genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23997935--23998209	51	5.4	51	80	7	299	29	18	23	28	1.98
23999166--23999226	31	2.0	31	83	6	79	62	3	6	27	1.36
24001308--24001386	33	2.4	33	87	4	106	15	17	45	21	1.85
24001773--24001815	14	3.1	14	83	3	52	27	4	0	67	1.10
24002025--24002102	5	14.6	5	72	17	59	20	20	0	58	1.39
24002023--24002058	11	3.3	11	88	11	56	16	11	0	72	1.12
24002111--24002212	20	5.0	21	68	19	63	26	11	0	61	1.30
24002111--24002174	20	3.1	20	76	14	67	28	7	0	64	1.21
24002109--24002246	46	3.1	43	76	11	129	26	11	0	61	1.35
24002198--24002277	26	3.0	27	68	12	76	25	11	1	62	1.36
24002111--24002240	22	6.1	20	66	18	57	25	12	0	61	1.36
24005204--24005693	49	9.9	49	77	9	367	23	22	20	34	1.97
24005215--24005503	48	5.8	52	78	9	178	26	22	17	33	1.96
24005464--24005639	95	1.8	98	85	4	250	22	22	19	35	1.96
24005629--24005763	70	1.9	69	83	7	175	21	22	15	40	1.90
24005695--24005806	48	2.3	49	82	3	127	23	24	16	35	1.95
24007215--24007258	21	2.1	21	82	0	52	43	0	2	54	1.12
24016100--24016142	10	4.0	10	82	11	50	46	2	30	20	1.63
24016092--24016142	11	4.6	11	83	7	50	47	1	29	21	1.62
24016193--24016236	17	2.5	17	85	3	52	40	34	18	6	1.77
24018297--24018321	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
24020277--24020321	22	2.0	22	91	0	72	11	15	6	66	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24022591--24022788	44	4.5	44	69	9	143	28	18	24	28	1.98
24022542--24022876	132	2.5	131	95	1	582	28	19	24	27	1.99
24022885--24023325	89	5.0	89	92	0	702	30	18	24	26	1.98
24024013--24024056	17	2.5	17	85	3	52	40	34	18	6	1.77
24025303--24025336	16	2.1	16	88	0	50	41	2	11	44	1.56
24028663--24028731	20	3.3	19	76	13	57	46	2	2	47	1.32
24028963--24029012	13	3.8	13	79	10	57	40	16	4	40	1.67
24028963--24029012	26	1.9	26	87	0	73	40	16	4	40	1.67
24029848--24029903	22	2.5	23	72	16	55	60	1	1	35	1.17
24029970--24030023	24	2.2	24	78	12	65	44	0	1	53	1.11
24030392--24030426	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
24030478--24030514	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24036951--24037255	154	2.0	154	98	0	583	45	14	12	27	1.80
24039782--24039920	42	3.2	43	77	7	131	31	23	17	27	1.97
24044134--24044185	26	2.0	26	88	7	79	40	26	21	11	1.87
24044364--24044662	27	11.1	27	84	3	318	23	20	17	39	1.92
24044364--24044652	81	3.6	81	86	3	384	23	20	16	39	1.92
24050467--24050562	42	2.3	43	78	10	117	30	22	21	25	1.99
24057383--24057419	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
24057360--24057420	25	2.4	25	81	8	61	68	4	24	1	1.18
24057383--24057420	13	2.9	14	88	11	55	73	0	26	0	0.83
24061594--24061724	69	1.9	71	85	3	185	23	7	25	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062907--24062941	18	1.9	18	100	0	70	45	28	2	22	1.67
24062926--24063031	33	3.2	33	79	10	110	43	16	8	32	1.77
24066092--24066173	26	3.0	27	75	12	87	43	1	2	52	1.22
24066227--24066261	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24066174--24066638	120	3.9	120	98	0	905	44	1	6	47	1.38
24066347--24066381	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24066467--24066501	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24066857--24066892	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
24070628--24070659	14	2.3	14	100	0	64	37	6	12	43	1.68
24077244--24077370	41	3.1	41	97	0	236	45	17	10	26	1.80
24085744--24085784	21	2.0	21	85	0	55	53	14	9	21	1.70
24090281--24090448	41	4.1	41	94	0	300	26	9	18	45	1.80
24093211--24093246	16	2.2	16	90	5	54	30	13	19	36	1.91
24094893--24095060	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
24094928--24095113	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
24094930--24095113	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
24102823--24102990	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
