genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14105614--14105638	10	2.5	10	100	0	50	60	20	0	20	1.37
14107656--14107696	18	2.3	18	91	0	64	29	19	29	21	1.98
14109261--14109346	25	3.5	24	78	9	75	29	12	29	29	1.93
14111978--14112017	21	1.9	21	89	0	62	25	15	10	50	1.74
14114322--14114418	27	3.6	27	79	5	106	39	16	23	20	1.92
14114314--14114437	54	2.3	54	78	0	149	38	17	25	18	1.92
14117429--14117455	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14126868--14127292	109	3.9	109	90	3	669	33	18	17	30	1.94
14126895--14127292	217	1.8	218	97	0	753	33	19	17	29	1.94
14127720--14127779	3	19.7	3	77	16	52	60	0	5	35	1.19
14128485--14128523	17	2.3	17	86	0	51	66	5	12	15	1.41
14129512--14130151	44	14.6	44	68	12	241	28	21	19	30	1.97
14129597--14129894	48	6.6	48	71	16	176	27	21	21	29	1.98
14129503--14130024	176	3.0	176	90	2	807	27	22	19	30	1.98
14129861--14130151	130	2.2	129	91	0	456	29	22	18	29	1.97
14129685--14130370	305	2.2	305	90	1	1070	29	21	18	30	1.97
14129998--14130326	175	1.9	176	91	0	543	31	20	17	30	1.96
14130123--14130367	129	1.9	130	83	1	321	32	21	17	28	1.96
14130389--14130715	87	3.8	86	88	2	431	25	25	23	26	2.00
14130674--14130760	45	1.9	45	83	0	111	25	21	22	29	1.99
14142435--14142859	109	3.9	109	90	3	660	34	18	17	29	1.94
14142462--14142859	217	1.8	218	96	0	735	34	19	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14143288--14143347	3	19.7	3	77	16	52	60	0	5	35	1.19
14146285--14146382	28	3.6	26	86	9	133	31	12	26	29	1.92
14147369--14147703	47	7.1	47	89	2	415	25	13	17	43	1.85
14147390--14147703	22	13.4	23	71	14	121	25	13	17	43	1.85
14159636--14159686	23	2.2	24	85	3	68	35	1	5	56	1.35
14160355--14160414	25	2.5	23	78	7	66	45	18	21	15	1.86
14161561--14161859	46	6.6	46	95	1	507	29	21	15	33	1.94
14162682--14162712	14	2.2	14	100	0	62	29	6	9	54	1.57
14194497--14194548	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14196467--14196518	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14196810--14197053	46	5.6	45	76	20	207	36	13	21	27	1.92
14196846--14196918	36	2.0	36	97	0	137	36	15	20	27	1.92
14196898--14197016	52	2.2	52	89	5	177	36	13	22	26	1.92
14196980--14197125	37	4.0	37	93	1	251	36	15	21	25	1.93
14198747--14198778	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
14199663--14199703	13	3.0	15	86	13	54	78	0	14	7	0.96
14202126--14202171	9	4.7	9	80	19	56	82	0	13	4	0.81
14202124--14202185	23	2.8	22	75	7	63	82	0	11	6	0.84
14203662--14204431	44	17.8	43	70	11	384	31	18	21	29	1.97
14203703--14204044	129	2.6	128	89	1	495	29	18	22	29	1.97
14203881--14204510	85	7.3	85	73	10	433	30	18	21	29	1.97
14203832--14204211	175	2.2	174	90	2	586	30	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14204007--14204431	129	3.3	129	91	1	690	31	17	20	29	1.96
14203615--14204291	304	2.2	304	95	0	1230	30	18	21	29	1.97
14204330--14204465	44	3.2	44	69	14	129	33	16	19	29	1.94
14208853--14208913	24	2.5	24	74	10	70	39	1	3	55	1.26
14210899--14210946	13	3.7	13	78	8	53	33	0	2	64	1.05
14210898--14210949	14	3.9	14	80	7	54	34	0	1	63	1.06
14211274--14211298	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
14217178--14217449	143	1.9	143	96	0	499	16	18	23	41	1.89
14223960--14224021	19	3.3	19	81	4	72	37	0	4	58	1.20
14224025--14224053	11	2.6	11	100	0	58	20	0	6	72	1.07
14226010--14226138	25	5.2	25	72	5	93	34	20	24	20	1.97
14226131--14226209	23	3.3	23	72	11	70	32	24	27	15	1.95
14228159--14228255	32	3.1	32	85	5	92	35	8	14	42	1.76
14228179--14228272	32	2.9	32	90	3	136	32	7	14	44	1.74
14228399--14228525	41	3.0	41	73	11	114	30	16	25	27	1.97
14233205--14233232	11	2.5	11	100	0	56	14	7	42	35	1.73
14234226--14234314	45	2.0	45	93	0	151	17	20	13	48	1.81
