genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17913895--17913947	21	2.5	23	76	17	60	37	0	11	50	1.38
17914108--17914158	25	2.0	25	84	0	66	21	29	19	29	1.98
17914371--17914429	24	2.4	25	78	16	70	20	27	22	30	1.98
17918101--17918152	7	7.3	7	85	12	54	0	11	1	86	0.65
17918101--17918146	8	5.6	8	87	12	67	0	10	0	89	0.50
17918099--17918152	10	5.5	10	79	18	60	0	12	1	85	0.69
17919290--17919461	86	2.0	86	96	0	317	39	14	7	38	1.75
17919952--17919996	21	2.1	21	88	8	65	60	0	11	28	1.31
17924984--17925008	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
17925169--17925235	9	7.4	9	86	0	89	44	22	7	25	1.78
17925169--17925235	27	2.5	27	87	0	98	44	22	7	25	1.78
17925992--17926026	18	1.9	18	88	0	52	31	25	2	40	1.70
17926448--17926495	25	1.9	25	87	8	71	35	0	4	60	1.16
17926539--17926586	25	1.9	25	87	8	71	33	2	4	60	1.27
17926612--17926641	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
17929788--17929819	15	2.1	15	94	0	55	28	12	0	59	1.34
17929680--17929946	143	1.9	140	84	5	358	29	17	14	38	1.89
17930020--17930148	34	3.8	33	78	4	132	46	16	0	37	1.47
17932562--17932592	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
17940557--17940620	11	6.3	11	75	17	50	35	1	0	62	1.05
17940537--17940620	39	2.2	39	89	6	134	35	1	0	63	1.03
17940535--17940646	49	2.3	50	84	7	149	35	1	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17940548--17940647	39	2.5	40	85	9	123	37	2	1	60	1.15
17940587--17940654	21	3.3	20	71	16	59	38	1	1	58	1.16
17949822--17949966	41	3.5	40	80	5	130	26	25	20	28	1.99
17949865--17949982	41	2.9	41	76	7	98	28	25	20	25	1.99
17951550--17951574	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
17966190--17966220	16	1.9	16	93	0	53	29	16	0	54	1.42
17966379--17966423	21	2.1	22	87	4	65	44	0	2	53	1.13
17966373--17966423	21	2.3	23	76	13	61	45	0	3	50	1.20
17966384--17966432	21	2.3	21	83	13	57	46	0	4	48	1.20
17969408--17969527	12	9.5	13	72	15	67	68	0	1	30	0.99
17969409--17969508	11	9.1	11	74	19	68	67	0	2	31	1.02
17969414--17969565	41	3.6	40	75	23	141	65	0	2	31	1.06
17969409--17969538	52	2.5	53	86	10	162	66	0	2	30	1.04
17969524--17969549	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
17969432--17969549	52	2.3	51	85	7	168	63	0	3	33	1.11
17970147--17970220	9	7.9	10	74	17	61	59	4	1	35	1.25
17970139--17970234	27	3.5	28	80	8	101	64	3	2	30	1.20
17970168--17970220	19	2.8	19	85	5	63	62	3	1	32	1.24
17970518--17970623	10	10.8	9	78	15	86	34	1	0	62	1.13
17970518--17970611	10	9.4	10	81	7	93	36	2	0	61	1.08
17970519--17970595	29	2.7	28	84	6	100	37	2	0	59	1.11
17970738--17971007	90	3.1	89	84	6	324	32	8	19	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17975164--17975237	29	2.4	31	76	14	73	10	27	9	52	1.67
17976107--17976148	18	2.4	18	84	4	59	38	23	0	38	1.55
17984797--17984910	49	2.3	49	95	0	201	29	22	11	35	1.89
17988459--17988519	22	2.9	21	81	13	63	68	0	1	29	0.99
17988449--17988506	30	1.9	31	85	3	82	67	0	3	29	1.07
17991211--17991235	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
17991819--17991877	31	1.9	31	100	0	118	23	30	6	38	1.81
17992299--17992341	21	2.1	21	86	4	61	48	13	9	27	1.73
18002744--18002778	17	2.1	17	88	0	52	31	17	5	45	1.71
18006894--18006946	27	2.0	27	88	0	79	47	11	3	37	1.58
18007149--18007186	17	2.1	19	85	9	53	31	0	15	52	1.43
18008791--18008842	23	2.3	22	76	3	59	61	5	0	32	1.20
18011772--18011813	22	1.9	22	95	0	75	21	23	35	19	1.96
18015156--18015188	15	2.2	15	94	0	57	36	3	18	42	1.66
18016771--18016811	18	2.3	19	80	20	52	68	2	4	24	1.22
18019827--18019890	27	2.4	27	89	2	94	53	6	1	39	1.36
18019876--18019908	17	1.9	17	93	0	57	51	12	6	30	1.63
