genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  1  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19--1369	7	194.0	7	86	10	1491	41	46	1	10	1.46
1356--1880	29	18.4	30	84	10	676	43	26	0	30	1.55
1356--1877	59	9.1	59	86	9	676	43	25	0	30	1.55
1868--1911	7	6.4	7	84	5	63	43	38	0	18	1.50
1868--1911	21	2.2	20	91	4	70	43	38	0	18	1.50
2603--2985	127	3.1	126	90	2	576	32	22	16	28	1.95
3700--3756	16	3.6	16	78	7	71	28	22	22	26	1.99
21668--21712	10	4.5	10	83	10	56	66	0	0	33	0.92
23531--23569	13	3.1	13	77	7	53	17	5	23	53	1.63
24799--24843	23	2.0	23	100	0	90	35	22	26	15	1.94
24799--24855	23	2.5	22	91	2	87	29	29	28	12	1.93
24972--25090	11	11.4	11	71	23	71	57	0	3	39	1.16
24972--25090	52	2.3	52	91	2	186	57	0	3	39	1.16
24957--25098	41	3.4	41	82	5	180	57	0	2	39	1.13
31073--31514	221	2.0	221	100	0	884	38	17	16	27	1.91
37617--37694	22	3.5	22	74	17	56	52	3	7	35	1.48
37663--37701	7	5.6	7	100	0	78	46	0	12	41	1.42
48246--48343	47	2.1	46	84	5	126	30	26	5	37	1.78
49843--49876	16	2.1	16	100	0	68	50	26	11	11	1.73
60700--60773	20	3.7	19	78	8	85	29	18	25	25	1.98
62462--62496	18	1.9	18	88	11	54	22	14	0	62	1.31
62482--62584	18	5.6	18	70	20	70	7	16	3	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62550--62593	6	7.3	6	78	0	52	2	20	2	75	1.03
62550--62593	18	2.4	18	88	0	61	2	20	2	75	1.03
63435--63491	10	5.6	10	83	4	69	19	1	3	75	1.04
65015--65054	10	3.9	11	81	15	50	30	15	30	25	1.95
65001--65057	20	2.9	19	89	7	87	33	15	28	22	1.95
66138--66176	11	3.7	10	86	10	51	25	2	2	69	1.14
66135--66211	26	3.0	26	80	10	81	22	3	2	71	1.15
71591--71670	41	2.0	41	92	5	135	48	15	5	31	1.66
71712--71748	19	1.9	19	100	0	74	43	16	2	37	1.62
76251--76449	43	4.7	43	80	2	195	30	25	13	30	1.94
76247--76449	86	2.4	85	81	6	239	30	25	13	30	1.94
81885--81942	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
82154--82185	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
82280--82521	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
82280--82529	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
85811--85861	26	2.0	26	96	3	95	39	17	0	43	1.49
88661--88704	13	3.4	13	78	12	54	34	29	0	36	1.58
88696--88736	20	2.0	20	95	0	73	29	19	9	41	1.83
93022--93063	19	2.2	19	86	0	57	52	35	4	7	1.50
98829--98871	18	2.4	17	82	17	52	51	0	0	48	1.00
99286--99320	6	5.7	6	96	3	61	0	14	0	85	0.59
102107--102146	18	2.1	19	86	9	55	45	0	5	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109121--109337	40	5.5	41	72	9	191	31	24	17	26	1.97
109122--109337	78	2.8	78	92	0	353	31	25	17	26	1.97
109176--109313	38	3.6	38	76	8	154	35	24	15	24	1.94
110256--110291	17	2.1	17	89	0	54	5	19	2	72	1.17
110329--110387	30	2.0	29	90	3	91	42	1	1	54	1.20
111795--111852	30	1.9	30	85	0	80	22	15	10	51	1.73
111882--111938	24	2.3	25	88	8	82	24	8	10	56	1.61
111822--111956	12	10.8	12	69	7	72	28	14	8	48	1.73
118100--118163	28	2.4	26	81	5	74	25	20	10	43	1.84
122107--122166	25	2.4	25	82	0	75	26	28	23	21	1.99
124483--124518	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
127445--127486	9	4.9	9	88	11	70	33	0	9	57	1.31
127442--127479	16	2.4	16	95	0	67	34	0	10	55	1.34
133019--133188	84	2.0	84	100	0	340	41	14	14	30	1.84
140416--140506	47	1.9	48	88	2	139	45	20	12	21	1.84
140731--140803	19	3.9	19	75	13	80	47	15	12	24	1.79
140713--140795	17	4.6	17	68	21	53	48	13	12	26	1.77
143081--143109	15	1.9	15	100	0	58	24	20	6	48	1.74
