genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  98  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27497801--27497834	18	1.9	17	88	5	50	38	2	0	58	1.13
27497994--27498031	20	1.9	20	88	0	58	50	5	0	44	1.24
27506615--27506639	9	2.8	9	100	0	50	36	0	36	28	1.58
27511800--27511885	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
27513117--27513893	322	2.4	319	93	2	1321	31	10	8	49	1.67
27513147--27513893	158	4.7	156	73	13	594	30	10	8	50	1.66
27514264--27514364	5	21.0	5	74	11	70	0	32	0	67	0.91
27514262--27514375	10	11.8	10	75	15	107	0	32	0	67	0.91
27514221--27514389	38	4.3	38	77	6	142	0	31	0	67	0.95
27520043--27520178	21	6.5	21	74	8	107	21	21	14	42	1.88
27520043--27520090	20	2.3	20	85	3	60	22	16	16	43	1.87
27520064--27520179	42	2.8	42	82	1	135	21	22	13	42	1.88
27520071--27520192	42	2.9	40	80	4	118	20	22	14	41	1.89
27527225--27527320	21	4.6	21	78	0	93	17	19	17	44	1.87
27527233--27527326	42	2.2	42	86	0	134	15	20	19	44	1.86
27527449--27527717	43	6.3	43	88	1	396	20	28	21	28	1.98
27528223--27528284	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
27528223--27528290	17	4.0	17	70	14	50	39	1	14	44	1.55
27528381--27528439	9	6.4	9	72	16	50	32	0	18	49	1.48
27528380--27528462	21	4.2	21	79	11	79	34	1	16	46	1.55
27529180--27529226	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
27532400--27532833	200	2.2	196	95	1	769	26	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27532733--27532999	75	3.4	75	66	17	191	27	23	18	30	1.98
27532645--27532994	160	2.2	161	94	1	630	27	24	17	31	1.97
27533268--27533307	9	4.8	8	87	6	53	30	0	0	70	0.88
27533283--27533323	19	2.2	19	90	0	64	31	4	0	63	1.15
27533281--27533323	9	4.7	9	88	5	59	34	4	0	60	1.17
27533268--27533328	26	2.4	25	82	15	72	32	3	0	63	1.10
27533420--27533646	90	2.6	87	85	6	302	44	23	2	28	1.67
27533658--27533691	14	2.4	14	95	0	59	29	52	0	17	1.45
27533571--27533781	103	2.0	103	81	7	241	42	26	1	28	1.66
27533791--27533822	7	4.9	7	85	14	50	31	53	0	15	1.43
27533791--27533815	12	2.1	12	100	0	50	32	52	0	16	1.44
27533945--27533988	21	2.1	21	87	4	63	45	25	0	29	1.54
27534452--27534886	114	3.8	114	90	0	665	28	27	21	21	1.99
27539647--27539734	46	1.9	46	83	4	115	39	19	19	21	1.92
27539885--27539958	22	3.3	22	75	5	60	41	20	21	16	1.90
27539948--27540059	32	3.5	31	74	11	102	41	23	16	17	1.89
27540238--27540280	11	3.7	11	76	11	50	51	27	6	13	1.67
27540228--27540309	24	3.4	24	86	0	101	46	25	7	20	1.76
27540350--27540581	27	8.6	27	76	8	168	21	17	21	39	1.92
27540350--27540581	81	2.9	81	83	6	301	21	17	21	39	1.92
27540331--27540581	54	4.7	53	76	7	213	21	17	21	39	1.93
27542827--27543127	46	6.4	45	89	7	372	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27542834--27543127	98	3.1	92	88	6	428	34	14	21	29	1.93
27542768--27543116	144	2.4	144	95	0	628	34	14	21	29	1.93
27543045--27543199	37	4.0	37	85	8	179	35	15	22	26	1.94
27544455--27544598	49	2.9	49	93	1	234	23	15	29	31	1.95
27547789--27548077	46	6.3	46	89	7	435	35	13	21	29	1.92
27547881--27548061	45	3.8	51	87	9	228	35	14	20	29	1.92
27547723--27548061	140	2.4	143	94	3	605	34	14	21	30	1.93
27548042--27548149	37	3.0	36	90	4	173	36	16	22	25	1.94
27549396--27549536	51	2.9	47	80	11	169	23	15	27	33	1.95
27552628--27552988	46	7.6	46	81	13	381	33	14	21	31	1.92
27552628--27552977	147	2.4	144	88	7	548	33	14	20	31	1.93
27552841--27553022	46	4.2	45	82	10	195	36	14	20	29	1.92
27552908--27553059	37	4.0	36	83	10	164	34	15	21	27	1.94
27553711--27553746	17	2.1	18	89	5	56	22	33	22	22	1.97
27559195--27559242	22	2.1	24	84	7	64	54	2	2	41	1.24
27565060--27565212	66	2.3	66	85	2	200	25	17	24	32	1.97
