31	26	15	26	1.96
211409--211557	40	3.7	41	87	2	212	30	27	17	24	1.97
211407--211557	81	1.9	81	88	2	232	30	27	17	25	1.97
215896--216171	46	6.0	46	92	0	444	21	22	14	41	1.89
215896--216171	138	2.0	138	97	0	516	21	22	14	41	1.89
218253--218291	16	2.4	16	82	0	51	0	28	0	71	0.86
218318--218360	17	2.5	17	88	7	61	6	16	0	76	0.99
218342--218465	65	1.9	67	93	5	218	39	8	1	50	1.44
221637--221690	18	3.0	18	83	8	74	42	11	37	9	1.73
226039--226114	27	2.8	27	85	2	89	34	13	26	26	1.93
231376--231694	47	6.7	49	73	11	234	24	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239042--239215	49	3.6	49	76	9	162	23	29	18	28	1.98
239185--239587	213	1.9	213	100	0	806	31	21	13	33	1.92
248401--248435	18	1.9	18	94	0	61	25	11	25	37	1.90
248486--248522	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
248571--248628	31	1.9	30	86	10	82	18	37	1	41	1.61
259950--259983	10	3.2	10	88	12	50	67	2	2	26	1.19
267422--267563	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
267493--267544	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
268016--268046	10	3.1	10	100	0	62	29	9	29	32	1.89
272265--272460	91	2.1	91	88	1	293	43	18	8	29	1.80
281127--281182	24	2.3	24	93	0	94	33	51	8	5	1.56
290064--290127	33	1.9	33	100	0	128	26	3	14	56	1.53
293655--293780	44	2.9	45	83	9	138	24	28	23	23	1.99
293865--294316	43	10.5	43	93	2	748	31	34	21	12	1.90
295405--295550	40	3.7	40	82	7	172	23	22	28	25	2.00
295405--295583	80	2.2	80	80	6	186	25	21	27	25	2.00
302414--302573	46	3.3	46	72	14	126	28	28	16	26	1.97
304644--304770	45	2.9	45	82	5	136	24	26	22	26	2.00
305100--305224	42	3.0	42	90	2	189	32	32	24	12	1.91
305203--305286	38	2.2	38	85	4	116	33	27	19	20	1.96
305747--305879	65	2.0	65	97	0	248	34	24	9	32	1.86
308825--309252	54	8.3	53	74	11	252	34	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308908--309030	47	2.6	46	76	11	122	37	21	21	19	1.94
309058--309252	55	3.6	54	82	2	257	35	16	23	23	1.95
309066--309283	108	2.0	108	84	4	287	36	16	23	23	1.94
313487--313542	28	2.0	28	100	0	112	46	14	7	32	1.71
315743--315803	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
320765--320809	22	2.0	22	95	0	81	28	22	24	24	1.99
324173--324229	28	2.0	28	100	0	114	42	3	14	40	1.62
324577--324617	20	2.0	20	90	0	64	48	7	9	34	1.64
334529--334628	44	2.3	44	92	0	164	23	22	24	31	1.99
334645--334769	62	2.0	62	96	0	232	25	16	20	36	1.94
337031--337069	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
339356--339638	18	15.3	18	72	14	173	34	13	15	36	1.87
339579--339647	36	1.9	36	84	0	93	36	10	15	37	1.82
342389--342558	43	4.0	44	77	4	159	21	17	26	34	1.95
342396--342558	86	1.9	85	85	6	222	21	17	26	34	1.95
348848--348929	43	1.9	43	87	0	119	21	18	31	28	1.97
353979--354139	42	3.8	42	86	4	191	26	25	16	31	1.96
370725--370788	23	2.7	23	83	7	76	60	9	3	26	1.42
372821--372847	14	1.9	14	100	0	54	7	37	18	37	1.79
377347--377410	23	2.7	23	83	7	76	60	9	3	26	1.42
380119--380144	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
382511--382573	30	2.1	31	85	8	85	46	4	1	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383016--383057	21	2.0	21	95	0	75	40	23	16	19	1.91
385728--385889	42	3.8	42	81	1	180	27	24	15	33	1.95
387064--387123	26	2.6	22	76	20	68	21	26	25	26	2.00
387073--387122	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
387517--387558	22	1.9	22	90	0	66	30	28	4	35	1.78
389592--389669	36	2.3	35	85	12	101	69	3	0	26	1.06
395391--395462	27	2.7	27	91	6	112	44	13	6	34	1.71
407699--407729	16	1.9	16	93	0	53	41	19	25	12	1.87
407952--408048	29	3.4	30	83	7	112	29	15	24	29	1.96
412223--412288	33	2.0	33	88	5	98	36	18	21	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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