genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20636533--20636648	11	10.2	11	72	23	89	45	2	0	51	1.14
20636510--20636637	29	4.7	28	76	16	135	44	2	0	53	1.13
20636540--20636574	18	2.0	18	94	5	63	40	2	0	57	1.14
20636553--20636648	51	1.9	50	91	6	158	44	2	0	53	1.12
20636512--20636659	40	3.7	39	77	12	165	43	2	0	54	1.12
20636956--20637006	19	2.6	19	82	17	61	31	0	7	60	1.25
20637457--20637516	30	2.0	30	100	0	120	36	10	23	30	1.87
20638639--20638727	20	4.3	20	80	13	92	38	0	4	57	1.19
20641981--20642096	27	4.3	27	81	1	126	22	18	16	42	1.89
20642023--20642105	27	3.1	27	74	10	80	22	18	20	38	1.93
20646731--20646775	20	2.2	20	100	0	90	13	8	17	60	1.58
20646879--20646903	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
20647069--20647122	15	3.6	14	73	11	54	14	0	31	53	1.41
20647082--20647145	29	2.2	30	82	2	76	18	1	31	48	1.58
20647175--20647231	30	1.9	29	82	3	69	21	1	19	57	1.49
20655261--20655288	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
20655814--20656130	160	2.0	160	85	3	424	37	17	13	31	1.88
20658182--20658223	17	2.5	17	80	7	50	28	0	7	64	1.20
20665782--20665877	42	2.3	42	83	1	113	27	22	20	29	1.99
20670520--20670571	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20676953--20677021	31	2.3	30	82	7	77	43	20	11	24	1.85
20677053--20677094	21	2.0	20	90	4	66	30	21	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20677560--20677624	12	5.6	12	75	14	64	23	7	12	56	1.61
20677558--20677615	28	2.1	28	86	0	80	20	6	12	60	1.54
20677641--20677675	12	2.9	12	91	0	52	20	8	17	54	1.68
20677641--20677675	18	1.9	18	88	0	52	20	8	17	54	1.68
20677899--20677939	20	2.0	22	85	9	59	19	9	14	56	1.66
20679874--20679928	28	2.0	28	88	0	83	29	7	16	47	1.73
20680606--20680657	21	2.5	21	81	6	61	38	40	11	9	1.74
20681095--20681139	23	2.0	23	86	4	65	57	4	15	22	1.56
20681641--20682338	347	2.0	348	99	0	1371	32	14	13	40	1.84
20695023--20695061	19	2.1	18	90	4	60	5	0	17	76	0.96
20695023--20695063	10	4.2	10	76	17	50	4	0	17	78	0.93
20699012--20699098	42	2.1	42	100	0	174	41	4	22	31	1.74
20702263--20702305	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
20702496--20702548	23	2.3	23	80	9	63	35	24	20	18	1.95
20702562--20702638	23	3.3	23	83	0	91	45	16	16	20	1.85
20706350--20706391	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
20706764--20706868	46	2.2	48	77	12	112	19	29	19	32	1.96
20706825--20706876	24	2.2	23	82	3	59	17	25	21	36	1.94
20706895--20706993	25	4.0	25	71	5	76	24	27	19	29	1.98
20709514--20709548	18	2.0	17	88	5	52	5	0	17	77	0.96
20713503--20713589	42	2.1	42	100	0	174	41	4	22	31	1.74
20716753--20716795	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20716986--20717038	23	2.3	23	80	9	63	35	24	20	18	1.95
20717052--20717128	23	3.3	23	83	0	91	45	16	16	20	1.85
20720843--20720884	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
20721218--20721324	25	4.3	25	78	4	83	20	28	18	31	1.96
20721319--20721371	24	2.2	24	83	6	63	16	24	20	37	1.93
20721407--20721488	25	3.3	24	72	3	74	23	29	19	28	1.98
20721387--20721485	50	2.0	50	86	7	139	23	27	19	30	1.98
20725102--20725139	5	7.6	5	93	0	67	55	0	2	42	1.14
20729939--20729970	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
20730823--20730857	17	2.1	17	100	0	70	17	11	31	40	1.85
20731150--20731195	23	2.0	23	86	0	65	60	2	0	36	1.09
20732479--20732523	14	3.2	15	72	15	51	73	0	2	24	0.95
20734121--20734411	44	6.6	45	76	12	155	30	21	17	31	1.96
20734157--20734454	88	3.4	89	83	1	348	30	21	16	30	1.96
20734147--20734454	132	2.3	131	81	3	332	30	21	16	31	1.95
20734164--20734456	44	6.6	44	78	4	241	30	21	17	31	1.96
20742500--20742546	19	2.3	21	79	17	55	46	6	19	27	1.74
20746577--20747817	669	1.8	671	96	0	2315	30	21	12	35	1.90
