genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14607911--14607946	6	5.8	6	96	3	63	16	16	16	50	1.79
14608066--14608098	16	2.0	17	88	5	50	6	6	6	81	0.97
14619477--14619540	28	2.3	28	84	7	78	32	21	21	23	1.98
14619641--14619694	26	2.1	26	96	0	99	37	22	20	20	1.95
14619888--14619999	27	4.2	27	79	5	129	19	16	20	43	1.88
14619888--14620007	54	2.2	53	85	1	150	20	15	19	44	1.87
14627011--14627081	33	2.1	34	84	2	90	29	25	22	22	1.99
14628943--14628982	20	2.0	21	85	5	55	70	0	2	27	1.01
14632549--14632584	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
14633301--14633590	120	2.4	120	94	1	501	42	2	4	50	1.37
14633426--14633477	15	3.6	15	80	12	56	44	0	0	55	0.99
14633555--14633596	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14633546--14633587	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14633530--14633839	157	2.0	157	96	1	577	47	4	2	45	1.36
14633699--14633733	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14633531--14633769	75	3.1	75	65	18	200	46	3	2	46	1.34
14633969--14634020	16	3.2	16	94	0	95	36	36	0	26	1.57
14638996--14639050	16	3.5	15	82	7	65	27	5	9	58	1.51
14638996--14639050	15	3.4	16	82	7	58	27	5	9	58	1.51
14639904--14639936	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
14640551--14640679	34	3.8	33	79	7	152	43	1	13	41	1.53
14640561--14640679	33	3.5	33	80	3	148	42	0	12	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14640771--14641167	126	3.2	126	89	2	566	37	16	16	29	1.90
14643736--14643762	12	2.2	12	100	0	54	7	40	0	51	1.30
14651177--14651234	30	1.9	30	82	6	73	18	13	15	51	1.76
14662706--14662761	22	2.5	22	82	5	58	41	1	0	57	1.09
14662729--14662770	16	2.7	15	79	20	50	38	0	0	61	0.96
14663908--14663984	16	4.4	17	79	15	70	28	0	5	66	1.13
14665578--14665821	23	10.4	23	81	4	229	31	18	22	28	1.97
14665578--14665821	71	3.5	69	80	3	256	31	18	22	28	1.97
14665578--14665821	47	5.2	47	78	5	244	31	18	22	28	1.97
14665823--14666098	43	6.4	43	76	4	189	23	12	22	42	1.87
14674306--14674395	25	3.6	25	64	12	60	24	28	16	30	1.97
14676734--14676856	43	2.9	43	82	11	162	20	20	28	30	1.97
14687872--14687932	25	2.5	25	73	7	63	18	26	21	34	1.96
14688037--14688088	25	2.1	25	85	0	68	21	25	17	36	1.94
14688155--14688202	25	1.9	25	86	0	69	22	25	16	35	1.95
14688784--14688844	30	2.0	30	96	0	113	36	1	21	40	1.63
14692708--14692758	22	2.5	20	84	9	66	29	21	3	45	1.70
14692949--14693054	37	2.7	40	80	7	121	32	25	16	25	1.97
14693918--14693953	17	2.0	18	89	10	56	0	27	0	72	0.85
14693927--14693973	21	2.2	21	81	7	51	0	25	4	70	1.05
14701947--14701984	21	1.9	20	89	10	60	28	0	0	71	0.87
14702450--14702475	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14719703--14719759	30	1.9	30	86	10	82	35	1	3	59	1.25
14739572--14739605	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
14742398--14742438	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
14748545--14748584	20	2.0	20	100	0	80	25	20	15	40	1.90
14759061--14759102	18	2.3	19	80	8	52	57	2	0	40	1.12
14764951--14764999	20	2.5	20	76	3	55	51	0	24	24	1.49
14773512--14773941	45	9.6	45	76	12	230	27	16	24	31	1.97
14773504--14773929	89	4.8	90	74	14	323	27	16	24	31	1.97
14773504--14773929	179	2.4	180	80	9	462	27	16	24	31	1.97
14773509--14773936	224	1.9	224	88	1	653	27	17	24	31	1.97
14782563--14782604	20	2.1	20	86	0	57	23	0	9	66	1.21
14803609--14803664	26	2.2	26	83	6	69	35	1	5	57	1.32
14803957--14804004	24	2.0	24	83	0	60	14	8	4	72	1.23
14805379--14805450	36	2.0	36	100	0	144	22	13	8	55	1.65
14807881--14807937	28	2.0	29	86	10	82	33	3	5	57	1.38
14807892--14807960	36	1.9	36	85	11	97	34	4	2	57	1.33
14808205--14808252	24	2.0	24	83	0	60	14	8	4	72	1.23
