genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17247927--17247982	12	3.5	17	73	26	68	64	0	1	33	1.04
17249359--17249409	7	7.0	7	75	16	50	13	0	37	49	1.43
17249440--17249647	95	2.2	96	81	6	235	33	2	18	45	1.64
17249632--17249667	7	5.1	7	93	0	63	11	0	44	44	1.39
17249463--17249640	95	1.9	95	83	8	236	35	2	15	45	1.61
17249709--17249987	125	2.2	126	90	1	443	31	19	20	27	1.97
17252002--17252052	7	7.3	7	81	0	66	19	0	33	47	1.50
17252696--17252831	61	2.5	50	69	23	121	51	8	6	33	1.57
17252692--17252812	61	2.0	61	85	3	163	53	6	7	32	1.55
17253075--17253122	21	2.3	22	79	17	57	6	14	41	37	1.71
17253363--17253405	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
17255244--17255330	11	8.2	10	90	8	120	43	0	28	27	1.55
17257042--17257086	22	2.0	23	86	4	65	31	0	4	64	1.13
17257034--17257085	14	3.9	14	72	7	54	32	0	1	65	1.04
17257194--17257847	86	7.6	87	89	2	883	45	9	12	32	1.74
17257194--17257847	173	3.8	173	88	2	929	45	9	12	32	1.74
17257956--17257996	21	1.9	21	90	5	64	65	7	0	26	1.18
17258717--17258751	9	3.9	9	96	0	61	54	11	0	34	1.37
17259410--17259469	30	1.9	32	83	12	81	60	0	0	40	0.97
17269760--17269913	83	1.9	83	88	0	236	41	14	7	37	1.73
17278213--17278293	23	3.3	23	69	21	65	69	2	24	3	1.17
17278221--17278319	51	1.9	51	93	0	171	65	3	27	4	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17278230--17278310	24	3.2	24	71	21	67	67	2	27	2	1.15
17278244--17278319	23	3.1	23	70	17	71	64	2	28	3	1.25
17279094--17279142	25	2.0	25	100	0	98	36	16	18	28	1.92
17281956--17281986	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
17281932--17281983	24	2.3	22	86	6	68	51	3	0	44	1.19
17287038--17287124	43	2.0	43	97	0	165	49	4	25	20	1.68
17289488--17289518	13	2.3	14	94	5	55	67	0	6	25	1.14
17289548--17289586	10	3.8	10	83	6	51	76	0	0	23	0.78
17289548--17289585	15	2.8	14	85	14	53	78	0	0	21	0.74
17289706--17289747	10	4.2	10	79	11	50	61	2	0	35	1.09
17289678--17289754	36	2.1	36	81	9	86	58	1	2	37	1.20
17290792--17290828	17	2.2	17	95	0	65	8	24	48	18	1.75
17293273--17293304	17	1.9	16	93	6	55	25	3	12	59	1.48
17298913--17298978	13	5.5	13	67	20	54	45	12	1	40	1.51
17298916--17298982	23	3.0	22	91	6	107	44	11	1	41	1.50
17303341--17303383	22	1.9	22	85	4	59	74	4	2	18	1.10
17303342--17303415	22	3.5	20	73	19	53	70	2	5	21	1.20
17310720--17310798	39	2.1	38	83	7	97	49	3	10	36	1.55
17319308--17319355	16	2.8	17	84	6	53	43	2	2	52	1.24
17319265--17319476	92	2.3	94	83	5	252	47	3	4	44	1.40
17319623--17319665	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
17319730--17319764	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17319492--17320021	120	4.4	120	94	2	910	43	2	4	49	1.37
17319854--17319905	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
17319970--17320004	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17323656--17323786	66	2.0	66	93	0	226	32	10	20	35	1.87
17324027--17324060	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
17324038--17324182	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
17324024--17324150	44	2.8	43	73	15	123	46	2	3	47	1.34
17324247--17324748	120	4.2	118	96	1	880	44	2	5	48	1.38
17324578--17324612	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17324670--17324698	14	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
17324710--17324751	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
17324896--17324986	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
17324967--17325042	17	4.6	17	95	3	120	35	36	0	27	1.57
17324967--17325042	33	2.3	33	90	4	118	35	36	0	27	1.57
17329787--17329826	20	2.0	20	90	0	62	37	2	0	60	1.11
17334382--17334415	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
