genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  103  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28746520--28746559	17	2.3	18	86	4	55	67	0	0	32	0.91
28747661--28747726	7	8.9	7	75	11	51	74	1	1	22	0.99
28747661--28747726	15	4.4	15	72	12	55	74	1	1	22	0.99
28747661--28747726	22	3.0	20	75	16	51	74	1	1	22	0.99
28748016--28748054	19	2.0	20	90	5	62	53	7	0	38	1.30
28748182--28748265	44	1.9	44	90	0	132	25	11	14	48	1.77
28750881--28750923	18	2.4	16	82	17	50	41	13	0	44	1.44
28750881--28750925	19	2.5	17	80	20	56	42	13	0	44	1.43
28753304--28753338	17	2.0	18	88	5	54	14	45	28	11	1.79
28755796--28756118	161	2.0	161	94	1	567	33	19	8	38	1.82
28756144--28756508	41	9.3	38	88	1	381	33	29	20	16	1.95
28756180--28756526	38	8.9	38	88	0	334	34	29	20	15	1.94
28758628--28758836	96	2.2	96	85	0	292	34	13	23	27	1.93
28767159--28767226	27	2.6	27	85	2	84	33	17	17	30	1.94
28769108--28769181	34	2.2	34	92	2	123	36	17	18	27	1.94
28779610--28779647	20	1.9	20	88	0	58	50	5	7	36	1.54
28781522--28781739	117	1.9	117	93	0	373	15	33	18	33	1.92
28781512--28781741	39	5.9	39	87	0	316	14	33	18	32	1.92
28791264--28791491	39	5.9	39	81	1	235	16	32	18	32	1.93
28798039--28798164	27	4.7	27	75	5	121	46	15	12	24	1.81
28798039--28798191	27	5.7	27	74	7	114	45	16	13	25	1.83
28798371--28798469	26	3.8	26	80	6	94	17	18	25	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28798580--28798724	30	4.9	30	78	3	143	23	23	22	31	1.99
28805228--28805338	27	4.1	27	83	2	134	47	19	11	20	1.80
28805228--28805338	53	2.1	54	82	1	134	47	19	11	20	1.80
28805461--28805587	26	5.1	26	75	12	115	18	22	25	34	1.96
28805520--28805564	20	2.2	20	92	0	72	13	17	28	40	1.88
28805691--28805797	30	3.7	27	80	12	106	23	20	22	33	1.97
28805704--28805797	30	3.2	28	82	10	109	22	21	24	31	1.98
28805716--28805827	30	3.7	30	81	0	116	23	24	21	31	1.98
28805704--28805835	60	2.3	58	81	4	140	22	25	23	28	1.99
28806634--28806670	18	2.0	19	85	15	51	43	5	18	32	1.73
28811209--28811239	16	1.9	16	100	0	62	22	6	19	51	1.69
28813410--28813714	40	7.7	40	80	6	278	19	28	17	34	1.94
28813399--28813714	120	2.6	119	81	3	337	19	28	17	35	1.94
28817153--28817224	23	3.1	23	77	0	72	16	18	20	44	1.87
28819858--28819907	25	2.0	25	92	0	82	30	20	22	28	1.98
28826872--28826928	25	2.3	25	85	11	73	21	12	24	42	1.87
28827778--28827809	13	2.5	13	100	0	64	46	6	0	46	1.27
28833506--28833684	27	6.6	27	81	6	168	40	18	7	33	1.79
28833687--28833775	27	3.3	27	85	0	133	34	19	21	24	1.96
28834095--28834154	22	2.7	22	78	0	66	21	21	21	35	1.96
28836158--28836204	17	2.7	18	83	9	62	51	8	14	25	1.71
28842060--28842110	20	2.6	20	81	9	61	35	9	11	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28844548--28844686	23	6.0	23	80	5	145	33	5	5	56	1.45
28844548--28844686	47	3.0	46	79	3	161	33	5	5	56	1.45
28844944--28844973	12	2.5	12	94	0	51	36	3	0	60	1.14
28845129--28845187	27	2.1	28	81	9	68	33	6	1	57	1.35
28852160--28852408	51	4.9	51	83	4	304	30	18	22	28	1.97
28852312--28852871	193	2.9	191	83	2	707	29	18	22	29	1.97
28854298--28854389	23	4.0	22	75	15	71	38	4	3	54	1.37
28854306--28854412	46	2.3	47	82	3	119	35	4	4	55	1.42
28854324--28854425	23	4.4	24	82	4	120	34	2	4	57	1.35
28854303--28854425	47	2.7	46	80	6	126	34	4	4	56	1.39
28854714--28854743	12	2.5	12	94	0	51	36	3	0	60	1.14
28854899--28854957	27	2.1	28	84	3	75	35	6	0	57	1.25
28860828--28860876	18	2.7	17	77	22	55	40	12	0	46	1.41
28867584--28867628	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
28871149--28871190	22	2.0	22	86	9	61	40	9	21	28	1.84
28871354--28871424	20	3.5	20	79	11	67	42	8	12	36	1.73
28875266--28875360	49	1.9	49	89	4	147	34	10	22	32	1.88
