genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896776--24896813	20	1.9	20	94	0	67	34	5	28	31	1.80
24897677--24897770	23	4.1	23	83	0	125	22	24	4	48	1.68
24902178--24902271	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
24904426--24904607	9	19.0	10	68	21	70	30	3	1	64	1.19
24904426--24904697	19	14.9	19	67	19	102	33	3	1	62	1.21
24905486--24905827	189	1.8	185	89	3	542	33	11	13	41	1.80
24910921--24910986	29	2.3	29	100	0	132	36	3	21	39	1.69
24927457--24927549	44	2.1	44	90	8	143	31	4	30	34	1.77
24927452--24927562	46	2.6	41	76	20	120	30	3	31	34	1.75
24927980--24928038	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
24930958--24931007	22	2.2	23	85	10	75	2	8	18	72	1.19
24931125--24931259	25	5.4	25	80	6	148	25	17	37	19	1.94
24931296--24931389	33	2.7	35	76	14	95	38	2	32	26	1.68
24931728--24931799	33	2.3	31	82	4	90	16	11	5	66	1.40
24934565--24934601	19	1.9	19	89	10	58	70	21	0	8	1.13
24934564--24934607	20	2.3	19	80	11	54	68	25	0	6	1.14
24942264--24942319	26	2.2	25	87	3	76	53	14	1	30	1.51
24942690--24942730	21	2.0	21	100	0	82	36	24	24	14	1.93
24944638--24944805	27	6.2	27	84	0	183	42	20	16	20	1.89
24944638--24944805	54	3.1	54	83	5	214	42	20	16	20	1.89
24944997--24945050	26	2.1	26	82	0	63	18	22	24	35	1.96
24945153--24945239	28	3.1	28	89	0	129	24	25	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24947027--24947115	27	3.3	26	82	4	97	26	31	7	33	1.85
24950079--24950130	27	1.9	27	96	0	95	28	26	11	32	1.91
24953623--24953647	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
24954980--24955131	68	2.2	68	84	6	198	42	3	5	48	1.44
24956381--24956896	194	2.7	192	78	5	495	34	16	17	31	1.92
24974213--24974285	21	3.4	22	77	7	78	2	30	15	52	1.57
24976848--24977093	29	8.3	30	95	2	437	50	0	10	37	1.43
24976848--24977093	59	4.2	59	95	2	433	50	0	10	37	1.43
24977403--24977483	39	2.1	39	100	0	162	55	9	14	19	1.67
24980526--24982221	581	2.9	581	99	0	3335	38	14	8	38	1.76
24985101--24985134	11	3.1	11	86	0	50	79	11	5	2	1.02
24996303--24996348	22	2.1	22	83	0	56	36	13	26	23	1.91
25000591--25000636	22	2.1	22	95	0	83	39	17	23	19	1.92
25000774--25000830	22	2.6	22	77	0	69	40	21	19	19	1.92
25006875--25007143	138	1.9	138	80	5	303	34	23	20	21	1.96
25010743--25010788	21	2.2	21	100	0	92	8	10	8	71	1.30
25010826--25010862	10	3.7	10	88	0	56	54	5	0	40	1.24
25011982--25012016	16	2.2	16	89	0	52	40	0	28	31	1.57
25011998--25012086	44	2.0	46	82	8	112	31	5	24	38	1.79
25012192--25012355	63	2.7	59	82	13	176	51	3	3	42	1.32
25012442--25012477	16	2.3	16	90	4	56	36	16	2	44	1.63
25012629--25012671	18	2.3	18	84	4	59	53	2	4	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25013366--25013391	5	5.2	5	100	0	52	57	23	0	19	1.40
25020094--25020125	12	2.7	12	90	0	55	28	6	0	65	1.16
25021100--25021142	21	2.0	22	81	4	52	48	11	2	37	1.52
25026261--25026321	31	2.0	31	90	0	95	39	13	13	34	1.83
25026262--25026332	31	2.3	31	85	2	90	42	12	11	33	1.79
25031066--25031104	12	3.2	12	85	0	51	17	20	5	56	1.60
25031306--25031500	50	3.9	50	76	7	164	23	27	20	29	1.99
25033335--25033392	30	2.0	29	89	3	89	20	34	12	32	1.90
25037067--25037402	51	6.7	50	72	12	235	29	27	15	27	1.96
25037066--25037402	102	3.3	101	81	6	339	29	27	15	27	1.96
25048981--25049017	19	2.1	18	85	14	51	29	24	0	45	1.53
25051232--25051327	43	2.2	43	83	1	120	41	19	16	21	1.90
25051244--25051346	43	2.4	43	85	3	136	43	17	21	17	1.88
25062190--25062277	44	2.0	44	93	0	149	35	18	19	27	1.95
25068007--25068128	53	2.3	53	100	0	244	47	1	12	38	1.51
25068173--25068210	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
