genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568931--24568968	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
24568948--24568986	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
24574115--24574139	6	4.2	6	100	0	50	16	48	20	16	1.82
24585729--24585763	6	5.8	6	100	0	70	31	17	17	34	1.93
24588303--24588327	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
24590449--24590500	3	17.0	3	84	4	59	32	5	1	59	1.32
24590437--24590500	18	3.6	18	87	4	85	31	4	4	59	1.38
24590450--24590500	15	3.3	15	83	2	66	33	5	1	58	1.33
24595481--24595505	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
24600292--24600323	9	3.6	9	91	0	55	43	15	9	31	1.78
24601242--24601267	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
24609038--24609069	14	2.3	14	94	0	55	46	9	6	37	1.61
24611716--24611752	17	2.2	17	95	0	65	32	18	18	29	1.96
24611808--24611859	22	2.3	23	80	10	61	30	11	13	44	1.79
24615899--24616316	43	9.8	43	78	8	342	40	23	13	22	1.89
24615940--24616316	169	2.2	170	81	5	440	40	24	13	22	1.89
24615899--24616295	212	1.9	212	82	6	509	41	23	13	21	1.89
24616254--24616394	72	2.0	72	81	2	167	42	19	14	22	1.88
24620263--24620390	35	3.6	35	89	1	175	42	34	9	13	1.76
24621680--24621895	70	3.1	70	83	1	236	33	3	30	32	1.75
24621680--24621862	35	5.2	35	82	2	206	33	3	30	32	1.76
24621770--24621901	35	3.8	35	82	1	131	32	5	30	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24625377--24625405	3	10.0	3	92	7	51	65	0	0	34	0.93
24626932--24626976	21	2.1	21	83	0	54	26	17	22	33	1.96
24630577--24631226	357	1.8	356	84	6	866	41	12	20	25	1.88
24632817--24632992	60	2.9	60	78	9	164	47	17	14	21	1.83
24633709--24633757	26	1.9	25	88	12	73	53	8	18	20	1.70
24638319--24638764	88	5.1	87	77	4	412	27	24	25	22	2.00
24638319--24638804	175	2.8	175	80	3	476	27	24	24	23	2.00
24638817--24638914	44	2.2	44	92	0	160	24	19	25	30	1.98
24638900--24639010	44	2.5	44	84	5	136	33	20	17	28	1.95
24639033--24639144	44	2.6	43	81	5	127	32	19	22	25	1.98
24640543--24640577	15	2.4	15	95	4	63	34	2	5	57	1.37
24649060--24649086	6	4.5	6	100	0	54	18	29	37	14	1.91
24650957--24650981	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
24661449--24661509	2	30.5	2	93	0	104	0	45	0	54	1.00
24671813--24671995	30	6.2	30	85	7	234	31	8	16	43	1.78
24672137--24672216	41	2.0	40	85	2	106	25	20	26	28	1.99
24674475--24674547	32	2.3	32	79	6	78	56	8	4	31	1.48
24676593--24676652	19	3.2	18	79	9	66	33	3	1	61	1.22
24686671--24686701	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
24687391--24687439	14	3.2	14	76	18	53	51	8	8	32	1.61
24687583--24687659	38	2.0	38	92	5	129	50	7	14	27	1.70
24689511--24689535	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24692175--24692412	43	5.6	41	83	5	251	26	30	18	24	1.98
24692175--24692420	86	2.9	83	82	4	278	27	30	18	24	1.98
24694072--24694132	28	2.2	28	85	5	79	32	24	9	32	1.88
24697428--24697467	18	2.2	18	90	0	62	15	2	2	80	0.93
24697814--24697855	22	1.9	22	85	0	57	30	45	2	21	1.65
24697847--24697887	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
24698048--24698098	25	2.1	24	85	3	66	62	0	0	37	0.95
24698133--24698194	21	2.9	21	74	11	54	37	37	0	25	1.57
24698179--24698252	33	2.2	33	85	0	94	33	44	4	17	1.68
24699101--24699382	41	6.9	41	88	0	411	29	27	21	20	1.98
24699419--24699553	40	3.4	40	80	4	150	20	19	21	38	1.94
24705687--24705797	27	4.1	27	82	4	125	27	25	6	41	1.79
24710531--24710574	23	1.9	23	95	0	79	38	18	15	27	1.91
24710594--24710846	24	11.0	24	70	14	151	42	15	9	32	1.78
24710594--24710842	47	5.4	47	87	3	346	42	14	9	32	1.79
24710594--24710842	92	2.7	90	89	3	363	42	14	9	32	1.79
24710594--24710852	138	1.9	137	90	2	412	42	14	9	32	1.78
