genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19453255--19453356	41	2.5	41	95	0	177	31	22	21	24	1.98
19461458--19461502	10	4.4	10	77	5	54	75	6	13	4	1.15
19461462--19461502	15	2.7	15	80	3	55	73	7	14	4	1.22
19461462--19461505	16	2.8	17	80	13	58	70	9	15	4	1.30
19462347--19462454	38	2.8	39	73	7	94	24	18	25	31	1.97
19466439--19466541	54	1.9	54	85	0	143	29	25	24	21	1.99
19467250--19467296	19	2.4	20	76	16	53	42	6	10	40	1.65
19469738--19469769	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
19470877--19471067	68	2.8	69	82	7	230	37	16	20	25	1.93
19472487--19472521	18	2.0	17	88	5	52	14	2	11	71	1.25
19475013--19475053	18	2.3	18	86	0	55	9	9	14	65	1.46
19475726--19475798	38	1.9	38	82	0	92	46	8	27	17	1.76
19478309--19478366	28	2.2	26	79	14	64	43	0	1	55	1.10
19478310--19478367	27	2.1	28	84	9	75	41	0	1	56	1.09
19479450--19479725	114	2.5	113	80	11	302	35	9	11	43	1.74
19479524--19479750	114	2.0	117	87	7	331	33	9	12	44	1.74
19489255--19489316	32	1.9	32	83	0	79	43	11	4	40	1.62
19490339--19490379	15	2.8	15	92	3	66	63	0	0	36	0.95
19490444--19490483	18	2.1	20	86	9	57	47	0	5	47	1.24
19495984--19496010	12	2.2	12	100	0	54	18	11	22	48	1.79
19497021--19497065	13	3.6	13	77	19	51	60	2	2	35	1.22
19502560--19502627	23	3.0	25	76	24	69	35	7	2	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19502561--19502640	22	3.7	21	75	12	72	37	7	2	52	1.43
19502625--19502711	24	3.8	23	74	17	90	41	9	2	47	1.48
19502832--19502882	14	3.6	14	73	10	50	37	3	3	54	1.37
19507842--19507925	21	3.7	21	69	17	69	15	3	57	23	1.54
19508107--19508552	219	2.0	219	87	2	637	19	4	50	25	1.67
19507624--19508315	48	14.4	48	80	1	724	19	4	50	25	1.67
19508206--19508459	123	2.1	123	87	1	357	18	4	50	26	1.66
19508329--19509574	48	26.1	48	75	5	1042	19	4	50	25	1.66
19508254--19508408	75	2.1	75	85	0	202	20	5	48	25	1.70
19508589--19508672	21	3.7	21	69	17	69	15	3	57	23	1.54
19508827--19508910	21	3.7	21	66	17	60	16	3	55	23	1.56
19508944--19509030	27	3.5	26	67	23	69	20	4	48	26	1.69
19508965--19509039	24	3.1	24	66	27	68	22	5	49	22	1.70
19509184--19509270	27	3.5	25	71	18	74	17	4	50	27	1.65
19509211--19509288	21	3.4	21	71	19	75	15	3	56	24	1.56
19509362--19509475	21	5.1	21	70	21	88	13	4	57	24	1.54
19509542--19509595	21	2.6	21	90	0	81	11	3	59	25	1.48
19509501--19509643	69	2.1	69	89	0	214	17	4	51	26	1.63
19515578--19515618	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19520685--19520867	40	4.6	40	93	0	303	30	19	21	28	1.98
19525641--19525692	26	2.0	26	100	0	104	46	0	3	50	1.20
19525639--19525718	26	3.5	22	79	15	81	42	1	6	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19525629--19525741	47	2.4	47	77	8	113	45	0	4	49	1.28
19525632--19525767	53	2.7	47	79	12	139	43	2	4	50	1.34
19529832--19529860	15	1.9	15	100	0	58	24	0	6	68	1.13
19535159--19535203	22	2.0	22	95	0	81	35	8	11	44	1.71
19535653--19536008	45	8.0	44	76	7	182	35	15	18	30	1.92
19535653--19536350	44	15.2	44	73	9	421	34	17	18	29	1.94
19535652--19535998	89	3.9	89	82	3	378	34	15	19	30	1.93
19535783--19536081	134	2.2	134	79	7	325	33	15	20	30	1.93
19535870--19536344	51	10.0	50	73	13	303	34	17	18	28	1.94
19535919--19536338	95	4.4	95	84	3	522	34	18	18	29	1.95
19538076--19538111	14	2.5	15	91	8	58	27	5	8	58	1.50
19540167--19540218	26	2.0	26	88	7	79	30	17	26	25	1.97
19548155--19548182	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
19548150--19548216	10	6.0	11	77	11	66	68	8	1	20	1.25
19549665--19550741	179	6.0	178	91	0	1695	27	19	21	31	1.97
19551564--19551620	7	7.9	7	77	14	53	0	12	3	84	0.75
19551567--19551620	6	8.7	6	82	15	56	0	11	3	85	0.73