28876837--28876876	21	1.9	21	89	0	62	45	15	27	12	1.82
28879183--28879208	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
28896276--28896314	21	1.9	20	89	5	60	30	5	15	48	1.66
28897398--28897437	20	2.0	20	100	0	80	30	40	0	30	1.57
28903750--28903800	24	2.2	22	86	10	75	23	0	5	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28903759--28903807	23	2.1	24	85	11	66	26	0	6	67	1.14
28907244--28907279	16	2.2	16	95	0	63	38	5	30	25	1.78
28907261--28907353	44	2.1	46	91	4	154	30	4	29	36	1.77
28907261--28907366	39	2.5	44	82	11	132	31	3	30	34	1.75
28907513--28907565	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
28908878--28908903	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
28917087--28917121	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
28923501--28923533	13	2.5	13	95	5	57	3	15	0	81	0.80
28926832--28926895	21	3.3	19	87	10	85	31	0	0	68	0.90
28928115--28928170	16	3.5	16	82	0	67	41	5	25	28	1.77
28928402--28928438	19	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
28928513--28928537	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
28933205--28933747	140	4.0	138	84	8	650	26	20	21	31	1.98
28933494--28933747	126	2.0	126	89	1	393	27	19	21	31	1.97
28935863--28935899	13	2.9	13	96	4	67	40	8	0	51	1.32
28936002--28936494	74	6.8	73	79	11	437	25	21	15	38	1.92
28936002--28936494	148	3.4	146	81	9	519	25	21	15	38	1.92
28942037--28942092	26	2.2	26	96	0	103	28	7	21	42	1.79
28945106--28945187	36	2.2	37	85	8	114	25	24	13	36	1.92
28957915--28958011	12	7.8	12	70	11	52	74	8	7	10	1.23
28960031--28960073	22	2.0	22	86	9	61	11	41	32	13	1.81
28961174--28961287	44	2.6	44	80	8	133	27	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28961407--28961659	44	5.8	44	73	8	151	29	25	17	27	1.97
28961667--28962526	88	9.8	88	88	0	1218	20	23	27	28	1.99
28964116--28964153	17	2.2	17	90	0	58	5	21	10	63	1.46
28970793--28970844	19	2.6	19	74	17	52	65	1	7	25	1.30
28971850--28971876	13	2.1	13	100	0	54	66	0	18	14	1.25
28973240--28974161	128	7.2	128	89	0	1382	30	19	24	25	1.98
28973240--28974161	255	3.6	256	90	0	1400	30	19	24	25	1.98
28973240--28974161	383	2.4	383	91	0	1452	30	19	24	25	1.98
28974349--28974508	44	3.6	45	79	5	148	27	21	25	25	1.99
28974349--28974543	88	2.2	88	80	5	207	27	19	25	27	1.99
28974349--28974556	44	4.7	44	76	9	131	28	18	25	27	1.98
28976179--28976232	22	2.5	22	76	11	56	25	1	3	68	1.16
28977529--28977572	23	2.0	22	90	4	70	22	0	4	72	1.02
28979525--28979602	37	2.1	38	87	2	113	26	29	17	25	1.98
28979719--28979935	47	4.6	47	91	2	344	28	30	8	32	1.86
28979719--28979935	96	2.3	96	91	3	343	28	30	8	32	1.86
28991079--28991177	23	4.3	23	92	0	162	22	21	26	30	1.99
28997460--28997558	23	4.3	23	85	5	137	22	20	26	31	1.98
29003249--29004061	44	18.7	43	71	13	373	29	19	23	27	1.98
29003223--29004061	89	9.7	85	67	15	301	29	19	23	27	1.98
29003121--29004061	217	4.3	217	93	0	1542	29	19	23	28	1.98
29005448--29005499	20	2.5	20	84	3	59	28	3	5	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29011153--29011208	15	3.5	15	77	17	60	73	1	0	25	0.93
29011159--29011215	25	2.2	26	85	14	75	75	1	0	22	0.90
29022458--29022502	20	2.6	16	83	16	54	44	0	24	31	1.54
29029065--29029094	15	2.0	15	93	0	51	60	0	3	36	1.14
29029526--29029659	68	2.0	68	83	5	173	41	3	6	48	1.47
29029812--29029888	38	2.0	38	100	0	154	38	14	18	28	1.89
29035001--29035049	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
29039377--29039409	17	1.9	17	88	11	50	24	6	9	60	1.49
29044025--29044064	21	2.0	21	90	5	64	55	2	0	42	1.13
29045426--29045483	29	2.0	30	89	3	91	37	3	8	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189