genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27720561--27720642	27	3.2	26	69	22	73	39	21	10	28	1.87
27721761--27721812	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
27721793--27721887	45	2.1	44	86	1	127	35	5	26	32	1.79
27722049--27722083	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27722007--27722079	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
27722196--27722230	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27721974--27722242	147	1.8	148	96	0	504	47	2	2	47	1.31
27722216--27722394	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
27722316--27722350	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
27722426--27722457	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
27722179--27722471	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
27722487--27722694	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
27723208--27723237	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
27723501--27723531	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
27726480--27726508	15	1.9	15	100	0	58	20	24	34	20	1.97
27726439--27726544	56	1.9	56	96	0	194	26	22	30	20	1.98
27726508--27726627	41	2.9	41	87	1	177	30	20	26	23	1.98
27727740--27728219	253	1.9	252	87	4	700	33	11	16	38	1.85
27731436--27731481	21	2.2	21	88	0	65	67	0	0	32	0.91
27752807--27752864	9	6.4	9	91	0	80	24	6	24	44	1.77
27755943--27755980	20	1.9	20	89	10	60	60	10	5	23	1.50
27756111--27756264	82	1.9	81	87	4	229	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27761806--27761841	13	2.8	14	84	16	51	2	27	0	69	1.02
27762752--27762791	9	4.4	9	90	0	62	30	10	25	35	1.88
27762951--27762975	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
27782439--27782544	37	2.8	37	76	5	104	32	22	18	26	1.97
27785855--27785922	34	2.0	34	94	0	118	32	14	20	32	1.93
27786228--27786263	15	2.4	15	86	13	56	66	0	2	30	1.06
27786255--27786289	11	3.2	11	87	0	52	45	0	5	48	1.26
27786255--27786297	22	2.0	21	86	4	59	41	0	4	53	1.21
27786432--27786510	30	2.6	30	84	7	106	46	6	18	27	1.73
27786432--27786510	31	2.6	31	86	6	108	46	6	18	27	1.73
27787317--27787350	15	2.3	15	89	0	50	82	14	2	0	0.79
27790907--27790961	26	2.2	25	90	3	83	76	10	10	1	1.10
27796739--27796792	25	2.2	25	96	0	99	11	16	25	46	1.80
27799041--27799196	33	4.6	33	70	25	110	17	19	28	34	1.95
27799038--27799266	103	2.2	103	96	0	422	18	19	29	32	1.96
27799142--27799322	69	2.5	69	86	7	229	20	19	29	30	1.97
27799177--27799335	69	2.3	70	90	1	239	20	20	29	29	1.98
27804023--27804069	24	2.0	24	82	0	58	48	2	0	48	1.13
27816924--27817044	61	1.9	64	83	8	160	36	7	3	52	1.46
27820905--27820944	20	2.0	21	85	9	57	50	0	27	22	1.50
27821052--27821111	30	1.9	32	83	6	79	40	0	40	20	1.52
27821325--27821361	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27821414--27821444	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27824128--27824189	25	2.5	24	79	10	61	35	20	17	25	1.95
27824144--27824317	25	7.0	25	74	6	129	39	21	14	25	1.91
27824121--27824319	50	4.0	50	77	7	179	38	21	15	25	1.92
27835090--27835183	26	3.7	26	73	14	65	15	24	23	36	1.94
27837128--27837322	25	7.9	25	67	17	95	36	20	13	29	1.91
27837153--27837322	49	3.4	49	83	4	218	37	18	12	31	1.88
27837090--27837323	25	9.5	26	65	15	70	36	20	12	29	1.90
27839295--27839339	16	2.8	16	80	9	56	33	15	13	37	1.86
27841193--27841225	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
27841736--27841779	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
27842322--27842346	6	4.2	6	100	0	50	80	20	0	0	0.72
27843903--27843932	15	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
27844956--27845049	39	2.5	40	80	16	110	60	1	7	30	1.31
27845026--27845098	34	2.1	34	82	9	87	61	1	5	31	1.27
