genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14350483--14350537	26	2.1	26	86	3	74	63	0	1	34	1.05
14361257--14361458	112	1.8	112	88	0	314	31	14	22	31	1.94
14369516--14369598	28	3.0	28	87	0	112	26	24	26	22	2.00
14369939--14370241	27	11.2	27	86	4	389	17	20	19	42	1.90
14376174--14376216	15	2.8	16	89	7	70	65	0	0	34	0.93
14376199--14376224	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14379555--14379589	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
14380155--14380276	5	24.4	5	100	0	244	40	0	0	59	0.97
14381008--14381062	24	2.2	26	78	18	64	36	0	20	43	1.52
14381219--14381353	40	3.4	39	76	7	139	23	18	25	31	1.97
14388655--14388716	27	2.3	27	79	20	76	46	1	8	43	1.42
14389601--14389754	76	2.0	76	93	0	263	27	22	16	33	1.96
14394778--14394840	27	2.3	27	91	0	99	26	1	3	68	1.14
14394791--14394844	27	2.0	27	100	0	108	22	3	3	70	1.19
14394794--14394851	27	2.1	27	93	0	98	22	5	3	68	1.24
14396433--14396496	21	3.0	21	83	0	92	26	20	21	31	1.98
14396769--14396815	21	2.2	21	85	7	60	40	23	12	23	1.89
14396866--14396942	34	2.3	34	88	4	111	41	16	14	27	1.87
14397761--14397797	5	7.0	5	88	11	56	78	0	21	0	0.75
14397763--14397797	11	3.2	11	91	0	61	80	0	20	0	0.72
14397761--14397797	16	2.3	16	90	9	58	78	0	21	0	0.75
14420516--14420561	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14421818--14421842	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
14424305--14424354	21	2.4	22	80	16	61	50	8	0	42	1.32
14430814--14430864	22	2.3	22	79	0	57	39	11	13	35	1.82
14437888--14437931	22	1.9	24	86	9	65	65	2	25	6	1.28
14439225--14439278	25	2.2	25	93	0	90	44	9	5	40	1.60
14439231--14439281	25	2.0	25	100	0	102	43	7	7	41	1.63
14451326--14451367	11	3.5	13	84	15	54	76	0	7	16	1.00
14451266--14451349	38	2.3	38	76	15	95	70	0	9	20	1.15
14451334--14451367	17	2.0	17	88	11	52	73	0	8	17	1.08
14453841--14454067	79	2.9	79	85	0	292	42	17	10	29	1.82
14457563--14457599	19	1.9	19	100	0	74	35	10	21	32	1.88
14462420--14462452	18	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
14463058--14463086	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
14463957--14463999	22	2.0	21	82	17	52	16	13	11	58	1.64
14468474--14468519	19	2.5	20	86	10	62	52	0	6	41	1.27
14470742--14470770	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
14471361--14471392	13	2.4	14	85	15	50	43	12	15	28	1.83
14471372--14471541	39	4.2	39	82	10	191	39	21	19	20	1.93
14471370--14471514	45	3.3	43	83	12	181	40	20	18	20	1.91
14472574--14472608	10	3.6	10	88	3	54	8	8	8	74	1.23
14473673--14473751	34	2.3	33	82	10	95	46	3	0	49	1.19
14476577--14476714	40	3.5	38	74	16	95	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14476578--14476714	37	3.5	40	74	10	113	31	24	17	27	1.97
14477686--14477751	8	7.4	9	71	19	50	51	3	1	43	1.26
14480457--14480509	3	17.7	3	92	0	88	0	28	0	71	0.86
14483938--14483973	16	2.2	16	90	0	54	2	11	5	80	0.98
14484065--14484096	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14484014--14484102	27	3.2	26	75	24	85	47	2	1	49	1.21
14484356--14484382	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
14484476--14484513	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
14484766--14484945	69	2.6	68	88	3	254	18	25	14	41	1.88
14484766--14484945	34	5.3	34	87	2	245	18	25	14	41	1.88
14485507--14485535	13	2.2	13	100	0	58	13	20	31	34	1.92
14489228--14489279	6	8.3	6	80	16	52	75	0	3	21	0.97
14489233--14489292	24	2.4	25	84	13	72	70	0	6	23	1.11
14495247--14495291	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
14495321--14495363	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
14499388--14499423	17	2.1	17	100	0	72	50	16	16	16	1.79
