genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  104  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29050455--29050495	20	2.0	20	100	0	82	29	24	14	31	1.95
29055311--29055340	8	3.8	8	100	0	60	50	0	36	13	1.42
29055370--29055524	69	2.3	68	85	3	195	41	6	18	33	1.76
29055402--29055770	165	2.3	164	83	7	448	39	7	15	37	1.76
29057346--29057420	24	3.1	24	77	7	89	6	9	57	26	1.55
29058100--29058150	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
29059976--29060043	29	2.3	28	80	9	73	33	8	7	50	1.61
29064130--29064154	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
29078853--29078913	27	2.3	27	88	0	95	31	26	18	24	1.97
29078865--29078929	27	2.4	27	81	0	67	29	24	20	26	1.99
29084980--29085036	29	2.0	29	96	0	105	31	14	3	50	1.59
29097511--29097535	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
29099484--29099840	44	8.1	44	81	5	317	30	19	17	33	1.94
29116477--29116511	16	2.1	17	89	10	54	57	0	0	42	0.99
29116502--29116558	11	4.9	12	79	14	50	31	0	3	64	1.10
29118171--29118208	7	5.4	7	100	0	76	13	0	0	86	0.56
29121046--29121098	25	2.1	25	92	0	88	9	11	39	39	1.74
29122050--29122086	19	1.9	19	88	0	56	8	16	0	75	1.02
29122725--29122844	63	1.9	63	82	0	150	26	20	26	25	1.99
29122739--29122881	63	2.3	63	80	2	153	29	20	25	25	1.99
29127150--29127186	19	1.9	19	89	10	58	54	2	0	43	1.14
29129411--29129492	6	13.7	6	74	14	62	48	15	14	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29129846--29129882	12	3.2	12	77	14	51	45	24	0	29	1.53
29131454--29132105	325	2.0	325	98	0	1268	32	15	18	33	1.92
29132403--29132538	68	2.0	68	92	0	227	25	10	30	33	1.89
29139009--29139057	19	2.7	18	80	3	53	42	16	8	32	1.77
29141793--29141851	31	1.9	31	89	0	91	38	8	15	37	1.78
29147075--29147139	30	2.1	31	81	13	73	38	0	4	56	1.20
29147121--29147164	23	2.0	22	86	8	63	20	6	6	65	1.39
29150102--29150163	20	3.1	20	85	0	88	33	8	11	46	1.69
29155581--29155614	12	2.8	12	86	0	50	26	61	0	11	1.30
29166145--29166169	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29167741--29168099	47	7.6	47	90	2	556	33	8	30	28	1.86
29167741--29168099	96	3.8	94	93	1	574	33	8	30	28	1.86
29167743--29168099	143	2.5	144	92	2	571	33	8	30	28	1.86
29169559--29169781	40	5.6	40	86	0	293	24	21	28	25	1.99
29171973--29171997	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29173568--29174208	47	13.6	47	93	1	1048	33	7	29	29	1.86
29173568--29174208	237	2.7	235	94	1	1093	33	7	29	29	1.86
29173568--29174208	284	2.3	284	95	0	1147	33	7	29	29	1.86
29176532--29176560	12	2.3	13	94	5	51	0	24	0	75	0.80
29176591--29176631	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
29196602--29196669	31	2.2	31	82	10	77	51	2	7	38	1.45
29196776--29196805	12	2.6	12	94	5	53	56	0	6	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29196950--29196984	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
29197619--29197656	19	2.0	20	89	5	60	76	2	5	15	1.08
29198321--29211765	132	102.4	132	90	1	20629	27	24	17	30	1.97
29198996--29199333	44	7.7	44	64	16	135	25	26	18	29	1.98
29199523--29213748	44	324.8	43	63	15	2471	26	24	17	30	1.97
29211746--29213773	132	15.4	132	89	0	2939	26	23	18	31	1.97
29214010--29214095	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
29214037--29214097	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
29215147--29215210	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
29220981--29221054	37	2.1	36	85	7	98	55	4	5	35	1.42
29220999--29221057	18	3.1	20	76	11	70	55	3	6	33	1.43
29221970--29222007	19	2.0	20	84	5	51	73	5	5	15	1.19
29222326--29222376	26	2.0	26	88	7	77	7	11	27	52	1.65
29222592--29222739	59	2.5	57	81	11	158	56	2	2	38	1.28
29223886--29224011	58	2.2	58	84	2	164	51	3	1	43	1.27
