genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  67  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18649278--18649401	39	3.1	40	78	11	146	0	33	0	66	0.92
18649321--18649470	4	37.0	4	74	16	105	0	32	0	67	0.91
18649287--18649469	44	4.3	43	77	15	170	0	32	0	67	0.91
18649307--18649465	29	5.7	28	71	18	93	0	33	0	66	0.92
18649278--18649479	82	2.5	80	84	10	245	0	34	0	65	0.93
18649303--18649473	70	2.4	70	76	12	158	0	33	0	66	0.92
18649515--18649581	27	2.5	27	92	0	107	16	26	28	28	1.97
18657974--18658017	19	2.2	20	92	4	72	27	11	11	50	1.72
18661247--18661280	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
18664646--18664728	41	2.0	41	100	0	166	43	4	16	34	1.70
18665077--18665111	16	2.2	16	90	10	54	0	11	11	77	1.00
18666473--18666535	22	3.0	22	79	13	78	41	1	1	55	1.19
18666475--18666547	20	3.6	21	78	12	71	39	2	1	56	1.22
18666473--18666525	19	2.6	21	88	8	74	39	1	0	58	1.09
18666833--18666925	19	5.1	18	67	12	64	34	4	2	59	1.29
18666921--18666978	30	1.9	31	89	3	91	34	5	3	56	1.38
18667500--18667566	24	2.8	24	88	0	89	23	10	20	44	1.82
18667499--18667585	24	3.8	24	81	6	81	24	11	19	44	1.83
18669054--18669078	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
18671360--18671410	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
18671223--18671488	103	2.6	104	92	3	455	30	30	20	18	1.96
18671811--18671874	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18671818--18671874	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
18678698--18678964	104	2.6	104	94	1	464	30	30	20	18	1.96
18679288--18679351	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
18679295--18679351	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
18680168--18680391	114	1.9	116	95	1	407	42	3	13	40	1.61
18680875--18681021	41	3.6	41	89	1	224	27	19	29	23	1.98
18684307--18684557	23	10.7	23	82	5	270	41	19	11	27	1.86
18684327--18684563	48	5.0	48	81	6	268	42	19	11	26	1.85
18684307--18684548	71	3.4	71	85	2	310	40	19	12	27	1.87
18685532--18685660	43	3.0	42	71	17	120	31	26	18	24	1.98
18687411--18687504	48	2.0	48	82	0	116	31	13	20	34	1.92
18687743--18687771	15	2.0	15	93	6	51	44	0	20	34	1.52
18689634--18689667	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
18698631--18698664	15	2.3	15	89	0	50	64	8	2	23	1.36
18698671--18698707	13	2.7	14	84	16	51	67	5	5	21	1.31
18698968--18699017	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
18703598--18703647	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
18706778--18706803	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
18706990--18707027	18	2.1	18	100	0	76	15	5	5	73	1.19
18708913--18708970	28	2.1	28	96	0	107	17	6	12	63	1.49
18722448--18722473	12	2.2	12	100	0	52	42	7	11	38	1.70
18729405--18729605	103	2.0	103	86	2	287	33	19	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18750725--18750775	18	2.7	20	76	17	54	33	13	25	27	1.94
18751247--18751284	17	2.2	18	86	13	53	47	10	0	42	1.38
18759214--18759291	39	2.0	39	92	0	129	33	7	7	51	1.59
18764763--18764801	17	2.1	19	86	13	55	41	0	2	56	1.13
18765528--18765585	23	2.4	23	77	11	55	46	0	0	53	1.00
18766284--18766370	28	3.1	27	82	11	86	44	0	3	51	1.18
18766284--18766359	28	2.6	28	85	8	91	48	0	2	48	1.15
18767806--18767840	14	2.5	14	100	0	70	65	0	0	34	0.93
18767886--18767963	27	3.0	26	79	7	86	48	6	7	37	1.57
18767886--18767980	27	3.5	26	78	8	84	50	5	7	36	1.53
18768003--18768043	3	13.3	3	84	5	55	65	4	0	29	1.13
18768003--18768064	16	3.8	16	85	6	72	62	4	3	29	1.31
18768686--18768719	16	2.1	17	88	5	52	76	8	5	8	1.15
18771021--18771249	51	4.9	45	81	15	268	27	23	15	33	1.95
18771021--18771225	51	4.1	50	86	6	278	28	23	14	33	1.94
18771132--18771248	45	2.6	44	84	7	155	29	23	15	31	1.95
