genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  92  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25502818--25502864	16	2.9	16	75	15	51	34	4	0	61	1.15
25509429--25509573	23	6.3	23	92	0	236	20	21	26	31	1.98
25509429--25509573	69	2.1	69	96	0	272	20	21	26	31	1.98
25516138--25516168	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
25521172--25521210	19	2.0	19	85	5	51	38	10	20	30	1.86
25521291--25521331	20	2.0	21	85	4	57	43	2	4	48	1.37
25539143--25539176	13	2.5	13	85	4	50	76	5	2	14	1.09
25539233--25539289	13	3.5	17	72	20	59	75	3	8	12	1.16
25539221--25539289	30	2.3	31	94	2	122	76	2	10	10	1.11
25540144--25540175	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
25540284--25540328	21	2.3	18	85	11	54	55	0	26	17	1.42
25552608--25552677	36	1.9	36	100	0	140	38	17	14	30	1.89
25556631--25556668	18	2.1	19	85	5	51	23	10	26	39	1.87
25557769--25557814	20	2.3	21	81	11	60	34	6	0	58	1.24
25557880--25557918	10	3.9	10	79	0	51	33	0	5	61	1.18
25559433--25559458	9	2.9	9	100	0	52	11	34	19	34	1.88
25561892--25561934	16	2.7	16	81	0	59	27	6	9	55	1.57
25565751--25565784	16	2.1	16	88	0	50	11	32	0	55	1.36
25568920--25568957	20	1.9	20	100	0	76	47	15	5	31	1.68
25568945--25569023	14	5.3	14	71	14	59	40	17	7	34	1.78
25572182--25572281	50	2.0	50	100	0	200	48	18	12	22	1.80
25575684--25575745	32	1.9	32	86	0	88	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25575702--25575803	40	2.5	41	91	4	161	62	0	1	35	1.06
25575740--25575833	32	3.2	29	79	20	122	67	0	2	30	1.03
25575780--25575824	21	2.1	21	91	0	72	68	0	2	28	1.01
25579786--25579891	41	2.6	41	95	0	185	31	24	20	23	1.98
25585176--25585211	16	2.2	16	95	0	63	38	0	25	36	1.56
25585336--25585474	59	2.3	59	86	7	181	51	0	2	45	1.18
25585476--25585561	10	9.0	10	67	23	51	47	0	2	50	1.14
25585463--25585565	32	3.2	31	78	16	102	47	0	1	50	1.12
25585474--25585579	34	3.2	33	82	10	144	45	0	1	51	1.18
25605678--25605738	27	2.3	26	94	5	104	67	0	1	31	1.01
25605956--25605986	16	1.9	16	93	0	53	38	3	35	22	1.71
25606200--25606241	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25606209--25606250	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25606453--25606487	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25606479--25606508	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
25606198--25606606	120	3.5	121	88	7	628	50	5	2	42	1.38
25606588--25606846	47	5.7	46	69	19	166	47	3	3	45	1.39
25606647--25606869	44	5.0	43	67	21	134	48	3	3	44	1.35
25606622--25606870	91	2.7	91	94	0	435	47	3	3	45	1.37
25606835--25606873	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
25629998--25630038	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
25634531--25634590	30	2.0	30	100	0	120	36	10	13	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25634793--25634844	16	3.2	16	86	10	79	28	0	32	38	1.57
25634974--25635283	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
25635037--25635286	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
25644612--25644636	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
25644561--25644660	50	2.0	51	82	7	125	45	5	18	32	1.71
25647735--25647863	10	12.9	10	68	20	58	62	2	3	31	1.26
25647734--25647840	19	5.5	19	72	16	69	61	2	3	31	1.28
25647795--25647852	18	3.1	19	80	7	57	67	1	3	27	1.17
25647796--25647901	49	2.1	51	84	11	139	66	2	3	26	1.22
25647831--25647905	29	2.7	29	76	15	77	68	2	4	25	1.21
25661964--25662021	18	3.0	20	78	17	68	55	1	3	39	1.27
25667624--25667907	154	1.8	154	88	1	435	41	10	4	42	1.59
25674505--25674547	21	2.0	21	82	8	52	55	4	2	37	1.33
25694409--25694454	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
25701785--25701818	6	5.5	6	86	6	50	79	2	2	14	0.97
25702779--25702803	9	2.8	9	100	0	50	56	24	0	20	1.43