14241423--14241447	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
14242861--14242891	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14243127--14243228	41	2.5	41	87	3	134	28	18	25	27	1.98
14245023--14245060	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
14246075--14246132	27	2.1	27	90	0	89	41	6	8	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14248682--14248714	17	1.9	17	93	0	57	6	18	6	69	1.30
14251487--14251516	4	7.5	4	100	0	60	26	73	0	0	0.84
14252021--14252047	10	2.7	10	100	0	54	37	0	7	55	1.28
14256335--14256363	15	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
14256736--14256785	17	2.9	16	78	21	57	66	0	2	32	1.03
14257982--14258022	16	2.6	16	85	11	50	36	7	9	46	1.65
14264036--14264094	30	1.9	31	86	3	84	47	3	20	28	1.66
14266864--14267004	37	3.8	37	79	2	115	41	14	24	20	1.89
14268114--14268182	25	2.8	24	82	6	84	31	2	0	65	1.08
14269030--14269091	28	2.1	30	82	11	76	40	1	3	54	1.26
14269667--14269760	9	9.4	11	73	18	64	60	0	1	38	1.04
14269636--14269732	11	9.8	10	73	21	64	57	1	1	40	1.12
14269593--14269760	10	17.6	9	72	20	94	60	0	1	37	1.12
14270733--14270908	86	2.0	86	92	0	289	17	18	15	48	1.81
14272326--14272372	18	2.5	19	80	16	62	34	2	2	61	1.20
14272318--14272376	28	2.1	28	87	6	84	32	1	3	62	1.21
14272324--14272396	28	2.7	26	74	17	69	32	2	2	61	1.24
14272288--14272453	10	17.5	10	67	18	79	30	2	3	63	1.24
14272411--14272453	18	2.3	18	88	8	59	20	2	4	72	1.14
14274758--14274832	31	2.4	31	81	0	87	42	12	6	38	1.68
14282451--14282489	19	2.1	19	85	0	51	53	12	0	33	1.39
14285157--14285187	9	3.4	9	95	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14285305--14285868	126	4.5	125	88	2	803	29	16	24	29	1.96
14286480--14286552	22	3.2	22	77	14	78	41	1	31	26	1.64
14286482--14286544	11	5.6	11	81	7	74	42	1	31	23	1.64
14286733--14286777	19	2.4	19	96	0	81	11	17	37	33	1.85
14287064--14287090	11	2.5	11	100	0	54	44	11	14	29	1.80
14290083--14290112	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
14292387--14292426	21	1.9	21	89	0	62	15	37	10	37	1.80
14292516--14292622	46	2.3	46	90	0	151	28	27	15	28	1.96
14292915--14292995	24	3.4	24	87	0	126	28	25	12	33	1.92
14293851--14293890	15	2.7	14	85	11	53	12	2	0	85	0.71
14293851--14293892	21	2.0	21	90	9	68	11	2	0	85	0.68
14293851--14293892	14	2.9	15	89	6	61	11	2	0	85	0.68
14304484--14304520	14	2.6	14	95	0	65	35	27	16	21	1.94
14304498--14304634	50	2.7	50	86	3	177	30	27	17	24	1.97
14304498--14304579	26	3.2	26	63	27	66	32	26	17	23	1.96
14306674--14306707	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
14307364--14307388	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
14307773--14307802	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
14322986--14323097	48	2.3	48	92	0	188	50	8	5	35	1.57
14326877--14326944	23	3.0	23	97	0	127	33	25	22	19	1.97
14330314--14330479	87	1.9	87	91	2	271	24	16	22	36	1.94
14330398--14330780	50	7.7	50	72	3	331	24	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14330395--14330812	100	4.2	100	91	0	638	24	20	23	32	1.98
14332093--14332186	47	2.0	47	89	0	143	14	20	18	46	1.83
14340974--14341021	14	3.5	13	78	18	53	58	4	0	37	1.18
14340988--14341025	16	2.4	16	82	4	51	60	5	0	34	1.19
14341222--14341268	16	2.8	16	78	12	51	59	4	4	31	1.36
14341285--14341328	3	14.7	3	80	0	52	61	4	4	29	1.36
14347888--14347930	16	2.7	16	79	10	52	30	0	0	69	0.88
14348183--14348216	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
14350370--14350439	23	3.0	23	87	0	104	40	15	17	27	1.90
14350465--14350489	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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