genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  93  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25807904--25807958	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
25808174--25808241	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
25809218--25809242	11	2.3	11	100	0	50	16	24	0	60	1.36
25812002--25812029	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25811972--25812181	68	3.1	68	96	1	379	46	8	4	40	1.56
25812070--25812097	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25812170--25812211	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25812185--25812246	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
25817214--25817248	14	2.5	14	90	0	52	25	8	20	45	1.79
25832932--25832982	26	2.0	26	96	0	93	35	17	17	29	1.93
25836232--25836289	7	8.4	7	74	14	50	68	1	5	24	1.19
25836232--25836289	21	2.8	22	78	17	70	68	1	5	24	1.19
25841623--25842079	47	9.6	47	92	1	725	33	8	28	29	1.86
25842198--25842342	37	3.9	37	92	0	227	22	20	31	25	1.98
25843544--25843576	9	3.8	9	84	8	50	51	0	18	30	1.46
25843544--25843579	17	2.1	17	100	0	72	52	0	19	27	1.46
25846476--25846543	22	3.1	22	84	0	82	30	26	0	42	1.56
25846629--25846691	29	2.1	30	88	2	92	36	0	1	61	1.05
25846781--25846836	24	2.3	23	77	19	60	28	0	5	66	1.14
25848954--25849028	23	3.2	24	84	5	100	46	26	0	26	1.53
25848986--25849508	94	5.7	92	85	9	653	48	24	0	27	1.52
25849105--25849529	28	14.4	25	76	17	161	48	23	0	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25848986--25849529	122	4.5	119	91	5	748	48	23	0	27	1.52
25848986--25849521	61	8.8	60	83	10	642	48	23	0	28	1.51
25852696--25852961	125	2.1	125	86	2	374	32	24	13	29	1.94
25856993--25857078	44	2.0	44	83	4	111	48	1	10	39	1.45
25858720--25858748	7	4.1	7	100	0	58	0	0	41	58	0.98
25872597--25872672	11	6.8	12	73	18	74	23	30	1	44	1.62
25872596--25872672	22	3.4	23	82	10	97	23	29	1	45	1.61
25872632--25872731	51	2.0	51	88	4	148	26	27	3	44	1.69
25873023--25873281	125	2.1	127	88	1	387	28	24	16	30	1.97
25875868--25875989	64	1.9	63	85	6	167	44	4	10	40	1.61
25878735--25878760	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
25879239--25879290	23	2.3	23	90	6	79	28	9	21	40	1.84
25880331--25880441	9	12.4	9	88	1	161	35	23	9	32	1.86
25880441--25880550	37	3.0	37	87	0	166	49	13	3	33	1.60
25880794--25880852	7	8.3	7	81	3	73	52	13	16	16	1.75
25881057--25881108	18	2.7	19	82	5	61	23	17	19	40	1.91
25886677--25886860	99	1.9	98	94	1	323	39	11	14	34	1.82
25887820--25887902	42	2.0	42	80	4	96	27	18	26	27	1.98
25901839--25901903	17	3.7	17	76	13	69	69	4	4	21	1.25
25914126--25914183	29	2.1	28	81	12	66	5	22	1	70	1.16
25923850--25923888	20	2.0	20	100	0	78	23	5	20	51	1.67
25946220--25946346	39	3.1	41	79	6	125	20	27	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25951201--25951252	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25953170--25953221	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25955141--25955192	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25957507--25957567	25	2.7	23	87	10	81	39	0	1	59	1.08
25957535--25957683	9	16.3	9	65	22	62	34	3	3	59	1.31
25957560--25957681	19	6.4	19	65	14	54	32	4	4	59	1.35
25958732--25958766	18	1.9	18	88	0	52	5	2	5	85	0.81
25959889--25959966	21	3.7	21	76	17	81	34	8	17	38	1.82
25959888--25959943	21	2.8	19	87	10	85	33	10	19	35	1.87
25966843--25967831	88	11.2	88	92	0	1501	25	23	26	24	2.00
25967834--25968218	44	8.8	44	80	5	404	31	14	24	29	1.95
25967835--25968246	133	3.1	132	92	0	655	31	14	25	28	1.95
25967834--25968246	89	4.7	88	80	6	426	31	14	24	29	1.95
25968591--25968662	19	3.7	19	89	7	108	36	11	15	37	1.83
25978808--25978945	6	23.0	6	99	0	267	49	16	0	33	1.51
