genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8676158--8676455	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
8676308--8676342	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8676575--8676613	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
8676588--8676644	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
8687587--8687623	19	1.9	19	94	0	65	29	2	0	67	1.04
8692656--8692688	16	2.1	16	100	0	66	51	12	0	36	1.39
8693547--8693671	33	3.5	33	74	17	115	35	28	16	19	1.94
8693468--8693675	75	2.8	75	89	0	326	32	27	18	22	1.97
8696655--8696701	17	2.8	17	90	3	69	55	17	0	27	1.42
8702000--8702071	34	2.1	34	100	0	144	37	16	13	31	1.88
8703353--8703561	75	2.8	75	86	0	301	31	27	18	22	1.97
8707755--8707842	40	2.2	40	86	8	117	42	3	1	53	1.25
8715913--8715945	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
8716113--8716155	22	2.0	22	81	9	52	58	9	11	20	1.61
8731755--8731901	73	2.0	73	89	0	222	40	10	19	29	1.85
8733256--8733504	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8733255--8733504	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8733599--8733630	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8733842--8733899	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8740848--8741096	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8740847--8741096	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8741191--8741222	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741434--8741491	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8750475--8750544	23	3.0	23	60	15	54	25	15	4	54	1.60
8755823--8755850	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
8773182--8773276	3	32.7	3	74	12	56	58	1	8	31	1.34
8773178--8773275	24	4.0	26	75	10	84	58	1	9	31	1.36
8773637--8773666	9	3.3	9	90	0	51	13	0	26	60	1.34
8776109--8776137	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
8776868--8777067	100	2.0	100	100	0	400	34	20	6	40	1.77
8781236--8781303	22	3.0	22	79	10	66	38	22	25	14	1.92
8781261--8781366	25	4.3	25	85	1	142	37	20	23	17	1.94
8781261--8781366	50	2.1	49	89	1	158	37	20	23	17	1.94
8782352--8782388	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
8782351--8782382	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
8783235--8783296	27	2.3	27	88	2	90	61	1	1	35	1.16
8783255--8783331	38	2.0	40	87	5	113	59	0	2	37	1.11
8785003--8785086	30	2.8	30	87	3	116	33	23	15	27	1.95
8785005--8785096	30	3.1	28	84	9	103	32	22	16	28	1.96
8785112--8785339	113	2.0	114	94	0	404	38	21	10	30	1.86
8789569--8789599	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
8789580--8789650	3	22.7	3	72	13	54	36	4	2	56	1.34
8790180--8790210	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
8798150--8798210	17	3.5	17	76	13	54	44	1	1	52	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8800353--8800384	12	2.8	11	90	9	55	84	0	0	15	0.63
8800350--8800384	11	3.1	11	87	4	52	85	0	0	14	0.59
8800351--8800384	17	1.9	17	94	5	59	85	0	0	14	0.60
8803970--8804135	83	2.0	83	98	0	323	14	15	16	53	1.73
8806553--8806602	23	2.2	23	82	7	57	34	6	4	56	1.43
8819964--8819990	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8820112--8820162	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
8823858--8823884	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
8827163--8827189	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
8829570--8829606	8	4.4	8	87	12	56	62	2	0	35	1.10
8829570--8829609	13	3.1	13	85	7	55	62	2	0	35	1.09
8829572--8829606	18	1.9	18	100	0	70	62	2	0	34	1.10
8838779--8838820	18	2.3	18	88	8	59	88	4	7	0	0.64
