genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2081187--2081366	47	3.9	47	76	10	140	59	0	2	37	1.14
2083743--2083785	11	4.0	11	84	3	61	67	30	0	2	1.03
2083743--2083785	22	2.0	21	90	4	68	67	30	0	2	1.03
2084422--2084490	34	2.0	34	100	0	138	34	5	17	42	1.73
2091816--2091863	8	5.9	8	79	13	53	29	0	2	68	1.01
2092289--2092333	8	5.0	9	84	15	58	24	0	0	75	0.80
2092289--2092333	18	2.5	17	89	7	63	24	0	0	75	0.80
2092289--2092334	10	4.9	10	79	12	53	23	0	0	76	0.79
2092302--2092343	19	2.2	20	86	4	59	19	2	2	76	1.01
2092288--2092351	28	2.3	28	83	5	76	28	1	1	68	1.07
2094387--2094445	31	1.9	30	82	3	73	30	16	27	25	1.97
2094536--2094594	29	2.0	30	93	3	102	49	15	0	35	1.45
2095704--2095733	14	2.1	14	93	0	51	30	3	20	46	1.66
2098250--2098315	24	2.7	24	85	2	87	69	3	0	27	1.03
2108828--2108873	22	2.1	21	88	4	65	43	0	6	50	1.28
2110634--2110672	2	20.0	2	94	5	71	48	0	51	0	1.00
2117728--2117816	31	3.0	28	74	12	81	43	12	7	35	1.71
2117737--2117816	28	2.7	28	79	11	81	42	13	7	36	1.73
2118119--2118161	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
2118153--2118247	45	2.1	44	84	1	118	34	5	27	32	1.79
2118409--2118443	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2118367--2118439	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118327--2118599	144	1.9	147	94	3	489	46	3	2	46	1.34
2118553--2118587	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2118573--2118751	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
2118568--2118755	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
2118536--2118758	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
2118673--2118707	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
2118748--2118794	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
2118767--2118800	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
2118833--2119027	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
2125120--2125208	44	2.0	44	91	4	144	40	8	4	46	1.56
2129808--2129856	25	2.0	25	84	8	64	63	0	24	12	1.29
2130547--2130593	21	2.3	21	77	3	51	63	6	2	27	1.30
2139505--2139599	41	2.3	41	94	0	163	28	22	22	27	1.99
2139600--2139648	23	2.2	22	85	7	64	22	2	8	67	1.28
2139910--2139959	21	2.4	21	75	0	55	2	48	18	32	1.59
2145815--2145861	21	2.3	20	85	3	58	38	2	0	59	1.09
2146145--2146196	25	2.0	26	85	3	70	48	21	3	26	1.67
2146955--2147744	114	6.9	114	92	0	1314	25	25	15	32	1.96
2146955--2147744	340	2.3	343	93	0	1352	25	25	15	32	1.96
2148154--2148192	19	2.1	19	85	0	51	46	5	2	46	1.38
2148301--2148347	23	2.0	24	83	4	60	72	2	2	23	1.06
2159999--2160041	22	2.0	22	86	9	61	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163584--2163619	6	6.0	6	100	0	72	16	66	0	16	1.25
2166902--2166962	30	2.0	30	93	0	104	36	3	16	44	1.64
2171778--2171838	23	2.7	23	75	10	70	45	4	8	40	1.55
2175047--2175285	41	5.8	41	88	6	299	28	24	20	27	1.99
2182591--2182827	41	5.8	41	86	8	281	28	24	20	27	1.99
2185332--2185432	51	2.0	51	94	0	175	26	32	15	24	1.96
2185392--2185470	37	2.1	38	86	6	108	29	31	10	29	1.90
2185341--2185503	89	1.9	88	88	5	249	28	31	14	26	1.95
2188589--2189116	262	2.0	262	98	0	1029	30	17	21	31	1.96
2200123--2200167	13	3.4	13	84	6	54	40	6	6	46	1.56
2200125--2200169	14	3.3	14	84	6	56	42	6	6	44	1.57
2212762--2212885	43	2.9	42	79	4	142	29	6	17	46	1.73
2213033--2213115	42	2.0	42	95	0	148	27	6	20	45	1.74
2213172--2213358	97	1.9	98	86	5	272	20	13	11	53	1.71
2220571--2220605	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
2223203--2223236	16	2.2	16	89	5	52	26	0	2	70	1.01
