genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21845910--21845964	22	2.4	23	82	14	78	25	29	1	43	1.65
21845910--21845964	11	4.9	11	80	8	67	25	29	1	43	1.65
21845979--21846015	11	3.2	12	88	7	51	29	18	0	51	1.47
21847166--21847197	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
21847849--21847888	18	2.2	18	90	0	62	20	30	5	45	1.72
21848429--21848504	7	11.0	7	77	13	68	42	36	2	18	1.64
21848429--21848480	20	2.5	20	90	3	77	42	38	3	15	1.65
21848430--21848482	27	2.0	27	88	3	81	39	39	3	16	1.67
21848470--21848512	22	2.0	22	90	4	70	44	30	0	25	1.55
21848457--21848561	27	3.2	34	67	24	91	41	33	1	22	1.65
21848463--21848539	28	2.7	28	76	15	86	41	33	1	23	1.63
21848522--21848569	20	2.4	21	82	10	64	35	39	0	25	1.56
21848470--21848607	21	6.7	20	71	10	100	41	32	0	25	1.61
21848420--21848613	83	2.3	82	73	6	194	40	32	2	24	1.67
21851690--21852135	126	3.5	126	88	1	626	29	22	16	31	1.96
21852252--21852285	17	2.1	16	94	5	59	55	29	0	14	1.40
21852265--21852306	21	2.0	22	90	4	68	54	33	0	11	1.37
21853339--21853369	16	1.9	16	93	0	53	19	22	22	35	1.96
21854157--21854200	21	2.1	21	83	8	54	34	18	20	27	1.96
21855641--21855667	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
21859607--21859649	19	2.4	19	88	7	63	37	16	11	34	1.85
21859617--21859682	22	3.1	22	89	6	93	40	10	15	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859900--21859944	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21862934--21862978	18	2.4	18	85	10	56	17	15	15	51	1.77
21865728--21867464	45	39.0	45	76	6	1451	29	17	23	29	1.97
21866630--21867590	351	2.7	352	81	3	1108	29	19	24	27	1.98
21867018--21867151	43	3.1	43	69	8	117	28	17	26	27	1.97
21867267--21867422	44	3.5	44	69	10	120	30	19	28	22	1.98
21867245--21867550	89	3.4	89	81	3	285	28	20	24	26	1.99
21867554--21867836	131	2.2	132	85	3	383	28	20	24	26	1.99
21868285--21868350	22	3.1	22	87	6	93	39	9	16	34	1.80
21868568--21868612	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21871109--21871163	28	1.9	29	88	3	85	63	3	1	30	1.22
21871444--21871516	10	7.5	10	73	6	69	31	2	1	64	1.16
21871433--21871516	19	4.4	19	76	8	64	29	2	2	65	1.18
21871443--21871516	29	2.6	29	82	4	96	32	2	1	63	1.17
21871677--21871914	89	2.7	87	84	5	300	33	7	22	36	1.83
21883846--21884154	140	2.2	135	97	2	501	43	12	12	30	1.80
21891737--21891771	15	2.3	15	95	0	61	31	17	2	48	1.61
21891744--21891776	15	2.2	15	94	0	57	42	12	6	39	1.67
21891886--21891999	61	1.9	60	89	5	178	50	7	3	38	1.49
21891977--21892028	20	2.8	18	73	21	54	50	5	3	40	1.45
21896828--21896862	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
21897566--21897609	19	2.3	19	84	7	54	31	4	2	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21917376--21917420	23	2.0	23	81	0	54	51	0	2	46	1.13
21919981--21920011	16	1.9	16	100	0	62	48	6	25	19	1.72
21926417--21926462	24	1.9	24	90	0	74	41	2	28	28	1.68
21926418--21926469	24	2.2	24	82	0	59	48	1	25	25	1.62
21926795--21926929	11	12.3	11	64	9	51	23	4	6	65	1.35
21927391--21927439	19	2.8	17	79	14	55	42	0	30	26	1.55
21941843--21942080	43	5.5	43	85	2	316	22	28	18	30	1.97
21942424--21942494	21	3.4	21	78	3	72	7	42	14	36	1.72
21942444--21942634	87	2.2	87	93	1	321	13	29	16	41	1.86
21943293--21943372	31	2.6	31	85	0	97	45	20	16	18	1.86
21944531--21944648	45	2.5	46	80	6	130	31	8	15	44	1.76
21944780--21944943	21	7.6	21	68	15	59	39	36	1	22	1.62
21944856--21944892	14	2.6	14	91	0	56	37	43	0	18	1.51
21944898--21944936	7	5.6	7	84	0	51	51	33	0	15	1.44
21944983--21945019	14	2.6	14	86	4	56	37	45	0	16	1.47
21944985--21945065	21	3.8	22	77	9	69	34	45	1	18	1.57
