genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7995547--7995572	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
8005270--8005314	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
8005892--8005980	41	2.1	42	89	2	135	30	21	21	26	1.98
8013645--8013699	21	2.4	24	77	20	64	45	5	1	47	1.36
8014799--8014842	21	2.1	21	86	0	61	18	20	22	38	1.93
8018003--8018252	50	4.9	50	81	5	270	27	20	28	23	1.99
8021779--8021865	3	28.3	3	74	13	70	60	3	4	31	1.33
8042242--8042293	26	2.0	26	85	7	70	48	0	3	48	1.20
8048118--8048433	160	2.0	160	92	0	524	32	12	19	35	1.90
8056014--8056049	12	3.1	12	88	4	56	66	11	0	22	1.22
8056278--8056318	19	2.2	19	86	0	55	36	19	2	41	1.65
8058120--8058169	21	2.3	22	89	3	75	60	10	8	22	1.55
8069023--8069066	22	2.0	22	91	4	72	34	0	2	63	1.07
8073983--8074446	99	4.5	99	84	9	576	40	14	18	27	1.89
8075042--8075153	44	2.5	44	89	2	163	50	3	20	25	1.64
8076151--8076502	99	3.4	103	84	7	487	28	17	16	37	1.91
8076151--8076509	106	3.5	103	84	6	483	27	18	15	38	1.91
8076494--8076527	17	2.0	17	100	0	68	0	17	0	82	0.67
8076860--8076898	20	1.9	20	84	5	51	53	10	2	33	1.48
8084730--8084772	14	2.6	17	86	13	56	46	0	2	51	1.13
8090172--8090398	36	6.0	36	89	7	328	37	13	19	29	1.90
8090316--8090441	46	2.8	46	93	3	213	34	15	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093638--8093702	23	2.8	23	75	13	71	20	27	21	30	1.98
8100435--8100526	23	3.9	23	70	16	62	22	26	20	30	1.98
8102818--8102860	21	2.0	21	82	8	52	44	0	2	53	1.13
8102929--8102962	9	3.7	9	88	4	50	73	2	23	0	0.97
8106603--8106673	32	2.2	32	92	0	115	45	8	14	32	1.74
8109400--8109503	52	2.0	52	80	19	119	28	8	3	58	1.46
8119393--8119438	6	7.7	6	95	0	83	36	0	13	50	1.41
8123866--8123945	40	1.9	41	87	7	117	50	2	3	43	1.33
8124258--8124294	16	2.5	15	87	12	51	54	0	5	40	1.24
8127853--8127894	20	2.1	20	86	0	57	33	16	14	35	1.89
8129067--8129099	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
8131508--8131548	9	4.3	9	88	11	64	31	9	0	58	1.31
8131505--8131546	20	2.1	20	100	0	84	33	9	0	57	1.31
8132971--8133262	50	5.7	50	84	4	302	23	27	21	27	1.99
8140196--8140305	47	2.4	46	82	10	122	22	3	16	57	1.55
8140403--8140429	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
8141224--8141262	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8141488--8141560	23	3.2	23	88	0	119	24	21	23	30	1.99
8145712--8145744	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
8161720--8162746	132	7.8	132	93	0	1705	27	23	18	30	1.97
8162815--8164010	50	24.1	50	79	4	1111	27	19	20	33	1.96
8163040--8164063	100	10.3	100	91	1	1492	27	19	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166536--8166572	17	2.2	17	90	4	58	2	16	0	81	0.81
8166586--8166623	9	4.3	9	93	6	69	10	0	10	78	0.95
8166586--8166622	17	2.2	17	100	0	74	10	0	10	78	0.97
8166586--8166622	8	4.4	8	90	10	56	10	0	10	78	0.97
8176063--8176093	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
8178589--8178653	28	2.3	28	94	0	112	50	6	12	30	1.64
8184674--8184722	17	2.9	17	78	3	55	71	10	0	18	1.13
8185712--8185770	31	1.9	31	86	6	84	18	33	30	16	1.94
8187432--8187479	23	2.0	24	84	4	62	56	20	0	22	1.43
8189158--8189265	15	7.2	15	69	12	78	45	7	21	25	1.78
8189152--8189275	30	4.1	30	91	1	194	44	6	23	25	1.77
8193847--8193924	15	5.2	15	67	11	61	43	7	21	26	1.80
8193841--8193934	30	3.1	30	92	1	152	42	6	24	26	1.78
8199479--8199528	21	2.4	21	96	0	91	28	28	36	8	1.85
8200819--8200862	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
8200934--8201096	43	3.8	43	89	0	236	29	31	16	22	1.96
8204489--8204525	14	2.6	14	91	0	56	35	40	0	24	1.55
