genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27957305--27957341	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
27957425--27957462	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
27962068--27962150	7	11.9	7	81	0	94	42	1	25	31	1.63
27962588--27962774	65	2.9	65	85	0	241	39	2	5	52	1.40
27966208--27966529	161	2.0	157	85	2	428	28	13	10	47	1.76
27969008--27969043	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
27969013--27969085	27	2.7	27	84	2	92	43	0	1	54	1.08
27972251--27972322	36	2.0	35	89	2	108	36	22	8	33	1.84
27974673--27974768	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27975071--27975129	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
27976604--27976699	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27977000--27977058	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
27978530--27978625	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27980459--27980554	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27980857--27980897	17	2.4	17	87	0	55	26	2	0	70	0.99
27982395--27982490	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27984334--27984429	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27986267--27986362	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27986665--27986723	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
27988194--27988289	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27990122--27990216	31	3.1	31	93	4	165	30	9	13	46	1.75
27990520--27990564	14	3.1	14	78	6	54	26	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27990525--27990583	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
27992056--27992151	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27993978--27994070	31	3.0	31	95	3	168	32	8	13	45	1.75
27995874--27995969	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
27998441--27998630	26	7.5	26	68	11	117	38	21	20	19	1.93
27998683--27998864	65	2.8	64	78	1	195	34	25	19	20	1.97
28004646--28004670	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28011910--28011947	14	2.5	15	83	8	51	26	2	0	71	1.00
28017124--28017184	22	2.7	23	85	7	74	19	1	8	70	1.21
28017124--28017184	21	2.8	21	82	7	68	19	1	8	70	1.21
28021172--28021214	22	2.0	22	85	0	59	44	0	4	51	1.22
28026794--28026824	4	7.8	4	100	0	62	48	25	0	25	1.52
28026937--28027028	48	1.9	48	100	0	184	42	9	22	25	1.84
28044228--28044275	24	2.0	24	84	8	62	43	0	12	43	1.42
28047591--28047625	17	2.1	17	94	0	61	28	8	25	37	1.85
28049917--28050604	238	2.9	238	91	0	1081	28	23	12	35	1.92
28052411--28052436	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
28059819--28059852	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
28062650--28062690	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
28064594--28064627	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
28066589--28066622	16	2.2	15	94	5	59	61	0	0	38	0.96
28066588--28066642	8	6.9	8	73	22	53	60	0	1	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28066659--28066709	26	2.0	25	92	3	84	43	0	0	56	0.99
28071067--28071145	24	3.2	24	78	5	79	41	20	20	17	1.90
28071193--28071253	26	2.3	26	83	5	70	34	26	24	14	1.94
28074829--28074886	27	2.1	27	90	0	89	29	13	29	27	1.94
28080193--28080242	23	2.2	23	88	0	73	24	16	18	42	1.89
28080640--28080678	3	12.7	3	94	5	69	35	0	0	64	0.94
28090829--28090977	39	3.7	39	81	6	156	18	22	22	35	1.96
28090866--28091034	45	3.9	45	82	7	199	18	24	21	34	1.96
28092467--28092507	17	2.3	19	87	8	59	60	4	0	34	1.18
28109122--28109165	20	2.2	20	87	0	61	9	11	4	75	1.19
28109122--28109179	31	1.9	30	86	6	82	8	10	5	75	1.17
28109130--28109177	20	2.4	20	79	6	53	8	12	6	72	1.26
28110142--28110179	20	2.0	20	85	15	53	52	2	7	36	1.45
28110118--28110218	17	5.6	18	72	13	55	52	0	4	41	1.30
