genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  42  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12418168--12418210	22	2.0	22	85	0	59	53	4	9	32	1.53
12420286--12420332	19	2.5	19	83	16	62	42	0	2	55	1.12
12420285--12420325	18	2.3	18	80	12	50	41	0	2	56	1.13
12425724--12425766	13	3.4	13	78	18	54	65	2	0	32	1.06
12425725--12425768	12	3.6	12	82	14	54	61	2	0	36	1.09
12437468--12437531	29	2.2	30	77	8	78	57	9	4	28	1.50
12438691--12438733	21	2.0	22	86	13	63	32	13	0	53	1.41
12439685--12439714	16	1.9	16	93	6	53	30	10	0	60	1.30
12451273--12451325	26	2.0	26	96	0	97	33	9	11	45	1.72
12451371--12451495	62	2.0	62	95	0	223	40	10	8	40	1.69
12451709--12451884	93	1.9	93	85	2	246	39	12	18	29	1.88
12453420--12453479	31	1.9	32	83	16	81	38	0	0	61	0.96
12457280--12457322	21	2.0	22	86	4	61	41	34	6	16	1.75
12465535--12465565	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
12481012--12481089	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
12481005--12481089	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
12485665--12485712	15	3.2	15	71	11	53	41	8	22	27	1.82
12487948--12488016	31	2.3	31	85	7	88	44	20	8	26	1.80
12488130--12488238	58	1.9	57	86	5	157	55	1	27	15	1.51
12488535--12488560	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
12488842--12488888	23	2.1	23	84	4	60	0	23	2	74	0.93
12491655--12491711	13	4.4	12	74	20	53	50	0	5	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12491676--12491728	12	4.5	11	81	11	52	52	1	3	41	1.30
12499794--12499850	29	2.0	29	86	6	80	40	0	5	54	1.23
12502642--12502856	92	2.3	92	95	0	385	37	10	10	41	1.74
12503961--12504090	60	2.1	62	82	10	169	35	10	22	31	1.88
12504195--12504245	9	6.1	9	86	9	65	56	9	0	33	1.32
12504318--12504367	23	2.2	23	85	3	66	42	6	2	50	1.38
12504227--12504360	66	2.0	68	83	11	170	46	7	4	41	1.52
12505681--12505761	31	2.6	31	80	9	94	43	11	4	40	1.62
12514459--12514490	11	2.9	11	95	0	55	46	6	0	46	1.27
12517279--12517330	26	1.9	27	84	7	70	51	5	15	26	1.65
12517505--12517586	27	3.0	27	83	3	103	17	23	34	25	1.96
12517649--12517700	19	2.7	20	79	8	54	63	3	28	3	1.30
12520933--12521000	22	2.8	23	86	13	93	57	13	0	29	1.37
12521044--12521105	19	3.2	19	88	8	97	54	12	1	30	1.48
12521273--12521306	4	8.5	4	100	0	68	0	23	0	76	0.79
12521453--12521516	27	2.4	27	92	5	103	17	29	23	29	1.97
12523192--12523309	49	2.4	49	83	7	132	19	25	19	35	1.95
12523157--12523331	74	2.3	74	79	7	176	19	24	19	36	1.95
12523150--12523360	25	8.5	25	75	5	158	20	25	19	34	1.97
12533491--12533562	35	2.1	35	94	0	126	18	15	30	36	1.91
12533998--12534032	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
12540604--12540676	19	3.9	18	75	8	56	57	20	8	13	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12550867--12550932	33	2.0	33	100	0	132	36	12	12	39	1.80
12552862--12552953	3	31.3	3	77	12	93	31	4	1	63	1.21
12553658--12553698	17	2.4	17	91	0	64	41	2	4	51	1.36
12556086--12556114	10	2.9	10	100	0	58	72	0	0	27	0.85
12557217--12557255	21	1.9	19	90	10	60	71	7	15	5	1.26
12557813--12557870	30	2.0	30	82	3	73	29	10	17	43	1.82
12558011--12558063	20	2.8	18	78	10	61	66	5	1	26	1.25
12558011--12558061	18	2.8	18	80	13	59	66	5	1	25	1.24
12558124--12558172	19	2.6	19	77	9	55	65	4	0	30	1.11
12571574--12571759	90	2.1	90	83	2	230	30	1	13	53	1.50
12571703--12571904	106	1.9	106	90	6	322	28	0	15	55	1.44
12571882--12571918	16	2.3	16	86	13	58	29	2	5	62	1.31
12571661--12571920	106	2.5	102	82	8	319	28	0	14	56	1.44
12579809--12579849	12	3.4	12	83	9	57	80	2	17	0	0.82
12581148--12581578	89	4.8	89	84	3	519	30	23	22	23	1.99
12581148--12581564	178	2.3	178	86	0	575	30	23	22	23	1.99
