genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  102  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28419795--28419936	42	3.4	41	85	4	187	28	19	23	28	1.98
28421534--28421665	67	1.9	66	84	6	174	41	13	12	31	1.82
28425011--28425195	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
28425012--28425195	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
28425064--28425228	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
28425960--28426445	240	2.0	240	99	0	963	37	12	20	29	1.90
28428656--28428680	10	2.5	10	100	0	50	40	12	0	48	1.40
28432995--28433024	6	4.8	6	95	4	51	83	3	13	0	0.77
28434337--28434474	42	3.2	41	70	12	125	26	26	21	26	1.99
28434320--28434545	86	2.6	87	89	2	337	29	21	23	25	1.99
28434326--28434556	90	2.6	87	88	2	338	29	22	22	25	1.99
28434499--28435070	218	2.6	217	93	1	964	29	20	24	25	1.99
28434895--28435244	176	2.0	175	87	0	502	29	21	23	26	1.99
28435146--28435487	88	3.9	88	85	1	452	26	22	26	25	2.00
28435146--28435428	44	6.4	45	65	10	145	27	22	25	24	2.00
28435470--28435703	44	5.3	44	82	3	299	30	14	23	32	1.94
28435461--28435731	89	3.1	89	85	2	393	30	14	24	30	1.94
28440138--28440177	21	1.9	21	89	0	62	25	35	17	22	1.95
28441270--28441441	90	1.9	90	86	0	245	33	12	29	24	1.92
28465889--28466059	27	6.4	27	86	1	236	19	16	20	43	1.88
28465889--28466059	80	2.1	81	87	1	254	19	16	20	43	1.88
28467173--28467219	24	1.9	24	91	4	76	25	36	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28471407--28471494	45	1.9	46	83	2	115	43	4	19	32	1.71
28479440--28479477	18	2.1	18	90	0	58	52	0	0	47	1.00
28484139--28484195	29	1.9	30	82	3	71	57	5	22	14	1.56
28489136--28489178	21	2.0	22	82	13	54	41	18	2	37	1.63
28493793--28493876	24	3.3	27	75	22	76	54	1	1	42	1.15
28493823--28493890	24	2.9	24	76	4	77	52	1	1	44	1.19
28495791--28495845	20	2.7	21	83	11	69	47	16	10	25	1.79
28506695--28506879	80	2.3	81	83	11	238	19	17	20	43	1.88
28506695--28506879	27	6.9	27	85	3	232	19	17	20	43	1.88
28509143--28509280	25	5.5	25	72	13	131	34	25	15	24	1.94
28509143--28509284	50	2.8	50	87	2	214	34	25	15	24	1.95
28516005--28516113	28	3.9	28	81	1	94	10	33	33	23	1.88
28521305--28521437	66	2.0	66	100	0	266	35	21	12	31	1.90
28533125--28533173	21	2.3	21	85	0	62	38	32	2	26	1.68
28534130--28534227	47	2.1	47	98	0	187	31	7	44	16	1.74
28537411--28537442	15	2.0	17	88	11	50	21	0	21	56	1.43
28550996--28551163	67	2.5	67	80	1	185	27	20	19	32	1.97
28551203--28551296	27	3.5	27	73	0	80	23	28	12	35	1.92
28552638--28552670	14	2.2	16	89	10	52	36	39	0	24	1.56
28552612--28552659	25	1.9	25	82	0	60	39	33	6	20	1.78
28552809--28553322	51	10.1	51	84	0	562	38	17	11	31	1.86
28552815--28553322	153	3.3	152	86	0	665	38	17	11	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28553185--28553266	24	3.3	24	65	15	67	36	18	9	35	1.84
28553204--28553285	27	3.1	27	61	22	66	39	14	10	35	1.82
28553848--28554155	43	7.3	42	83	3	370	26	29	18	25	1.98
28558775--28558820	23	2.0	23	91	4	76	54	6	15	23	1.64
28558777--28558822	22	2.0	23	87	4	67	54	6	13	26	1.62
28559604--28559703	41	2.4	41	84	0	137	28	25	22	25	1.99
28559775--28559886	40	2.8	40	82	1	136	15	24	25	35	1.94
28560807--28560839	10	3.4	10	91	8	59	30	0	0	69	0.88
28563956--28563986	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
28566674--28566788	25	4.6	25	79	5	108	33	20	22	22	1.97
28566770--28566917	74	2.0	74	95	0	269	33	18	16	30	1.94
28573439--28573685	50	4.8	50	81	8	259	28	21	27	22	1.99
28577649--28577764	25	4.6	25	76	8	101	27	26	18	27	1.98
28577651--28577764	50	2.3	50	83	3	140	27	26	18	28	1.98
28600175--28600215	17	2.4	17	87	4	55	7	9	2	80	0.99
28601417--28601842	108	4.0	107	89	1	611	33	17	16	32	1.92