20754671--20754718	21	2.2	21	81	3	60	8	0	12	79	0.94
20754938--20754980	6	6.7	6	85	15	59	34	27	0	37	1.57
20760951--20761002	22	2.4	22	87	3	70	42	7	25	25	1.81
20761297--20761421	64	1.9	65	84	7	166	62	1	27	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20761391--20761431	23	1.9	20	85	14	55	65	0	29	4	1.13
20762420--20762531	44	2.5	44	85	0	161	41	12	16	29	1.84
20767589--20767628	19	2.1	19	95	0	71	0	45	7	47	1.31
20769304--20769342	18	2.2	18	95	0	69	43	0	7	48	1.31
20769968--20770007	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
20769956--20770022	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
20769991--20770030	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
20777947--20778019	3	25.0	3	79	5	78	65	1	4	28	1.19
20782772--20782816	18	2.5	18	88	0	63	37	11	13	37	1.80
20783039--20783086	18	2.5	20	77	22	57	14	10	45	29	1.78
20788874--20788915	17	2.6	16	78	17	50	57	9	0	33	1.31
20789367--20789403	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
20790952--20791150	104	1.9	104	91	0	326	32	14	11	41	1.82
20804647--20804685	14	2.8	14	88	0	60	41	12	0	46	1.42
20804958--20805022	22	2.9	23	73	13	64	49	1	4	44	1.32
20806512--20806583	36	2.0	36	100	0	144	36	11	22	30	1.89
20812241--20812306	32	2.0	33	94	2	116	34	13	12	39	1.82
20814837--20814887	26	2.0	25	81	11	59	47	11	7	33	1.69
20818979--20819016	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
20818998--20819052	12	4.6	12	76	13	51	65	0	21	12	1.26
20823349--20823400	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
20823465--20823499	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20823584--20823618	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
20823294--20823635	120	2.9	120	96	0	632	42	2	6	49	1.39
20823572--20823846	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
20823731--20823765	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
20824002--20824035	16	2.1	16	100	0	68	38	35	0	26	1.57
20831282--20831607	46	7.6	45	80	14	352	29	21	14	35	1.93
20831417--20831571	36	4.0	36	77	15	157	29	20	12	36	1.90
20831371--20831607	82	2.9	82	93	0	393	29	21	12	36	1.90
20831282--20831607	128	2.6	126	77	10	374	29	21	14	35	1.93
20834497--20834547	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
20834497--20834549	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
20843496--20843949	179	2.5	179	93	2	770	29	14	16	38	1.88
20846321--20846346	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
20849302--20849411	37	3.0	37	90	2	170	36	15	22	25	1.94
20851079--20851109	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
20851331--20851369	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
20851568--20851624	21	2.7	21	97	0	105	36	12	10	40	1.77
20855668--20855709	22	1.9	22	85	0	57	23	9	0	66	1.21
20855790--20855833	4	10.5	4	87	7	61	25	4	0	70	1.06
20859612--20859657	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
20867901--20868060	84	1.9	85	82	8	202	27	20	23	28	1.99
20867550--20868264	217	3.3	216	88	3	1041	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20867810--20868139	173	1.9	173	82	7	411	28	20	23	27	1.99
20867552--20868183	44	14.5	44	73	14	334	28	20	23	27	1.99
20870042--20870082	22	1.9	22	85	5	57	21	9	0	68	1.18
20870163--20870202	4	9.5	4	86	8	53	25	5	0	70	1.08
20871129--20871222	42	2.2	43	82	1	109	34	5	10	50	1.60
20871226--20871293	33	2.1	33	86	5	93	26	8	16	48	1.75
20871260--20871348	42	2.1	43	85	2	117	33	10	10	46	1.71
20876671--20876714	18	2.5	17	82	17	54	63	0	4	31	1.14
20879221--20879266	18	2.6	18	96	0	83	10	23	36	28	1.89
20883318--20883356	20	1.9	20	89	5	60	56	0	5	38	1.22

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