12581762--12582043	50	5.6	50	72	0	215	29	21	22	26	1.99
12581756--12582053	100	3.0	100	87	0	434	29	20	22	26	1.99
12584473--12584608	72	1.9	72	85	0	191	31	17	17	33	1.94
12585712--12585771	21	3.0	21	73	22	65	46	11	10	31	1.73
12585704--12585792	17	4.8	17	76	16	88	48	11	10	30	1.72
12586126--12586187	17	4.1	15	78	21	67	1	14	0	83	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12586136--12586188	21	2.6	21	85	8	74	0	15	0	84	0.61
12586126--12586186	9	6.6	9	75	7	59	1	14	0	83	0.72
12586126--12586187	29	2.1	29	88	5	90	1	14	0	83	0.71
12586136--12586188	13	4.0	12	79	18	52	0	15	0	84	0.61
12586267--12586312	24	1.9	24	86	0	65	6	32	36	23	1.81
12586494--12586543	11	4.9	10	79	18	50	2	16	0	82	0.77
12586504--12586555	8	6.6	8	78	12	54	0	19	0	80	0.71
12586494--12586555	19	3.2	19	84	11	74	1	17	0	80	0.79
12586505--12586555	15	3.3	15	83	2	66	0	19	0	80	0.71
12586508--12586540	4	8.5	4	86	6	50	0	18	0	81	0.68
12586908--12586977	30	2.4	29	73	4	77	50	4	12	32	1.60
12587164--12587957	77	10.3	78	87	5	989	36	19	16	27	1.93
12587203--12587961	232	3.3	231	88	5	1079	36	19	16	27	1.93
12587201--12587961	309	2.5	308	88	3	1104	36	19	16	27	1.93
12587919--12588004	43	2.0	43	95	0	154	53	4	12	29	1.59
12587844--12588068	120	1.9	120	86	1	326	42	14	15	28	1.86
12588938--12588982	8	5.8	8	81	5	56	6	0	6	86	0.70
12594944--12595019	18	4.3	17	72	9	55	46	7	11	34	1.70
12594999--12595060	21	3.0	20	76	21	65	41	6	9	41	1.63
12595007--12595060	22	2.6	19	80	13	63	40	7	11	40	1.69
12594972--12595069	18	5.2	18	72	14	74	44	10	11	33	1.74
12609172--12609217	24	1.9	24	90	0	74	8	32	34	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12609354--12609404	16	3.1	16	82	17	68	3	19	50	25	1.64
12609432--12609490	4	14.8	4	92	7	102	0	23	0	76	0.79
12609486--12609517	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
12609433--12609517	21	3.9	23	83	16	94	0	25	0	74	0.82
12609625--12609655	14	2.1	15	94	5	55	29	9	0	61	1.28
12609868--12610011	30	4.9	29	83	6	173	44	6	15	34	1.71
12609868--12610011	59	2.4	59	81	6	175	44	6	15	34	1.71
12613825--12613913	10	9.1	10	80	15	64	61	0	1	37	1.03
12613859--12613936	11	7.4	11	78	16	67	56	0	3	39	1.18
12613818--12613936	52	2.3	52	92	2	195	59	0	2	37	1.11
12613809--12613945	52	3.1	41	77	20	150	62	0	2	35	1.08
12613878--12613911	18	2.0	16	88	11	50	58	0	0	41	0.98
12613809--12613914	10	10.5	10	69	18	51	64	0	0	34	1.00
12613803--12613947	41	3.5	41	80	7	143	60	0	2	37	1.09
12623773--12623797	13	1.9	13	100	0	50	92	8	0	0	0.40
12627857--12627918	20	3.2	19	75	20	58	29	1	4	64	1.23
12628616--12628673	11	5.2	11	87	2	71	22	31	0	46	1.52
12628616--12628670	22	2.4	23	87	6	85	23	29	0	47	1.52
12628615--12628691	33	2.3	34	82	8	95	24	28	1	45	1.61
12628615--12628691	11	6.9	11	73	19	70	24	28	1	45	1.61
12628651--12628750	51	2.0	51	84	4	130	27	25	2	46	1.64
12631009--12631331	22	15.0	22	86	4	430	44	32	0	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12631009--12631331	43	7.5	43	85	4	422	44	32	0	22	1.58
12631009--12631331	65	5.0	65	87	3	449	44	32	0	22	1.58
12631424--12631591	37	4.4	38	65	14	114	42	9	6	41	1.63
12631331--12631608	114	2.4	114	96	0	522	42	9	6	41	1.63
12631737--12632483	372	2.0	372	98	0	1449	28	23	21	26	1.99
12634983--12635391	126	3.3	125	93	1	687	29	23	17	28	1.97
12636279--12636332	28	1.9	28	81	7	65	51	1	0	46	1.11
12637446--12637485	19	2.1	19	90	0	62	37	15	10	37	1.80
12639182--12639217	14	2.4	16	82	17	51	47	0	11	41	1.39
12642962--12643007	20	2.2	21	81	14	60	10	6	19	63	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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