genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694955--2695027	32	2.4	31	83	4	85	58	4	4	32	1.36
2694976--2695018	16	2.8	16	80	16	54	60	0	2	37	1.10
2694987--2695120	25	5.5	24	68	18	82	58	2	3	35	1.31
2694987--2695120	23	5.6	25	72	11	93	58	2	3	35	1.31
2695602--2695716	30	3.8	30	92	0	194	21	3	49	25	1.65
2703914--2703955	21	2.0	21	100	0	84	23	14	9	52	1.71
2704773--2704799	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2705426--2705669	121	2.0	121	98	0	472	31	12	11	43	1.78
2708938--2708970	14	2.3	15	89	5	50	30	3	6	60	1.36
2709171--2709210	18	2.2	18	86	4	53	67	5	2	25	1.23
2716651--2716739	29	3.0	29	67	17	67	51	5	1	41	1.32
2720981--2721043	29	2.2	30	85	5	85	69	0	1	28	0.97
2720992--2721046	10	5.6	10	77	10	60	67	0	0	32	0.91
2720992--2721030	20	1.9	21	94	5	71	71	0	0	28	0.86
2720994--2721059	20	3.4	20	74	13	59	66	0	1	31	1.01
2721056--2721136	19	3.9	19	74	25	76	50	0	2	46	1.14
2721063--2721135	25	3.2	25	64	28	70	52	0	2	45	1.15
2721040--2721137	44	2.2	44	94	1	169	54	0	3	42	1.16
2722957--2722981	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2731119--2731189	30	2.4	30	92	4	117	69	0	2	28	1.03
2731132--2731184	7	7.3	7	76	16	54	79	0	1	18	0.83
2734654--2734751	23	4.3	23	86	0	133	21	20	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734653--2734751	46	2.2	46	88	0	153	22	20	24	33	1.97
2737312--2737355	9	4.9	9	85	0	61	52	4	0	43	1.22
2742636--2742682	23	2.0	23	83	4	58	17	12	2	68	1.31
2745549--2745583	15	2.2	16	90	5	54	68	0	2	28	1.04
2749980--2750012	16	1.9	18	88	11	52	33	3	0	63	1.10
2749996--2750041	22	2.0	22	84	12	58	41	6	2	50	1.40
2752130--2752174	17	2.6	18	79	17	58	55	4	2	37	1.32
2752360--2752393	15	2.2	16	89	5	52	26	0	0	73	0.83
2754179--2754208	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
2757621--2757664	21	2.1	21	86	0	61	29	9	34	27	1.87
2763201--2763229	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2763815--2763852	14	2.8	13	85	14	51	76	2	21	0	0.91
2773199--2773250	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2783654--2783727	33	2.2	33	83	4	87	41	36	6	14	1.73
2790073--2790110	16	2.4	16	83	12	51	39	0	0	60	0.97
2791289--2791342	24	2.3	23	81	9	65	37	5	5	51	1.49
2791883--2791919	17	2.1	18	90	5	58	43	5	2	48	1.40
2792176--2792219	21	2.1	21	95	0	79	31	11	18	38	1.86
2792874--2792941	34	2.0	35	91	2	111	35	7	13	44	1.71
2799884--2800096	53	4.0	53	97	0	390	38	19	16	26	1.92
2802376--2802411	8	4.5	8	90	10	56	22	0	0	77	0.76
2802375--2802405	9	3.6	9	91	8	55	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802375--2802430	17	3.4	16	87	7	76	26	0	0	73	0.84
2806351--2806388	19	2.0	19	89	0	58	23	10	0	65	1.23
2807547--2807761	109	2.0	108	90	0	340	39	14	19	26	1.91
2807841--2807903	17	3.3	19	82	8	67	58	1	7	31	1.36
2808616--2808641	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2808666--2808705	21	2.0	21	90	5	64	42	5	0	52	1.23
2809020--2809287	125	2.2	124	88	0	401	33	23	14	28	1.94
2809330--2809376	22	2.1	23	88	4	69	53	31	0	14	1.42
2809751--2809788	20	1.9	20	88	0	58	28	28	13	28	1.94
2810264--2810377	60	1.9	59	91	5	185	39	11	16	32	1.84
2811120--2811458	169	2.0	169	100	0	678	26	14	24	34	1.94
2822113--2822151	17	2.2	18	86	9	53	33	2	2	61	1.23
2826770--2826800	11	2.8	11	95	0	53	67	3	0	29	1.06
2827772--2827796	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2828116--2829201	152	7.2	149	87	6	1478	51	7	9	31	1.61
2829325--2829364	20	1.9	21	85	10	55	20	0	5	75	0.99
2829492--2829534	8	5.2	8	85	2	50	18	4	0	76	0.95
2829492--2829556	24	2.8	25	79	11	66	20	3	3	73	1.10
