genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  81  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498278--22498342	25	2.6	25	82	4	69	21	33	15	29	1.94
22499251--22499352	43	2.4	43	84	0	141	20	27	30	21	1.98
22500298--22500456	76	2.1	76	82	6	189	33	20	24	20	1.97
22500392--22500555	76	2.2	76	77	8	172	35	18	23	23	1.96
22514580--22514618	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
22518151--22518180	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
22518922--22518960	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
22523751--22523912	77	2.1	77	95	0	288	41	8	11	39	1.70
22524274--22524351	26	3.3	24	67	22	58	43	1	0	55	1.08
22524206--22524338	56	2.3	57	82	10	155	43	0	3	53	1.16
22524296--22524328	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
22524519--22524557	16	2.4	16	91	0	60	23	30	5	41	1.76
22527079--22527177	47	2.1	48	86	1	137	45	1	9	44	1.42
22527206--22527247	10	4.5	10	80	17	54	30	7	0	61	1.22
22527208--22527247	9	4.4	9	84	12	55	30	7	0	62	1.23
22527206--22527247	18	2.3	18	91	4	66	30	7	0	61	1.22
22527344--22527518	89	2.0	89	86	2	244	42	26	1	29	1.65
22527492--22527539	7	6.9	7	90	0	69	29	50	0	20	1.49
22527401--22527649	110	2.3	110	82	4	270	40	31	0	27	1.62
22527639--22527673	7	5.0	7	96	0	61	28	54	0	17	1.43
22527623--22527681	21	2.9	21	79	2	57	32	45	0	22	1.52
22527640--22527684	14	3.2	14	90	0	63	35	44	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22527707--22527740	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
22528294--22528957	114	5.8	114	89	1	947	28	26	20	24	1.99
22530076--22530126	6	9.0	6	91	8	81	33	0	0	66	0.92
22530071--22530126	27	2.0	28	96	3	105	33	0	0	66	0.92
22540453--22540489	14	2.6	14	82	0	56	37	2	16	43	1.62
22540961--22541012	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
22541045--22541078	13	2.5	14	95	4	61	41	0	0	58	0.98
22545771--22545835	32	2.0	32	100	0	130	41	12	12	33	1.80
22548804--22548936	63	2.1	63	98	0	257	36	18	12	32	1.89
22562255--22562290	19	1.9	19	88	5	56	47	2	0	50	1.15
22567340--22567421	42	1.9	43	90	2	130	14	34	25	25	1.94
22568768--22568814	16	2.9	17	75	9	53	63	27	6	2	1.30
22570551--22570597	11	4.2	11	79	12	51	51	12	8	27	1.69
22573665--22573712	25	1.9	25	83	8	62	25	18	20	35	1.95
22575531--22575570	15	2.7	15	80	0	53	32	0	17	50	1.47
22575656--22575700	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
22575978--22576105	25	5.2	25	68	16	63	21	23	19	35	1.96
22575957--22576158	73	2.7	74	75	7	194	19	24	19	36	1.95
22583393--22583417	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
22583591--22583635	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
22583904--22583986	25	3.2	26	81	5	98	19	21	19	39	1.92
22593002--22593026	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22599699--22599796	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
22599706--22599794	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
22607066--22607163	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
22607073--22607161	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
22617965--22617992	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
22621841--22621909	32	2.2	32	83	0	84	39	13	14	33	1.85
22622144--22622177	2	17.5	2	87	6	52	50	0	0	50	1.00
22622215--22622239	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
22622648--22622701	23	2.3	23	87	0	81	37	1	14	46	1.56
22622657--22622699	13	3.5	13	78	18	56	34	2	16	46	1.60
22623555--22623619	25	2.7	23	79	11	67	16	3	4	75	1.10
22627074--22627287	43	4.9	43	76	10	186	33	24	14	28	1.94
22640979--22641064	21	4.0	23	80	11	110	37	24	22	16	1.93
22640979--22641065	44	2.0	41	86	6	120	36	24	21	17	1.94