18771856--18772039	46	4.0	46	96	0	341	29	20	15	34	1.93
18775129--18775173	20	2.2	20	100	0	90	33	35	8	22	1.85
18775320--18775410	44	2.1	44	89	4	139	31	7	9	50	1.64
18782932--18782962	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
18790077--18790107	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
18794574--18794612	19	2.1	19	85	0	51	15	0	41	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18803704--18803748	6	7.5	6	100	0	90	51	15	0	33	1.44
18803947--18804010	6	10.7	6	94	0	110	46	0	18	34	1.49
18812321--18812423	17	5.8	17	69	18	59	40	4	2	51	1.38
18813062--18813312	49	5.2	48	77	6	211	20	28	18	32	1.96
18813060--18813246	48	3.9	48	79	6	171	20	29	18	31	1.97
18814336--18814364	13	2.2	13	100	0	58	37	13	6	41	1.72
18816317--18816355	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
18816554--18816746	50	3.8	50	81	6	192	26	25	20	27	1.99
18821953--18821994	21	2.0	21	86	9	59	30	0	9	59	1.29
18825629--18825681	27	2.0	27	100	0	106	58	7	0	33	1.26
18825675--18825707	13	2.6	13	90	4	50	84	12	3	0	0.72
18825737--18825813	27	2.9	27	90	0	109	27	22	41	9	1.83
18825860--18825975	18	6.5	17	76	13	76	65	0	32	1	1.03
18825862--18825933	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
18825862--18826027	24	6.7	23	67	22	70	66	0	31	1	0.99
18825865--18825938	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
18825880--18826003	38	3.4	37	86	10	161	66	0	32	1	1.02
18825882--18825982	10	10.5	10	72	18	72	65	0	32	1	1.04
18825968--18826026	23	2.5	23	76	23	61	67	0	32	0	0.91
18826112--18826146	16	2.1	18	89	10	56	37	0	8	54	1.31
18826706--18826756	18	2.8	18	87	3	66	25	0	7	66	1.18
18826864--18826899	17	2.1	18	89	5	56	83	0	5	11	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18826864--18826899	18	2.0	18	89	10	56	83	0	5	11	0.80
18828208--18828244	17	2.2	17	100	0	74	29	16	8	45	1.76
18829550--18829614	24	2.6	25	90	7	96	49	1	10	38	1.47
18830274--18830304	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
18830676--18830701	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
18830714--18830812	27	3.6	27	70	20	96	13	14	21	51	1.75
18832876--18832933	26	2.2	26	96	0	107	34	12	10	43	1.76
18841488--18841536	20	2.6	19	83	6	55	22	6	4	67	1.30
18841558--18841600	18	2.5	17	81	7	50	39	0	6	53	1.28
18841563--18841618	19	2.8	20	81	10	62	41	0	7	51	1.29
18841572--18841618	21	2.4	18	86	10	58	44	0	4	51	1.21
18847722--18847778	27	2.1	27	87	6	80	40	12	7	40	1.70
18848157--18848194	19	2.0	19	85	10	51	21	7	0	71	1.11
18861208--18861248	17	2.5	17	92	4	66	51	9	7	31	1.62
18861836--18861867	5	6.4	5	100	0	64	40	18	0	40	1.51
18879738--18879803	35	1.9	34	87	9	98	51	1	7	39	1.40
18886301--18886455	79	2.0	79	89	0	238	28	10	17	43	1.81
18887712--18887754	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
18887851--18888297	43	10.2	42	72	8	257	26	28	21	23	1.99
18888002--18888277	87	3.2	87	85	2	358	26	30	17	25	1.97
18888024--18888297	130	2.1	128	80	6	293	30	30	17	22	1.96
18888653--18888719	21	3.2	21	80	0	80	5	44	16	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18888731--18888855	66	1.9	66	86	6	182	16	27	15	41	1.87
18888731--18888879	66	2.3	66	82	4	167	15	26	16	41	1.88
18894302--18894686	9	44.9	9	66	14	136	29	4	19	45	1.70
18894342--18894407	25	2.6	25	80	0	78	34	3	18	43	1.65
18894362--18894483	16	8.0	16	70	18	82	29	5	18	45	1.73
18894418--18894497	41	2.0	41	87	0	115	27	3	23	45	1.70
18894468--18894567	37	2.7	37	95	0	173	28	3	19	50	1.62
18894451--18894559	37	2.6	43	72	20	104	29	2	17	50	1.60
18894683--18894966	91	3.1	91	99	0	559	48	4	7	40	1.50
18896943--18896989	23	2.0	25	87	8	71	40	6	6	46	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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