genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  88  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24211402--24211444	3	14.3	3	80	9	52	65	0	0	34	0.93
24215887--24215980	46	2.1	44	88	11	138	36	21	5	37	1.76
24215962--24216013	16	3.2	16	86	0	59	30	21	3	44	1.70
24229312--24229372	25	2.4	26	86	2	88	31	9	16	42	1.81
24232579--24232618	7	5.9	7	83	16	57	82	0	2	15	0.77
24232575--24232615	20	2.0	20	100	0	82	80	0	4	14	0.87
24232580--24232618	12	3.0	12	85	14	51	82	0	2	15	0.79
24244172--24244460	107	2.7	108	91	4	471	35	20	16	28	1.94
24244917--24244971	27	2.1	28	83	10	71	54	1	5	38	1.34
24246793--24247177	49	7.7	49	77	6	250	24	18	23	33	1.97
24246913--24247075	57	3.0	56	88	7	232	26	16	20	35	1.94
24246793--24247173	205	1.9	204	82	0	483	24	18	23	33	1.97
24247015--24247238	98	2.3	98	87	0	313	24	20	20	34	1.97
24247064--24247215	49	3.1	49	71	7	146	21	21	23	33	1.97
24258792--24258843	27	2.0	27	85	7	72	38	5	1	53	1.36
24258792--24258850	27	2.1	28	81	9	68	37	5	1	55	1.32
24259303--24259592	108	2.7	108	92	1	485	27	15	21	36	1.93
24264188--24264214	11	2.5	11	100	0	54	51	0	7	40	1.30
24282305--24282495	41	4.6	40	77	6	166	23	17	23	36	1.95
24287995--24288216	106	2.1	107	93	0	374	40	11	14	33	1.82
24292099--24292285	41	4.6	41	91	0	295	24	18	25	31	1.98
24297468--24297574	51	2.1	51	92	0	178	28	9	14	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24300829--24301052	40	5.7	40	85	7	287	25	28	22	24	1.99
24300829--24301052	79	2.8	79	84	7	294	25	28	22	24	1.99
24308775--24308996	39	5.7	39	81	9	238	26	26	22	25	2.00
24308775--24308992	79	2.8	78	81	5	235	26	26	21	26	2.00
24315456--24315499	22	2.1	22	87	8	65	72	0	0	27	0.85
24315456--24315513	24	2.3	23	80	13	71	72	0	0	27	0.85
24317218--24317664	44	10.2	44	64	12	175	24	24	19	30	1.98
24317179--24317701	132	4.0	132	95	0	947	24	24	20	30	1.99
24329998--24330044	16	2.7	18	78	18	55	70	0	0	29	0.88
24337267--24337317	22	2.3	22	83	10	59	47	3	11	37	1.59
24348004--24348139	43	3.2	43	70	9	107	25	18	25	30	1.98
24363759--24363800	21	2.0	22	85	4	59	14	45	21	19	1.85
24367122--24367165	17	2.5	17	77	3	52	15	6	4	72	1.22
24370620--24370796	25	7.1	25	72	7	108	36	25	13	23	1.92
24370620--24370796	75	2.4	75	81	0	228	36	25	13	23	1.92
24374325--24374377	28	1.9	28	84	3	72	45	5	1	47	1.37
24376348--24376403	27	2.2	25	81	12	60	17	8	7	66	1.42
24379859--24379911	6	8.8	6	100	0	106	16	0	32	50	1.46
24380618--24380688	36	2.0	36	94	0	124	23	16	19	39	1.92
24381787--24381882	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
24384242--24384271	7	4.3	7	100	0	60	0	26	0	73	0.84
24384242--24384294	18	3.2	17	80	19	60	1	24	0	73	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24391777--24391823	24	2.0	24	91	0	76	31	17	19	31	1.94
24391802--24391896	48	2.0	48	87	0	136	33	17	23	25	1.96
24391952--24392179	34	6.9	32	69	13	117	36	15	17	30	1.91
24391952--24392179	67	3.4	66	83	5	280	36	15	17	30	1.91
24393649--24393689	20	2.0	21	85	4	57	48	4	4	41	1.46
24395300--24395324	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24396739--24396787	11	4.5	11	74	20	50	61	0	4	34	1.15
24406243--24406290	21	2.3	23	76	23	61	52	2	0	45	1.12
24411135--24411160	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
24413608--24413803	104	1.9	102	84	4	259	36	17	16	30	1.92
24416302--24416465	44	3.7	44	84	3	152	23	24	21	30	1.99
24416711--24417030	87	3.7	87	93	0	496	25	23	22	28	1.99
24417344--24417464	44	2.7	44	76	8	120	26	29	20	23	1.99
24417030--24417597	218	2.6	218	91	1	924	28	24	19	27	1.98
24417560--24417787	100	2.3	101	80	3	262	28	19	19	32	1.96
24418941--24419002	6	9.7	6	83	13	63	14	12	0	72	1.12
24418931--24419003	7	11.0	7	78	21	86	15	13	0	71	1.15