29227558--29228323	49	15.9	49	94	3	1346	30	29	8	32	1.87
29227558--29228323	96	8.0	96	95	2	1362	30	29	8	32	1.87
29227558--29228323	145	5.3	145	95	2	1352	30	29	8	32	1.87
29231498--29231536	9	4.2	9	86	3	51	84	0	10	5	0.76
29231970--29232552	23	25.5	22	71	13	200	38	24	3	33	1.74
29231967--29232575	46	13.3	46	76	6	267	39	23	3	33	1.73
29231956--29232552	91	6.5	92	74	8	450	38	23	4	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29232016--29232610	228	2.6	227	91	1	940	39	24	3	32	1.73
29238471--29238601	65	2.0	65	86	5	185	46	15	18	19	1.84
29246682--29246710	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
29247396--29247439	19	2.4	19	80	3	54	56	11	2	29	1.46
29248292--29248316	12	2.1	12	100	0	50	64	8	16	12	1.49
29250402--29250798	30	13.2	30	83	3	458	30	9	15	44	1.79
29250402--29250777	90	4.2	90	90	1	562	30	9	15	44	1.78
29256920--29256952	17	2.0	17	88	5	50	57	0	6	36	1.23
29257641--29257918	30	9.3	30	87	0	367	31	10	15	42	1.80
29257653--29257918	90	3.0	90	93	0	442	31	9	16	42	1.80
29257875--29257961	43	2.0	43	93	0	147	33	10	14	41	1.80
29257849--29257991	73	2.0	73	87	5	209	33	11	15	39	1.84
29257922--29258048	30	4.3	28	78	9	121	33	12	14	39	1.84
29257815--29258020	103	2.0	103	87	0	295	33	11	15	40	1.82
29257785--29258048	133	2.0	131	86	4	370	31	11	15	40	1.83
29267998--29268119	57	2.1	57	98	0	235	47	16	1	34	1.56
29269374--29269410	17	2.2	17	95	0	65	24	5	40	29	1.77
29269548--29269605	28	2.1	27	81	6	64	53	3	17	25	1.59
29269672--29269744	34	2.1	35	84	2	94	32	8	15	43	1.76
29274618--29275279	114	5.8	114	90	0	1020	24	21	25	28	1.99
29275891--29275955	14	4.6	14	76	0	58	23	0	40	36	1.55
29276029--29276062	7	4.9	7	85	0	50	20	0	50	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29276026--29276120	14	7.0	14	70	21	60	16	1	46	35	1.55
29276043--29276120	33	2.3	34	82	2	95	16	1	44	37	1.56
29276083--29276244	89	1.9	84	86	10	229	27	1	27	43	1.65
29276336--29276379	8	5.2	8	82	17	54	56	0	9	34	1.31
29276341--29276389	9	5.4	9	88	9	73	61	0	8	30	1.25
29276341--29276396	27	2.1	27	89	0	85	62	0	8	28	1.25
29276383--29276437	20	2.8	19	89	8	76	80	3	1	14	0.94
29276894--29276935	18	2.3	18	95	0	75	21	4	28	45	1.72
29278556--29278997	113	3.9	113	87	2	634	24	22	26	26	2.00
29278894--29279077	73	2.5	73	90	1	278	28	22	25	24	1.99
29279591--29279659	21	3.2	22	78	12	72	26	0	34	39	1.57
29279593--29279707	14	8.1	14	70	19	60	26	0	37	36	1.57
29279880--29279921	15	2.9	15	92	3	68	30	0	30	38	1.58
29279934--29279997	15	4.3	15	77	15	62	23	0	40	35	1.55
29280663--29280827	85	2.0	84	86	4	237	53	10	10	25	1.66
29280663--29281022	194	1.8	190	86	10	521	50	11	13	24	1.74
29280967--29281312	148	2.5	138	85	9	440	46	10	14	28	1.77
29281538--29281588	25	2.0	26	84	3	68	9	21	1	66	1.31
29283120--29283158	16	2.4	17	87	12	55	30	0	2	66	1.05
29285990--29286244	43	5.9	43	78	4	246	24	15	30	30	1.95
29285990--29286243	129	2.0	129	81	1	303	24	15	29	30	1.95
29290792--29290829	20	2.0	18	90	10	58	60	5	7	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29290796--29290837	20	2.2	19	86	4	57	61	4	9	23	1.45
29290852--29291007	41	3.8	40	88	4	213	32	24	19	23	1.98
29290980--29291035	28	2.0	28	96	0	103	42	19	17	19	1.89
29290939--29291076	69	2.0	69	92	0	231	35	23	18	21	1.96
29291008--29291104	41	2.4	41	91	0	158	32	25	19	21	1.97
29290898--29291104	110	1.9	110	89	2	326	33	24	19	22	1.97
29301731--29301764	16	2.1	16	88	5	50	82	5	8	2	0.93
29304047--29304271	91	2.4	91	85	5	292	38	8	20	32	1.84
29304407--29304461	26	2.0	28	86	6	78	54	1	0	43	1.10
29305382--29305415	14	2.4	14	85	0	50	44	2	0	52	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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