2235589--2235613	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
2237149--2237182	15	2.3	15	90	10	52	38	0	0	61	0.96
2239669--2239722	24	2.2	24	87	6	74	18	38	3	38	1.69
2243020--2243049	6	4.8	6	92	8	51	0	16	0	83	0.65
2243020--2243056	13	2.8	13	87	4	56	0	16	2	81	0.81
2243793--2243916	65	1.9	65	91	0	203	29	27	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247543--2247625	5	16.6	5	92	0	130	38	0	2	59	1.11
2248577--2248645	25	2.8	25	93	0	111	20	21	20	37	1.94
2248601--2248654	25	2.2	25	82	0	63	20	22	20	37	1.95
2251289--2251333	22	2.0	22	95	0	81	53	15	6	24	1.66
2261465--2261509	24	1.9	24	90	4	74	35	0	2	62	1.08
2261576--2261745	59	2.9	59	93	0	295	44	8	5	41	1.58
2261756--2261797	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2261771--2261826	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
2262861--2262893	16	2.1	16	100	0	66	45	30	18	6	1.73
2266536--2266582	22	2.1	23	80	11	62	14	10	6	68	1.38
2269660--2269714	27	2.1	26	82	3	65	34	3	1	60	1.25
2269660--2269714	9	6.2	9	73	10	51	34	3	1	60	1.25
2269891--2269944	19	2.7	20	82	8	74	35	0	5	59	1.21
2277295--2277350	28	2.0	28	86	10	80	26	5	1	66	1.23
2277324--2277498	9	19.4	9	66	22	68	30	4	2	62	1.28
2277305--2277380	24	3.0	25	80	7	73	27	2	2	67	1.18
2277396--2277434	11	3.6	11	86	13	55	33	2	0	64	1.08
2281149--2281198	20	2.3	22	83	13	68	52	0	0	48	1.00
2292429--2292469	20	2.1	19	86	13	57	41	7	4	46	1.53
2293062--2293114	21	2.5	20	79	11	52	41	1	3	52	1.30
2295603--2295737	42	3.2	42	78	0	153	43	17	22	16	1.87
2295608--2295676	21	3.3	21	70	0	57	42	17	23	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301308--2301332	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2301329--2301374	25	1.9	24	86	8	67	56	2	0	41	1.11
2303423--2303484	31	2.0	31	100	0	124	19	9	19	51	1.74
2327371--2327448	30	2.6	30	77	2	75	25	10	17	46	1.80
2332082--2332114	16	2.1	16	88	5	50	33	18	21	27	1.96
2334601--2334660	29	2.1	28	84	12	77	46	5	20	28	1.71
2346020--2346077	29	2.0	30	96	3	109	20	29	8	41	1.82
2349309--2349423	60	1.9	60	87	0	167	29	17	5	47	1.69
2349316--2349454	60	2.3	59	81	4	163	30	17	5	45	1.72
2353806--2354384	299	1.9	296	83	6	731	37	10	15	36	1.82
2356503--2356745	50	4.8	50	89	0	333	18	29	23	28	1.98
2356840--2356871	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2371069--2371116	14	3.5	13	81	13	60	60	2	2	35	1.20
2371068--2371118	15	3.6	14	76	12	59	60	1	1	35	1.19
2378112--2378161	21	2.4	22	83	10	68	54	0	0	46	1.00
2378118--2378154	18	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
2378112--2378195	10	8.3	10	71	18	59	57	0	1	41	1.06
2378112--2378191	29	2.7	30	82	9	101	55	0	1	43	1.08
2378116--2378191	31	2.5	30	78	14	93	53	0	1	44	1.08
2378078--2378191	60	1.9	59	85	5	158	50	0	3	46	1.18
2384067--2384093	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2395732--2395778	25	1.9	24	83	12	60	44	6	23	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395992--2396076	31	2.7	31	83	5	82	50	2	3	43	1.32
2396007--2396080	31	2.4	31	88	0	103	50	1	5	43	1.33
2396028--2396101	31	2.4	31	79	2	85	52	4	4	39	1.39
2397239--2397292	23	2.3	23	83	3	63	29	25	16	27	1.97
2405089--2405122	18	1.9	18	88	5	52	20	41	0	38	1.53
2417391--2417462	26	2.8	26	78	14	69	68	5	0	26	1.12
2417413--2417467	25	2.3	22	77	17	56	70	7	0	21	1.11
2423591--2423643	3	17.7	3	88	0	79	33	60	0	5	1.20
2426253--2426295	22	2.0	22	81	9	52	55	9	13	20	1.66
2434617--2434641	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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