genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25227709--25227748	11	3.4	11	81	18	53	52	0	2	45	1.14
25227711--25227751	14	3.1	14	90	10	61	51	0	4	43	1.23
25237755--25237806	14	3.3	16	86	7	63	19	5	0	75	1.01
25237753--25237824	7	9.7	7	72	15	56	20	4	0	75	0.97
25238038--25238090	6	8.0	6	78	17	52	20	0	5	73	1.03
25238038--25238090	13	4.0	13	81	13	56	20	0	5	73	1.03
25238038--25238087	21	2.5	20	79	17	59	22	0	6	72	1.07
25238082--25238127	16	2.9	16	81	18	53	26	6	6	60	1.46
25243303--25243358	27	2.1	27	100	0	112	35	17	14	32	1.90
25247109--25247244	68	2.0	68	89	2	211	34	19	16	30	1.93
25249570--25249654	40	2.1	40	88	0	125	20	32	16	30	1.94
25249648--25249722	20	3.8	20	72	13	73	20	37	17	25	1.94
25249631--25249723	40	2.3	40	81	0	114	22	35	15	26	1.94
25259414--25259452	4	9.8	4	100	0	78	25	0	25	48	1.51
25262521--25262564	22	2.0	22	83	16	56	11	20	0	68	1.20
25265111--25265214	28	3.4	30	69	15	79	17	17	24	41	1.90
25268617--25268694	39	2.0	40	90	5	124	33	1	0	65	1.01
25268649--25268704	25	2.2	26	83	6	69	26	1	3	67	1.16
25268649--25268701	27	2.0	27	85	3	72	26	1	3	67	1.17
25269196--25269234	20	2.0	20	85	10	53	41	2	5	51	1.38
25272964--25272993	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
25274528--25274824	44	6.6	44	72	13	117	29	21	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25281435--25281479	19	2.4	19	85	3	56	0	4	15	80	0.87
25281453--25281477	12	2.1	12	100	0	50	0	0	16	84	0.63
25285344--25285444	41	2.5	41	91	3	159	29	14	18	36	1.91
25286723--25286842	37	3.2	37	69	4	107	42	5	10	41	1.61
25293613--25293642	13	2.3	13	94	0	51	40	20	13	26	1.89
25299595--25299630	18	2.1	17	94	5	63	41	0	22	36	1.54
25303260--25303298	21	2.0	20	85	10	53	41	2	30	25	1.69
25306504--25306529	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25309457--25309609	61	2.5	60	85	7	204	26	18	11	43	1.83
25310043--25310089	18	2.6	18	76	6	51	44	2	2	51	1.25
25318408--25318502	38	2.4	39	89	5	156	35	2	0	62	1.07
25318473--25318512	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
25318472--25318530	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
25320030--25320086	28	2.0	28	93	0	96	35	26	17	21	1.95
25331589--25331740	20	7.6	21	65	21	58	40	17	4	38	1.70
25331672--25331758	20	4.3	20	77	18	76	37	17	5	39	1.73
25331680--25331758	39	2.0	38	85	9	106	39	16	6	37	1.74
25333407--25333444	20	1.9	20	94	0	67	36	15	2	44	1.61
25333372--25333519	78	1.9	79	81	6	185	37	18	4	39	1.69
25333679--25333760	35	2.3	36	79	10	89	37	9	7	45	1.65
25340797--25340838	2	22.0	2	81	18	54	45	2	0	52	1.13
25347124--25347172	25	2.0	25	95	0	89	28	18	8	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25349859--25350198	111	3.1	111	87	4	427	22	22	17	37	1.94
25349846--25350198	37	9.5	37	77	3	307	21	22	18	37	1.94
25349830--25350211	74	5.2	74	77	4	340	22	21	18	37	1.94
25350379--25350439	22	2.8	22	90	5	88	42	0	21	36	1.53
25351640--25351673	9	3.7	9	84	7	50	50	8	0	41	1.34
25359079--25359198	49	2.4	49	88	0	168	40	12	24	23	1.89
25362072--25362101	14	2.1	14	93	0	51	56	13	6	23	1.60
25367366--25367560	41	4.8	41	89	2	286	30	26	21	21	1.98
25367601--25367753	40	3.8	39	78	10	141	18	20	22	37	1.94
25373535--25373732	46	4.6	45	83	15	249	28	21	13	35	1.92
25373624--25373696	36	2.0	36	97	0	137	28	20	12	38	1.89
25373578--25373732	82	1.9	82	94	2	276	29	21	12	36	1.90
25375752--25375793	21	2.0	21	81	9	50	42	11	7	38	1.69
25381066--25381137	21	3.4	21	98	1	135	0	36	16	47	1.47
25382132--25382193	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
25388326--25388387	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
25389755--25389805	22	2.3	23	86	3	77	70	23	0	5	1.09