19551567--19551629	31	2.0	32	84	6	83	1	11	3	84	0.81
19554284--19554377	5	17.6	5	74	17	66	71	5	4	19	1.22
19554349--19554409	10	5.9	10	76	14	52	75	6	1	16	1.09
19556216--19556256	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
19557343--19557392	13	3.9	13	82	15	68	16	18	4	62	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19557338--19557391	12	4.3	12	82	13	56	18	18	3	59	1.52
19559426--19559471	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
19577663--19577700	20	2.1	18	85	14	51	55	13	0	31	1.38
19583378--19583414	18	2.1	18	89	0	56	10	0	32	56	1.34
19587564--19587628	29	2.2	30	81	13	82	38	10	12	38	1.78
19587942--19587967	10	2.6	10	100	0	52	19	42	19	19	1.90
19589030--19589082	20	2.6	20	78	3	61	83	0	11	5	0.81
19598315--19598356	18	2.3	18	87	0	57	26	47	9	16	1.77
19603793--19603834	22	1.9	22	90	0	66	69	11	9	9	1.38
19604445--19604523	39	2.0	39	95	0	140	34	8	21	35	1.85
19618687--19618727	18	2.3	19	79	12	50	60	4	4	29	1.38
19618705--19618749	22	2.0	23	91	4	74	64	4	6	24	1.37
19620995--19621083	38	2.3	38	92	0	151	33	22	14	29	1.94
19622808--19622894	27	3.2	27	81	0	102	29	18	25	26	1.98
19625115--19625161	13	3.8	13	83	11	71	61	0	17	21	1.34
19625116--19625165	24	2.1	24	100	0	100	60	0	20	20	1.37
19627536--19627620	37	2.3	37	83	0	107	29	21	18	30	1.97
19627756--19627809	28	1.9	28	88	0	81	35	12	12	38	1.82
19627792--19627865	28	2.6	28	89	0	112	25	16	16	41	1.88
19627797--19627878	28	2.9	28	81	3	94	26	18	15	39	1.91
19633050--19633074	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
19637857--19637893	16	2.3	16	100	0	74	5	10	29	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19638753--19638872	27	4.4	27	89	6	156	45	17	19	18	1.86
19639050--19639104	26	2.1	26	82	0	65	21	18	23	36	1.95
19646270--19646382	26	4.3	27	83	6	124	45	20	15	18	1.86
19646715--19646778	28	2.3	28	86	2	85	21	23	21	32	1.98
19646741--19646810	33	2.1	34	81	7	81	25	22	20	31	1.98
19650870--19650932	6	10.2	6	81	8	65	15	20	0	63	1.31
19650871--19650932	18	3.3	18	80	13	72	16	20	0	62	1.32
19652227--19652287	27	2.3	27	83	13	81	27	26	19	26	1.99
19652226--19652329	54	1.9	53	81	9	122	25	25	19	29	1.98
19652239--19652514	27	10.3	27	71	10	145	27	23	17	31	1.97
19652242--19652446	26	7.6	28	74	12	119	29	23	16	30	1.96
19652254--19652483	52	4.3	53	73	11	164	27	22	17	32	1.97
19652240--19652406	26	6.3	26	73	7	122	26	23	17	31	1.97
19655722--19655788	21	3.4	19	76	13	64	32	1	2	62	1.19
19662513--19662552	17	2.3	17	91	4	62	45	2	5	47	1.38
19667949--19668040	40	2.3	41	86	1	123	13	20	27	39	1.89
19670715--19670756	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
19670838--19670866	10	2.9	10	100	0	58	41	0	0	58	0.98
19671088--19671114	14	1.9	14	100	0	54	37	25	0	37	1.57
19678448--19678569	11	11.6	11	70	21	75	59	0	3	36	1.19
19678458--19678491	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
19678475--19678525	23	2.3	22	93	3	84	62	1	1	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19678457--19678569	51	2.2	52	90	1	174	59	0	2	37	1.18
19678441--19678573	40	3.3	40	81	7	126	61	0	3	34	1.17
19678504--19678542	17	2.2	18	90	4	62	64	0	0	35	0.94
19678422--19678555	30	4.3	30	70	17	96	61	1	2	35	1.18
19678480--19678543	23	3.3	19	80	14	60	64	1	1	32	1.13
19678792--19678895	20	5.4	19	68	16	63	63	3	0	32	1.12
19678829--19678927	9	11.0	8	72	19	63	66	3	3	27	1.21
19678833--19678895	20	3.3	20	76	17	71	68	4	0	26	1.10
19690088--19690119	15	2.1	15	94	0	55	65	6	9	18	1.42
19694324--19694361	5	8.0	5	85	8	53	44	0	0	55	0.99

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