genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  141  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42877184--42877244	16	3.8	16	75	12	54	29	16	9	44	1.80
42878687--42878728	20	2.1	20	90	0	66	50	0	2	47	1.14
42886914--42886945	17	1.9	16	93	6	55	28	37	18	15	1.92
42894837--42894923	43	2.0	43	97	0	165	37	24	6	31	1.82
42896020--42896278	138	1.9	138	80	4	308	35	24	19	20	1.96
42897483--42897527	20	2.3	19	81	7	63	44	13	13	28	1.81
42902160--42902193	17	2.0	17	100	0	68	11	23	29	35	1.90
42904833--42904888	22	2.6	22	80	5	62	39	25	25	10	1.87
42912538--42912584	14	3.4	14	76	5	51	44	0	23	31	1.54
42912538--42912593	27	2.1	27	96	0	103	42	0	23	33	1.54
42914075--42914127	20	2.7	20	84	0	70	47	13	7	32	1.70
42925807--42926103	50	5.8	50	83	3	310	26	22	28	22	1.99
42928958--42929153	54	3.6	54	82	6	200	40	20	19	19	1.92
42928958--42929154	109	1.8	108	80	8	238	40	20	19	19	1.92
42928958--42929193	27	8.7	27	74	13	162	39	20	19	20	1.93
42929199--42929308	24	4.6	24	73	13	91	23	8	22	45	1.79
42929200--42929308	48	2.3	48	82	6	132	23	8	22	45	1.79
42929453--42929655	32	6.4	32	88	2	275	21	20	19	38	1.93
42930327--42930359	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
42933687--42933753	27	2.5	27	85	9	100	31	16	19	32	1.94
42937395--42937445	19	2.6	19	81	3	57	45	13	5	35	1.68
42943530--42943623	42	2.2	42	88	3	136	22	34	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42946125--42946171	24	1.9	25	91	4	78	46	23	2	27	1.63
42953595--42953632	20	1.9	20	84	10	51	36	0	15	47	1.46
42954042--42954166	61	2.0	61	89	0	187	19	19	27	34	1.95
42966103--42966191	45	2.0	45	90	0	142	33	23	16	25	1.96
42966198--42966388	51	3.8	50	80	2	211	31	26	18	24	1.97
42966200--42966385	101	1.8	102	88	4	286	31	25	18	24	1.98
42970189--42970342	50	3.0	50	87	5	191	25	21	29	23	1.99
42970245--42970373	50	2.6	50	83	0	132	26	23	28	21	1.99
42970631--42970669	20	2.0	20	85	10	53	53	5	25	15	1.62
42970659--42970712	27	2.0	27	100	0	108	55	3	25	14	1.56
42970651--42970710	12	4.7	13	78	15	63	58	1	26	13	1.45
42973974--42974017	18	2.3	20	88	7	65	75	2	18	4	1.09
42975778--42975849	33	2.1	34	92	2	119	38	6	13	40	1.72
42989541--42989718	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
42989542--42989697	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
42989538--42989718	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
43003701--43003878	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
43003702--43003857	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
43003698--43003878	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
43007672--43007727	21	2.8	20	87	12	73	55	7	7	30	1.54
43008015--43008041	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
43009394--43009443	26	1.9	26	91	0	82	38	18	22	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43009629--43009768	27	5.3	26	82	10	158	19	16	20	43	1.88
43009630--43009768	53	2.6	53	84	8	169	19	16	20	43	1.88
43009645--43009770	26	4.7	27	81	13	104	19	15	22	42	1.88
43022157--43022195	6	6.7	6	88	5	53	71	0	2	25	0.98
43023030--43023063	14	2.3	15	85	5	52	52	0	8	38	1.33
43023401--43023436	16	2.2	16	100	0	72	52	0	0	47	1.00
43027713--43027755	20	2.2	20	91	4	70	55	0	2	41	1.12
43028002--43028095	9	10.1	9	73	9	64	27	5	1	65	1.20
43028002--43028088	18	4.7	18	79	11	79	26	5	1	66	1.21
43027999--43028107	27	4.1	25	73	14	69	30	4	1	63	1.25
43028550--43028598	21	2.3	21	86	6	64	69	2	0	28	1.00
43030403--43030675	43	6.3	43	81	2	289	30	30	16	21	1.96
43030409--43030648	129	1.9	129	87	5	360	29	30	17	22	1.97
43030403--43030675	129	2.1	129	83	4	354	30	30	16	21	1.96
43030919--43030949	15	2.1	15	93	0	53	19	32	0	48	1.49