17334993--17335048	21	2.7	21	91	0	85	8	3	23	64	1.38
17336901--17337076	76	2.3	76	89	1	255	18	21	28	32	1.96
17339824--17339882	27	2.2	27	84	0	73	30	13	33	22	1.92
17339836--17339889	27	2.0	27	88	0	81	31	14	31	22	1.94
17339842--17339901	27	2.2	27	84	0	75	36	16	25	21	1.94
17341992--17342052	28	2.2	28	88	2	88	16	39	8	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17344922--17344961	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
17345090--17345131	21	2.0	21	81	9	50	30	0	14	54	1.40
17345781--17345828	25	2.0	25	87	4	71	14	27	20	37	1.92
17346135--17346198	27	2.5	24	80	12	56	20	26	26	26	1.99
17349692--17349745	26	2.2	25	81	12	60	59	1	9	29	1.39
17350562--17350594	17	1.9	17	93	0	57	12	18	30	39	1.87
17358288--17358321	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
17359247--17359282	6	5.7	6	93	6	54	5	13	0	80	0.88
17360222--17360278	29	2.0	27	80	12	62	54	1	1	42	1.21
17369326--17369355	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
17371277--17371316	22	1.9	20	85	10	53	37	0	20	42	1.52
17376452--17376491	19	2.2	18	86	8	55	40	0	10	50	1.36
17379990--17380032	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
17382809--17382898	24	3.5	24	67	26	67	24	10	15	50	1.75
17382774--17382941	54	3.1	54	95	0	300	24	11	13	50	1.74
17383073--17383148	24	3.2	23	79	5	89	42	9	6	42	1.63
17386701--17386828	49	2.6	49	80	8	127	35	7	3	53	1.46
17386739--17386861	25	5.0	25	68	21	80	36	7	2	53	1.42
17386968--17387009	19	2.2	19	86	0	57	30	7	4	57	1.47
17386976--17387021	19	2.5	19	92	3	76	28	10	0	60	1.30
17388169--17388197	12	2.5	12	94	5	51	24	13	0	62	1.32
17390621--17390650	14	2.1	14	93	0	51	36	10	6	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17391262--17391357	41	2.3	41	81	0	120	28	23	18	29	1.98
17393004--17393028	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
17394782--17394834	22	2.4	22	81	6	63	52	3	5	37	1.43
17398162--17398253	36	2.6	36	96	0	166	46	13	13	27	1.79
17398811--17398867	15	3.5	15	76	17	60	49	1	1	47	1.22
17398827--17398865	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
17403165--17403243	13	6.5	13	72	16	71	41	0	10	48	1.37
17403165--17403243	36	2.2	36	90	0	131	41	0	10	48	1.37
17403956--17404004	7	7.1	7	97	2	91	12	44	0	42	1.41
17404780--17404967	95	2.0	95	94	0	331	18	25	21	35	1.95
17413094--17413128	18	1.9	18	94	0	61	40	8	34	17	1.80
17413972--17414023	13	3.9	13	80	7	52	40	0	9	50	1.35
17414382--17414453	31	2.3	31	80	0	90	30	16	22	30	1.96
17417876--17417915	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
17435420--17435501	24	3.4	24	71	15	62	21	29	17	31	1.96
17453915--17453961	24	2.0	24	86	0	67	29	2	2	65	1.15
17458971--17459004	17	2.0	17	88	0	50	52	0	2	44	1.16
17461419--17461531	35	3.5	33	75	12	101	46	2	10	39	1.52
17461509--17461552	16	2.6	17	82	13	56	50	0	9	40	1.34
17461638--17461756	3	38.7	3	73	15	59	60	1	7	30	1.34
17461668--17461718	24	2.1	24	89	7	77	62	1	3	31	1.24
17463441--17463773	44	7.8	44	67	18	157	24	20	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17463367--17463855	128	3.8	128	92	0	773	25	20	22	31	1.98
17470112--17470150	4	9.8	4	100	0	78	25	0	25	48	1.51
17470176--17470288	35	3.5	31	77	16	97	46	2	10	39	1.52
17470010--17470276	143	1.9	144	92	1	455	41	1	15	41	1.56
17470266--17470309	16	2.6	17	82	13	56	50	0	9	40	1.34
17471851--17471903	18	2.9	18	75	25	58	67	1	0	30	1.01
17472673--17472726	27	2.0	27	82	10	67	61	9	7	22	1.51
17473358--17473392	18	1.9	18	88	0	52	17	22	34	25	1.96
17474409--17474475	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
17475948--17475985	18	2.1	18	100	0	76	52	21	5	21	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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