genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1251244--1251383	29	4.8	30	75	5	112	30	23	21	25	1.99
1251374--1251448	34	2.2	34	85	0	96	25	25	22	26	2.00
1253123--1253172	3	17.3	3	79	8	59	30	0	4	66	1.10
1253126--1253167	18	2.4	18	92	4	68	28	0	4	66	1.12
1254844--1254911	21	3.2	21	67	8	57	20	19	17	42	1.89
1254818--1254938	42	2.9	42	85	2	163	19	19	19	42	1.90
1258679--1258711	11	3.1	11	82	8	50	9	30	0	60	1.27
1260694--1260727	17	2.0	16	88	11	50	70	0	0	29	0.87
1276846--1276881	18	1.9	18	88	5	54	55	13	0	30	1.39
1277701--1277738	19	2.0	20	94	5	69	47	0	13	39	1.42
1279594--1279638	25	2.0	24	83	16	60	33	4	0	62	1.15
1280712--1280768	19	2.9	19	72	10	53	64	1	1	31	1.13
1282747--1282805	30	2.0	30	93	0	100	32	6	11	49	1.66
1284549--1284583	15	2.2	15	90	10	52	45	0	0	54	0.99
1290688--1290722	15	2.3	15	90	0	52	28	0	20	51	1.47
1292879--1292908	15	2.0	15	93	0	51	46	10	0	43	1.37
1306333--1306360	14	2.0	14	100	0	56	85	0	0	14	0.59
1306390--1306432	5	8.6	5	94	0	77	37	2	0	60	1.10
1306608--1306651	23	2.0	22	90	4	70	38	13	9	38	1.77
1306608--1306651	22	2.0	21	86	8	61	38	13	9	38	1.77
1306764--1307252	17	26.8	18	67	19	185	32	12	8	46	1.72
1306769--1307175	35	11.3	36	69	16	154	32	12	7	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1306762--1306887	18	7.2	17	72	15	87	31	11	7	50	1.65
1306978--1307142	70	2.3	69	79	7	172	33	13	8	44	1.74
1307099--1307308	37	5.6	37	72	15	128	33	16	8	41	1.78
1307315--1307361	21	2.4	19	86	10	67	42	2	8	46	1.46
1307355--1307397	17	2.4	18	76	3	52	37	16	9	37	1.81
1307399--1307462	33	2.0	32	87	3	92	18	9	18	53	1.71
1307420--1307470	24	2.1	25	89	10	79	19	11	15	52	1.73
1310484--1310535	25	2.1	25	100	0	104	38	28	7	25	1.83
1317503--1317675	68	2.5	68	85	2	222	28	15	23	32	1.95
1317677--1318257	72	7.8	74	82	9	669	29	17	20	31	1.96
1317973--1318462	73	6.0	84	72	18	358	27	17	20	35	1.95
1317677--1318741	306	3.5	299	80	10	1086	29	16	20	33	1.95
1317994--1318576	318	1.8	313	85	5	814	28	17	19	34	1.95
1318399--1318649	73	3.4	72	90	2	376	32	17	18	31	1.94
1318953--1318985	5	6.6	5	92	0	57	36	3	0	60	1.12
1318984--1319014	5	6.0	5	92	7	53	19	0	0	80	0.71
1318982--1319014	11	3.1	11	95	4	59	21	0	0	78	0.75
1319181--1319224	23	2.0	22	90	4	70	38	13	9	38	1.77
1319181--1319224	22	2.0	21	86	8	61	38	13	9	38	1.77
1319337--1319824	17	26.8	18	67	18	174	32	12	7	46	1.71
1319360--1319469	18	6.2	17	67	15	53	33	9	3	53	1.50
1319342--1319747	35	11.3	35	69	16	165	32	12	7	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1319887--1319932	21	2.3	19	92	7	74	43	2	8	45	1.47
1319926--1319968	17	2.4	18	76	3	52	37	16	9	37	1.81
1319990--1320043	17	2.9	19	86	10	85	29	12	11	46	1.77
1319990--1320045	18	3.1	18	87	7	87	28	12	10	48	1.74
1328910--1328945	17	2.1	18	90	10	58	58	5	16	19	1.58
1337720--1337753	7	4.9	7	85	0	50	20	0	0	79	0.73
1343666--1343706	16	2.5	16	88	4	55	24	0	19	56	1.42
1348788--1348820	10	3.3	10	88	12	50	48	0	0	51	1.00
1350687--1350752	6	11.0	6	85	0	60	18	36	4	40	1.71
1350666--1350751	18	4.8	18	73	0	73	17	37	5	39	1.74
1350666--1350751	36	2.4	36	86	0	109	17	37	5	39	1.74
1350666--1350752	42	2.1	42	88	0	129	17	36	5	40	1.73
1351674--1351755	39	2.1	39	100	0	164	36	21	13	28	1.91
1364367--1364393	13	2.1	13	100	0	54	44	22	14	18	1.86
1365445--1365558	54	2.1	54	95	1	203	42	6	9	42	1.62
1365772--1365861	47	1.9	47	86	0	126	36	21	10	32	1.86
1374567--1374612	19	2.4	19	96	0	83	65	4	0	30	1.12
1374848--1374887	20	2.0	20	85	0	53	30	5	7	57	1.48