25979805--25979854	25	2.0	26	84	4	66	18	10	8	64	1.48
25979802--25979862	26	2.3	26	80	5	70	16	9	6	67	1.40
25982728--25982765	12	3.2	12	100	0	76	23	7	15	52	1.69
25985027--25985430	47	8.6	47	92	1	646	29	29	8	32	1.87
25985027--25985430	143	2.9	141	93	1	691	29	29	8	32	1.87
25996958--25997016	3	20.0	3	76	10	59	30	6	1	61	1.32
25996954--25997009	15	3.8	16	77	18	66	30	5	3	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25999409--25999597	80	2.4	80	88	1	263	18	31	17	32	1.94
25999407--25999567	40	4.0	40	88	0	241	17	31	18	33	1.94
25999409--25999597	40	4.7	40	85	1	236	18	31	17	32	1.94
25999480--25999587	20	5.4	20	69	8	76	17	33	16	32	1.93
25999972--26000037	20	3.3	19	74	16	62	10	31	21	36	1.87
26000834--26000867	15	2.3	15	100	0	68	29	8	29	32	1.87
26004818--26004864	14	2.9	16	74	25	53	23	21	17	38	1.93
26009549--26009610	26	2.4	26	86	0	79	20	9	27	41	1.84
26012242--26012274	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
26012964--26012997	8	4.4	8	88	7	52	70	0	0	29	0.87
26012961--26012998	15	2.5	15	86	0	58	63	0	0	36	0.95
26026014--26026410	44	8.8	44	72	7	285	31	17	19	30	1.96
26026013--26026399	89	4.3	89	80	5	422	32	18	19	30	1.95
26026013--26026399	179	2.1	180	82	6	442	32	18	19	30	1.95
26026345--26026442	44	2.2	43	78	8	108	27	20	24	27	1.99
26035212--26035378	47	3.6	47	90	0	244	33	8	29	28	1.86
26037221--26037491	91	3.0	91	96	0	488	35	23	7	33	1.84
26037244--26037544	91	3.3	90	88	5	286	36	24	8	30	1.85
26039595--26039642	22	2.3	20	85	7	60	58	6	4	31	1.42
26048875--26048910	18	2.1	16	90	10	54	19	0	11	69	1.18
26053775--26053858	41	2.0	41	100	0	168	30	23	4	40	1.75
26058853--26058902	21	2.4	22	80	16	61	58	0	4	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26059025--26059082	18	3.1	18	80	5	62	46	1	0	51	1.11
26059044--26059091	21	2.3	21	78	7	53	41	2	2	54	1.24
26063374--26063510	22	6.2	22	73	9	84	18	24	18	38	1.93
26063396--26063488	44	2.1	44	85	0	123	19	25	18	36	1.94
26063414--26063512	22	4.5	22	79	5	92	18	26	20	35	1.95
26067814--26067865	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
26072029--26072080	24	2.2	24	92	0	86	36	5	9	48	1.60
26073090--26073156	28	2.3	29	80	14	75	47	1	1	49	1.19
26075222--26075290	11	6.3	11	80	9	79	20	36	0	43	1.52
26075214--26075286	22	3.3	21	81	11	67	23	32	0	43	1.54
26075214--26075302	33	2.8	32	80	10	92	22	33	1	42	1.61
26076035--26076111	38	2.0	38	100	0	154	33	22	18	25	1.96
26083550--26083581	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
26090772--26091070	123	2.3	130	89	6	452	30	16	21	31	1.95
26094213--26094336	56	2.2	56	86	2	169	41	7	14	36	1.74
26094361--26094408	23	2.4	19	73	26	53	29	0	25	45	1.53
26094359--26095059	29	25.3	29	87	8	1000	29	0	27	43	1.57
26094446--26094532	23	3.9	20	89	7	84	33	0	19	47	1.50
26094596--26094638	23	2.0	21	95	4	68	30	0	20	48	1.50
26094723--26094851	28	4.9	23	77	20	71	28	0	29	41	1.56
26096280--26096312	7	4.7	7	96	0	57	54	15	0	30	1.41
26097390--26097452	29	2.2	30	91	5	103	63	0	1	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26097486--26097557	22	3.3	22	94	3	119	36	0	33	30	1.58
26117175--26117303	68	1.9	68	81	0	159	23	20	16	40	1.91
26122912--26122952	16	2.6	16	92	0	73	51	29	4	14	1.63
26128087--26128131	18	2.5	17	85	3	54	75	11	6	6	1.18
26128155--26128204	20	2.5	20	80	3	55	76	0	20	4	0.95
26131534--26131592	3	20.3	3	72	6	50	33	5	1	59	1.29
26131542--26131602	28	2.2	28	84	0	77	34	3	3	59	1.30
26132932--26132961	15	2.1	15	93	6	53	56	0	6	36	1.26
26134700--26134753	22	2.5	22	90	0	90	12	29	18	38	1.88
26139950--26140001	22	2.4	22	79	17	63	28	1	7	61	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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