27845120--27845154	19	1.9	18	88	11	54	60	2	2	34	1.26
27845124--27845205	25	3.5	24	77	6	87	51	3	7	37	1.48
27845239--27845285	12	3.9	12	75	10	51	61	4	4	29	1.34
27845249--27845288	21	1.9	21	84	0	53	62	5	2	30	1.29
27850504--27850537	9	3.7	9	88	4	50	35	2	0	61	1.11
27851761--27851805	23	1.9	23	81	4	54	42	8	11	37	1.72
27852455--27852514	30	2.0	30	96	0	111	25	3	15	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27857668--27857742	37	2.0	37	100	0	150	30	16	13	40	1.86
27862785--27862891	38	2.8	38	81	5	110	32	5	1	59	1.31
27862860--27862921	29	2.2	28	85	5	81	37	1	0	61	1.06
27862903--27862937	17	2.1	17	88	0	52	22	0	5	71	1.07
27867570--27867631	3	21.7	3	73	15	51	30	3	1	64	1.19
27867708--27867746	17	2.3	17	86	0	51	12	7	0	79	0.93
27867770--27867848	37	2.3	35	82	10	92	36	6	5	51	1.49
27868966--27869023	6	9.7	6	80	0	62	62	3	5	29	1.33
27868966--27869023	9	6.4	9	79	0	62	62	3	5	29	1.33
27868966--27869024	15	3.9	15	86	0	64	62	3	5	28	1.32
27869433--27869472	18	2.2	18	90	0	62	82	5	5	7	0.94
27870547--27870644	44	2.2	45	87	1	135	26	26	15	31	1.96
27872431--27872609	85	2.1	85	96	0	340	37	8	27	26	1.85
27873881--27874522	47	13.6	47	92	2	936	33	9	30	27	1.89
27874373--27874494	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
27887334--27887388	3	18.3	3	80	0	65	60	3	5	30	1.37
27887817--27887854	19	2.1	17	90	9	58	84	5	5	5	0.88
27888647--27888693	12	3.8	12	83	8	51	34	4	8	53	1.51
27890075--27890112	19	2.0	19	94	0	67	13	0	39	47	1.42
27895157--27895215	19	3.1	19	83	11	68	33	0	8	57	1.29
27895147--27895218	20	3.6	19	75	16	65	37	0	6	55	1.27
27895162--27895219	20	2.9	20	84	5	73	36	0	8	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27895331--27895384	23	2.3	23	81	6	65	31	18	14	35	1.91
27897437--27897493	25	2.3	25	87	6	89	24	24	14	36	1.92
27902295--27902381	31	2.8	31	78	0	102	27	13	19	39	1.90
27905515--27905551	13	2.7	14	88	12	51	37	0	2	59	1.12
27905885--27905928	13	3.5	13	81	12	56	70	0	0	29	0.88
27906070--27906106	2	18.5	2	88	0	56	54	0	2	43	1.14
27906375--27906407	6	5.5	6	100	0	66	18	66	0	15	1.25
27917788--27917833	22	2.1	22	95	0	83	30	28	0	41	1.56
27917891--27917941	10	4.9	11	76	11	54	31	0	0	68	0.90
27917879--27917941	31	2.1	31	93	3	110	34	0	0	65	0.93
27919021--27919045	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27919990--27920044	24	2.3	24	81	6	67	45	29	21	3	1.69
27920274--27920532	28	9.1	28	90	2	401	49	25	0	24	1.50
27920274--27920532	57	4.5	56	90	4	419	49	25	0	24	1.50
27926527--27926551	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
27933828--27933867	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27935199--27935225	12	2.2	12	100	0	54	40	7	0	51	1.30
27935860--27935908	21	2.3	22	89	6	75	20	4	12	63	1.45
27936115--27936211	49	2.0	49	89	0	149	24	27	6	41	1.79
27937487--27937572	43	2.0	43	90	4	138	23	22	1	53	1.53
27937967--27938018	26	2.0	27	84	3	70	44	13	0	42	1.44
27940642--27940676	3	11.7	3	100	0	70	31	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27940628--27940679	12	4.3	12	90	0	68	25	36	0	38	1.56
27940675--27940717	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
27950088--27950134	21	2.2	21	84	0	58	29	4	29	36	1.77
27951067--27951532	46	10.6	46	85	10	618	28	22	14	33	1.94
27951296--27951450	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
27951067--27951532	128	3.6	130	84	9	564	28	22	14	33	1.94
27951250--27951496	82	3.0	82	94	0	422	28	21	14	35	1.93
27954880--27954918	14	2.8	14	84	0	51	35	7	23	33	1.83
27955648--27955705	26	2.3	25	80	13	66	36	6	10	46	1.65
27957292--27957343	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00

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