genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5858254--5858368	37	3.1	36	80	12	119	50	2	0	46	1.21
5868244--5868306	29	2.1	31	85	5	85	26	19	3	50	1.62
5868550--5868849	95	3.1	97	87	3	410	43	1	17	38	1.57
5876127--5876151	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
5887459--5887511	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
5891347--5891391	20	2.2	21	80	11	58	57	2	4	35	1.31
5891816--5891854	6	6.3	6	88	5	60	15	0	43	41	1.46
5892034--5892444	125	3.3	124	93	2	709	32	18	20	28	1.96
5894246--5894373	49	2.6	49	93	2	222	44	8	1	45	1.44
5894793--5894827	18	2.1	17	89	10	54	42	0	28	28	1.56
5894906--5894940	18	1.9	19	88	11	56	20	14	37	28	1.91
5896585--5896627	19	2.1	21	91	8	72	44	0	0	55	0.99
5896638--5896674	11	3.2	12	85	11	51	48	5	18	27	1.70
5896654--5896678	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
5901393--5901446	18	2.9	19	75	5	56	68	3	0	27	1.06
5909758--5909920	81	2.0	81	90	0	254	28	7	12	50	1.68
5911089--5911151	26	2.5	26	82	7	78	22	1	15	60	1.44
5920592--5920842	129	1.9	129	93	0	430	32	27	22	17	1.97
5921654--5921683	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
5921613--5922775	159	7.4	160	90	4	1746	29	8	8	53	1.60
5921613--5922775	312	3.7	312	88	6	1659	29	8	8	53	1.60
5921613--5922775	471	2.5	470	91	2	1879	29	8	8	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5922929--5923041	30	4.1	30	74	21	138	61	8	6	23	1.49
5922952--5922984	12	2.8	12	95	0	57	69	6	0	24	1.10
5923277--5923319	14	3.1	14	80	10	52	0	30	0	69	0.88
5925006--5925051	23	2.0	24	86	4	67	34	2	0	63	1.07
5925235--5925297	31	2.1	30	83	16	78	46	12	11	30	1.77
5935755--5935866	25	4.5	25	82	6	129	32	23	20	24	1.98
5935833--5935886	25	2.2	24	86	3	72	40	16	20	22	1.91
5935976--5936000	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
5936771--5936813	23	1.9	23	86	13	63	39	23	0	37	1.55
5939498--5939537	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
5943112--5943142	16	1.9	16	93	0	53	0	32	3	64	1.09
5953450--5953494	15	2.7	17	83	10	58	6	26	4	62	1.39
5953869--5953927	3	19.7	3	85	0	82	35	28	1	33	1.68
5957485--5957536	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5959453--5959504	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5961290--5961323	17	1.9	18	88	5	52	55	20	2	20	1.56
5961770--5961816	12	4.2	11	78	21	53	63	2	4	29	1.25
5962355--5962497	29	4.9	28	87	5	178	31	27	3	37	1.74
5962345--5962542	58	3.4	59	79	10	203	30	26	4	38	1.76
5963093--5963139	12	4.2	11	78	21	53	63	2	4	29	1.25
5963675--5963817	29	4.9	28	87	5	178	31	27	3	37	1.74
5963665--5963862	58	3.4	59	79	10	203	30	26	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5964413--5964459	12	4.2	11	78	21	53	63	2	4	29	1.25
5964997--5965138	29	4.9	28	85	7	169	31	26	3	38	1.73
5964987--5965167	58	3.1	59	81	10	196	30	24	4	39	1.75
5965738--5965784	3	15.3	3	78	12	51	63	2	4	29	1.25
5966322--5966464	29	4.9	28	84	5	160	31	25	3	39	1.73
5966312--5966509	58	3.4	59	78	10	194	30	25	4	39	1.76
5966921--5966964	14	3.1	15	81	15	58	68	0	31	0	0.90
5967046--5967089	4	11.8	4	86	13	67	79	0	20	0	0.73
5967043--5967134	11	8.6	10	82	14	96	78	0	20	1	0.82
5967046--5967089	15	2.9	15	86	6	63	79	0	20	0	0.73
5967044--5967134	22	4.2	22	81	6	114	79	0	19	1	0.80
5967044--5967134	33	2.8	33	85	6	114	79	0	19	1	0.80
5967043--5967131	6	15.0	6	69	19	62	77	0	21	1	0.83
5967400--5967444	10	4.6	10	86	5	65	77	0	22	0	0.76
5967400--5967444	19	2.3	19	88	11	65	77	0	22	0	0.76
5967402--5967444	9	4.6	9	88	5	59	79	0	20	0	0.74
