genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  21  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6727230--6727299	30	2.3	30	97	2	131	24	32	11	31	1.91
6727183--6727346	77	2.1	77	97	1	310	28	30	9	31	1.89
6727260--6727431	47	3.7	47	98	0	335	29	30	9	31	1.88
6727135--6727393	124	2.1	124	96	2	475	28	30	9	31	1.88
6727293--6727371	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
6727089--6727431	171	2.0	172	95	2	627	29	30	9	30	1.88
6737325--6737352	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
6738044--6738106	5	13.2	5	78	21	73	39	0	0	60	0.97
6738047--6738100	3	20.0	3	77	21	57	38	0	0	61	0.96
6738044--6738097	8	6.5	8	80	19	58	38	0	0	61	0.96
6738044--6738106	29	2.2	29	88	8	94	39	0	0	60	0.97
6738115--6738209	40	2.3	40	90	1	154	63	8	28	0	1.24
6738916--6738972	30	1.9	30	88	0	87	42	3	22	31	1.71
6739184--6739215	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6739310--6739551	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6739310--6739559	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6741997--6742024	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
6743988--6744029	5	7.8	5	85	15	57	38	0	0	61	0.96
6743989--6744040	18	2.9	17	91	8	77	40	0	0	59	0.97
6743991--6744040	11	5.0	10	77	22	52	40	0	0	60	0.97
6744049--6744144	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
6744851--6744908	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6745120--6745151	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6745246--6745487	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6745246--6745495	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6747490--6747604	42	2.7	42	86	2	160	42	19	22	15	1.88
6747505--6747639	21	6.5	21	72	7	96	45	17	19	18	1.86
6750214--6750264	11	4.5	11	75	20	52	0	23	0	76	0.79
6751622--6751674	21	2.5	21	84	6	63	37	7	16	37	1.78
6752743--6752812	29	2.3	29	85	4	86	22	14	15	47	1.82
6753846--6753899	23	2.2	25	83	6	67	20	1	5	72	1.14
6759152--6759279	60	2.2	59	79	1	130	18	16	16	48	1.82
6759393--6759466	31	2.4	31	76	0	76	25	24	24	25	2.00
6759355--6759525	90	1.9	90	81	1	209	35	22	21	21	1.96
6766476--6766510	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
6768956--6769060	41	2.6	41	93	3	176	20	30	20	28	1.98
6768949--6769086	41	3.3	41	83	5	118	25	28	20	25	1.99
6770755--6770813	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
6789607--6789919	43	7.3	43	83	5	375	20	17	32	30	1.95
6793806--6793904	49	2.0	49	92	3	164	37	23	14	25	1.92
6802958--6803054	48	2.0	48	100	0	194	16	6	18	58	1.58
6806590--6806640	19	2.8	18	79	5	57	33	0	0	66	0.92
6811600--6811626	11	2.5	11	100	0	54	18	7	14	59	1.58
6816022--6816107	43	2.0	43	97	0	163	39	15	16	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6817342--6817382	17	2.4	17	80	19	50	51	2	0	46	1.14
6817907--6818434	124	4.2	126	84	3	692	30	17	21	30	1.96
6817907--6818434	249	2.1	249	90	0	842	30	17	21	30	1.96
6822013--6822047	18	1.9	18	88	0	52	40	14	20	25	1.90
6823774--6823807	18	1.9	18	88	5	52	35	5	2	55	1.39
6824387--6824463	36	2.2	36	97	2	147	41	14	19	24	1.89
6834441--6834480	16	2.5	16	87	0	53	47	5	7	40	1.54
6834484--6834522	16	2.4	16	91	0	60	35	0	7	56	1.28
6834748--6834793	19	2.4	19	88	0	65	65	6	6	21	1.39
6834760--6834808	13	3.8	13	81	5	55	67	10	2	20	1.30
6834853--6834893	20	2.0	20	90	0	64	63	4	7	24	1.40
6834964--6834996	16	2.1	16	94	0	57	69	9	0	21	1.15
6835396--6835454	17	3.6	16	78	15	59	50	1	3	44	1.28
6860044--6860200	23	6.7	23	75	10	113	39	17	15	27	1.90
6860097--6860211	47	2.4	47	86	2	151	41	18	14	25	1.88
6861047--6861176	43	3.0	42	80	16	158	30	28	18	22	1.97
6862528--6862586	10	5.9	10	73	13	50	59	0	3	37	1.14