8838779--8838821	17	2.5	17	84	3	59	86	6	6	0	0.72
8844847--8844896	23	2.2	23	82	7	57	34	6	4	56	1.43
8852147--8852213	31	2.2	31	97	0	125	13	23	2	59	1.48
8852593--8852622	14	2.1	14	93	0	51	40	6	10	43	1.64
8855249--8855289	19	2.0	21	86	9	59	29	9	4	56	1.53
8872130--8872171	13	3.0	14	86	6	59	61	0	9	28	1.27
8878189--8878280	39	2.4	39	78	7	100	21	23	27	27	1.99
8894055--8894105	20	2.5	20	84	6	59	54	0	3	41	1.19
8898950--8899029	30	2.7	30	90	3	126	36	21	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8902967--8903020	27	2.0	27	96	0	99	40	1	18	38	1.61
8907767--8907819	24	2.2	23	77	12	54	47	0	5	47	1.26
8913588--8913828	41	5.9	41	89	2	297	19	19	28	33	1.96
8914494--8914528	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
8919671--8919739	34	2.0	34	100	0	138	26	11	17	44	1.82
8920021--8920307	41	7.0	41	91	2	380	19	18	28	33	1.96
8920973--8921006	14	2.2	16	90	10	54	26	0	23	50	1.50
8929157--8929235	31	2.7	29	73	7	77	43	7	8	40	1.64
8929126--8929257	60	2.2	60	84	0	165	44	8	8	38	1.65
8940486--8940524	19	2.1	19	95	0	69	64	12	5	17	1.46
8940976--8941016	15	2.6	16	84	11	57	7	7	36	48	1.59
8972234--8972268	8	4.4	8	96	0	61	42	0	57	0	0.99
8973064--8973093	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
8975828--8975875	6	8.0	6	85	0	69	0	43	18	37	1.51
8975828--8975874	12	3.9	12	97	0	85	0	42	19	38	1.51
8977192--8977230	19	2.1	19	100	0	78	48	20	5	25	1.70
8984969--8985004	2	18.0	2	94	0	63	47	0	52	0	1.00
8987196--8987257	6	10.3	6	92	0	106	0	46	19	33	1.50
8993239--8993303	27	2.4	27	94	0	121	29	21	33	15	1.94
8993435--8993480	3	15.7	3	90	4	76	65	0	34	0	0.93
8993560--8993585	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8993653--8993719	22	3.2	22	85	10	95	28	1	10	59	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8993651--8993870	41	5.2	41	70	21	168	31	0	12	55	1.43
8993764--8993944	49	3.7	49	82	5	235	31	1	13	53	1.47
8993764--8993891	27	5.1	26	77	18	146	32	0	12	53	1.44
8993651--8993870	19	11.5	19	69	22	131	31	0	12	55	1.43
8993932--8994053	60	2.0	60	84	3	156	31	0	13	53	1.46
8994087--8994167	37	2.2	37	97	2	153	54	2	2	40	1.27
8997944--8997986	22	1.9	23	90	4	70	0	27	2	69	1.00
8997945--8997997	20	2.7	19	85	5	61	1	26	1	69	1.09
8997939--8997997	22	2.6	23	81	13	68	3	27	1	67	1.16
9004417--9004451	6	5.8	6	86	0	52	17	0	5	77	0.96
9004418--9004463	18	2.7	17	83	6	58	15	0	8	76	1.02
9010427--9010454	12	2.3	12	100	0	56	7	21	28	42	1.79
9023648--9023693	20	2.2	21	88	3	67	28	2	21	47	1.62
9023710--9023768	23	2.5	23	73	15	59	33	6	6	52	1.54
9028185--9028230	3	15.3	3	81	0	56	32	8	0	58	1.28
9030375--9030417	3	14.0	3	85	4	59	0	32	2	65	1.06
9035767--9035796	13	2.3	13	100	0	60	33	33	10	23	1.88
9037712--9037776	25	2.6	25	82	0	67	36	20	21	21	1.95
9037721--9037826	50	2.1	49	79	5	115	35	17	26	19	1.95
9037737--9037841	25	4.2	24	78	7	95	34	17	27	20	1.95
9037772--9037851	24	3.2	24	78	3	79	32	16	28	22	1.95
9038994--9039168	13	13.2	13	69	10	77	38	20	2	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9038983--9039132	40	3.8	40	78	3	158	38	19	2	40	1.63
9039097--9039146	14	3.6	14	74	15	50	30	18	4	48	1.66
9038994--9039167	27	6.5	27	68	9	81	37	20	2	39	1.65
9039324--9039470	13	11.1	13	68	9	82	37	18	2	42	1.62
9039306--9039470	40	4.1	40	82	1	188	37	18	2	41	1.64
9039297--9039418	27	4.5	28	69	7	74	37	22	1	38	1.64
9039297--9039456	80	2.0	80	86	0	221	37	20	3	39	1.68
9044320--9044393	20	3.9	18	75	15	62	39	6	0	54	1.27
9044361--9044413	17	3.0	17	86	10	63	33	5	0	60	1.20
9046071--9046113	19	2.3	18	92	4	68	74	6	6	11	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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