2829550--2829574	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
2836279--2836459	53	3.4	53	68	19	167	36	24	14	24	1.93
2836287--2836507	108	2.0	108	100	0	442	34	23	15	26	1.94
2836395--2836644	135	1.9	135	100	0	500	35	23	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837490--2837651	39	4.2	39	84	4	211	21	27	25	24	1.99
2837487--2837651	78	2.1	78	89	2	251	21	28	25	24	1.99
2839912--2840527	205	3.0	205	97	0	1151	38	17	15	28	1.90
2846061--2846134	25	3.0	25	72	2	78	21	27	21	29	1.99
2847885--2847924	17	2.3	18	86	4	55	37	0	2	60	1.11
2848820--2848855	17	2.1	17	94	0	63	55	11	2	30	1.49
2851004--2851042	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2851268--2851340	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
2853017--2853118	49	2.1	49	96	0	186	50	12	9	26	1.71
2859277--2859648	104	3.6	105	91	4	585	30	30	19	18	1.96
2859980--2860037	30	1.9	30	85	0	80	31	22	6	39	1.80
2860852--2860953	42	2.4	42	90	0	159	45	14	21	18	1.85
2860889--2860955	21	3.2	21	66	8	55	46	17	19	16	1.85
2861045--2861092	24	2.0	24	100	0	96	16	29	12	41	1.85
2861151--2861238	45	1.9	46	86	2	124	44	13	1	40	1.51
2863010--2863088	32	2.8	28	75	17	81	56	5	0	37	1.21
2863017--2863097	31	2.6	32	81	13	96	59	3	0	37	1.15
2867562--2867605	11	3.9	11	85	11	54	79	4	0	15	0.89
2867573--2867598	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2874154--2874321	91	1.8	92	81	6	207	38	8	14	39	1.76
2877344--2877368	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2885840--2885906	34	2.0	34	96	0	125	47	17	22	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887752--2887819	27	2.4	29	85	7	97	57	16	11	14	1.66
2889504--2889564	30	2.0	30	93	0	104	24	8	26	40	1.83
2893411--2893449	10	3.8	10	86	3	51	48	0	2	48	1.15
2893553--2893585	10	3.0	11	86	13	50	30	0	0	69	0.88
2896945--2897023	36	2.1	38	81	4	90	51	2	6	39	1.41
2897989--2898048	22	2.9	21	85	7	70	56	0	1	41	1.09
2900232--2900374	21	6.9	21	70	12	80	21	17	13	46	1.83
2900278--2900401	42	3.0	42	79	4	126	18	18	14	48	1.81
2908200--2908237	11	3.5	11	85	7	51	55	5	36	2	1.37
2908886--2908914	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2908942--2908972	5	6.2	5	92	0	53	77	0	3	19	0.90
2909260--2909364	25	4.2	25	92	2	158	16	21	22	39	1.92
2909346--2909391	22	2.1	22	87	0	65	13	23	19	43	1.86
2909825--2910175	175	2.0	175	96	0	648	35	9	17	37	1.83
2910715--2910764	25	1.9	26	84	8	66	34	0	14	52	1.42
2923969--2924011	24	1.9	21	86	13	59	39	2	2	55	1.25
2939486--2939512	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2955887--2955917	13	2.5	13	94	5	55	51	6	6	35	1.53
2959256--2959355	52	1.9	52	82	8	123	47	5	6	42	1.50
2959353--2959392	20	2.0	20	85	9	55	47	2	20	30	1.63
2964091--2964130	15	2.7	15	85	11	55	65	5	0	30	1.14
2964096--2964132	15	2.4	16	95	4	67	67	5	0	27	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2978365--2978405	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2988815--2988894	26	3.2	25	72	16	76	45	3	2	48	1.33
2989079--2989123	16	2.8	16	80	6	56	24	24	8	42	1.83
2989438--2989471	17	1.9	18	88	5	52	64	0	0	35	0.94
2996045--2996233	94	2.0	95	90	1	299	44	16	24	13	1.84
2999605--2999647	21	2.0	21	86	4	59	69	0	11	18	1.17
3001828--3002235	199	2.1	199	85	0	548	26	22	21	28	1.99
3007386--3007435	26	1.9	26	88	8	75	40	20	20	20	1.92
3007520--3007577	25	2.3	25	90	0	89	37	20	27	13	1.91
3007902--3007968	11	6.4	10	77	8	53	43	16	1	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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