genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434611--2434661	21	2.3	23	77	16	54	50	1	0	47	1.12
2442656--2442706	25	2.0	25	100	0	102	23	21	11	43	1.85
2442987--2443040	5	10.2	5	88	4	54	1	1	31	64	1.14
2442990--2443025	6	6.3	6	93	6	58	0	0	33	66	0.92
2442987--2443041	10	5.1	11	82	10	69	1	1	30	65	1.13
2448095--2448160	33	2.0	33	84	0	87	36	13	9	40	1.76
2451967--2451998	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
2452051--2452154	34	2.8	35	81	17	129	32	10	10	46	1.73
2459427--2459481	15	3.7	15	74	13	60	72	10	3	12	1.24
2463317--2463379	30	2.1	30	90	0	99	25	3	12	58	1.49
2468340--2468373	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2471832--2471856	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2473407--2473477	31	2.2	32	78	9	83	36	8	9	45	1.68
2475936--2476006	31	2.2	33	82	10	101	45	9	12	32	1.75
2475946--2476021	31	2.6	29	85	8	91	48	10	14	26	1.76
2478329--2478433	24	4.3	24	81	6	131	36	22	24	16	1.94
2478252--2478433	73	2.5	72	80	5	177	34	21	25	18	1.96
2478323--2478523	73	2.7	75	79	9	202	37	20	23	17	1.94
2478598--2478711	25	4.6	25	92	1	176	40	22	21	15	1.91
2480613--2480652	5	8.0	5	91	0	62	0	35	0	65	0.93
2483595--2483673	38	2.1	38	90	4	124	30	7	0	62	1.23
2483831--2483874	16	2.9	15	80	16	54	27	6	2	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484071--2484135	31	2.1	31	85	0	85	23	9	7	60	1.53
2496832--2496913	41	2.0	41	95	0	146	35	6	10	47	1.64
2497944--2498061	49	2.4	50	81	7	143	28	27	18	25	1.98
2505151--2505183	16	1.9	17	88	11	50	24	3	21	51	1.62
2505638--2505781	58	2.5	57	76	4	144	36	15	15	31	1.90
2507555--2507583	12	2.4	12	100	0	58	27	0	27	44	1.54
2528086--2528155	31	2.3	31	82	5	88	25	24	18	31	1.98
2530715--2530790	28	2.7	28	76	10	73	51	2	0	46	1.15
2533897--2533926	13	2.3	13	94	0	51	46	6	23	23	1.75
2542076--2542160	29	3.0	29	78	20	83	37	16	0	45	1.47
2542191--2542219	15	1.9	15	100	0	58	41	13	3	41	1.62
2542644--2542677	16	2.0	18	88	11	54	29	20	0	50	1.49
2546689--2546741	23	2.3	23	83	6	63	35	1	3	58	1.27
2552897--2553394	52	9.8	51	82	13	602	34	14	21	28	1.94
2552883--2553411	98	5.3	98	88	8	796	34	14	21	28	1.93
2553018--2553143	62	2.0	62	98	0	243	32	18	19	29	1.96
2553374--2553483	37	3.0	37	92	2	170	37	14	21	26	1.92
2555037--2555163	39	3.0	45	83	10	153	19	20	22	37	1.94
2555679--2555710	15	2.3	15	89	10	50	40	0	18	40	1.51
2560271--2560307	18	2.1	18	89	0	56	40	10	2	45	1.53
2560276--2560315	18	2.3	18	86	4	55	42	10	5	42	1.60
2560414--2560529	22	5.1	22	69	22	80	66	0	13	19	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560404--2560732	48	6.8	49	93	4	524	60	0	14	24	1.35
2560404--2560775	97	3.8	97	88	3	525	61	0	14	23	1.36
2560728--2560762	11	3.3	10	85	14	52	62	2	17	17	1.44
2560404--2560775	49	7.6	48	89	5	480	61	0	14	23	1.36
2560404--2560775	48	7.6	48	88	6	464	61	0	14	23	1.36
2560701--2560777	17	4.6	17	73	12	61	66	1	14	18	1.32
2560701--2560777	22	3.3	22	70	20	66	66	1	14	18	1.32
2560728--2560762	5	6.6	5	87	12	52	62	2	17	17	1.44
2561006--2561045	21	2.0	21	90	5	64	60	0	15	25	1.35
2561054--2561175	5	22.4	5	70	18	50	53	0	17	29	1.44
2561054--2561154	28	3.2	33	77	16	97	54	0	15	29	1.42
2561281--2561357	5	14.6	5	74	15	50	64	1	14	19	1.35
2561281--2561357	23	3.3	23	77	12	77	64	1	14	19	1.35
2561281--2561323	6	7.5	6	82	17	56	67	2	13	16	1.33
2561706--2561756	20	2.6	19	85	14	77	50	1	0	47	1.12
2562939--2562973	17	2.1	17	88	0	52	42	2	8	45	1.49
2576366--2576426	22	2.8	22	85	9	88	40	18	21	19	1.91