1375736--1375774	21	1.9	20	89	5	60	53	2	2	41	1.28
1380492--1380519	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
1390381--1390439	19	3.2	18	76	19	59	67	3	1	27	1.16
1391454--1391490	20	1.9	20	88	5	58	59	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1402774--1402815	14	2.9	15	80	16	52	69	2	21	7	1.25
1408319--1408355	19	1.9	19	89	10	58	70	18	8	2	1.25
1424061--1424145	30	2.8	30	98	0	161	12	18	15	52	1.74
1430963--1431002	19	2.1	19	100	0	80	32	10	15	42	1.79
1444484--1444513	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
1445205--1445229	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
1448442--1448467	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1454715--1454760	23	2.0	23	87	8	67	69	0	4	26	1.07
1461020--1461045	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
1461031--1461137	29	3.6	29	87	8	135	38	1	0	59	1.08
1461091--1461137	11	4.4	11	76	13	53	38	0	0	61	0.96
1461100--1461138	20	1.9	21	94	5	71	35	0	0	64	0.94
1465809--1465866	29	2.0	29	86	0	80	24	15	18	41	1.89
1467783--1467838	29	1.9	29	88	0	85	33	8	21	35	1.85
1467794--1467859	29	2.2	29	83	5	78	36	10	22	30	1.88
1469735--1469806	28	2.6	28	80	6	76	31	6	2	58	1.39
1469600--1469851	138	1.8	138	84	8	343	36	9	3	50	1.54
1485034--1485073	20	2.0	20	90	9	64	30	15	20	35	1.93
1485035--1485080	20	2.3	20	85	7	58	30	17	21	30	1.96
1485226--1485252	6	4.5	6	100	0	54	18	0	37	44	1.50
1485922--1485966	16	2.6	17	79	6	56	42	2	2	53	1.25
1485922--1485967	17	2.7	18	76	10	60	41	2	2	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493842--1493866	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1494184--1494240	24	2.4	24	77	16	64	31	5	12	50	1.62
1503798--1503826	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
1503956--1504040	36	2.3	37	82	11	95	36	2	8	52	1.44
1514344--1514395	24	2.0	26	85	10	72	46	0	0	53	1.00
1514350--1514398	13	3.8	13	78	15	57	48	0	0	51	1.00
1521664--1521703	21	1.9	21	94	0	71	40	5	15	40	1.68
1521723--1521884	82	2.0	82	93	1	281	45	3	12	38	1.60
1522189--1522281	40	2.3	40	98	0	159	45	2	2	50	1.25
1530218--1530335	60	2.0	60	96	0	218	36	13	22	27	1.92
1535870--1536110	122	2.0	122	99	0	473	44	11	8	35	1.72
1541109--1541139	16	1.9	16	93	0	53	16	0	29	54	1.42
1550994--1551019	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
1554727--1554762	16	2.2	16	90	0	54	38	2	0	58	1.13
1561965--1562108	71	2.0	71	98	0	279	40	0	16	42	1.48
1564852--1564909	24	2.4	23	77	11	62	44	1	0	53	1.10
1569879--1569959	39	2.1	39	92	0	135	41	7	3	46	1.49
1571138--1571335	102	2.0	100	89	4	308	45	16	8	29	1.75
1573632--1573751	42	3.0	39	72	13	127	38	4	2	55	1.33
1573655--1573694	16	2.5	16	83	0	53	35	5	0	60	1.19
1577482--1577533	16	3.2	16	78	10	61	30	0	1	67	1.02
1577481--1577532	18	3.0	17	78	10	52	32	0	1	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582284--1582335	16	3.2	16	76	13	52	21	9	5	63	1.45
1590025--1590251	113	2.0	113	97	0	427	35	17	15	31	1.92
1604114--1604147	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
1614551--1614605	30	1.9	30	88	7	87	61	0	1	36	1.06
1622400--1622489	41	2.2	41	96	4	164	64	0	2	33	1.06
1625083--1625127	16	2.8	17	80	6	58	68	2	0	28	1.01
1632855--1632897	17	2.5	17	78	14	52	30	2	0	67	1.03
1636635--1637105	236	2.0	231	97	2	888	31	18	19	29	1.96
1653261--1653314	23	2.3	23	90	0	81	42	0	9	48	1.35
1653450--1653483	15	2.3	15	90	5	52	11	8	2	76	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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