genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20883857--20883897	10	4.0	10	82	17	57	70	0	0	29	0.87
20883862--20883902	7	5.9	7	100	0	82	70	0	0	29	0.87
20885298--20885419	9	13.6	9	69	17	67	61	2	5	30	1.32
20885300--20885419	28	4.5	26	71	16	84	61	2	5	30	1.32
20885421--20885466	22	2.0	23	95	4	85	30	2	0	67	1.03
20886154--20886205	22	2.4	22	83	0	68	28	0	26	44	1.55
20886352--20886419	29	2.3	29	94	0	118	45	2	19	32	1.65
20889706--20889747	19	2.2	19	95	0	75	69	4	7	19	1.31
20889907--20889947	17	2.4	17	87	4	55	63	0	14	21	1.30
20889958--20889999	11	3.8	11	75	12	50	30	0	28	40	1.57
20889944--20890011	22	3.2	22	75	19	72	38	0	25	36	1.56
20890485--20890537	27	1.9	28	85	11	74	37	16	3	41	1.67
20890980--20891034	24	2.3	23	76	14	58	49	5	0	45	1.25
20898770--20898812	17	2.3	18	80	15	52	51	13	0	34	1.42
20905511--20905556	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
20908964--20909011	25	1.9	25	82	0	60	20	6	0	72	1.05
20918332--20918395	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
20930864--20931105	44	5.5	44	75	7	199	26	17	24	30	1.97
20930997--20931233	44	5.6	41	71	10	136	24	19	25	29	1.99
20930909--20931193	129	2.2	129	91	1	455	26	17	25	30	1.97
20931384--20931535	44	3.4	44	75	6	121	30	21	24	23	1.99
20933096--20933159	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20933142--20933201	30	2.1	27	82	14	68	38	3	6	51	1.45
20934663--20934841	29	6.2	29	83	6	211	22	21	11	44	1.85
20934663--20934841	86	2.1	87	87	5	256	22	21	11	44	1.85
20938117--20938142	12	2.2	12	100	0	52	53	7	0	38	1.30
20938309--20938355	19	2.5	19	76	13	53	29	0	14	55	1.40
20938751--20938779	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
20941730--20941894	77	2.2	77	98	1	323	60	4	2	32	1.31
20942213--20942254	21	2.0	21	90	9	68	52	7	11	28	1.64
20974954--20974999	22	2.1	22	83	0	56	32	13	32	21	1.92
20977282--20977343	31	2.0	31	93	0	106	40	27	3	29	1.72
20981185--20981231	5	9.2	5	90	2	67	0	61	38	0	0.96
20981542--20981582	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
20982677--20982726	13	3.9	13	82	15	68	16	18	4	62	1.48
20982672--20982725	12	4.3	12	82	13	56	18	18	3	59	1.52
20985690--20985735	18	2.6	18	92	0	74	34	6	41	17	1.75
20985690--20985735	9	5.1	9	86	0	65	34	6	41	17	1.75
20985910--20985944	11	3.1	11	91	4	52	20	8	31	40	1.82
20994719--20994762	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
21000240--21000273	18	1.9	17	88	5	50	35	26	8	29	1.87
21005625--21005664	19	2.1	19	85	4	53	57	0	27	15	1.38
21005778--21005837	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
21006132--21006162	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21009825--21009914	44	2.0	44	86	0	126	53	3	8	34	1.49
21010107--21010197	44	2.0	45	87	6	132	52	2	6	38	1.40
21010164--21010198	18	2.0	18	88	5	54	60	2	2	34	1.26
21009766--21010285	283	1.8	281	83	5	690	49	4	7	39	1.51
21010511--21010555	20	2.1	21	84	8	56	46	0	0	53	1.00
21011194--21011245	21	2.5	20	81	6	59	36	1	5	55	1.35
21011204--21011245	21	2.0	21	90	0	66	33	2	7	57	1.39
21012830--21012868	17	2.3	17	86	8	53	43	0	0	56	0.99
21023161--21023201	15	2.8	15	79	13	50	73	0	2	24	0.96
21026769--21026798	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
21053917--21053943	6	4.5	6	100	0	54	14	33	33	18	1.92
21062090--21062132	11	3.8	11	82	17	61	62	2	0	34	1.08
21063532--21063575	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
21068989--21069023	17	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
21074780--21074827	25	1.9	25	83	8	62	52	6	22	18	1.68
21095061--21095088	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