2576363--2576536	25	7.4	25	76	11	122	37	17	24	20	1.93
2581709--2581735	6	4.5	6	100	0	54	70	0	14	14	1.17
2586836--2586868	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2593693--2593736	20	2.1	22	83	8	56	50	0	0	50	1.00
2603187--2603213	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606017--2606378	46	8.6	45	82	12	368	35	14	21	28	1.93
2606055--2606243	36	5.0	36	84	12	252	37	13	20	28	1.91
2606089--2606378	82	3.5	81	84	11	386	34	15	21	28	1.94
2608060--2608094	15	2.2	17	90	10	56	80	5	0	14	0.89
2608388--2608418	13	2.4	13	94	0	53	35	3	0	61	1.12
2616520--2616585	29	2.2	29	83	5	78	34	15	16	33	1.90
2616493--2616664	92	1.9	92	87	2	256	40	13	11	34	1.81
2617476--2617547	29	2.4	31	74	6	76	37	9	15	37	1.80
2618577--2618613	18	2.0	20	84	10	51	24	0	0	75	0.80
2618586--2618658	22	3.4	21	75	11	60	32	0	0	67	0.91
2628147--2628190	23	2.0	21	86	8	61	36	0	0	63	0.95
2628160--2628206	23	2.0	23	84	8	60	34	2	0	63	1.06
2628606--2628634	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2644813--2644838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2645331--2645377	24	2.0	23	84	12	60	31	12	4	51	1.59
2645610--2645653	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
2646013--2646067	22	2.7	20	74	20	51	0	18	9	72	1.10
2647796--2647885	45	2.0	45	100	0	180	40	20	13	26	1.89
2648085--2648199	59	1.9	59	100	0	230	45	13	10	31	1.77
2649454--2649521	32	2.1	32	100	0	136	50	16	11	22	1.77
2654602--2654666	18	3.6	18	77	10	62	40	4	1	53	1.31
2657108--2657184	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2657124--2657163	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2657112--2657178	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
2672132--2672759	44	14.3	44	74	8	476	30	26	16	26	1.97
2672150--2672759	132	4.6	132	92	0	965	29	26	16	27	1.97
2677700--2678230	266	2.0	265	96	0	981	22	25	18	33	1.97
2682595--2682627	7	4.6	7	96	3	57	66	3	0	30	1.06
2682583--2682634	23	2.2	23	80	10	61	65	1	3	28	1.21
2682749--2682805	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
2682784--2682848	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
2682837--2682904	30	2.3	29	84	2	82	58	4	4	32	1.37
2682867--2683000	25	5.6	25	70	11	84	58	2	3	34	1.31
2683263--2683306	16	2.6	18	85	14	74	43	29	4	22	1.73
2683270--2683311	16	2.6	16	100	0	84	42	28	7	21	1.79
2683501--2683681	30	5.8	30	84	7	245	21	3	48	26	1.65
2683559--2683661	36	3.0	36	78	16	146	19	2	49	28	1.62
2683501--2683661	66	2.5	65	93	5	269	20	3	49	27	1.64
2683501--2683681	96	1.9	96	91	0	299	21	3	48	26	1.65
2684603--2684637	14	2.5	14	90	0	61	60	5	17	17	1.55
2684445--2685250	164	5.1	156	81	12	830	34	21	16	26	1.95
2684534--2684710	89	2.0	89	87	4	259	36	19	18	25	1.94
2684623--2684861	73	3.2	73	86	3	325	34	22	17	26	1.95
2684490--2685457	237	4.1	237	87	4	1344	33	22	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684847--2684874	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
2685074--2685107	14	2.5	14	90	4	52	64	8	8	17	1.47
2684893--2685307	73	5.5	72	81	9	438	32	21	16	29	1.95
2685318--2685457	72	2.0	71	91	4	228	37	23	15	22	1.93
2685185--2685471	158	1.8	156	85	6	402	33	22	15	28	1.95
2685609--2686259	72	8.5	76	71	16	388	33	19	15	31	1.93
2685933--2686260	75	4.5	73	81	11	361	30	19	17	32	1.95
2694711--2694743	7	4.6	7	96	3	57	66	3	0	30	1.06
2694699--2694750	23	2.2	23	80	10	61	65	1	3	28	1.21
2694902--2694966	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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