25705606--25705654	20	2.5	19	90	6	71	40	14	30	14	1.85
25705627--25705780	20	7.7	20	67	9	82	35	16	31	16	1.91
25705637--25705780	40	3.6	40	84	1	182	35	16	31	15	1.91
25712250--25712293	18	2.4	18	92	0	70	40	40	2	15	1.60
25712396--25712453	9	6.4	9	95	0	107	25	10	20	43	1.84
25719300--25719328	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25727075--25727119	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
25730821--25731014	92	2.1	92	86	5	268	45	4	4	46	1.41
25730957--25731004	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
25731075--25731293	66	3.5	63	69	21	181	41	3	6	48	1.46
25731045--25731337	120	2.4	120	92	4	459	42	3	5	49	1.40
25731170--25731221	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
25731299--25731340	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25731290--25731331	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25731274--25731590	157	2.0	157	96	1	582	47	5	3	44	1.42
25731443--25731477	18	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
25731713--25731748	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
25735260--25735299	13	3.1	13	88	0	53	25	22	5	47	1.71
25740467--25740642	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
25741770--25741954	79	2.3	81	82	7	209	25	22	27	24	2.00
25741770--25741954	40	4.6	39	82	4	194	25	22	27	24	2.00
25741826--25741977	79	1.9	79	82	7	193	28	19	26	25	1.99
25748763--25748959	98	2.0	98	94	0	349	28	10	23	37	1.88
25752913--25752974	20	3.0	21	65	21	58	27	24	14	33	1.94
25752909--25752993	41	2.1	41	95	4	154	31	22	14	31	1.93
25754110--25754148	20	2.0	19	85	5	51	56	17	5	20	1.60
25755419--25755490	27	2.6	29	89	6	105	37	11	1	50	1.47
25755555--25755621	27	2.5	27	92	0	107	29	29	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25755663--25755820	4	37.0	4	77	17	110	70	0	29	0	0.88
25755652--25755820	18	9.8	17	72	20	88	69	0	30	0	0.89
25755668--25755858	48	3.9	49	79	10	164	70	0	29	0	0.87
25755662--25755834	38	4.7	36	77	16	153	70	0	29	0	0.87
25755683--25755863	40	4.7	38	71	20	144	70	0	29	0	0.88
25756683--25757252	160	3.6	160	73	12	499	51	7	12	29	1.66
25756652--25757252	319	1.9	321	93	1	1055	51	7	11	29	1.66
25762654--25762692	19	2.2	18	90	9	62	48	17	0	33	1.48
25762775--25762813	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
25762837--25762876	11	3.7	11	86	6	64	2	25	0	72	0.97
25763012--25763038	14	1.9	14	100	0	54	14	3	14	66	1.38
25763039--25763101	28	2.2	28	88	5	92	49	0	4	46	1.23
25769336--25769378	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
25769334--25769380	23	2.0	23	100	0	94	36	0	17	46	1.48
25774973--25775223	42	6.0	41	80	7	265	32	22	20	24	1.98
25774973--25775223	84	3.0	82	82	8	292	32	22	20	24	1.98
25775651--25775678	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50
25775663--25775732	21	3.3	21	85	0	104	5	41	17	35	1.73
25775663--25775752	21	4.3	21	84	0	99	4	42	16	36	1.69
25778418--25778449	6	5.3	6	92	0	55	21	15	46	15	1.83
25779752--25779836	7	12.0	7	75	7	64	45	40	0	14	1.44
25780081--25780115	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25780245--25780904	114	5.8	114	86	0	815	26	22	18	32	1.97
25780956--25781049	40	2.3	40	87	3	127	13	19	26	40	1.89
25781309--25781339	5	6.4	5	92	7	55	80	0	0	19	0.71
25781294--25781339	14	3.2	14	81	6	56	73	2	4	19	1.10
25781845--25781905	31	2.0	31	96	0	113	39	16	14	29	1.88
25790431--25790570	70	2.0	70	94	0	244	22	15	12	50	1.76
25805730--25805766	19	1.9	19	88	0	56	29	21	18	29	1.97
25807784--25807818	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25807677--25807960	120	2.4	120	89	2	437	44	1	4	48	1.33
25807904--25807938	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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