genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16703051--16703203	76	2.0	76	96	0	279	24	21	20	33	1.97
16707821--16707865	20	2.2	21	88	4	65	37	0	2	60	1.09
16718647--16718881	44	5.3	44	72	7	154	30	19	22	28	1.98
16718643--16719196	45	12.6	43	68	14	208	30	18	20	29	1.97
16718870--16719165	92	3.3	91	67	17	229	32	18	18	30	1.95
16718787--16719206	177	2.4	177	87	2	601	31	18	20	30	1.96
16719084--16719196	40	2.8	41	79	4	131	29	20	19	30	1.97
16718787--16719290	177	2.9	175	82	5	466	31	18	20	30	1.96
16719961--16720010	19	2.7	18	79	11	57	74	18	4	4	1.14
16724653--16724734	31	2.6	31	73	9	94	36	1	0	62	1.03
16724676--16724744	11	6.6	11	73	9	56	40	2	0	56	1.14
16724690--16724792	20	5.2	21	67	19	69	34	1	0	63	1.06
16743432--16743464	6	5.5	6	100	0	66	15	33	0	51	1.43
16753397--16753425	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
16754102--16754130	8	3.8	8	95	4	51	48	0	0	51	1.00
16755422--16755477	20	2.9	19	78	10	60	41	1	1	55	1.21
16755578--16755677	53	1.9	53	91	4	168	33	6	3	58	1.38
16755619--16755662	20	2.2	20	84	8	54	34	6	0	59	1.24
16756774--16756806	17	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
16763094--16763222	25	5.4	25	83	4	126	18	25	20	35	1.95
16771052--16771086	14	2.5	14	85	0	52	80	5	2	11	1.00
16771090--16771123	15	2.3	15	90	10	52	76	0	23	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16771942--16771977	16	2.2	17	95	5	65	80	0	8	11	0.90
16773181--16773949	88	8.7	88	90	0	1151	27	21	24	26	1.99
16773976--16774135	46	3.5	46	88	0	230	26	15	25	32	1.95
16774103--16774378	132	2.1	132	88	0	408	30	18	25	26	1.98
16781657--16781749	44	2.1	46	82	8	111	36	22	6	34	1.80
16781739--16781781	16	2.7	16	96	0	77	27	32	0	39	1.57
16783307--16783331	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
16784311--16784350	21	2.0	20	90	5	62	25	20	12	42	1.86
16785620--16785677	29	2.0	29	82	0	71	51	8	17	22	1.72
16788152--16788222	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
16788158--16788226	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
16788299--16788384	27	3.2	26	83	4	93	19	25	23	31	1.98
16788426--16788523	28	3.5	28	91	6	155	48	0	12	38	1.41
16788424--16788523	27	3.6	28	88	11	152	49	0	12	39	1.40
16790243--16790343	43	2.3	43	87	0	148	20	20	24	33	1.97
16790434--16790478	21	2.1	21	83	0	54	40	26	17	15	1.90
16796888--16796927	21	1.9	21	100	0	80	40	20	0	40	1.52
16797490--16797517	14	2.0	14	100	0	56	21	57	7	14	1.61
16804625--16805011	109	3.6	109	92	0	567	34	18	15	30	1.93
16811358--16811448	34	2.7	33	81	10	94	31	17	15	35	1.91
16811461--16811668	15	14.1	15	71	5	109	29	21	17	31	1.96
16811576--16811665	44	2.0	44	87	4	128	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16813864--16813905	17	2.5	17	80	0	57	54	2	0	42	1.13
16814192--16814224	16	1.9	18	88	11	52	33	15	12	39	1.84
16817683--16817947	103	2.6	104	90	3	408	29	29	20	20	1.98
16818275--16818339	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
16818282--16818339	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
16820244--16820397	24	6.3	24	75	7	123	33	21	27	17	1.96
16820244--16820424	49	3.7	49	73	10	129	32	20	28	18	1.96
16820241--16820432	74	2.6	73	78	6	176	33	20	28	18	1.96
16821355--16821391	19	1.9	19	88	0	56	13	10	0	75	1.04
16822868--16822898	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
16824291--16824333	21	2.2	19	83	8	50	30	9	4	55	1.52
16825500--16825551	19	2.7	21	77	17	58	34	0	0	65	0.93
16825523--16825586	7	8.6	7	83	11	74	31	0	0	68	0.90
16825672--16825714	23	1.9	23	90	4	70	62	4	0	32	1.15
16828841--16828903	22	2.9	22	80	0	72	17	25	15	41	1.89
16829100--16829132	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