169906--169934	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
172350--172378	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
174002--174039	15	2.5	15	95	0	67	47	0	28	23	1.52
176025--176118	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176035--176111	15	5.1	15	68	12	59	27	22	7	42	1.80
180683--180776	30	3.1	30	93	1	161	26	25	6	41	1.79
196532--196565	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
199923--200446	75	6.9	75	94	2	904	44	15	27	12	1.82
211201--211236	9	4.1	9	89	3	56	0	25	0	75	0.81
211201--211233	13	2.5	13	95	0	57	0	24	0	75	0.80
211271--211328	22	2.7	21	84	12	66	27	5	0	67	1.12
211270--211318	13	3.6	14	78	10	50	24	8	0	67	1.18
211289--211337	17	2.9	17	75	22	57	30	2	0	67	1.02
213428--213463	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
216404--216476	32	2.3	32	95	0	128	41	26	21	10	1.86
232586--232771	73	2.5	73	95	0	345	40	24	5	29	1.78
235693--235731	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
235959--236048	45	2.0	45	93	2	153	18	23	26	31	1.98
235957--236055	23	4.3	23	89	3	155	20	22	26	31	1.98
239614--239797	73	2.5	73	98	0	350	40	23	6	29	1.80
264412--264451	17	2.2	17	82	8	53	70	2	0	27	1.01
264554--264621	31	2.1	33	86	10	97	27	11	19	41	1.86
280548--280640	18	5.2	18	84	0	123	33	15	22	29	1.94
280548--280640	36	2.6	36	91	0	141	33	15	22	29	1.94
293265--293322	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
293534--293565	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293660--293906	50	4.8	51	85	6	297	26	24	28	20	1.99
293660--293907	99	2.4	103	87	7	355	26	24	28	20	1.99
298235--298259	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
305398--305446	18	2.8	17	78	9	53	44	4	0	51	1.20
317382--317413	13	2.3	15	89	10	50	6	15	6	71	1.26
323808--323943	70	1.9	70	86	5	195	36	11	11	41	1.76
326182--326328	37	4.0	37	92	1	242	27	20	12	38	1.89
326182--326328	73	2.0	74	93	1	251	27	20	12	38	1.89
330784--330874	29	3.0	31	91	4	150	31	3	0	64	1.09
330817--330883	20	3.9	19	66	33	62	34	2	0	62	1.10
330846--330883	20	2.0	20	94	5	69	36	2	0	60	1.11
330848--330889	19	2.2	19	83	8	50	38	2	0	59	1.10
330847--330890	20	2.3	19	88	4	61	36	2	0	61	1.09
339421--339467	23	2.0	23	87	0	67	12	12	4	70	1.31
343076--343136	30	2.0	31	90	3	97	39	0	40	19	1.52
343185--343212	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
359320--359357	19	2.0	19	85	10	51	39	0	10	50	1.37
364811--364874	31	2.1	31	87	0	92	28	25	15	31	1.96
366224--366251	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
366905--366961	29	1.9	30	92	3	98	61	10	8	19	1.54
368642--368695	21	2.5	22	85	11	67	57	1	1	38	1.20
368691--368762	16	4.6	16	67	11	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369499--369563	30	2.2	30	94	0	112	60	13	3	23	1.48
372786--372848	31	2.0	31	84	6	83	47	7	6	38	1.58
382964--383016	26	2.0	26	82	7	63	37	0	3	58	1.16
383884--383914	6	5.3	6	92	7	55	51	16	0	32	1.44
387051--387084	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
391679--391712	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
401917--401952	17	2.0	19	89	10	58	16	5	5	72	1.23
408874--408916	19	2.1	21	87	8	63	53	0	2	44	1.13
410678--410822	39	3.7	38	73	12	98	15	2	60	22	1.45
410666--410822	24	6.4	24	66	16	54	15	1	61	21	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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