21096766--21096858	45	2.1	45	97	0	177	44	27	9	18	1.81
21098324--21098362	20	1.9	21	84	5	53	48	0	10	41	1.37
21100380--21100412	17	1.9	17	88	11	50	30	12	3	54	1.52
21103205--21103310	26	4.1	26	81	2	124	18	16	29	35	1.93
21115423--21115475	26	2.0	26	89	7	81	79	3	0	16	0.88
21115425--21115476	11	4.6	11	78	19	54	80	3	0	15	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21115558--21115609	26	2.0	27	92	3	88	42	40	3	13	1.62
21117019--21117045	14	1.9	14	100	0	54	33	7	0	59	1.25
21117206--21117246	18	2.3	18	84	12	57	17	4	14	63	1.47
21122820--21122917	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
21122827--21122915	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
21130183--21130256	23	3.3	23	86	7	116	32	27	20	20	1.97
21130190--21130256	21	3.1	21	87	8	107	32	26	20	19	1.97
21138774--21138871	44	2.2	44	83	7	119	32	18	22	26	1.97
21138793--21138891	44	2.2	44	78	3	101	35	18	16	30	1.92
21138837--21139161	145	2.2	145	92	1	535	35	17	17	30	1.93
21139127--21139249	44	2.8	44	88	2	176	28	19	24	27	1.99
21139127--21139269	44	3.3	42	79	5	133	30	18	22	27	1.97
21138982--21139647	233	2.9	232	92	1	1131	33	18	20	28	1.96
21139360--21139482	44	2.8	44	84	9	169	30	19	21	28	1.98
21139686--21139806	50	2.4	49	70	10	111	29	22	22	25	1.99
21140054--21140104	15	3.5	14	84	10	66	80	1	0	17	0.81
21141873--21141913	18	2.3	18	84	12	57	17	4	14	63	1.47
21144983--21145027	19	2.3	20	85	11	67	53	2	4	40	1.33
21146360--21146401	22	1.9	22	85	0	57	59	4	0	35	1.19
21155031--21155080	12	4.2	12	76	21	52	72	10	0	18	1.12
21155031--21155080	24	2.1	23	85	10	66	72	10	0	18	1.12
21156788--21156835	25	1.9	25	83	8	62	43	10	2	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21158764--21158813	24	2.2	22	82	13	57	38	2	4	56	1.30
21161634--21161679	24	1.9	24	90	0	74	17	28	0	54	1.43
21161827--21161904	3	26.0	3	89	0	111	32	2	2	62	1.22
21162220--21162249	14	2.1	14	100	0	60	13	20	6	60	1.55
21162375--21162413	20	2.0	20	100	0	78	17	20	15	46	1.84
21166569--21166608	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
21166554--21166620	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
21167274--21167350	9	8.4	9	80	8	66	24	11	23	40	1.88
21167274--21167350	27	2.8	26	78	9	75	24	11	23	40	1.88
21167299--21167350	18	2.9	18	88	0	77	26	9	23	40	1.85
21172720--21172758	11	3.4	11	83	13	51	38	0	5	56	1.22
21175959--21176017	13	4.1	14	76	20	52	71	5	1	22	1.15
21175962--21176004	16	2.6	16	92	3	68	69	4	2	23	1.18
21175962--21176010	16	2.9	17	84	9	64	69	4	2	24	1.17
21178098--21178152	27	1.9	30	85	10	80	18	9	0	72	1.10
21178113--21178158	12	3.9	12	78	13	51	17	8	0	73	1.07
21188330--21188358	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21189494--21189544	19	2.7	18	74	11	57	9	21	0	68	1.18
21189771--21189828	30	1.9	31	92	3	100	62	18	0	18	1.34
21190387--21190460	25	2.7	27	82	15	89	60	2	27	9	1.41
21191618--21191657	21	1.9	21	89	0	62	42	20	12	25	1.86
21192195--21192313	58	2.0	59	98	1	231	29	20	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21194255--21194437	11	17.9	11	72	18	87	60	0	2	36	1.11
21194302--21194368	31	2.2	30	84	5	89	64	0	1	34	1.03
21194255--21194447	40	4.8	39	86	8	246	61	0	2	36	1.10
21194355--21194447	9	9.6	9	71	17	62	65	0	3	31	1.08
21194359--21194438	10	7.8	10	75	15	56	62	0	3	33	1.13
21194255--21194406	30	5.0	31	73	15	111	60	0	1	37	1.08
21201744--21201782	17	2.4	17	87	8	55	17	2	15	64	1.41
21205442--21205469	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21209655--21209687	16	2.1	16	94	0	57	54	6	0	39	1.25
21210786--21210833	4	12.0	4	81	0	51	22	8	2	66	1.29

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