21944981--21945065	7	12.0	7	68	16	50	36	43	1	18	1.58
21945073--21945157	39	2.2	39	91	4	136	49	20	2	28	1.61
21945180--21945220	15	2.8	14	85	10	55	43	34	0	21	1.53
21945293--21945490	102	2.0	101	86	7	276	29	19	17	33	1.94
21945395--21945712	111	2.8	110	83	5	363	29	19	18	32	1.96
21954234--21954292	30	2.0	30	100	0	118	33	11	16	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21956351--21956426	31	2.4	31	77	16	77	55	6	1	36	1.34
21956998--21957138	67	2.1	67	92	2	230	36	7	3	53	1.46
21959987--21960361	184	2.0	185	97	1	716	34	21	12	32	1.90
21961442--21961475	14	2.5	14	90	4	52	20	0	0	79	0.73
21961442--21961475	13	2.5	13	90	9	50	20	0	0	79	0.73
21968599--21968660	14	4.5	13	78	15	54	14	9	3	72	1.23
21970101--21970147	23	2.0	23	100	0	94	29	21	4	44	1.71
21972493--21972519	11	2.5	11	100	0	54	70	0	0	29	0.88
21972720--21972769	19	2.6	19	81	9	57	24	0	6	70	1.10
21972819--21972868	26	2.0	26	84	7	68	28	0	8	64	1.22
21984038--21984125	45	2.0	45	97	0	167	25	20	11	43	1.85
21984452--21984494	17	2.5	17	76	0	50	79	0	11	9	0.95
21984558--21984599	20	2.2	19	86	4	57	73	2	16	7	1.15
21990474--21990534	25	2.4	25	80	0	68	37	8	16	37	1.78
21993232--21993295	26	2.5	26	94	2	112	37	7	17	37	1.79
21999196--21999350	73	2.1	73	82	4	179	32	20	26	20	1.97
21999257--21999350	25	3.8	24	75	8	100	32	22	26	18	1.97
21999256--21999402	48	2.9	51	77	13	146	34	21	23	20	1.96
21999256--21999402	25	5.9	26	71	13	96	34	21	23	20	1.96
22001264--22001335	28	2.5	29	77	6	76	61	2	0	36	1.11
22001283--22001341	9	6.0	10	73	15	52	61	1	0	37	1.07
22001288--22001339	27	1.9	27	84	7	70	61	1	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22002658--22002906	43	5.8	43	90	0	372	29	31	17	21	1.96
22002658--22002906	129	1.9	129	93	1	428	29	31	17	21	1.96
22003107--22003165	18	3.3	18	63	13	50	40	10	6	42	1.65
22009075--22009119	7	6.4	7	84	0	54	35	44	0	20	1.51
22009075--22009119	21	2.1	21	88	8	65	35	44	0	20	1.51
22009075--22009119	14	3.2	14	87	0	63	35	44	0	20	1.51
22009162--22009205	20	2.2	20	88	8	63	36	47	0	15	1.46
22009426--22009462	14	2.6	14	91	0	65	45	29	0	24	1.53
22009833--22009993	41	4.0	41	93	0	270	27	29	23	19	1.98
22010034--22010163	40	3.3	39	80	7	138	22	22	21	33	1.97
22013994--22014102	43	2.6	43	82	1	121	31	27	15	25	1.96
22021491--22021538	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
22027336--22027376	12	3.3	12	89	3	55	17	24	0	58	1.38
22027335--22027376	18	2.3	19	87	4	59	16	23	0	59	1.37
22028903--22028967	28	2.3	28	81	0	76	24	20	23	32	1.98
22032074--22032291	42	5.1	42	86	0	274	33	19	21	26	1.97
22032054--22032293	43	5.6	43	85	2	286	32	20	21	26	1.97
22032073--22032297	85	2.6	86	82	2	301	33	20	20	25	1.97
22032073--22032325	85	3.0	85	79	4	278	32	18	20	27	1.96
22032757--22032825	21	3.3	21	81	0	84	1	40	20	37	1.61
22036113--22036141	10	2.9	10	100	0	58	41	17	0	41	1.49
22038218--22038285	14	4.9	14	71	16	52	41	33	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038786--22038926	41	3.5	40	82	3	165	37	20	24	17	1.94
22043703--22043735	16	2.1	16	94	0	57	39	0	3	57	1.14
22044162--22044223	19	3.2	19	75	11	63	54	1	0	43	1.09
22045175--22045199	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22053233--22053261	11	2.6	11	100	0	58	17	27	44	10	1.81
22059150--22059263	19	6.0	19	85	0	120	29	30	24	14	1.95
22059150--22059263	38	3.0	38	85	0	138	29	30	24	14	1.95
22063072--22063124	13	4.1	13	78	9	63	28	5	28	37	1.80
22063627--22063655	13	2.1	14	93	6	51	41	6	17	34	1.76
22063944--22063983	19	2.1	19	86	9	55	45	0	0	55	0.99

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