genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19219241--19219846	29	21.5	29	77	16	563	45	26	0	28	1.54
19219295--19219350	21	2.6	22	97	2	105	48	26	0	25	1.52
19219247--19219846	95	6.4	89	76	17	414	45	25	0	28	1.54
19219353--19219846	66	7.9	66	69	22	307	45	25	0	28	1.54
19219382--19219456	37	2.0	37	94	0	132	44	21	0	34	1.53
19219612--19219694	21	4.0	21	75	20	68	46	24	0	28	1.52
19219710--19219854	74	2.0	72	94	2	254	47	24	0	27	1.52
19219827--19219889	20	3.2	21	77	18	73	46	26	1	25	1.62
19219867--19219913	23	2.0	23	91	0	76	48	19	2	29	1.60
19219961--19220128	37	4.4	37	64	15	99	41	8	6	43	1.62
19219907--19220146	116	2.1	116	96	0	444	38	8	9	43	1.68
19220122--19220163	17	2.4	18	80	4	50	42	7	4	45	1.52
19223176--19223652	126	3.8	126	90	1	726	32	21	15	29	1.94
19224417--19224462	9	5.2	9	84	5	58	19	10	30	39	1.86
19224622--19224646	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
19225095--19225119	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
19232266--19232317	5	10.6	5	88	12	81	42	0	0	57	0.98
19232898--19232941	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
19233177--19233223	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
19238751--19238791	13	3.1	14	86	10	59	51	12	17	19	1.76
19240769--19240825	26	2.2	26	90	0	87	43	10	15	29	1.80
19244385--19244436	22	2.6	20	76	11	54	63	3	1	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19246020--19246256	41	5.8	41	91	0	330	21	22	27	29	1.99
19247771--19247803	12	2.9	12	86	13	52	51	0	6	42	1.26
19247769--19247831	20	3.1	19	80	11	72	50	1	3	44	1.27
19247772--19247831	10	5.8	10	78	11	50	48	1	3	46	1.28
19247813--19247862	24	2.0	25	84	3	66	38	4	0	58	1.17
19252930--19253018	42	2.1	42	85	8	119	22	12	30	34	1.91
19252909--19253136	117	1.9	118	92	0	386	25	10	25	38	1.88
19253062--19253369	43	7.3	43	84	3	356	20	18	34	26	1.96
19253087--19253349	82	3.1	84	82	5	316	22	19	34	24	1.97
19258697--19258745	22	2.3	22	86	6	66	24	22	14	38	1.91
19265616--19265772	50	3.1	50	73	5	172	29	25	17	27	1.97
19269765--19269806	13	3.1	14	83	10	61	33	16	4	45	1.69
19271028--19271071	22	2.0	22	82	8	54	50	2	2	45	1.27
19271539--19271633	20	5.1	18	69	18	61	32	4	2	61	1.27
19281528--19281577	25	2.0	25	100	0	100	40	16	4	40	1.67
19285319--19285468	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
19285510--19285565	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
19286569--19286661	45	2.1	45	85	2	125	33	27	5	33	1.80
19286642--19286693	16	3.2	16	97	0	95	36	36	0	26	1.57
19292100--19292165	34	1.9	35	93	3	116	22	16	10	50	1.76
19292587--19292642	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
19300954--19301009	20	2.9	19	77	15	62	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19307262--19307295	14	2.3	15	85	10	52	70	0	0	29	0.87
19314094--19314121	8	3.5	8	100	0	56	60	0	14	25	1.34
19318856--19318892	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
19319184--19319219	18	2.0	18	88	0	54	58	2	2	36	1.27
19320560--19320596	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19325213--19325272	21	2.9	22	76	14	65	3	16	5	75	1.12
19325205--19325266	28	2.1	30	85	11	85	6	16	4	72	1.23
19326083--19326520	218	2.0	217	92	2	736	26	25	19	28	1.99
19325954--19326501	44	12.6	44	72	9	282	27	25	19	28	1.99
19326491--19327359	128	6.8	128	93	0	1425	25	23	19	31	1.98
19328553--19328587	7	5.1	7	86	6	54	14	17	0	68	1.21
19328557--19328586	13	2.3	13	94	0	51	13	16	0	70	1.18
19329508--19329542	8	4.2	8	92	7	61	11	0	11	77	1.00
19329508--19329542	17	2.1	17	94	5	63	11	0	11	77	1.00
19334585--19334617	14	2.4	14	90	10	50	84	0	6	9	0.76
19335464--19335509	24	1.9	24	86	8	67	28	0	10	60	1.30
