genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  62  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17476584--17476617	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
17478100--17478335	54	4.4	54	72	10	182	27	19	12	40	1.87
17478078--17478389	104	2.9	108	77	9	291	28	19	12	39	1.89
17478240--17478390	54	2.8	54	86	4	198	29	19	12	38	1.89
17478300--17478446	54	2.7	53	83	4	168	27	17	14	39	1.90
17482333--17482376	19	2.3	19	84	7	54	50	2	11	36	1.51
17483197--17483243	21	2.2	22	85	11	62	53	2	0	44	1.12
17487250--17487302	26	2.0	27	88	3	81	32	24	18	24	1.97
17492298--17492450	76	2.0	76	97	0	288	26	14	24	34	1.94
17492666--17492932	139	1.9	139	89	1	419	15	26	12	45	1.82
17502392--17502431	20	2.0	20	90	0	62	42	12	12	32	1.80
17505045--17505073	13	2.1	14	93	6	51	82	0	10	6	0.83
17505900--17505931	6	5.3	6	96	0	55	15	0	3	81	0.82
17507338--17507385	20	2.4	21	86	6	64	45	4	6	43	1.48
17509585--17509639	20	2.8	20	77	2	58	69	5	0	25	1.10
17510076--17510106	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
17510709--17510763	19	3.0	17	77	15	56	29	1	3	65	1.20
17510708--17510767	17	3.2	18	73	21	61	30	1	3	65	1.19
17513849--17514200	182	1.9	182	97	0	659	33	11	15	39	1.84
17515030--17515061	16	2.0	16	93	0	55	15	18	28	37	1.92
17515512--17515555	19	2.3	20	84	7	56	29	20	9	40	1.83
17518421--17518468	20	2.3	20	85	3	60	66	0	20	12	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17518428--17518470	14	3.0	14	80	12	52	65	0	23	11	1.25
17519747--17519924	44	4.0	44	73	7	153	30	14	24	30	1.94
17519751--17519924	89	2.0	88	90	1	276	29	13	24	31	1.94
17521832--17522183	182	1.9	182	97	0	668	33	12	15	38	1.85
17522707--17522734	12	2.3	12	100	0	56	46	0	0	53	1.00
17526264--17526296	13	2.8	12	86	13	50	51	6	18	24	1.68
17528724--17528782	26	2.3	25	82	8	73	49	10	11	28	1.72
17533365--17533913	47	11.6	47	93	2	900	32	8	30	29	1.87
17533365--17533913	96	5.8	94	93	1	900	32	8	30	29	1.87
17533365--17533913	143	3.9	142	94	1	904	32	8	30	29	1.87
17533961--17534042	38	2.2	38	100	0	164	23	15	24	36	1.94
17539963--17539991	14	2.1	14	100	0	58	13	17	41	27	1.87
17542169--17542458	44	6.6	44	90	0	427	31	25	12	31	1.93
17542406--17542856	132	3.4	131	84	4	505	28	24	17	29	1.97
17542563--17542858	44	6.7	44	67	11	167	28	23	18	29	1.98
17542835--17543033	44	4.5	43	76	5	200	31	23	14	31	1.94
17542873--17543035	89	1.8	89	89	0	254	31	22	14	31	1.94
17542259--17543429	573	2.0	571	87	2	1704	29	24	16	28	1.97
17543156--17543348	44	4.4	43	64	13	115	27	25	18	27	1.98
17543023--17543802	132	5.9	132	94	0	1285	29	24	18	27	1.98
17545048--17545089	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
17547917--17547960	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17548406--17548441	17	2.1	17	94	0	63	44	19	16	19	1.87
17552298--17552343	17	2.8	17	75	24	53	47	0	0	52	1.00
17555571--17555606	17	2.0	19	89	10	58	22	0	5	72	1.05
17556394--17556488	21	4.5	21	94	0	154	17	32	28	21	1.96
17563376--17563486	25	4.4	25	81	4	118	32	20	22	24	1.98
17563390--17563520	50	2.6	49	81	10	133	33	19	22	23	1.97
17563373--17563520	25	6.0	24	79	8	111	32	19	22	25	1.97
17568820--17568861	14	3.1	14	79	3	50	52	2	4	40	1.35
17570602--17570652	24	2.0	26	88	7	79	25	9	13	50	1.72
17572974--17573022	20	2.4	21	83	6	66	2	20	4	73	1.10
17572969--17573023	20	2.5	23	74	20	62	1	21	3	72	1.09
17573567--17573706	63	2.2	62	87	1	190	30	25	19	25	1.98
17573569--17573747	62	2.9	63	81	5	200	30	25	20	23	1.98
17582537--17582584	25	1.9	25	82	0	60	22	0	4	72	1.01
17586591--17587018	140	3.1	140	90	1	671	28	19	20	31	1.97
17586883--17587405	126	4.0	124	78	9	474	28	19	20	31	1.97