5968069--5968105	18	2.0	19	89	5	58	45	2	8	43	1.47
5979124--5979207	1	84.0	1	71	0	60	85	7	5	1	0.78
5979134--5979201	8	8.6	8	85	3	75	85	7	5	1	0.80
5979131--5979201	16	4.7	15	84	8	90	85	7	5	1	0.78
5979131--5979207	31	2.5	30	85	4	100	85	6	6	1	0.78
5980070--5980960	75	11.3	75	76	14	732	28	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5980066--5980774	83	9.1	78	78	13	635	27	16	20	35	1.94
5980066--5980957	163	5.6	159	80	11	835	28	16	19	35	1.94
5980717--5980880	88	1.9	88	90	2	267	31	15	21	31	1.94
5981315--5981472	29	5.4	28	80	9	156	31	23	5	39	1.76
5981315--5981472	58	2.7	58	82	7	187	31	23	5	39	1.76
5982053--5982096	4	11.8	4	81	13	58	77	0	22	0	0.77
5982050--5982138	11	8.6	10	82	12	101	77	0	22	0	0.77
5982054--5982123	26	2.9	25	79	10	83	75	0	24	0	0.80
5982050--5982138	15	5.6	15	72	15	72	77	0	22	0	0.77
5982399--5982441	18	2.3	18	88	11	61	76	0	23	0	0.78
5982399--5982441	10	4.7	9	88	11	61	76	0	23	0	0.78
5983022--5983066	16	2.8	16	90	6	65	26	11	11	51	1.71
5983093--5983129	18	2.0	19	89	5	58	45	2	8	43	1.47
5984443--5984600	44	3.6	44	76	5	122	30	21	18	29	1.97
5984478--5984630	44	3.5	44	77	3	155	28	22	17	31	1.97
5984718--5985880	51	23.9	51	71	15	401	30	22	16	31	1.95
5984694--5985870	97	12.1	97	84	2	1330	30	21	16	31	1.95
5984694--5985870	291	4.0	291	88	2	1508	30	21	16	31	1.95
5987998--5988269	137	2.0	137	95	1	492	30	23	16	29	1.96
5988319--5988366	11	4.4	11	82	7	53	2	18	0	79	0.84
5988324--5988379	23	2.4	24	78	3	60	7	17	0	75	1.03
5988371--5988431	29	2.1	29	84	3	79	21	4	4	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6002437--6002468	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
6006566--6006735	84	2.0	84	91	0	277	42	18	14	24	1.88
6008825--6008878	19	2.8	18	79	20	56	24	7	9	59	1.54
6008841--6008878	19	1.9	19	89	5	58	26	10	5	57	1.53
6010503--6010551	22	2.2	22	96	0	89	32	30	18	18	1.95
6014740--6015400	132	5.0	131	86	4	864	28	19	24	27	1.99
6014740--6015400	264	2.5	264	88	2	981	28	19	24	27	1.99
6016920--6016960	19	2.1	20	90	4	66	26	9	4	58	1.50
6027287--6027316	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
6028073--6028131	25	2.4	25	100	0	118	25	8	20	45	1.79
6028807--6028864	30	1.9	30	85	0	80	18	37	31	12	1.88
6041414--6041830	45	9.3	45	78	1	399	31	16	24	27	1.96
6041389--6041757	89	4.1	89	88	1	350	31	16	23	28	1.96
6041415--6041757	134	2.6	134	89	0	490	32	16	23	27	1.96
6041504--6041832	89	3.7	89	89	1	462	32	16	23	27	1.96
6041415--6041803	134	2.9	134	86	1	413	31	17	23	27	1.97
6041389--6041844	223	2.0	223	89	0	707	30	16	23	28	1.96
6042999--6043058	3	19.7	3	76	10	50	28	3	1	66	1.17
6042999--6043061	21	3.1	21	75	11	69	28	3	1	66	1.16
6042999--6043062	9	6.8	9	76	13	58	28	3	1	67	1.15
6046632--6046880	50	4.8	50	83	5	268	19	29	24	26	1.98
6046631--6046880	100	2.4	104	86	9	343	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6046975--6047006	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
6047218--6047275	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
6049907--6049948	21	2.0	21	90	9	68	14	14	4	66	1.40
6051311--6051335	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
6052191--6052401	44	4.8	44	68	4	147	29	18	24	26	1.98
6052135--6052488	132	2.7	132	90	0	546	29	18	24	27	1.98
6052142--6052566	132	3.2	131	85	5	509	28	18	24	28	1.98
6055557--6055644	29	3.1	28	80	11	97	39	19	2	38	1.64
6058589--6058645	30	1.9	30	85	3	80	43	3	22	29	1.70
6058858--6058888	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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