24418931--24419003	13	5.5	13	81	16	80	15	13	0	71	1.15
24423377--24423571	108	1.8	106	89	2	309	35	20	17	26	1.95
24425756--24425799	6	7.3	6	97	0	70	0	63	0	36	0.95
24428772--24428829	22	2.5	25	78	18	63	32	0	5	62	1.18
24428984--24429049	35	1.9	34	93	6	116	46	12	7	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24429193--24429283	23	4.5	20	69	23	50	52	2	3	41	1.30
24429236--24429283	23	2.1	23	96	0	87	56	0	4	39	1.19
24432678--24432810	66	2.0	66	91	0	212	32	9	18	39	1.83
24437634--24437719	19	4.5	19	85	0	118	38	15	6	39	1.74
24437634--24437718	38	2.2	38	95	0	152	38	14	7	40	1.73
24445293--24445342	16	3.1	16	76	2	55	38	2	2	58	1.21
24445499--24445526	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
24449841--24449900	28	2.1	28	90	0	93	26	25	18	30	1.98
24459194--24459222	15	1.9	15	100	0	58	3	6	34	55	1.44
24459193--24459261	24	3.3	21	82	11	72	13	11	30	44	1.78
24459209--24459264	24	2.3	24	90	6	87	16	10	28	44	1.80
24460513--24460545	11	2.8	12	86	9	50	45	3	0	51	1.16
24462448--24462492	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
24462524--24462566	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
24466793--24466830	14	2.8	13	88	7	58	52	2	7	36	1.45
24467067--24467173	35	3.1	35	84	2	144	20	22	14	42	1.87
24467068--24467175	34	3.1	34	86	1	144	20	23	13	42	1.88
24468184--24468294	37	3.0	37	76	18	108	53	3	2	40	1.33
24474924--24474968	18	2.5	18	96	0	81	24	15	22	37	1.93
24475633--24475714	10	8.2	10	73	20	55	47	1	2	48	1.22
24475671--24475713	5	8.8	5	97	2	79	41	0	0	58	0.98
24476682--24476738	22	2.6	22	83	8	71	12	21	19	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24478851--24479021	43	4.0	43	69	15	140	23	16	28	31	1.96
24485256--24485367	51	2.2	51	98	0	215	54	10	14	20	1.69
24485288--24485373	27	3.3	27	63	21	74	53	10	17	18	1.71
24489035--24489081	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
24492386--24492419	17	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
24493196--24493262	17	4.0	17	80	3	82	65	1	1	31	1.10
24493436--24493493	23	2.5	23	76	18	57	29	0	0	70	0.87
24499299--24499360	21	3.1	21	68	13	58	14	32	16	37	1.89
24501909--24501942	17	2.0	17	88	0	50	11	0	5	82	0.83
24501989--24502036	19	2.7	17	75	12	51	39	10	6	43	1.64
24502579--24502619	8	5.1	8	85	11	57	43	0	0	56	0.99
24502558--24502641	24	3.5	24	80	6	82	46	0	1	52	1.08
24502577--24502625	16	3.0	17	85	8	66	46	0	0	53	1.00
24515223--24515265	18	2.3	19	84	4	52	16	9	9	65	1.47
24519599--24519639	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
24538308--24538340	8	4.2	8	88	3	50	39	3	12	45	1.57
24541066--24541196	30	4.6	29	70	20	87	26	15	24	33	1.95
24541038--24541257	26	7.8	29	69	14	113	26	14	24	35	1.94
24548667--24548760	45	2.1	45	89	0	143	43	10	5	40	1.62
24550113--24550143	13	2.4	13	94	0	53	61	0	0	38	0.96
24551372--24551435	31	2.1	31	96	0	119	25	23	18	32	1.97
24555214--24555251	18	2.0	19	85	10	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24558119--24558172	23	2.3	23	81	6	65	35	16	14	33	1.90
24558294--24558338	19	2.4	19	88	7	65	62	4	0	33	1.15
24558307--24558350	18	2.4	18	82	10	54	54	2	0	43	1.12
24559078--24559144	32	2.1	33	83	8	84	62	8	1	26	1.33
24559516--24559562	24	1.9	25	86	4	69	44	0	4	51	1.21
24559788--24559819	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
24559757--24560246	241	2.0	241	98	0	946	30	14	11	42	1.82
24567668--24567754	21	4.1	21	76	7	86	36	24	20	18	1.95
24568060--24568091	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
24568744--24568778	14	2.5	14	90	9	54	0	14	5	80	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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