17586607--17587405	391	2.0	398	84	4	1038	28	19	20	31	1.97
17587141--17587400	140	1.9	140	83	1	342	27	18	21	32	1.96
17588773--17588845	29	2.4	30	72	20	80	35	6	13	43	1.71
17590990--17591360	36	10.1	36	77	8	293	26	20	14	38	1.91
17591044--17591360	73	4.3	72	75	10	216	26	21	13	38	1.91
17591008--17591384	109	3.4	108	76	8	343	26	21	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17602804--17602852	23	2.1	23	88	0	71	40	4	18	36	1.70
17604022--17604133	51	2.2	50	84	4	145	46	8	16	28	1.76
17606872--17606942	21	3.3	21	73	21	65	57	2	1	38	1.22
17608303--17608350	23	2.2	22	88	7	71	31	6	0	62	1.20
17608286--17608354	29	2.4	28	76	7	75	39	5	0	55	1.24
17613117--17613418	42	7.0	42	81	5	160	29	19	20	29	1.97
17613180--17613428	86	2.9	85	83	3	320	26	19	22	32	1.97
17613180--17613431	42	5.9	43	83	3	258	26	19	21	32	1.97
17613586--17614094	43	11.8	43	91	2	722	24	30	21	24	1.99
17614408--17614477	21	3.3	21	85	0	95	5	42	17	34	1.73
17614514--17614553	21	1.9	21	84	0	53	10	42	10	37	1.72
17614427--17614614	87	2.2	87	81	3	209	13	31	14	40	1.84
17621846--17621876	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
17623900--17624048	40	3.7	39	78	8	138	18	19	22	38	1.93
17624490--17624540	21	2.4	21	83	0	66	1	43	19	35	1.63
17630058--17630165	25	4.3	23	79	11	83	35	0	22	42	1.54
17630149--17630619	27	17.5	27	85	5	607	33	1	15	49	1.55
17630579--17630642	25	2.5	25	85	7	76	34	3	18	43	1.66
17630022--17630650	9	70.4	9	74	10	488	33	1	16	47	1.57
17630685--17630713	8	3.8	8	90	9	51	27	0	10	62	1.28
17630683--17630713	15	2.1	15	100	0	62	25	0	12	61	1.32
17630630--17630755	21	6.0	21	68	16	73	34	3	16	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17630897--17630944	24	2.0	25	83	4	62	54	0	0	45	0.99
17630936--17631079	61	2.4	61	84	4	175	49	7	4	38	1.53
17631045--17631101	30	1.9	30	92	0	96	56	3	7	33	1.43
17631062--17631094	17	1.9	17	100	0	66	51	6	6	36	1.51
17634263--17634297	15	2.2	16	90	5	54	48	14	0	37	1.44
17634831--17634858	13	2.2	13	100	0	56	57	7	21	14	1.61
17639680--17639932	113	2.2	113	80	7	264	26	23	17	32	1.97
17651482--17651824	44	7.4	44	67	17	158	33	19	19	27	1.96
17651421--17651885	94	4.9	94	85	3	569	33	19	18	27	1.96
17653782--17654032	85	3.0	83	85	5	326	33	20	19	27	1.97
17653782--17654032	43	6.0	42	84	3	326	33	20	19	27	1.97
17653825--17654094	85	3.2	86	80	7	230	34	20	18	26	1.96
17654478--17654526	21	2.3	21	92	0	80	6	40	20	32	1.77
17660010--17660364	9	40.8	9	73	14	300	32	1	20	45	1.59
17659999--17660103	25	4.2	25	78	11	115	32	1	20	45	1.62
17659999--17660072	16	4.4	16	80	9	76	33	2	18	44	1.64
17660020--17660364	97	3.6	97	84	9	415	32	1	20	45	1.59
17660188--17660394	70	2.9	71	74	16	189	30	1	20	47	1.59
17660698--17660792	13	7.2	13	74	7	84	47	3	9	40	1.52
17660689--17660816	53	2.4	53	98	0	247	45	3	10	40	1.56
17660698--17660792	26	3.6	26	75	8	102	47	3	9	40	1.52
17660830--17660881	18	2.8	19	83	11	63	57	1	1	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662622--17662932	146	2.1	146	82	4	367	36	21	14	26	1.92
17662622--17663072	147	3.1	145	78	5	338	35	22	15	26	1.94
17664457--17664902	114	3.9	114	85	1	570	26	28	21	22	1.99
17665783--17665904	43	2.8	43	79	4	129	31	29	18	20	1.97
17666785--17666841	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
17668197--17668226	13	2.3	13	94	0	51	20	10	3	66	1.35
17668331--17668355	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
17673118--17673145	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17676008--17676037	5	5.8	5	92	7	51	36	0	0	63	0.95
17678102--17678243	64	2.2	64	84	0	194	23	32	21	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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