14505794--14505871	39	2.0	38	85	7	104	29	10	14	46	1.77
14510090--14510122	16	2.1	16	88	11	50	75	0	9	15	1.03
14510079--14510122	24	2.0	21	86	13	61	72	0	11	15	1.11
14515003--14515030	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
14515609--14515679	23	2.9	25	85	6	83	38	21	22	18	1.94
14515569--14515679	25	4.5	25	76	12	95	36	21	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14518307--14518755	225	2.0	225	97	0	844	37	8	19	34	1.83
14518986--14519307	161	2.0	161	95	0	581	34	22	14	28	1.93
14519985--14520127	71	2.0	71	83	2	180	41	24	16	17	1.90
14520037--14520289	117	2.1	117	81	7	305	42	23	16	16	1.88
14520046--14520265	117	1.9	117	85	1	307	43	24	16	15	1.87
14524225--14524382	17	8.7	17	69	22	74	46	1	2	49	1.23
14524208--14524282	12	6.6	12	70	21	54	45	0	2	52	1.15
14524210--14524346	45	2.9	46	71	19	120	45	0	2	51	1.21
14524208--14524283	20	4.0	19	81	11	84	44	0	2	52	1.14
14525195--14525234	16	2.5	16	83	0	53	10	2	37	50	1.50
14525280--14525725	125	3.6	124	92	0	739	28	16	22	32	1.96
14528729--14529113	114	3.4	114	98	0	734	41	7	10	40	1.68
14529121--14529711	21	27.2	21	79	9	553	25	0	27	46	1.58
14530976--14531001	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
14532195--14532248	11	4.9	11	78	14	58	44	0	31	24	1.54
14532195--14532248	22	2.5	22	87	6	74	44	0	31	24	1.54
14532875--14532926	20	2.5	20	84	9	59	59	3	1	34	1.27
14533792--14533823	3	10.7	3	100	0	64	0	65	0	34	0.93
14541101--14541161	32	1.9	32	96	0	113	26	11	9	52	1.68
14542234--14542268	6	5.8	6	100	0	70	0	68	0	31	0.90
14545805--14546097	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
14545930--14545971	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14546059--14546100	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14546050--14546091	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14546034--14546350	157	2.0	157	95	1	564	47	5	3	43	1.40
14546402--14546492	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
14546473--14546541	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
14546473--14546541	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
14549277--14549337	31	1.9	32	83	9	81	40	4	0	54	1.22
14561092--14561122	13	2.4	13	100	0	62	35	25	25	12	1.92
14562050--14562215	24	6.7	26	80	10	163	33	19	24	22	1.97
14562061--14562307	25	10.0	25	77	7	202	36	19	23	20	1.95
14562095--14562323	24	9.4	24	75	8	178	36	20	24	18	1.94
14567299--14567337	15	2.6	16	88	8	55	64	0	10	25	1.25
14569010--14569066	29	2.0	29	82	6	71	40	7	8	43	1.63
14574422--14574500	38	2.1	38	90	4	124	15	7	31	45	1.74
14576903--14576988	39	2.3	37	78	13	88	55	3	3	37	1.34
14577015--14577057	23	2.0	22	86	9	61	65	6	6	20	1.41
14578810--14578926	44	2.7	44	85	5	148	27	22	20	29	1.98
14578895--14579014	44	2.7	46	77	11	124	25	26	20	26	1.99
14579022--14579834	267	3.0	267	90	0	1232	26	25	19	28	1.99
14579475--14579665	50	3.8	50	70	0	130	26	24	23	26	2.00
14580001--14580166	44	3.8	44	88	1	244	28	25	17	27	1.98
14581037--14581085	25	1.9	26	87	4	73	61	10	12	16	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14581378--14581415	17	2.3	17	86	13	53	10	10	2	76	1.12
14586486--14586548	29	2.3	26	78	8	72	60	3	0	36	1.13
14586581--14586623	23	2.0	22	86	9	61	65	6	6	20	1.41
14598988--14599046	28	2.0	31	83	9	79	44	0	5	50	1.24
14600752--14600850	41	2.4	41	86	3	146	29	21	29	20	1.98
14602900--14602956	25	2.3	25	84	0	69	19	28	17	35	1.94
14604457--14604486	14	2.1	15	93	6	53	13	20	0	66	1.24
14607084--14607114	16	1.9	16	93	0	53	32	3	3	61	1.28
14607110--14607143	16	2.1	17	89	10	54	38	0	0	61	0.96
14607073--14607160	42	2.0	45	80	13	101	37	1	2	59	1.18

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