24102858--24103043	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
24102860--24103043	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
24108506--24108554	15	3.3	15	94	0	80	22	24	18	34	1.96
24115226--24115295	20	3.5	20	72	18	56	52	2	2	41	1.31
24119602--24119626	10	2.5	10	100	0	50	28	28	0	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128928--24128965	20	1.9	20	94	0	67	50	7	5	36	1.54
24131295--24131346	16	3.2	16	78	10	61	38	3	25	32	1.74
24131526--24131679	58	2.7	59	84	11	187	51	4	0	42	1.26
24131706--24131731	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24138431--24138492	28	2.2	27	77	8	70	56	3	8	32	1.44
24138489--24138529	17	2.5	16	84	7	64	68	9	0	21	1.18
24141103--24141140	20	1.9	20	100	0	76	28	5	39	26	1.78
24143968--24144145	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24143989--24144144	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24151944--24152121	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24151965--24152120	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24160166--24160205	19	2.1	19	90	0	62	40	15	12	32	1.84
24160349--24160448	20	5.1	19	71	3	74	33	6	16	45	1.71
24160357--24160407	19	2.6	19	81	3	66	37	3	11	47	1.59
24161078--24161135	18	3.2	19	78	7	57	60	1	5	32	1.29
24161475--24161507	16	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
24161461--24161512	26	2.0	26	92	7	88	48	0	0	51	1.00
24161648--24161686	20	2.0	20	84	0	51	25	2	5	66	1.25
24164151--24164204	27	2.0	27	92	0	90	35	14	18	31	1.91
24169963--24169994	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24170225--24170412	51	3.7	52	73	12	194	30	27	16	25	1.97
24170220--24170404	101	1.8	101	86	8	268	31	25	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24170212--24170404	102	1.9	101	85	7	248	30	26	17	25	1.97
24172322--24172363	7	6.0	7	91	0	66	14	2	38	45	1.58
24172322--24172362	21	2.0	21	95	0	73	14	2	36	46	1.58
24173491--24173520	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24177832--24178010	27	6.6	27	70	13	91	39	20	17	22	1.93
24177818--24178017	54	3.8	52	74	10	163	40	20	17	22	1.91
24178033--24178129	24	4.0	24	80	0	104	24	6	22	46	1.75
24178033--24178129	48	2.0	48	84	7	126	24	6	22	46	1.75
24178062--24178141	24	3.3	24	83	0	97	22	6	22	48	1.72
24178257--24178314	26	2.2	26	78	0	62	18	20	24	36	1.95
24178365--24178424	26	2.3	26	79	0	66	20	18	21	40	1.92
24178235--24178457	108	2.1	108	87	0	320	19	21	24	34	1.96
24178418--24178515	32	3.1	31	72	11	90	20	21	22	35	1.96
24181637--24181863	27	8.4	27	73	8	158	37	20	18	23	1.94
24181637--24181838	54	3.8	53	78	2	179	38	20	18	23	1.94
24181637--24181858	81	2.7	80	77	5	232	37	20	18	23	1.94
24181850--24181920	24	2.8	25	81	12	67	28	5	23	42	1.77
24181913--24181990	24	3.2	24	85	0	111	23	5	23	48	1.70
24181879--24181927	24	2.0	24	92	0	80	28	2	24	44	1.65
24181913--24181982	11	6.0	11	71	12	50	22	4	24	48	1.68
24182092--24182358	140	1.9	140	86	3	385	19	22	24	34	1.97
24188471--24188562	47	2.0	47	100	0	184	40	2	6	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24193514--24193648	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	53	1.18
24193909--24193950	20	2.1	20	91	8	68	69	2	0	28	1.01
24204205--24204261	25	2.3	24	88	5	87	5	17	19	57	1.58
24209935--24209964	15	1.9	16	93	6	53	0	13	0	86	0.57
24211029--24211070	4	10.5	4	84	0	57	71	4	0	23	1.05
24211034--24211070	16	2.3	16	100	0	74	70	5	0	24	1.08
24211034--24211077	8	5.6	8	89	2	63	70	6	0	22	1.11
24211107--24211131	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24211210--24211259	16	3.1	16	78	16	50	60	4	2	34	1.27
24211181--24211255	26	2.8	26	82	10	80	58	4	2	34	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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