14821657--14821704	3	15.3	3	82	8	60	72	0	27	0	0.84
14821656--14821704	16	3.1	16	85	8	73	73	0	26	0	0.83
14821654--14821704	22	2.3	22	93	0	84	74	0	25	0	0.82
14821660--14821704	13	3.5	13	82	11	58	73	0	26	0	0.84
14825119--14825192	36	2.0	37	86	2	105	48	13	17	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14830900--14830967	32	2.2	32	84	7	86	30	10	17	41	1.83
14831119--14831186	32	2.1	32	84	10	86	38	13	11	36	1.81
14831200--14831224	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
14831384--14831450	9	7.4	9	89	0	107	35	22	7	34	1.82
14831450--14831559	37	3.0	37	86	0	157	49	12	3	34	1.59
14831803--14831854	7	7.3	7	78	4	59	51	13	17	17	1.76
14831857--14831883	13	2.1	13	100	0	54	7	14	33	44	1.73
14832072--14832123	18	2.7	19	82	5	61	25	17	17	40	1.90
14834620--14834661	20	2.2	20	86	4	59	21	0	2	76	0.90
14838225--14838281	29	1.9	30	82	10	73	43	8	7	40	1.63
14840867--14840961	48	2.0	48	95	0	172	43	23	15	17	1.88
14841166--14841236	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
14841183--14841236	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
14841165--14841228	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
14846008--14846099	48	1.9	48	90	0	148	42	19	17	20	1.89
14846306--14846369	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
14846324--14846377	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
14846307--14846377	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
14847118--14847173	28	2.0	28	83	13	71	33	26	0	39	1.57
14860143--14860332	70	2.7	70	81	4	213	20	41	22	16	1.90
14868918--14868942	13	1.9	13	100	0	50	56	16	16	12	1.68
14870173--14870216	13	3.2	13	78	12	52	22	9	31	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14874836--14874889	28	1.9	28	84	0	72	33	7	12	46	1.70
14875559--14875626	21	3.4	21	71	15	63	33	39	14	11	1.83
14876698--14876731	12	2.9	12	91	4	52	0	20	0	79	0.73
14884139--14884164	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
14891051--14891113	32	2.0	32	87	0	90	44	4	7	42	1.54
14892146--14892228	43	1.9	43	82	4	105	26	2	16	54	1.55
14892725--14892776	27	2.0	25	85	7	68	65	3	3	26	1.27
14902180--14902276	40	2.4	40	84	3	115	39	17	26	16	1.91
14902205--14902292	40	2.3	38	88	7	126	29	17	31	21	1.96
14902713--14902748	7	5.0	7	89	3	54	16	0	38	44	1.48
14903066--14903124	22	2.7	21	79	10	66	25	3	35	35	1.73
14906176--14906246	21	3.4	21	84	0	97	30	19	46	2	1.64
14906558--14906784	42	5.4	42	87	0	211	26	22	22	29	1.99
14906587--14906789	42	4.8	42	86	0	262	25	22	21	31	1.98
14915367--14915419	3	17.7	3	76	7	54	64	3	3	28	1.28
14916917--14917206	44	6.7	42	72	13	169	28	22	21	27	1.99
14916917--14917211	85	3.4	83	73	10	218	28	22	21	28	1.99
14917341--14918423	50	21.9	49	78	7	939	25	20	22	32	1.97
14917341--14918411	100	10.8	101	89	4	1155	25	20	22	32	1.98
14918552--14918689	44	3.1	43	68	15	120	28	24	21	24	1.99
14918547--14918967	87	4.8	87	87	3	424	25	23	22	28	1.99
14920227--14920325	50	2.0	51	82	9	123	9	12	6	72	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14920241--14920376	41	3.5	38	75	16	136	9	11	7	72	1.29
14924980--14925021	3	14.3	3	85	5	59	66	2	2	28	1.16
14931566--14931619	25	2.2	25	83	6	65	40	18	11	29	1.85
14931599--14931685	25	3.5	25	90	0	138	39	22	12	25	1.90
14931580--14931685	50	2.1	50	84	3	133	37	21	13	27	1.91
14933947--14934012	33	2.0	33	87	0	96	25	15	21	37	1.92
14935338--14935376	20	2.0	20	85	10	53	28	10	5	56	1.54
14936712--14936807	49	2.0	49	85	4	131	42	11	20	25	1.85
14942209--14942431	90	2.5	88	81	7	252	35	20	8	34	1.83
14942618--14942740	10	12.3	9	69	18	66	63	1	5	29	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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