28601419--28601842	215	2.0	214	87	2	618	33	17	16	32	1.92
28603260--28603306	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
28607509--28607712	9	23.7	9	68	14	108	31	2	21	45	1.65
28607485--28607555	29	2.3	31	83	11	85	32	0	19	47	1.50
28607507--28607603	25	3.9	24	73	16	90	34	0	20	45	1.52
28607542--28607702	34	4.9	33	75	13	145	30	2	21	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28607563--28607690	63	2.0	62	91	7	206	28	3	22	45	1.68
28607579--28607712	63	2.2	63	82	9	152	30	3	20	44	1.69
28607703--28607736	12	2.8	12	81	0	50	29	11	14	44	1.81
28607786--28607948	16	10.0	16	66	21	72	34	1	18	46	1.57
28607846--28607999	9	17.7	9	66	18	76	32	2	19	45	1.64
28607811--28607897	34	2.5	35	82	10	108	36	0	18	44	1.50
28607873--28607999	25	5.3	25	73	12	113	32	3	19	44	1.66
28607952--28607990	20	2.0	19	90	5	60	28	2	15	53	1.55
28608056--28608100	23	2.0	22	86	4	63	46	0	6	46	1.29
28608049--28608109	30	2.0	30	84	6	79	47	0	6	45	1.28
28609782--28609831	22	2.3	22	96	0	91	44	18	14	24	1.86
28610558--28610816	105	2.4	106	84	3	344	28	13	13	44	1.82
28610555--28610826	106	2.6	105	79	5	307	28	12	13	45	1.80
28610343--28611044	355	2.0	352	86	4	979	26	14	14	44	1.84
28610978--28611321	137	2.5	131	83	8	318	25	15	15	43	1.85
28610711--28611243	239	2.2	233	88	4	784	25	14	14	45	1.83
28611052--28611321	137	2.0	137	90	4	429	25	14	14	45	1.83
28611643--28611684	15	2.9	15	85	3	50	33	45	2	19	1.63
28611661--28611727	14	4.6	14	78	10	64	34	43	1	20	1.61
28611615--28611724	14	7.6	14	76	12	53	34	40	1	23	1.66
28611980--28612006	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
28612105--28612666	115	4.9	114	80	4	601	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28612105--28612662	229	2.4	230	81	5	714	28	26	19	25	1.99
28612565--28612737	73	2.4	72	83	1	202	24	23	24	28	2.00
28618798--28618852	21	2.6	22	82	8	69	25	9	38	27	1.86
28619016--28619054	18	2.2	18	95	4	71	58	0	0	41	0.98
28619016--28619069	19	3.0	16	82	17	54	59	1	0	38	1.08
28628528--28628573	16	2.7	19	72	27	50	73	0	13	13	1.09
28634858--28634897	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28638941--28638983	16	2.8	16	82	6	54	41	0	55	2	1.12
28643022--28643064	18	2.3	19	80	4	52	34	0	2	62	1.08
28643067--28643127	17	3.4	17	71	22	52	42	3	1	52	1.27
28652955--28653002	15	3.2	15	71	11	53	22	41	0	35	1.54
28659559--28659598	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
28659577--28659706	69	1.9	69	87	3	190	41	2	6	50	1.40
28662729--28662758	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
28673906--28673944	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28675239--28675281	10	4.4	10	91	2	70	72	2	0	25	0.97
28675232--28675292	9	6.7	9	81	9	70	67	1	1	29	1.10
28675239--28675294	19	3.0	18	82	7	67	69	1	1	26	1.08
28681646--28681712	32	2.1	31	83	8	82	43	1	13	41	1.53
28682331--28682442	40	2.8	40	90	0	170	18	25	16	39	1.92
28682331--28682466	40	3.4	39	81	9	159	19	24	17	38	1.93
28696216--28696258	4	10.8	4	80	9	52	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28696433--28696476	17	2.5	17	81	7	52	6	4	13	75	1.17
28696549--28696592	15	2.8	16	83	10	54	36	2	2	59	1.23
28700519--28700559	18	2.3	18	100	0	82	39	9	24	26	1.86
28706422--28706456	4	8.8	4	87	12	54	22	0	0	77	0.78
28708459--28708526	29	2.3	29	85	7	84	57	4	5	32	1.43
28726145--28726171	6	4.5	6	100	0	54	33	0	48	18	1.49
28728294--28728441	62	2.4	62	80	5	165	21	21	29	27	1.99
28728349--28728489	62	2.3	62	79	7	144	18	21	32	26	1.97
28729645--28729671	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28746518--28746559	9	4.7	9	82	5	50	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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