43035375--43035403	12	2.4	12	100	0	58	75	0	0	24	0.80
43036133--43036171	7	5.6	7	81	0	51	33	46	0	20	1.51
43036213--43036250	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
43036353--43036384	7	4.6	7	92	0	55	34	50	0	15	1.45
43036485--43036521	14	2.6	14	95	0	65	45	29	0	24	1.53
43036777--43036964	41	4.7	40	75	12	138	29	22	22	25	1.99
43037000--43037136	40	3.5	40	84	4	161	20	20	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43042294--43042373	27	3.0	27	89	3	110	41	12	12	33	1.81
43042310--43042436	63	2.0	63	89	3	193	37	11	14	37	1.81
43042372--43042468	27	3.6	28	71	9	85	36	14	14	35	1.87
43052080--43052152	33	2.2	33	82	2	83	28	23	21	26	1.99
43052251--43052331	26	3.1	26	73	7	74	34	24	18	22	1.96
43052808--43052862	20	2.8	20	97	2	103	23	47	16	12	1.81
43053490--43053545	21	2.7	21	88	0	85	25	10	35	28	1.89
43054635--43054669	16	2.2	16	100	0	70	45	0	0	54	0.99
43055006--43055040	14	2.4	15	85	4	54	34	8	0	57	1.29
43058388--43058471	25	3.3	25	77	12	89	23	26	21	28	1.99
43058361--43058477	52	2.3	49	80	7	135	25	25	19	29	1.99
43058417--43058481	25	2.6	25	83	9	87	27	23	20	29	1.98
43062844--43062889	17	2.7	17	93	0	74	32	32	34	0	1.58
43063692--43063829	42	3.2	43	66	17	113	25	24	23	26	2.00
43063688--43063981	87	3.4	87	88	0	439	25	23	22	28	1.99
43068682--43068803	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
43068654--43069105	47	9.6	47	92	1	651	27	29	9	33	1.88
43070361--43070528	85	2.0	85	98	0	327	27	25	8	38	1.85
43087132--43087194	11	5.8	10	83	5	63	36	50	3	9	1.51
43087133--43087183	22	2.3	22	89	0	75	37	52	1	7	1.42
43098518--43098640	33	3.4	33	72	20	111	34	28	17	19	1.95
43098695--43098924	51	4.5	51	78	5	243	30	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43098697--43098930	102	2.3	101	89	2	353	29	24	19	26	1.99
43099164--43099222	30	2.0	30	87	12	86	30	18	13	37	1.90
43100555--43100650	45	2.1	45	96	0	174	30	13	9	46	1.74
43100742--43100774	15	2.2	15	94	0	57	48	9	12	30	1.71
43105002--43105230	61	3.8	61	82	0	269	27	25	15	31	1.95
43105449--43105484	18	1.9	19	88	5	56	13	5	19	61	1.52
43106300--43106372	20	3.7	20	72	7	67	36	23	21	17	1.94
43106359--43106416	28	2.0	29	86	3	82	34	20	27	17	1.95
43106327--43106456	68	1.9	69	82	1	163	34	20	24	20	1.96
43108771--43108813	22	2.0	22	90	0	68	11	16	25	46	1.80
43108899--43109112	43	5.0	43	83	1	268	28	28	17	25	1.97
43113508--43113787	41	6.8	41	79	6	280	34	28	16	20	1.94
43113508--43113784	82	3.4	82	82	4	344	35	27	16	20	1.94
43113508--43113784	123	2.3	123	81	6	330	35	27	16	20	1.94
43116743--43116857	30	4.0	28	82	8	140	24	24	26	25	2.00
43116956--43117035	26	3.1	26	76	7	90	33	25	22	18	1.97
43117272--43117654	27	14.1	27	82	1	399	20	18	20	40	1.92
43118292--43118334	21	2.0	21	82	8	52	25	39	0	34	1.56
43120675--43120872	27	7.3	27	81	2	227	42	18	19	18	1.89
43121229--43121290	28	2.2	28	94	0	106	20	25	22	30	1.98
43121229--43121308	28	2.9	27	84	3	97	21	25	25	28	1.99
43127503--43127585	35	2.4	35	81	4	96	7	31	10	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43128209--43128444	27	8.7	27	80	5	228	43	20	17	18	1.88
43128209--43128444	82	2.9	80	81	6	262	43	20	17	18	1.88
43128620--43128682	26	2.4	26	72	0	63	19	19	20	41	1.91
43141956--43141981	9	2.9	9	100	0	52	57	30	11	0	1.34
43156679--43156727	25	2.0	25	95	0	89	30	32	24	12	1.92
43156542--43156804	102	2.6	103	90	4	415	30	30	20	18	1.97
43163452--43163719	104	2.6	105	92	1	441	30	30	20	18	1.97
43172274--43172394	44	2.8	44	78	7	138	28	17	23	30	1.97
43173001--43173026	9	2.9	9	100	0	52	57	30	11	0	1.34
43183302--43183438	66	2.1	66	100	0	274	40	24	13	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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