28116555--28116605	26	1.9	27	88	4	77	23	21	21	33	1.97
28117725--28117808	25	3.4	25	78	6	89	26	22	21	29	1.99
28117714--28117808	50	1.9	49	84	2	127	25	23	21	30	1.99
28118893--28118922	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
28122209--28122241	15	2.2	15	89	10	50	81	0	15	3	0.80
28125299--28125328	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28131880--28132107	102	2.2	102	92	2	377	20	20	28	31	1.97
28138620--28138831	45	4.7	45	80	5	207	22	19	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28140930--28141017	45	2.0	45	100	0	176	48	20	2	28	1.61
28141673--28141856	73	2.5	73	85	3	237	28	22	16	32	1.96
28141652--28141872	73	3.0	71	77	10	214	28	21	17	31	1.96
28144837--28144873	16	2.3	16	100	0	74	32	5	40	21	1.76
28145107--28145240	18	7.9	18	67	17	81	57	3	0	38	1.22
28145180--28145237	26	2.1	28	84	6	75	56	3	0	39	1.16
28145141--28145575	120	3.6	120	96	0	791	51	4	2	41	1.34
28145141--28145575	239	1.8	240	96	0	809	51	4	2	41	1.34
28149874--28149965	22	4.2	22	86	5	105	30	28	0	41	1.56
28149874--28149965	44	2.1	44	84	8	116	30	28	0	41	1.56
28149915--28150017	52	2.0	51	81	12	122	33	33	0	33	1.58
28149967--28150008	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
28150052--28150105	27	2.0	27	92	7	92	40	0	1	57	1.09
28150196--28150258	24	2.7	23	75	18	58	28	0	4	66	1.12
28152389--28152424	18	2.1	18	89	5	56	50	19	0	30	1.48
28152390--28152466	23	3.3	23	77	10	93	46	24	0	28	1.53
28152377--28152466	24	3.8	24	77	10	96	46	23	0	30	1.52
28152400--28153003	28	22.6	26	74	20	381	47	23	0	28	1.52
28152530--28152755	23	9.3	23	82	11	265	46	24	0	28	1.53
28152788--28152868	23	3.3	23	76	15	90	46	25	0	27	1.53
28156168--28156422	124	2.1	124	87	3	361	31	23	15	29	1.95
28163412--28163480	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28163448--28163523	27	2.8	28	82	4	93	53	18	2	25	1.57
28163464--28163517	28	2.0	27	88	3	81	55	14	1	27	1.50
28164844--28164891	24	2.0	24	100	0	96	25	16	12	45	1.82
28167737--28167771	18	1.9	18	88	11	54	8	2	34	54	1.46
28169470--28169595	41	3.1	41	81	0	135	30	16	23	28	1.96
28170998--28171037	15	2.5	17	80	19	50	55	20	5	20	1.62
28171763--28171816	25	2.1	25	83	10	65	50	0	3	46	1.19
28172273--28172329	28	2.0	28	96	0	105	45	19	12	22	1.83
28174766--28174823	28	2.1	28	83	6	73	39	0	17	43	1.49
28174779--28174839	28	2.2	28	82	5	70	39	0	16	44	1.48
28190484--28190622	25	5.6	25	82	1	136	32	17	27	22	1.97
28192766--28192864	37	2.7	35	75	17	94	52	4	3	40	1.36
28194426--28194464	15	2.5	15	87	4	51	23	10	12	53	1.69
28196070--28196120	18	2.9	18	71	5	52	43	3	1	50	1.31
28196154--28196202	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
28202873--28202907	18	1.9	18	88	0	52	57	8	28	5	1.52
28204459--28204524	6	11.3	6	82	14	77	50	1	0	48	1.10
28210555--28210587	14	2.2	16	89	10	52	60	33	0	6	1.21
28211513--28211579	9	7.4	9	94	0	116	23	8	22	44	1.81
28211846--28211870	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
28211838--28211862	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
28211946--28211978	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28212940--28212966	12	2.2	12	100	0	54	81	0	0	18	0.69
28213642--28213681	19	2.1	19	86	9	55	32	7	0	60	1.25
28223978--28224104	62	2.0	62	98	0	245	36	21	12	29	1.90
28224673--28224724	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
28227101--28227573	126	3.8	126	89	1	700	31	15	20	33	1.93
28230688--28230712	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28230704--28231032	55	5.9	56	85	6	474	47	5	11	36	1.62
28230695--28231031	110	3.0	110	94	1	584	47	5	11	35	1.62
28231030--28231171	29	4.9	29	94	0	221	23	0	29	47	1.52
28231030--28231626	58	9.9	58	77	16	581	22	0	32	44	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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