24710743--24710815	23	3.2	23	71	21	71	39	13	10	35	1.80
24711201--24711230	14	2.1	15	93	6	53	56	20	0	23	1.42
24711883--24712007	43	2.9	43	76	15	132	31	29	16	22	1.96
24714034--24714553	47	11.1	47	93	0	835	28	30	9	31	1.88
24725081--24725138	26	2.2	26	93	0	98	25	12	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24727163--24727280	25	4.8	25	71	11	82	40	22	18	18	1.91
24734467--24734527	25	2.5	25	78	5	63	40	16	26	16	1.89
24745960--24745993	15	2.1	17	89	10	54	55	5	0	38	1.24
24749707--24750045	178	1.9	177	88	3	511	24	12	19	43	1.85
24761669--24761714	15	3.1	15	84	15	60	63	0	2	34	1.07
24763837--24763874	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
24765460--24765540	26	3.2	26	62	28	64	23	14	28	33	1.94
24765350--24765548	51	3.9	50	76	9	215	25	17	26	30	1.97
24770041--24770072	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
24773258--24773302	17	2.8	17	80	10	58	53	2	20	24	1.57
24773463--24773517	23	2.4	23	93	0	92	25	29	7	38	1.83
24774094--24774254	70	2.4	66	84	7	216	54	7	5	32	1.51
24774094--24774233	70	2.0	72	90	4	221	55	8	5	30	1.51
24776148--24776185	20	1.9	20	100	0	76	21	23	23	31	1.98
24785161--24785242	41	2.0	41	97	0	155	36	12	15	35	1.85
24791458--24791518	16	3.6	17	79	16	65	34	0	0	65	0.93
24797579--24797620	22	2.0	21	85	4	57	69	2	0	28	1.01
24805199--24805302	31	3.3	30	67	17	84	40	7	5	46	1.57
24805198--24805334	65	2.1	65	98	0	265	44	8	4	43	1.53
24805424--24805477	6	9.2	6	80	11	67	51	0	0	48	1.00
24806433--24806471	19	2.1	19	100	0	78	25	0	35	38	1.56
24810435--24811145	354	2.0	354	100	0	1422	37	19	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24811928--24811959	10	3.4	10	87	12	50	84	0	15	0	0.63
24814530--24814565	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
24822775--24822947	69	2.5	69	86	1	222	28	14	22	34	1.93
24823045--24823385	138	2.5	139	93	6	588	24	17	20	37	1.94
24823305--24823527	71	3.0	72	84	10	281	30	16	19	34	1.94
24823481--24823576	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
24823410--24823648	121	2.0	120	94	0	415	30	16	20	32	1.95
24823530--24823707	74	2.4	73	88	1	277	32	16	21	29	1.96
24823356--24823922	195	2.8	195	84	8	680	30	16	20	32	1.95
24823658--24823756	49	2.0	49	96	0	180	32	18	24	25	1.97
24823769--24824567	74	10.2	73	69	17	425	30	16	19	33	1.93
24824340--24824562	76	2.9	77	82	3	276	34	17	18	30	1.94
24823944--24824674	241	3.0	240	93	2	1238	32	16	18	32	1.93
24823994--24824773	241	3.3	234	85	8	979	31	16	18	33	1.93
24825483--24825512	10	3.1	10	95	4	53	83	0	16	0	0.65
24825483--24825515	17	2.0	16	94	5	57	84	0	15	0	0.61
24826084--24826128	25	2.0	24	83	16	60	42	11	0	46	1.39
24827823--24827865	21	2.1	21	91	4	70	30	4	13	51	1.62
24830368--24830405	12	2.8	14	84	15	53	68	0	0	31	0.90
24830370--24830442	16	5.1	14	78	15	69	64	0	2	32	1.08
24845403--24845427	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
24847777--24847850	17	4.4	17	74	6	60	31	6	13	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24851854--24851948	48	2.0	48	97	0	181	41	14	22	22	1.90
24853902--24853966	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
24860095--24860159	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
24867550--24867586	9	4.1	9	85	0	56	43	13	10	32	1.79
24870247--24870281	16	2.1	17	94	5	63	74	5	0	20	1.02
24870247--24870284	15	2.4	15	91	8	58	73	5	0	21	1.02
24877470--24877500	16	1.9	16	100	0	62	45	19	16	19	1.86
24884626--24884657	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
24887911--24887964	16	3.4	17	80	10	69	18	24	0	57	1.40
24895818--24895854	3	12.3	3	94	0	65	64	0	35	0	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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