18020292--18020335	8	5.2	8	81	8	52	72	0	0	27	0.85
18020292--18020335	17	2.6	16	78	7	52	72	0	0	27	0.85
18023217--18023518	152	2.0	151	96	0	559	36	7	15	40	1.76
18028945--18028970	6	4.3	6	100	0	52	34	34	0	30	1.58
18030398--18030434	17	2.1	18	90	5	58	43	0	2	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18039057--18039184	42	3.0	43	80	10	131	31	27	16	25	1.96
18041366--18041392	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18049661--18050074	210	2.0	204	90	3	659	34	14	18	32	1.91
18049970--18050162	103	1.9	103	88	0	296	36	16	17	30	1.91
18056637--18056684	15	3.1	16	79	11	55	45	2	4	47	1.33
18060919--18060943	13	1.9	13	100	0	50	92	8	0	0	0.40
18060917--18061200	116	2.5	114	88	7	408	43	17	16	22	1.88
18061004--18061237	116	2.1	115	85	4	296	45	15	17	21	1.85
18062049--18062695	111	5.9	108	89	7	920	26	16	15	41	1.88
18065957--18066054	25	4.0	25	81	1	99	22	28	17	31	1.96
18067586--18067660	37	2.0	37	81	5	87	56	0	2	41	1.13
18068629--18068681	21	2.5	20	84	6	70	30	7	32	30	1.85
18068850--18069005	30	5.2	30	88	3	233	36	9	1	51	1.46
18074925--18075121	98	2.0	98	93	0	340	37	24	9	28	1.87
18076279--18076358	19	4.1	19	84	6	106	32	16	11	40	1.84
18076562--18077076	44	11.8	45	70	13	235	26	23	20	29	1.99
18076573--18077040	217	2.2	217	92	1	769	26	23	20	29	1.99
18077024--18077749	132	5.5	132	93	0	1227	24	24	20	30	1.98
18078954--18078986	13	2.5	13	85	14	50	6	18	0	75	1.00
18078963--18079011	20	2.5	19	80	9	55	2	22	0	75	0.90
18078978--18079002	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
18083097--18083293	98	2.0	98	94	0	349	37	25	9	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18083926--18083968	21	2.0	21	90	0	68	58	4	2	34	1.32
18084468--18084547	19	4.1	19	84	6	106	32	16	11	40	1.84
18088788--18088892	44	2.4	44	88	1	147	34	6	5	53	1.51
18092243--18092305	2	31.5	2	100	0	126	50	49	0	0	1.00
18108792--18109007	87	2.5	87	87	4	321	33	12	11	43	1.78
18111610--18111649	18	2.1	18	86	9	53	42	15	5	37	1.68
18115862--18115904	22	1.9	23	90	4	70	46	18	4	30	1.69
18119996--18120100	52	2.0	52	100	0	210	29	9	13	47	1.74
18121435--18121486	14	3.6	14	77	10	59	28	0	9	61	1.27
18121413--18121488	30	2.5	30	91	2	125	30	2	13	53	1.53
18121425--18121472	16	3.1	16	76	11	64	27	0	14	58	1.37
18123586--18123620	18	1.9	18	94	0	61	62	0	0	37	0.95
18125401--18125427	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
18126881--18126919	13	3.2	12	86	13	53	15	2	7	74	1.15
18126927--18126959	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
18129908--18129996	41	2.2	41	80	10	101	50	10	23	15	1.74
18129939--18130006	22	3.2	22	65	12	61	50	11	22	16	1.77
18129932--18130014	41	2.0	41	97	0	157	49	13	21	15	1.79
18130725--18130770	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
18138914--18139023	45	2.5	43	81	10	114	30	19	22	27	1.98
18139089--18140835	217	8.1	215	77	11	853	29	19	23	28	1.98
18139050--18139330	84	3.3	84	68	13	239	27	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18138954--18139369	173	2.4	173	89	4	619	29	19	23	28	1.98
18138954--18139419	173	2.7	173	85	7	540	29	19	23	27	1.98
18139304--18140021	346	2.1	345	89	2	1087	28	18	23	28	1.98
18138822--18140236	390	3.6	390	80	8	1607	29	18	23	28	1.98
18139562--18139800	129	1.9	129	87	5	358	28	17	23	29	1.97
18139346--18139899	173	3.2	173	79	9	705	28	18	24	28	1.98
18139045--18141017	563	3.5	562	88	3	2775	29	18	23	28	1.98
18139435--18139981	173	3.2	173	79	9	682	28	18	23	29	1.98
18139907--18140667	344	2.2	345	90	3	1180	29	19	22	28	1.98
18140124--18140362	127	1.9	128	92	5	403	30	19	22	27	1.98

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