genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  97  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27116474--27116699	99	2.3	98	79	6	233	26	20	29	23	1.99
27123132--27123328	50	3.9	50	94	0	322	25	22	31	19	1.98
27124891--27125076	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
27142816--27142953	68	2.0	67	94	1	240	33	13	17	36	1.88
27144530--27144631	37	2.8	38	81	8	106	45	0	3	50	1.20
27144586--27144632	13	3.8	13	81	13	55	42	0	0	57	0.98
27144567--27144640	28	2.9	26	82	11	75	41	0	1	56	1.07
27144828--27144866	16	2.4	16	82	0	51	23	30	5	41	1.76
27166979--27167029	23	2.2	23	92	0	84	27	31	17	23	1.97
27177596--27177627	14	2.3	14	94	0	55	25	21	25	28	1.99
27183050--27183207	25	6.3	25	73	11	126	25	13	24	36	1.93
27183005--27183135	50	2.6	50	82	0	145	24	18	22	35	1.96
27183039--27183220	75	2.4	75	81	5	215	24	13	25	36	1.92
27202345--27202386	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
27202449--27202507	30	2.0	30	83	6	75	47	11	8	32	1.70
27210552--27210588	11	3.4	11	92	0	56	21	5	43	29	1.75
27217586--27217637	25	2.1	25	92	0	86	34	19	19	26	1.95
27217586--27217644	25	2.4	25	88	0	73	35	16	20	27	1.94
27217626--27217692	25	2.7	25	77	11	68	41	14	19	23	1.89
27219515--27219556	21	2.0	22	81	13	52	11	7	4	76	1.15
27222186--27222428	50	4.8	50	88	0	333	20	30	23	25	1.98
27222186--27222428	100	2.4	100	90	0	369	20	30	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27228918--27228958	20	2.0	20	95	0	73	29	21	0	48	1.50
27231492--27231547	27	2.1	27	100	0	112	41	26	0	32	1.56
27231933--27232012	39	2.1	39	87	0	115	35	21	28	15	1.93
27231944--27232057	39	2.9	39	82	2	122	32	16	33	17	1.93
27231946--27232070	39	3.2	39	81	0	115	35	16	30	17	1.93
27236314--27236405	37	2.5	37	82	8	107	46	1	21	30	1.58
27258978--27259011	10	3.4	10	91	0	50	82	0	17	0	0.67
27262840--27262958	27	4.4	27	88	4	159	44	20	19	15	1.87
27262853--27262957	54	1.9	54	94	0	183	45	20	18	15	1.85
27262857--27262995	54	2.6	54	81	12	153	43	24	16	15	1.86
27263001--27263060	27	2.2	27	87	0	84	33	20	26	20	1.97
27263014--27263089	26	2.9	26	84	2	80	28	21	25	25	1.99
27263082--27263167	24	3.6	24	75	10	77	27	8	19	44	1.79
27263343--27263496	32	4.8	33	71	10	131	20	21	20	37	1.95
27263342--27263496	64	2.4	64	86	2	213	20	21	20	37	1.95
27263729--27263782	28	1.9	28	92	0	90	22	22	25	29	1.99
27286024--27286054	16	1.9	16	93	0	53	0	16	0	83	0.64
27288590--27288680	30	3.0	30	90	0	128	28	15	19	36	1.92
27288801--27288825	7	3.6	7	100	0	50	28	0	28	44	1.55
27291558--27291612	22	2.5	22	75	0	56	52	3	3	40	1.36
27296820--27296853	14	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
27296858--27296915	10	5.9	10	73	17	50	63	3	0	32	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27296844--27296909	29	2.3	29	79	7	73	65	1	1	31	1.11
27296857--27296926	19	3.7	19	77	7	63	64	2	1	31	1.17
27297289--27297486	100	2.0	98	81	7	231	31	8	20	40	1.81
27301071--27301111	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
27311622--27311775	74	2.1	74	96	0	281	30	7	25	36	1.83
27313955--27314056	45	2.3	45	82	0	123	45	10	18	25	1.82
27313970--27314070	45	2.2	45	82	0	112	41	13	18	25	1.88
27315367--27315401	17	2.1	17	100	0	70	22	0	31	45	1.53
27321786--27321817	16	2.0	17	88	11	50	28	0	25	46	1.53
27323979--27324038	26	2.4	25	78	13	68	50	1	3	45	1.28
27327271--27327367	23	4.3	23	80	2	97	32	16	14	36	1.89
27327340--27327440	36	2.8	35	83	7	107	36	19	12	30	1.90
27327378--27327473	36	2.8	35	81	6	108	35	18	15	30	1.92
27327588--27327684	24	4.0	24	69	15	74	35	21	19	23	1.96
27330947--27331042	38	2.5	37	88	8	138	62	0	2	35	1.07
27330929--27331043	38	2.9	38	82	13	135	61	0	1	35	1.12