22641378--22641409	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
22642312--22642359	14	3.4	14	94	0	87	56	2	0	41	1.11
22647435--22647468	16	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
22648079--22648134	28	2.0	28	82	6	69	53	3	1	41	1.29
22648131--22648199	31	2.3	29	78	9	75	39	0	2	57	1.13
22654289--22654350	28	2.2	29	85	5	90	41	25	8	24	1.82
22655122--22655163	7	6.1	7	88	5	59	38	0	50	11	1.40
22656099--22656657	98	5.5	105	77	15	467	39	15	15	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22656722--22657467	222	3.4	220	83	8	913	31	15	14	38	1.88
22656689--22657415	332	2.2	329	89	4	1106	31	14	14	39	1.86
22657474--22657504	16	1.9	16	93	0	53	6	16	0	77	0.97
22660408--22660450	22	2.0	22	86	9	61	37	2	4	55	1.33
22663132--22663261	70	1.9	70	87	4	192	40	4	4	50	1.44
22663240--22663290	18	2.9	16	78	16	57	49	1	0	49	1.12
22663240--22663290	17	2.9	17	80	11	59	49	1	0	49	1.12
22663330--22663386	8	7.0	8	73	11	53	50	1	0	47	1.11
22663318--22663384	25	2.7	25	77	13	75	53	1	0	44	1.09
22663303--22663377	33	2.4	31	77	6	80	56	2	0	41	1.13
22663202--22663517	165	1.9	164	85	5	429	45	5	2	47	1.37
22663491--22663529	17	2.3	17	95	0	69	51	0	2	46	1.14
22663531--22663570	20	2.0	21	85	5	55	37	2	0	60	1.11
22664349--22664409	28	2.2	28	94	5	108	44	6	0	49	1.28
22664451--22664502	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
22664788--22664924	18	7.2	19	76	11	136	35	15	0	48	1.50
22664788--22664924	37	3.6	37	88	7	211	35	15	0	48	1.50
22665131--22665194	19	3.4	19	78	4	85	51	0	10	37	1.37
22665472--22665559	27	3.3	27	86	0	113	18	29	23	28	1.98
22665599--22665652	27	2.0	27	89	7	83	40	0	3	55	1.17
22669976--22670031	29	1.9	29	85	0	76	41	8	16	33	1.79
22672527--22672738	103	2.0	104	97	0	399	42	23	12	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22676609--22676636	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22679850--22680034	66	2.8	65	77	4	192	25	27	22	24	2.00
22682321--22682396	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
22698626--22698697	18	4.1	18	78	8	69	13	20	33	31	1.92
22698595--22698697	17	5.9	17	71	17	70	18	20	31	30	1.96
22698571--22698697	34	3.7	34	73	12	98	18	20	29	31	1.96
22706913--22706949	19	1.9	19	94	0	65	56	0	2	40	1.13
22708484--22708513	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
22710666--22710721	28	2.0	28	85	0	76	23	16	12	48	1.80
22713077--22713114	18	2.1	18	90	0	58	21	26	7	44	1.79
22713665--22713754	33	3.1	27	71	18	74	43	33	0	23	1.54
22713670--22713754	27	2.9	29	82	13	102	43	31	0	24	1.55
22713736--22713768	15	2.2	15	94	0	57	48	24	0	27	1.51
22713728--22713949	107	2.1	107	83	3	293	41	33	1	22	1.64
22713925--22713949	6	4.2	6	100	0	50	32	48	0	20	1.50
22713893--22713956	33	1.9	33	90	0	101	32	37	1	28	1.67
22713965--22713999	18	1.9	18	88	0	52	48	34	2	14	1.58
22714019--22714181	35	4.4	36	67	17	102	46	9	5	39	1.59
22714019--22714069	16	2.8	19	71	17	54	50	9	1	37	1.47
22714002--22714239	112	2.1	110	92	1	395	44	7	7	40	1.59
22714234--22714275	16	2.6	16	96	0	75	45	4	2	47	1.36
22714249--22714298	22	2.2	23	89	3	75	46	2	2	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22714760--22714820	29	2.1	29	84	6	79	34	4	0	60	1.18
22714772--22714828	29	2.0	28	86	6	78	31	1	0	66	1.02
22717204--22717308	44	2.4	44	85	6	135	33	5	11	49	1.62
22718645--22718692	24	2.0	24	91	0	78	31	14	27	27	1.95
22720599--22720644	21	2.1	23	88	8	69	8	30	13	47	1.72
22721683--22721741	18	3.2	18	79	13	59	33	0	0	66	0.92
22722666--22722703	7	5.4	7	96	0	67	26	2	13	57	1.49
22732942--22732978	12	3.1	12	96	0	65	45	0	29	24	1.53
22736039--22736172	42	3.2	42	72	4	126	17	22	16	44	1.87
22737952--22737999	3	16.0	3	95	0	87	68	0	31	0	0.90

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