16837174--16837250	25	3.1	24	77	7	82	18	22	18	41	1.90
16837252--16837312	25	2.4	25	75	5	61	19	26	22	31	1.98
16838499--16838557	30	1.9	31	82	3	75	44	6	20	28	1.77
16838902--16839039	50	2.6	52	77	8	138	26	18	30	23	1.98
16849475--16849522	24	2.0	25	83	4	62	52	2	4	41	1.32
16849475--16849522	25	2.0	24	83	4	60	52	2	4	41	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16850671--16850705	17	1.9	19	88	11	56	14	17	5	62	1.49
16850671--16850704	18	1.9	17	88	5	50	14	17	5	61	1.52
16851582--16851622	21	2.0	21	85	0	55	29	12	29	29	1.93
16854847--16854880	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
16861097--16861149	6	8.5	6	87	8	79	33	0	30	35	1.58
16865548--16865573	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
16866151--16866247	27	3.6	27	80	0	113	36	26	22	14	1.93
16873574--16873607	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
16878658--16878701	9	5.3	9	81	15	51	81	6	0	11	0.86
16880816--16880967	48	3.1	48	70	7	153	30	26	21	21	1.98
16880808--16881151	98	3.5	98	91	0	535	32	24	19	23	1.98
16880842--16880994	48	3.1	47	69	7	135	33	24	19	22	1.97
16880808--16881148	50	6.9	50	67	9	214	32	24	19	23	1.97
16881128--16881174	23	2.0	23	95	0	85	40	21	21	17	1.91
16881160--16881327	48	3.5	47	71	9	140	36	23	17	22	1.95
16881029--16881272	121	2.0	122	88	3	366	34	23	19	22	1.96
16881206--16881379	50	3.5	50	71	6	165	34	20	20	24	1.96
16881151--16881363	98	2.2	98	90	0	327	34	21	20	23	1.97
16881769--16881816	23	2.1	23	84	0	60	41	35	4	18	1.70
16883058--16883091	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
16903460--16904507	348	3.0	348	96	0	1908	31	20	17	30	1.96
16906271--16906301	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16906248--16906301	12	4.1	14	85	7	53	1	11	0	87	0.63
16907410--16907473	33	1.9	33	93	6	112	40	28	23	7	1.82
16913210--16913254	11	4.1	11	88	0	72	20	33	2	44	1.63
16913210--16913270	22	2.8	22	87	5	79	22	32	1	42	1.64
16913210--16913272	33	1.9	33	87	12	94	23	31	1	42	1.64
16913232--16913331	51	2.0	51	89	0	155	26	26	2	46	1.64
16915124--16915166	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
16916436--16916493	25	2.3	23	81	16	71	27	8	10	53	1.64
16922603--16922804	110	1.8	110	91	2	334	36	28	12	22	1.91
16934199--16934232	17	1.9	17	94	5	59	88	2	8	0	0.62
16934198--16934233	19	1.9	18	94	5	63	88	2	8	0	0.59
16934198--16934233	9	3.9	9	85	7	54	88	2	8	0	0.59
16939482--16939523	20	2.1	20	95	0	75	45	0	30	23	1.53
16939627--16939686	30	2.0	31	83	3	77	40	0	40	20	1.52
16942366--16942432	35	1.9	34	82	8	82	32	1	2	62	1.19
16942722--16942813	46	2.0	44	85	8	123	30	4	25	40	1.75
16958377--16958416	21	2.0	21	85	5	55	32	5	25	37	1.77
16961604--16961736	58	2.3	58	85	1	178	17	10	26	45	1.80
16968700--16968743	18	2.4	18	84	0	52	72	11	0	15	1.11
16974546--16974573	14	2.0	14	100	0	56	50	35	0	14	1.43
16974679--16974709	9	3.4	9	100	0	62	87	0	12	0	0.55
16975681--16975752	20	3.7	19	81	9	83	41	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16978229--16978257	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
16979030--16979059	12	2.4	12	94	5	51	16	0	6	76	0.99
16979183--16979226	21	2.1	21	84	12	56	47	2	0	50	1.13
16986495--16986565	3	23.3	3	97	2	133	32	0	1	66	1.01
16993008--16993070	30	2.0	32	81	6	76	49	9	14	26	1.74
16995333--16995380	24	2.0	23	84	11	62	50	10	0	39	1.37
16996330--16996360	16	1.9	16	93	0	53	61	3	3	32	1.28
16997104--16997142	20	2.0	20	84	0	51	35	5	12	46	1.65
16998236--16998330	44	2.2	44	80	3	111	42	4	18	34	1.70
16998463--16998501	21	1.9	20	84	5	51	56	2	2	38	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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