25069316--25069894	45	13.0	44	77	10	509	24	0	25	49	1.52
25069316--25069894	23	25.9	22	76	11	509	24	0	25	49	1.52
25069455--25069821	66	5.5	67	78	9	263	24	0	25	49	1.51
25069364--25069892	155	3.4	154	85	4	704	25	0	25	49	1.52
25071052--25071077	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
25071247--25071284	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072227--25072283	11	5.0	12	79	16	68	42	1	31	24	1.65
25075568--25075622	24	2.3	24	90	9	87	65	0	1	32	1.03
25075561--25075608	13	3.8	13	75	10	55	62	2	2	33	1.18
25075980--25076025	25	1.9	23	86	8	65	60	2	0	36	1.09
25076347--25076388	21	2.0	21	85	0	57	26	19	26	28	1.98
25076456--25076500	3	15.0	3	80	0	54	66	8	24	0	1.20
25076456--25076500	6	7.5	6	94	0	63	66	8	24	0	1.20
25089389--25089754	4	92.0	4	88	1	484	45	25	4	25	1.73
25096982--25097039	25	2.3	25	78	0	62	32	18	17	31	1.94
25100417--25100478	20	3.2	19	72	23	58	56	1	3	38	1.25
25100392--25100469	28	2.7	27	82	9	77	55	1	5	38	1.30
25100372--25100477	47	2.3	46	77	11	108	55	0	3	39	1.24
25103740--25103780	18	2.3	18	87	8	57	29	2	2	65	1.18
25105303--25105341	11	3.4	11	80	13	51	51	0	2	46	1.14
25105321--25105358	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
25106276--25106310	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
25109552--25109592	19	2.2	19	86	8	57	21	4	2	70	1.18
25109636--25109705	27	2.8	25	72	10	70	48	5	2	42	1.41
25111134--25111178	22	2.0	23	87	12	67	68	4	0	26	1.08
25113053--25113097	20	2.2	20	84	8	54	28	13	4	53	1.59
25116650--25116726	40	1.9	39	82	10	93	24	25	27	22	2.00
25116883--25116924	19	2.2	19	95	0	75	47	21	0	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25118039--25118227	78	2.4	78	92	0	324	49	10	8	30	1.68
25118810--25118841	15	2.1	15	100	0	64	62	9	0	28	1.26
25124687--25124767	39	2.1	39	97	0	153	19	13	9	56	1.65
25125153--25125410	62	4.1	62	90	1	363	19	46	5	27	1.72
25127210--25127294	21	4.0	21	84	3	89	54	15	29	1	1.49
25127511--25127688	59	3.0	59	99	0	347	42	15	20	21	1.89
25130651--25130688	15	2.4	16	91	4	60	36	7	0	55	1.29
25139315--25139343	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25144653--25144770	57	2.1	57	100	0	236	36	24	6	32	1.82
25145168--25145198	7	4.3	7	92	8	53	51	48	0	0	1.00
25145168--25145203	15	2.5	15	90	4	56	52	44	0	2	1.15
25145627--25145658	14	2.2	15	94	5	57	12	0	3	84	0.74
25165169--25165289	34	3.6	34	77	2	109	38	19	15	26	1.91
25165169--25165381	68	3.1	68	76	6	175	36	17	16	29	1.92
25165276--25165381	17	6.2	17	74	8	72	33	16	17	32	1.92
25167413--25167478	33	2.0	33	100	0	132	36	18	18	27	1.94
25171010--25171104	43	2.2	43	86	3	129	27	23	17	31	1.97
25187646--25187714	29	2.3	29	82	9	77	49	11	14	24	1.77
25188368--25188408	10	4.2	10	79	17	50	70	0	2	26	0.99
25188468--25188530	27	2.3	27	86	5	83	14	30	30	25	1.95
25189419--25189481	27	2.3	27	94	0	108	23	34	31	9	1.87
25189532--25189582	11	4.7	10	76	23	50	15	1	7	74	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25189532--25189582	20	2.3	23	83	9	63	15	1	7	74	1.13
25189979--25190009	14	2.2	14	100	0	62	25	0	0	74	0.82
25189977--25190021	15	3.0	15	80	9	56	26	0	0	73	0.84
25207118--25207150	9	3.7	9	95	0	57	12	33	0	54	1.37
25215365--25215442	40	1.9	39	82	10	95	23	29	26	20	1.99
25215576--25215645	11	6.4	11	80	11	72	24	32	0	42	1.55
25215848--25215913	21	3.3	20	69	26	59	34	1	3	60	1.21
25220034--25220325	126	2.3	126	89	0	467	26	20	20	32	1.97
25225494--25225720	47	4.8	45	83	3	247	33	17	25	24	1.97
25225494--25225720	94	2.4	93	84	2	292	33	17	25	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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