27575400--27575466	24	2.8	25	73	11	68	50	11	13	23	1.75
27588587--27588611	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
27588736--27588783	12	3.9	12	83	5	60	64	4	6	25	1.35
27588858--27588903	22	2.1	22	84	8	58	69	2	4	23	1.17
27588833--27588913	15	5.5	15	73	16	62	74	1	4	19	1.08
27598902--27598980	34	2.4	31	76	21	88	32	5	17	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27602270--27602313	20	2.2	20	84	12	54	36	2	0	61	1.09
27606347--27606403	21	2.7	21	73	15	55	29	5	1	63	1.27
27606630--27606674	22	2.0	22	86	4	63	40	0	4	55	1.20
27607151--27607190	16	2.5	16	87	0	53	42	5	2	50	1.37
27607164--27607225	22	2.7	23	85	5	81	46	0	1	51	1.10
27615124--27615163	21	1.9	21	84	0	53	25	22	12	40	1.89
27622821--27622866	17	2.9	15	78	15	56	78	0	19	2	0.86
27623130--27623348	108	2.0	106	84	5	280	25	17	8	48	1.75
27624009--27624045	16	2.4	16	90	4	58	43	18	5	32	1.73
27624272--27624366	45	2.1	45	80	7	104	28	16	25	29	1.97
27624340--27624620	89	3.2	89	89	1	395	27	21	24	26	1.99
27624606--27624783	44	4.1	44	65	15	107	29	20	24	25	1.99
27624661--27624852	87	2.2	88	82	10	227	28	22	22	26	1.99
27624708--27624849	44	3.2	45	72	13	143	27	21	24	26	1.99
27624836--27625575	130	5.7	130	89	1	1101	32	23	18	25	1.97
27624835--27625565	390	1.9	389	94	0	1302	32	22	19	25	1.97
27627779--27627818	21	1.9	21	84	0	53	25	22	12	40	1.89
27632519--27632577	30	2.0	30	83	6	75	49	11	5	33	1.62
27641704--27642008	91	3.4	91	92	3	517	47	3	3	45	1.37
27642015--27642658	120	5.4	120	97	0	1207	43	3	5	48	1.40
27642136--27642170	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27642246--27642423	51	3.1	51	65	29	117	44	2	5	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27642088--27642633	38	13.7	39	65	19	139	43	3	5	47	1.42
27642616--27642650	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27642794--27642897	46	2.4	43	83	13	119	37	31	3	26	1.75
27642804--27642899	44	2.1	46	90	7	153	37	30	4	28	1.76
27642881--27642925	16	2.8	16	93	0	72	24	33	4	37	1.76
27647996--27648035	21	1.9	21	85	10	55	45	22	15	17	1.85
27648587--27648741	65	2.4	66	82	6	174	43	20	14	21	1.87
27649928--27650009	25	3.3	25	84	0	110	35	18	20	25	1.95
27657186--27657232	20	2.3	20	85	0	58	63	4	17	14	1.45
27657185--27657272	19	4.5	19	69	16	54	60	3	18	18	1.50
27662627--27662715	44	2.0	44	100	0	178	52	20	13	13	1.73
27666987--27667059	37	2.0	37	100	0	146	27	10	21	39	1.87
27669168--27669218	24	2.1	25	92	3	86	19	5	5	68	1.31
27677947--27678084	39	3.5	39	93	0	231	44	22	4	28	1.71
27677994--27678055	17	3.4	17	69	26	54	46	24	1	27	1.62
27681241--27681281	20	2.0	20	90	0	64	24	9	9	56	1.62
27684302--27684338	18	2.1	18	94	0	65	51	8	16	24	1.71
27685682--27685709	13	2.2	13	100	0	56	39	0	21	39	1.54
27693923--27694113	61	3.2	61	73	14	223	51	4	1	43	1.28
27693888--27694173	120	2.4	120	99	0	563	52	3	0	43	1.22
27699916--27699958	18	2.4	18	81	11	54	25	0	4	69	1.07
27701937--27702178	120	2.0	119	97	0	457	47	7	27	18	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27703226--27703282	27	2.1	27	87	6	80	49	0	14	36	1.43
27703250--27703366	35	3.4	35	78	5	141	43	0	16	40	1.48
27703220--27703366	35	4.3	32	76	14	102	42	0	17	40	1.49
27703250--27703383	34	3.9	35	76	5	139	42	0	14	43	1.45
27703488--27703514	12	2.2	12	100	0	54	55	7	14	22	1.64
27703574--27703630	25	2.3	23	78	18	62	50	5	0	43	1.24
27718188--27718442	108	2.3	109	81	3	282	36	12	13	37	1.82
27718235--27718442	109	1.9	108	86	1	290	35	12	13	37	1.83
27720316--27720652	51	6.6	51	88	1	435	38	22	10	28	1.88
27720316--27720660	153	2.3	153	86	3	487	37	22	11	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189