25393207--25393261	21	2.6	21	85	0	74	30	36	7	25	1.83
25401189--25401230	22	2.0	22	90	4	68	14	14	16	54	1.71
25404096--25404215	50	2.3	53	80	5	122	36	15	20	27	1.93
25405967--25406124	54	2.9	54	82	8	205	24	24	17	33	1.96
25405939--25406123	54	3.5	51	80	10	194	23	24	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408658--25408700	22	2.0	22	100	0	86	23	2	27	46	1.64
25412302--25412343	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25412311--25412352	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25412417--25412472	15	3.7	15	83	11	62	53	1	0	44	1.11
25412562--25412596	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25412398--25412706	66	5.2	58	67	19	197	49	5	2	42	1.39
25412300--25412717	120	3.5	120	92	3	689	49	5	2	42	1.39
25412768--25412815	25	2.0	24	87	4	69	47	4	0	47	1.21
25412733--25413119	91	4.3	91	96	1	690	46	3	3	46	1.36
25416261--25416291	16	1.9	16	100	0	62	25	6	9	58	1.54
25416295--25416422	62	2.0	65	92	4	217	33	7	8	50	1.60
25416321--25416417	30	3.2	30	64	16	81	32	9	9	48	1.67
25416490--25416539	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
25434233--25434302	29	2.3	31	83	9	92	25	7	18	48	1.73
25436734--25436773	21	1.9	22	85	10	57	45	10	17	27	1.80
25438490--25438607	44	2.7	44	82	5	132	30	17	16	34	1.93
25438544--25438791	94	2.6	94	80	2	300	28	18	17	35	1.93
25438638--25438918	138	2.0	138	83	0	355	28	19	16	35	1.93
25438958--25439066	44	2.5	44	87	3	148	29	15	18	36	1.92
25439043--25439158	50	2.3	50	93	0	196	29	24	14	31	1.95
25443789--25443848	29	2.1	29	100	0	120	30	25	13	31	1.93
25443794--25443857	29	2.2	29	91	0	101	31	21	10	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25448584--25448628	23	2.0	23	95	0	81	68	0	11	20	1.19
25450911--25450973	23	2.8	23	82	2	83	50	1	1	46	1.20
25450949--25450988	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
25450993--25451178	68	3.0	61	87	11	270	39	4	9	46	1.57
25451049--25451080	9	3.7	9	95	4	57	34	0	9	56	1.32
25451121--25451148	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25452571--25452609	19	2.1	19	85	0	51	51	2	2	43	1.29
25452863--25452910	18	2.7	20	72	21	52	47	2	2	47	1.25
25453443--25453476	17	2.0	17	88	0	50	32	5	8	52	1.56
25453604--25453662	29	2.0	29	100	0	118	42	10	23	23	1.85
25455597--25455633	6	6.2	6	93	0	56	78	5	0	16	0.93
25460137--25460161	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
25469995--25470025	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
25471246--25471279	15	2.3	15	94	0	59	73	2	5	17	1.16
25471459--25471502	18	2.4	18	92	0	70	52	6	4	36	1.49
25473052--25473750	44	16.2	44	70	12	306	28	24	19	28	1.98
25473008--25473771	217	3.5	217	92	1	1189	28	23	19	28	1.98
25477368--25477449	36	2.3	36	97	0	155	28	30	8	32	1.87
25485364--25485407	18	2.4	18	92	0	70	52	6	4	36	1.49
25487174--25487208	4	8.8	4	93	0	61	28	22	0	48	1.51
25488429--25488462	15	2.3	15	89	0	50	70	5	5	17	1.28
25488739--25488788	23	2.1	23	88	7	73	62	4	2	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25489245--25489269	10	2.5	10	100	0	50	60	24	0	16	1.36
25491725--25491828	25	4.2	24	74	9	86	14	24	25	36	1.93
25491709--25491829	48	2.5	50	76	10	124	14	23	25	35	1.94
25491734--25491796	23	2.7	23	80	5	72	15	23	23	36	1.94
25491842--25491893	24	2.2	24	82	6	61	19	19	15	46	1.85
25496612--25496679	34	2.0	34	97	0	127	50	4	8	36	1.54
25500847--25500946	18	5.6	18	68	14	64	42	20	9	29	1.82
25500844--25500931	36	2.4	36	86	0	122	40	21	9	28	1.84
25500921--25500958	17	2.2	18	85	4	51	50	15	7	26	1.72
25501177--25501277	29	3.5	28	80	10	105	48	17	2	30	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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