27331948--27331987	21	1.9	21	94	0	71	47	0	0	52	1.00
27332046--27332105	31	1.9	31	83	10	77	38	3	5	53	1.39
27336155--27336179	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
27342040--27342078	17	2.4	16	87	12	53	41	0	17	41	1.50
27343005--27343052	17	2.5	20	71	25	50	68	10	6	14	1.37
27350380--27350412	17	1.9	17	88	11	50	30	3	21	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27353139--27353197	26	2.3	26	85	5	75	47	11	11	28	1.76
27364752--27364785	17	2.1	17	88	5	52	64	2	23	8	1.36
27373889--27374000	44	2.6	43	82	5	136	28	18	22	30	1.97
27373807--27374441	45	14.5	45	71	13	369	30	19	23	26	1.98
27374019--27374438	133	3.2	133	74	9	335	31	20	22	26	1.98
27374159--27374476	174	1.8	174	86	4	462	33	19	21	26	1.97
27375965--27376007	22	1.9	23	86	13	63	37	4	0	58	1.19
27375939--27376007	26	2.7	26	77	18	74	36	5	1	56	1.32
27380436--27380724	41	6.5	41	66	15	112	32	17	18	30	1.95
27380376--27380690	92	3.4	92	73	12	315	34	16	18	30	1.93
27380296--27380738	182	2.4	182	86	2	640	32	17	19	29	1.95
27380659--27381088	44	9.5	44	69	14	200	30	17	21	30	1.96
27380831--27381090	45	5.8	44	72	13	188	30	17	21	30	1.97
27380840--27381146	96	3.3	96	74	11	350	31	17	21	30	1.96
27380840--27381186	181	1.9	181	93	1	597	30	17	21	30	1.96
27380522--27381186	318	2.1	313	84	6	840	32	17	20	29	1.95
27393984--27394020	3	12.3	3	91	0	56	70	27	0	2	1.01
27396263--27396351	45	2.0	45	91	4	144	30	4	8	56	1.50
27396796--27396884	44	2.2	41	79	15	103	26	12	11	49	1.74
27396811--27396900	44	2.0	44	97	0	171	27	13	12	46	1.78
27400169--27400244	26	2.9	26	76	7	82	34	17	5	43	1.71
27400390--27400427	19	2.1	18	85	14	51	13	23	0	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27403050--27403084	13	2.7	13	81	0	52	25	11	8	54	1.64
27404791--27404849	25	2.4	24	83	5	73	69	6	8	15	1.34
27407982--27408025	17	2.5	18	82	14	56	47	2	0	50	1.13
27407998--27408125	69	1.9	69	82	8	163	41	3	4	50	1.42
27414056--27414415	22	16.4	22	84	0	443	43	18	10	27	1.83
27414310--27414412	11	9.4	11	65	16	52	44	18	8	28	1.79
27421287--27421323	13	2.8	13	100	0	74	48	16	5	29	1.68
27421427--27421560	5	27.2	5	67	22	54	56	18	3	20	1.56
27421445--27421576	67	1.9	71	86	9	193	56	18	3	20	1.57
27425029--27425155	34	3.8	33	79	10	141	66	0	30	1	1.06
27425241--27425294	28	2.0	27	85	3	72	42	3	9	44	1.54
27428764--27428796	16	2.0	17	88	5	50	63	12	0	24	1.28
27429096--27429157	27	2.3	27	85	0	79	19	32	30	17	1.95
27429142--27429194	27	2.0	27	84	0	70	18	30	22	28	1.98
27433674--27433713	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
27434143--27434230	27	3.3	27	87	3	124	21	23	31	22	1.98
27434381--27434429	21	2.3	22	79	13	57	18	0	12	69	1.19
27434466--27434500	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
27437065--27437155	27	3.4	27	83	3	112	21	30	24	23	1.99
27438287--27438354	30	2.2	29	85	12	84	41	0	0	58	0.98
27455017--27455062	20	2.3	20	92	7	76	54	2	2	41	1.25
27455358--27455402	20	2.3	20	80	3	56	37	11	0	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27455375--27455498	9	12.9	10	69	19	59	41	6	0	52	1.27
27455401--27455519	20	5.8	20	68	18	59	40	5	0	54	1.22
27464707--27464793	42	2.1	42	88	0	129	45	3	4	45	1.40
27464628--27464817	103	1.8	103	96	0	353	43	3	5	47	1.41
27475947--27475981	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
27488117--27488142	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
27488977--27489015	21	1.9	21	89	5	62	25	15	25	33	1.95
27493003--27493031	12	2.3	13	94	5	51	0	24	0	75	0.80
27493092--27493136	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
27496408--27496467	27	2.2	27	78	0	66	35	15	21	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189