19337438--19337478	8	5.0	8	90	3	64	48	12	0	39	1.41
19339808--19339847	20	2.0	21	85	5	55	37	0	0	62	0.95
19340937--19341211	41	6.7	41	91	0	433	20	20	28	30	1.97
19345144--19345334	42	4.5	42	79	6	174	25	15	28	30	1.96
19345144--19345334	85	2.2	83	83	5	222	25	15	28	30	1.96
19345418--19345461	22	2.0	22	90	0	70	40	27	20	11	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19345884--19346017	63	2.1	64	97	2	252	29	8	13	49	1.71
19347840--19347881	16	2.7	16	85	3	50	61	0	2	35	1.09
19349878--19349953	31	2.5	31	82	0	98	40	6	7	44	1.59
19350265--19350306	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
19355396--19355435	20	2.0	20	85	5	53	50	0	7	42	1.30
19356651--19356764	35	3.2	34	65	20	88	59	1	7	30	1.36
19356588--19356853	73	3.7	72	87	4	367	60	3	7	28	1.39
19356588--19356877	144	2.0	143	84	4	381	61	3	7	27	1.38
19358853--19359085	95	2.4	96	85	2	317	31	20	13	34	1.91
19358821--19359266	45	9.6	46	72	13	274	30	19	16	33	1.94
19358917--19359272	137	2.6	141	84	6	467	30	19	16	33	1.93
19362606--19362661	15	3.5	17	79	16	57	64	7	3	25	1.35
19362793--19362821	15	1.9	15	100	0	58	55	0	10	34	1.34
19364681--19364713	17	1.9	17	93	0	57	21	3	0	75	0.93
19364915--19364970	12	4.5	12	76	8	58	14	3	10	71	1.26
19371706--19371841	43	3.1	43	67	14	116	28	25	22	23	1.99
19371642--19372056	87	4.8	87	93	1	663	29	22	23	24	1.99
19371792--19371928	43	3.2	42	65	17	109	28	25	22	23	1.99
19375879--19375911	15	2.1	16	88	5	50	9	9	0	81	0.87
19376548--19376664	41	2.7	44	82	8	143	29	20	21	29	1.98
19376677--19376854	89	2.0	89	84	2	232	29	24	16	29	1.97
19376820--19377026	44	4.8	43	76	7	179	29	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19377090--19377441	182	1.9	181	83	4	449	29	20	18	31	1.96
19377326--19377431	44	2.4	45	75	1	106	29	23	16	30	1.97
19377372--19377481	44	2.5	44	79	8	116	30	22	20	27	1.98
19378354--19378418	30	2.2	30	86	10	89	1	21	0	76	0.86
19378384--19378413	13	2.3	13	94	0	51	3	20	0	76	0.92
19382826--19382881	15	3.5	17	79	16	57	64	7	3	25	1.35
19383013--19383038	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
19383976--19384005	15	1.9	16	93	6	53	10	6	0	83	0.81
19384369--19384394	6	4.3	6	100	0	52	0	0	46	53	1.00
19392500--19392539	18	2.2	19	86	8	57	2	22	0	75	0.93
19393448--19393856	27	15.2	27	82	6	420	43	20	15	21	1.87
19394735--19394772	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
19399754--19399832	38	2.1	38	100	0	158	22	17	24	35	1.95
19402256--19402300	23	2.0	23	86	8	65	31	11	26	31	1.91
19410223--19410291	36	2.0	35	85	5	95	33	7	17	42	1.77
19413214--19413247	14	2.2	16	90	10	54	41	0	2	55	1.15
19416446--19416478	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
19417796--19417852	27	2.1	27	90	0	87	15	33	12	38	1.85
19417938--19418223	44	6.5	44	73	10	199	29	21	19	30	1.98
19417939--19418260	177	1.8	176	87	3	486	28	21	19	30	1.98
19417968--19418357	44	8.8	44	77	9	353	27	21	20	30	1.98
19417918--19418300	177	2.2	178	81	7	472	27	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19418739--19418961	123	1.8	123	86	1	322	28	23	16	31	1.96
19419124--19419583	88	5.2	88	88	0	632	29	23	18	28	1.98
19419890--19419950	24	2.5	24	89	0	95	27	22	11	37	1.89
19426919--19427009	47	1.9	47	88	0	137	29	19	13	37	1.90
19429358--19429502	72	2.0	72	97	0	272	36	17	16	28	1.92
19432002--19432029	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19435087--19435181	47	2.0	47	89	2	147	32	23	23	21	1.98
19439541--19439572	15	2.1	15	100	0	64	25	34	12	28	1.92
19451462--19451554	37	2.5	37	89	1	143	13	11	32	41	1.81
19452127--19452153	13	2.1	13	100	0	54	29	25	7	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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