8204481--8204557	21	3.7	21	75	3	66	37	40	0	22	1.54
8205628--8205819	41	4.7	40	89	4	251	32	27	21	18	1.97
8205857--8205991	40	3.4	38	78	8	126	20	20	20	37	1.94
8205876--8205992	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
8215298--8215337	20	2.0	21	85	14	57	27	12	2	57	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8219312--8219337	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
8221517--8221592	38	2.0	38	89	0	116	27	21	15	35	1.94
8228188--8228230	18	2.4	18	100	0	86	0	41	0	58	0.98
8228190--8228230	6	6.8	6	91	0	64	0	43	0	56	0.99
8232291--8232334	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
8246289--8246347	31	1.9	31	82	3	75	38	11	10	38	1.76
8247560--8247624	18	3.6	18	77	10	62	69	1	1	27	1.07
8247581--8247645	28	2.4	25	80	17	67	66	0	0	33	0.92
8254692--8254723	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
8268840--8268887	24	2.0	23	84	11	62	62	2	2	33	1.18
8269444--8269513	22	3.3	21	73	23	58	68	7	1	22	1.22
8269445--8269492	22	2.1	23	88	11	73	72	8	0	18	1.08
8269498--8269543	24	1.9	24	81	0	56	52	2	4	41	1.33
8269751--8269796	19	2.4	21	75	20	55	36	0	4	58	1.18
8269804--8269837	12	2.7	13	86	4	52	17	0	5	76	0.98
8270672--8270711	22	1.9	21	90	10	64	32	2	0	65	1.06
8270655--8270714	26	2.3	26	74	11	68	38	1	0	60	1.07
8270671--8270717	21	2.2	21	77	7	51	34	2	0	63	1.06
8270671--8270718	22	2.3	20	82	7	60	33	2	0	64	1.05
8273810--8273882	30	2.4	30	81	0	92	17	24	30	27	1.97
8273978--8274020	21	2.2	19	83	8	50	51	34	4	9	1.55
8276599--8276646	18	2.6	18	86	3	69	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8279545--8279580	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
8279797--8279838	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8279806--8279847	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8279969--8280129	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
8287484--8287571	44	2.0	46	86	4	126	29	5	26	38	1.79
8287810--8287948	26	5.5	26	68	19	96	56	2	0	41	1.17
8287718--8287972	100	2.5	100	98	0	492	55	3	0	40	1.21
8287872--8288054	59	3.0	61	67	15	173	52	4	1	40	1.33
8291689--8291740	14	3.9	14	75	7	54	50	0	0	50	1.00
8291693--8291744	26	2.0	26	88	7	79	50	0	0	50	1.00
8306451--8306484	12	2.9	11	87	12	50	52	0	2	44	1.16
8310156--8310249	31	3.0	31	89	3	152	45	12	9	31	1.75
8310157--8310243	32	2.8	32	92	1	140	49	10	10	29	1.70
8316410--8316505	31	3.1	31	93	3	165	46	13	8	31	1.73
8321289--8321492	54	3.8	54	84	0	228	31	21	17	29	1.96
8324987--8325011	10	2.5	10	100	0	50	40	16	20	24	1.91
8331994--8332028	18	1.9	18	88	11	54	2	8	2	85	0.79
8331994--8332027	11	3.1	11	86	0	50	2	5	2	88	0.70
8333127--8333169	20	2.2	20	82	0	50	30	4	16	48	1.66
8335519--8335576	14	4.1	14	77	16	57	60	0	0	39	0.97
8353333--8353380	4	12.0	4	90	0	78	47	27	2	22	1.62
8357614--8357723	43	2.6	42	82	7	134	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8357644--8357736	43	2.2	43	88	0	132	29	29	15	26	1.96
8360420--8360673	84	3.0	84	90	1	402	31	21	17	29	1.96
8360420--8360713	84	3.5	84	87	2	396	31	21	16	29	1.96
8360647--8360807	84	1.9	85	81	6	193	36	19	14	29	1.92
8360420--8360747	168	2.0	168	82	3	401	32	21	16	29	1.95
8361196--8361239	19	2.3	19	80	7	54	34	47	2	15	1.58
8361230--8361389	82	1.9	83	94	1	286	45	29	0	25	1.58
8361471--8361530	25	2.4	25	86	5	77	31	58	0	10	1.31
8361466--8361533	6	10.6	7	87	9	58	35	52	0	11	1.38
8361477--8361530	19	2.8	19	83	10	58	31	59	0	9	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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