6862596--6862694	20	4.6	20	68	26	67	62	1	6	30	1.26
6862839--6862882	20	2.3	19	81	14	54	25	4	6	63	1.38
6874238--6874272	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6874196--6874268	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
6874157--6874431	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6874385--6874419	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6874405--6874583	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
6874505--6874539	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
6874615--6874646	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
6874368--6874660	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
6874676--6874883	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
6875455--6875485	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
6878367--6878411	21	2.3	19	88	7	63	26	0	0	73	0.84
6878367--6878399	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
6878368--6878410	10	4.2	10	80	16	52	23	0	0	76	0.78
6878508--6878532	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
6880607--6880647	21	2.0	20	86	9	57	46	19	21	12	1.82
6880618--6880701	21	4.0	21	68	3	62	44	20	22	13	1.86
6880642--6880713	21	3.4	21	70	0	63	45	18	22	13	1.84
6880703--6880759	21	2.7	22	78	8	73	43	15	17	22	1.87
6880623--6880777	42	3.7	42	79	5	143	44	17	21	16	1.86
6885657--6885692	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
6897734--6897843	40	2.6	40	82	7	112	30	24	19	25	1.98
6897823--6897977	44	3.5	44	78	10	122	27	21	20	30	1.98
6897859--6898106	85	2.9	81	72	14	223	26	22	20	31	1.98
6897723--6898106	172	2.2	170	87	5	531	27	22	19	30	1.98
6906770--6907061	46	6.8	41	71	13	133	29	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6906684--6907066	173	2.2	170	89	3	581	30	19	23	26	1.98
6906806--6907060	46	5.8	45	73	12	206	28	20	24	26	1.99
6906857--6907095	127	1.9	127	80	8	277	28	20	23	27	1.99
6907092--6907135	21	2.1	21	87	8	63	36	25	34	4	1.76
6908721--6908756	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
6916002--6916059	26	2.2	27	84	9	75	1	29	5	63	1.25
6927144--6927183	16	2.5	16	83	0	53	45	2	7	45	1.45
6927172--6927314	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
6927256--6927283	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
6927378--6927423	23	2.0	23	91	4	76	58	2	0	39	1.10
6928268--6928310	22	2.0	22	90	0	68	60	4	9	25	1.47
6935073--6935495	110	3.8	109	87	3	557	34	19	15	29	1.93
6935948--6935991	20	2.2	20	87	0	61	59	2	4	34	1.30
6936001--6936042	3	14.0	3	89	0	66	66	0	2	30	1.04
6937585--6938411	50	16.5	50	69	3	266	23	19	23	33	1.97
6937584--6938300	100	7.2	100	85	3	757	24	20	22	32	1.97
6938135--6938413	150	1.9	150	86	0	405	22	15	25	36	1.94
6939728--6939778	18	2.5	20	70	20	52	0	23	1	74	0.92
6940775--6940813	6	6.3	6	83	16	53	0	20	0	79	0.73
6940775--6940816	14	2.7	15	82	14	50	0	21	0	78	0.75
6940821--6940846	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
6944189--6944724	112	4.8	111	90	2	742	35	18	15	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6945217--6945265	18	2.8	17	84	12	55	61	2	6	30	1.32
6945218--6945265	19	2.5	20	86	3	62	62	2	4	31	1.26
6945274--6945312	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
6950454--6950538	41	2.1	41	100	0	170	35	0	11	52	1.38
6951142--6951222	29	2.8	28	73	12	74	53	11	16	19	1.72
6952300--6952335	18	2.0	17	89	10	54	61	5	5	27	1.41
6953581--6953865	43	6.7	43	86	3	342	29	26	17	26	1.98
6953708--6953890	43	4.3	43	82	6	149	30	28	15	25	1.96
6954055--6954084	14	2.1	14	100	0	60	46	13	6	33	1.69
6964139--6964177	7	5.6	7	84	0	51	30	43	0	25	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189